斯坦因捷足先登后，紧接着来了法国人伯希和。由于伯希和是世界上著名的汉学家（“汉学”又称“中国学”），所以盗去了敦煌遗书中最菁华的部分。
一、法国的“汉学”研究
保罗·伯希和于1878年出生于巴黎，父亲是商人，兄弟7人，他排行第三，中学毕业后入法国汉学中心之一的现代东方语言学院学习汉语，并成为法国中国学权威沙畹的高足和追随者，投身于中国学研究的行列。1899年被选拔为印度支那古迹调查委员会的寄宿生，到了河内，从此，便踏上了其漫长的汉学征途。1900年，该会改为法兰西远东学院，伯希和成了该院的首批成员。1900年2月，他被派来我国北京，为法兰西远东学院图书馆和博物馆收集藏书。“据传闻，当时法国驻北京公使馆正被义和团的一支部队所围困，后者正准备纵火焚烧。许多法国人隐身于一堵枪眼密布的墙壁后面，荷枪负弹，准备弹压和抵抗。在这千钧一发之际，伯希和挺身而出，开始对将公使馆团团围定的义和团将士喊话。团兵们非常敬佩，未敢纵火而自动撤离，由于伯希和表现出如此勇敢的精神，所以带膺法国荣誉勋章”。当时正值帝国主义八国联军侵入我国北京的混乱时期，伯希和利用这一时机在北京骗购了一批我国古籍和文物。
“1901年，伯希和受聘为法兰西学院汉语教授。同年6月，他抵达河内，从中国带回了一套精致绝伦的青铜器、景泰蓝和雕刻品，尤其是一批他所搜集的汉文、藏文和蒙文典籍珍本。1904年，这批珍贵的刊本与写本存入了巴黎国立图书馆，而他所搜罗的绘画则入藏卢浮宫。在伯希和所搜集的珍本中，包括有百科全书性质的《图书集成》的最初版本，还有明代出版的一部道教经典《道藏》的残卷，这两部书至今仍是欧洲的孤本。除此之外，还有18世纪出版的藏文红字本的《丹珠尔》和《甘珠尔》以及蒙古文的《甘珠尔》等文献”。
1901年，伯希和受聘为远东学院教授时，年仅22岁。当他在集中研究印度支那乃至整个东南亚历史地理的同时，还潜心汉籍目录版本的检讨，开始尝试使用历史语音学的比较考证法来研究用汉语转写的外国人名地名，并关注中国的外来宗教和异教派别，以后又钻研中国佛教的起源与道教的关系，由此注意到中国与印度、西域的联系。
1904年，伯希和回到法国，不久又返回河内。这时，欧洲及俄国的一些“考察家”、“探险家”纷纷涌入我国西北地区，连续发现了许多古代遗址，并窃走了我国大量的稀世珍宝。对此，法国的中国学研究者，十分眼红，也不甘落后。于是由法国金石和古文字科学院以及亚细亚学会出面，组织了一个“考察”我国西北地区的法国考察团，伯希和被选拔为这个考察团的团长。
法国组织考察团，并派伯希和来我国西北地区“考察”，是与法国国内中国学的发展分不开的。欧洲人对中国的全面了解，最早来自于《马可波罗游记》。到了16世纪后半叶，葡萄牙、西班牙人相继来到我国东南沿海地区，在进行其所谓“商业”活动的同时，写了许多有关我国的著作，如《中华大帝国史》、《中国耶稣基督教的起源》、《鞑靼史》、《中国新地志》、《中国最早期的历史》等等。这些书比较系统地介绍了中国的历史、地理和语言，很快在欧洲流行起来，引起了欧洲人研究中国的极大兴趣，对欧洲汉学的发展，起了重要的推动作用。
