除了写本以外，伯希和还劫去了一部分艺术品，《敦煌石室访书记》载：“余在乌鲁木齐，即闻千佛洞自写本外，尚有画轴……余获画若干幅：纸本、绢本、麻本、著色胶漆本无不具备，考其笔致似皆匠者为之，而非艺士所制，盖名画绝不流至西陲也。自画轴外，又有著色之画卷，余得其二，皆《地狱变相图》。”1909年10月，当伯希和收集品运回巴黎后，其艺术品便于1910年入藏卢浮宫博物馆，共有220多幅绘画品、21件木雕、丝织品残片和画幡、经帙等。随后，便将部分艺术品转存于集美博物馆。1947年，伯希和所获艺术品全部转归集美博物馆收藏，并由此建成3个大展览室，放置敦煌和新疆发现的画卷和画幡。
1909年12月10日，在巴黎索邦大学大演讲厅内为伯希和举行的隆重欢迎会上，他曾这样表达自己的心情：“诸位不难想像我当时的心灵受到何等的震撼，我面对的是最了不起的中国手稿大发现，这在远东历史上还是前所未有的。从今以后，欧洲汉学家可以像历史学家那样，根据文献进行研究工作……”
伯希和得到敦煌宝藏后，显然不敢掉以轻心。他取道兰州、西安、郑州，于1908年10月5日抵达北京，在这里他将所获藏品运往巴黎，然后南下上海、无锡，拍摄两江总督端方和裴景福所藏金石书画百余种，于12月中旬返回河内。1909年5月，伯希和再度来华为巴黎国家图书馆购书，经上海、南京、天津，于8月中旬抵达北京。实际上在这个时候，伯希和对劫获敦煌宝藏之事仍秘而不宣，并不想告知中国学者，因为其行动的确是不光彩的盗劫。然而正当其完成购书使命，准备启程回国之际，伯希和在“敦煌得宝之风”，已开始在北京学术界传扬，端方“闻之扼腕，拟购回一部分。不允，则谆嘱他日以精印本寄与，且日：此中国考据学上一生死问题也”，并影照了伯氏携带的《沙州图经》残卷。
伯希和至北京时，“行箧尚存秘籍数种”，“北京士大夫中学者，于古典具趣味者谈谈造访，见此赍来之珍品，无不惊者”。首先知道此事者，乃是与端方、缪荃孙等关系密切的董康，经他介绍，罗振玉、王国维等赴伯希和住处拜访参观，同时还影印伯氏所携文书8种，传抄1种。并与伯希和协商，准备将其已运回巴黎的敦煌经卷全部照相印刷。9月4日，北京的部分学者及官员在六国饭店设宴招待伯希和。出席招待会的有学部侍郎宝熙、京师大学堂总监督刘廷琛、经科监督何劭态、侍读学士恽毓鼎、学部参事官江翰、京师大学堂教授王仁俊、国子丞徐坊以及董康、蒋黻、吴寅臣等。罗振玉因病未能参加。在招待会上，恽毓鼎举杯致辞，并希望伯希和“归后择精要之本照出，大小一如原式，寄还中国”。伯希和随即表示：“今卷子虽为法国政府所得有，然学问应为天下公器，其希望摄影誊写者，自可照办。”
在伯希和盗劫藏经洞遗书的同时，还让努埃特拍摄了数百幅黑白照片，给莫高窟当时已发现的所有洞子都照了相，共376幅。考虑到这些照片的重要性，伯希和坚持要把它们首先公布，因为对没有去过千佛洞的人来说，只有利用照片对其进行感性认识，并结合照片，才能对敦煌文书进行较深入地研究。“对于这些文书的考释需要自由地互相参阅。但只有到所有图片都发表之后方可以这样做……对各个石窟的描述、时代考证、各个画面的鉴定和对题识的解读等等，这一切今后不久就可以开始”。因此，努埃特拍摄的这些照片，便以《伯希和考察团档案》第一卷《敦煌石窟》为名，分为6册，于1920年至1924年在巴黎出版。这是关于敦煌佛教艺术图录的最早出版物，对我们今天研究敦煌石窟艺术仍有很大的参考价值。这是因为在伯希和离开敦煌几年之后，当白俄士兵被拘留在那里时，千佛洞的石窟艺术曾遭到严重的破坏。