这些著作在欧洲被泽为各种文字，很快传播开来，其中尤以法文译本出版最快、最全。早在1588年，法国大作家和哲学家米凯莱·戴·蒙泰湟在校阅《中华大帝国史》的法文译本时，就曾写道：“尽管我们没有接触中国，也不了解它，中华帝国的政体和艺术在许多方面都超过了我们。中国的历史告诉我们，世界该是多么辽阔而变化无穷，无论是我们的前人，还是我们自己，都没有彻底了解它。”17世纪，法国有人把孔丘奉为“哲学之王”。由此可知，法国的知识分子一接触中国，就表现出了极大的热情。因此，到了17世纪末，欧洲的汉学中心就由意大利移到了法国。
19世纪，法国的汉学研究有了新的发展。自从1814年12月11日在法兰西学院设立汉学讲座之后，法国汉学研究的面貌便焕然一新。它不仅对法国的汉学研究，而且对整个欧洲的汉学研究都有决定意义，这是西方高等院校第一次把汉学列为正式学科（俄国于1851年设立汉学课程，英国于1876年设立，其他欧洲国家更晚，美国是最后一个）。
法兰西学院的主要特点是自由，可以“自由地确定研究领域，自由地选择各自领域中最有才能的人员，自由地进行教学和研究，人人都可以自由地听课，无需交付学费，无需经过考试。教授们的惟一任务就是介绍他们年复一年地进行的研究；在这种条件下，他们不可能在法兰西学院里重弹老调。比如，如果在天文学和数学等方面开辟了新的研究领域，如果某位杰出的学者有能力进行这方面的研究，法兰西学院的教授们就可以在他们中的某一位因故出缺时把他选进来。科学领域里各个讲座的主持人就是通过这种程序不断得到更新，当然其他讲座的主持人也是这样产生的”。“在整个19世纪，法兰西学院是法国惟一研究中国历史、文学、语言和文明的学术机构，到20世纪，它在这些领域发挥了领导作用”。
法兰西学院中国学讲座的第一个主持者是雷慕沙，当时他年仅27岁，其代表作是对法显《佛国记》的译注。893年，沙畹被选人法兰西学院，主持中国学讲座。这件事不但可以被看作是法国汉学、而且是西方汉学史上的一件大事，从此以后，法国的汉学研究更是大放异彩。沙畹的研究领域很广泛，诸如考古、碑文、图画、艺术、唐代中国与中亚的交往、中国的宗教等，他是第一位应用欧洲的考证方法研究中国文献的学者。沙畹一生中培养了许多汉学专家，其中有三位成绩最为卓著，即伯希和、马伯乐和葛兰言。
由此可知，在近代国际“汉学”界，法国人扮演了非常重要的角色。1935年6月，张元济在法国捐赠东方图书馆书籍赠受典礼上讲道：“在这中西文化沟通的过程中，虽然有各国学者做我们的中介，但我们可以断言，此种工作要以法国耶稣会的学者和现代法国的汉学家最为有功。”傅斯年曾这样介绍法国的汉学：“说到中国学在中国以外之情形，当然要以巴黎学派为正统”。“而近八十年中，以最大的三个人物的贡献建设出来中国学上之巴黎学派。这三个人物者，最早一位是菇里安，此君之翻译《大唐西域记》及其对于汉语等之贡献，在同时在后人是有绝大影响的。最后一位是沙畹，中国学在西洋之演进，到沙畹君始成一种系统的专门学问，其译诸史外国传，今日在中国已生影响。最后一位，同时是更伟大的，便是伯希和先生。我们诚不可以中国学之范围概括伯先生，因为他在中亚各语学无不精绝。然而伯先生固是今日欧美公认之中国学领袖，其影响遍及欧美日本，今且及于中国”。以上张元济与傅斯年的言论，或在伯希和当面所讲，或为伯希和而看，因此，不可避免地有过誉之处，但客观上仍是当时实际情况的反映。
二、伯希和敦煌劫宝藏
伯希和的“考察团”只有三个人。路易·瓦扬博士分管地形、地质、植物、动物，伯希和负责考古、语言和历史，另一个是远征队的摄影师查尔斯·努埃特。