另外，伯希和还详细查看了千佛洞的洞窟，对每个石窟都作了描述，特别是详细记录了洞中的壁画题记。“他沿着石窟的内壁反复察看，清理了全部可以解读的题识，并且还仔细研究了全部画面”。在他的考察笔记里，“除了记载有关每个石窟的位置及其在整个石窟地区的分布方位外，还指出了每条题识、每幅画面、每尊彩塑和每座石碑的具体位置。对洞壁和洞顶的内容也常常进行考证。有时候，某些内容无法进行精确的考证，则可借助于题识来进行解释。当遇到复杂的组成情况时，作者还画了草图以说明画像的布局，这种周密的考虑大大方便了后人对各种场面的理解”。
伯希和除了对壁画的描述之外，还很详细地记录了洞窟中的各种题识，如带有各种神像名称的题识、佛经或变文中的摘录以及用不同文字（蒙古文、回鹘文、婆罗谜文）所刻写的题识。众所周知，伯希和是第一个对敦煌石窟作全面描述的人，他在笔记中对当时参观过的182个石窟（有的洞中又附有一个或几个耳室）都作了全方位描述。如果我们与史岩、谢稚柳以及敦煌研究院对敦煌石窟内容及题识而作的记录相比较，就会发现伯希和的记录相对来说，是比较完整的。另外，长期以来，由于莫高窟不断遭受人为的和自然的破坏，洞窟中的许多题记已模糊不清，甚至什么也看不见，因此，伯希和的这些记录就成了很宝贵的第一手资料，是研究敦煌学，特别是研究敦煌石窟艺术的重要参考资料。
如伯希和在第5（敦编第143）号洞中发掘出了一块黑底面上白色文字的泥碑。他录下了尚可辨认的碑文，并认为该碑与洞中菩萨和千佛装饰画有关。后人在编敦煌石窟内容时，该泥碑的文字已全部剥落了。
第10（敦编第148）号洞中有李太宾碑和另一块李氏碑（即《唐宗子陇西李氏再修功德记》和《大唐陇西李府君修功德碑记》），伯希和对碑中一些难以释读和残缺的字作了解释。该洞中有大量的供养人题记，尤其是有“弟子银青光禄大夫检校国子祭酒守凉口左司马兼御史大夫上柱国陇西李明振一心供养”、“弟宣举郎守左武卫长史赐绯鱼袋上柱国弘益一心供养”。由于该题识中出现了894年碑中涉及到的“李弘益”，故伯希和认为该洞系894年之后曹氏家族时代重修过。这对于敦煌石窟的断代及佛教艺术史研究是很宝贵的。
第63（敦编第196）号窟有题记：“敕归义军节度沙州瓜伊西等州管内观察处置押蕃落营田等使守定将军检校刑部尚书兼御史大夫钜鹿郡开国公食邑贰阡户实封二百户赐紫金鱼袋上柱国索勋一心供养”。由此可知，该窟乃索勋当政时期修建的，而且题记将索勋的本、兼官职一一具备，这对于研究唐五代职官制度具有一定的参考价值。另外，从该石窟进门方向右侧前壁上的供养人题记可知，显然全是何氏家族的成员，其中有“故父绵匠都口何员住一心供养”、“故弟子绵匠何员定一心供养”。有关“绵匠”的材料，在敦煌文书中也有少许反映，将它们结合起来，就是研究归义军经济史的绝好材料。