1906年6月15日，伯希和率领的考察团离开巴黎，搭上火车经由莫斯科和奥伦堡，10天之后抵达塔什干，然后经俄国中亚进入我国。路途中伯希和学会了突厥文，熟练了俄语。
同年8月底，伯希和到达我国喀什。在喀什，他们居住在俄国的总领事馆内，同时，还对当地官员进行了外交上和礼节上的拜访与问候。由于伯希和的主要目标之一，是库车绿洲中的佛教石窟。因此，他在喀什短暂逗留后，便向库车进发。6个星期后，他们到达库车，考察了这里的几座佛教石窟。
伯希和考察团在库车共进行了8个月的考察，虽然“那里的石窟在几个月前已经被德国、日本、俄罗斯等国的考察团勘探过，伯希和只是考察了一些‘次要的遗址’，如库木吐拉附近的都勒都尔——阿护尔、苏巴什寺庙和夏尔特朗遗址”。但伯希和的收获仍然不小，“他在那里发现了目前保存在伯希和库车收集品和伯希和梵文收集品内的几乎全部的文献资料”。
伯希和在库车的收获，具体说来：“在托姆疏克村，他首战告捷，第一次获得了考古学上的重大发现，在那里发掘出了一座巨大佛寺。他还搜集了一些希腊佛教艺术品，如小雕像和小浮雕等，这些发掘物证明了当地曾深受希腊和印度文化的双重影响。在库车以东的马槽地，他发掘了一批梵文和古代龟兹文写本，还有一批龟兹文木简和商队通行证等。”库车考察之后，他们就转移到乌鲁木齐，以便补充生活必需品，准备越过沙漠前往敦煌。这时，他们还不知道敦煌藏经洞发现遗书之事，更没有听说斯坦因对敦煌文物的劫夺。只是计划去敦煌进行拍照，并研究千佛洞的壁画和塑像。
一个非常偶然的机会，伯希和得到了敦煌发现藏经的消息。当他们在乌鲁木齐停留时，伯希和偶然遇见了清朝官员载澜。此人原是北京警察总监，义和团运动时期在北京与伯希和等外国侵略者相互为敌，后来被终生流放到乌鲁木齐。伯希和后来写道：“在1900年，我们彼此之间是不共戴天的仇人，但是随着岁月的流逝，宿怨已早冰释，我们借着饮酒谈心，重温旧谊。”这个时候，伯希和在乌鲁木齐街头已听到了传说，在千佛洞发现了一个藏着手稿的秘密洞窟。这个被流放的官员拿了一份据说是来自敦煌的手稿让他看，“伯希和刚一打开这个卷子，他就认出了这是8世纪以前的东西”。伯希和见到这个卷子后，大为惊喜，于是放弃了考察吐鲁番的计划，急迫地离开了乌鲁木齐，马不停蹄地兼程东行，往敦煌飞跑而去。
1908年2月12日，伯希和一行终于到达敦煌。这时藏经洞的门紧紧锁着，王道士不在千佛洞。但伯希和不甘于在寂寞中等待，他“请瓦扬（即瓦兰）绘制地形图，请努埃特照相，他自己细心抄录作为断代鉴定主要根据的题识，描绘每个石窟内的壁画”。过了不久，伯希和就在市镇上找到了王道士。这时，伯希和还不知道斯坦因已在一年以前从这里盗走了大量经卷，所以根本没有提到斯坦因。这对王道士来说，无疑是吃了一颗定心丸，说明斯坦因是信守誓言的。“他发现这些‘洋鬼子’对于这项秘密，都能守口如瓶，使他感到非常放心。而且他已经开始用斯坦因的捐献来进行他的修复工作。当前，无疑是他寻找另外一笔捐助的时候了”。