伯希和在第77（敦编第209）号窟洞口处，“辨认出一条开元二年四月的游人题记。因此，在这个相当小的洞子中可能具有某些唐代之前的装饰图案。令人遗憾的是壁画残损甚重，塑像已不复存在了”。此洞已经过重修，“开元二年的游人题记肯定是写在重修过的这一部分的”。这一发现，有助于该窟的断代研究。
在第118D（敦编第5）号窟中，伯希和重点研究了壁画颜色的变化。他认为顶脊上的椭圆饰最早可能为白色，现在“大部分地方都几乎变成了黑色”。其原因是“由于物理——化学变化而改变了色调”。这一记录，对于今天莫高窟保护和壁画复原研究，具有一定的借鉴作用。
综上所述，伯希和敦煌石窟考察笔记，具有非常重要的史料价值。1945年伯希和去世后，他的全部笔记都交给了吉美博物馆保存。笔记共两本，全是活页簿，有单页的，也有数页的。当时，博物馆的图书管理员埃斯特·列维曾经看过这本手稿并将其全部仔细精确地复制了下来。1950年日本的秋山光和得到了该笔记本的复制件，并在其论著里引用了有关资料。
后来，法国方面指定韩百诗负责出版伯希和考察团的成果，为此，吉美博物馆将伯希和手稿和埃斯特·列维的手稿复制本都交给了他。但由于韩百诗繁重的行政、教学和研究工作，直到他1978年去世时，伯希和笔记还未能整理出版，但已做好了许多具体的前期工作。随后，由法国国立科学研究中心资助，法兰西学院亚洲研究所中亚和高地亚洲研究中心从1981年开始，以《伯希和敦煌石窟笔记》为名分6卷陆续出版。《伯希和敦煌石窟笔记》的每卷开始部分都是旺迪埃——尼古拉写的序言和莫尼克·玛雅尔夫人写的前言，并附有伯希和、张大千、史岩和敦煌艺术研究所各家对敦煌石窟的编号对照表及其时代。每卷笔记的第一部分都是整理后的排印文字，第二部分是手稿的影印件，最后附一批伯希和当时拍摄的千佛洞外貌及各洞壁画的大幅照片图版。
为了给国内敦煌学研究者提供资料，耿昇、唐健宾翻译了法国出版的笔记，以《伯希和敦煌石窟笔记》为名，由甘肃人民出版社于1993年出版了中文本。中文本前面是莫尼克·玛雅尔的前言、尼古拉·旺迪埃——尼古拉的序言、译者的话，最后还附有伯希和、张大千、史岩、敦煌艺术研究所所编敦煌石窟各家编号对照表。
三、菁华犹在巴黎藏
伯希和回巴黎后，其考察团携带回去的物品分别归几个机构所得。自然历史博物馆得到了“岩石标本，800种草木标本，200头鸟，还有哺乳动物和昆虫”；考古文物和考察沿途发现与搜集的数千枚钱币几乎全部交给卢浮宫博物馆；在库车绿洲克里希发现的100来枚钱币则入藏于国家图书馆钱币、纪念章、古玩部。国家图书馆抄本部（写本部）在1910年4月26日得到了东方收藏品中最丰富的一次赠藏，即伯希和所获的敦煌文献。
根据目前法国国家图书馆的收藏，现将伯希和搜集品的编号和数量简介如下：
本书包括：震惊世界的大发现、千载谜谁解说、丝路文物被盗的历史背景、斯坦因敦煌劫宝藏、“汉学大师”取菁华、姗姗来迟的橘瑞超等内容.
1．汉文以“伯希和汉文”编号，从2001号—6040号，中间有多段空号，还有少量失号（“失号”往往与拼合、改编等有关，不一定是真正遗失），实存2747号。
2．藏文由马赛尔·拉露整理，以“伯希和藏文”编号，0001—2224，实存2224号；未经整理的文献暂编号为3500～4500。共计3175号。
3．梵文敦煌所得13件；又有得自新疆地区的梵文文献，总计约1000余件。