经过20多天的努力，王道士才允许伯希和进入密室。当然，和斯坦因相比，伯希和已很顺利了。3月3日，伯希和进入藏经洞后，“惊得呆若木鸡”。据他粗略地估计，洞内的手稿大约在1．5万至2万之间。伯希和在其《敦煌石室访书记》中说：“（1908年）3月3日侵（清）晨，人此扃秘千年之宝库。发露迄今，已逾八载，往来搜索，实繁有徒，藏弃之数，意必大减。迨人洞扉，令人警愕！洞之三隅，积累之深达二迈当又五十，高过人身。卷本二三大堆，至巨大之藏文写本，则以版挟之，堆置洞隅。”如果要将每个卷子都打开，并进行适当翻阅的话，至少也得花6个月时间。伯希和自己说：“余私自忖度：洞中藏彝，尽加展览，其事至繁，将万五千卷至二万卷，自首至尾展览一过，六阅月乃能蒇事，非余所能胜任也，然欲悉其内函，考其关系之重轻，又不得不每卷展开。”因此他并没有犹豫，立即作出决定，“一定要把整个书库检查一下，那怕是粗略的检查也好”。“至少我必须打开每一件，认识一下它的性质，同时看一看，它是否提供过任何新的东西”。
伯希和在藏经洞进行了整整3个星期的挑选。在挑选中，他把卷子分为两堆，一堆是其中的菁华，不论多么艰难，也要不惜一切代价弄到手；另一堆为凡品，也是需要的，但不是必不可少的。在挑选中，他还经常偷拿其中的精品。瓦扬说：“他的外套里塞满了他最喜欢的手稿……有一天晚上，他拿给我们看的是一份圣约翰斯托里福音；另一次，他拿来一份有800年历史的描写一个奇异小湖的文稿。该湖位于敦煌之南的很高的沙丘上。再一次是一份有关这个寺院的帐目。”经过每天大约1000份的紧张挑选，他基本上将石室遗书检查一过。伯希和在敦煌期间，曾将重要的发现用书信的形式报告给“中亚与远东历史、考古、语言、民俗考察国际协会”法国分会会长塞纳。后来这些书信编为《甘肃发现的中世纪书库》一文，发表在《法国远东学院院刊》第8卷上，陆翔译为《敦煌石室访书记》（载《国立北平图书馆馆刊》第9卷第5号）。在《敦煌石室访书记》中，伯希和说：“余之展览虽极神速，然历时亦在三星期以上。开始十日，日阅千卷，自诧以为神奇，盖蛰居岩洞，每小时阅百卷，浏览典籍之速，堪与行程中之汽车比拟矣。迨十日后，而进行稍缓，盖精神困疲，尘埃塞喉，且接洽购买，耗时颇多，猛进之后，宜稍舒徐，此亦事理之常，无足怪者。然余亦不敢轻心从事，每遇一卷，即破碎不堪者，亦不率尔放过，洞中卷本，未经余目而弃置者，余敢决其无有。”在别的场合，他还说：“我并没有放过任何一件主要的东西。我不但接触了每一份手稿，而且还翻阅了每一张纸片——天知道，共有多少断片碎页……”
在藏经洞的20多天中，伯希和将洞中藏品全部翻阅一遍。凭借其对中国和中亚历史文献的丰富知识，伯希和选取文书的重点是：佛教大藏经未收的佛教文献，带有年代的文书，非汉语文书。值得特别一提的是，伯希和还在莫高窟北区的第181窟～182窟（敦编464窟～465窟）的积沙中，发现了许多西夏文、回鹘文、藏文文献。5月30日，伯希和考察队带着丰富的宝藏离开了莫高窟。
挑选工作结束后，伯希和所遇到的最大难题，就是如何征得王道士的同意，把挑选出来的手稿卖给他。为此，伯希和与王道士在极其秘密的情况下进行了多次会谈。瓦扬在回忆中说：“会谈的结果是，我们自己也必须在极端保守秘密的情况下才能提到有关发现书库的事，即使在我们的信件里也必须如此。”在伯希和保守秘密的前提下，王道士最后同意了这笔交易，其代价是伯希和仅仅付给他五百两白银（约910镑）。伯希和将所得到的文物仔细包装后，就用船舶运往法国。“只是当努埃特带着满装我们的选品的箱子上了轮船之后，伯希和才公开地谈到这些东西，并携带着一箱手稿的样品前往北京”。
