马祖是禅宗洪州派的创立者。禅宗以不立文字，教外别传，直指人心，见性成佛为其风格，马祖正是将其全面确立并在禅宗内迅速推广的人物。他认为，自心是佛，即心即佛，人人心中皆具有完备佛性，但这只是小儿止啼，更高的境界则是非心非佛，一物也无。这是对佛教的以经说教的极大震撼。马祖更创立了一套称之为机锋的传授佛理的方法，采用打、喝、踏等手法，来诱发问学者的直悟心性。宗密则是禅宗荷泽宗的代表人物，又精华严宗，是当时禅宗与华严宗的领袖人物，著有二百多卷的佛教著述。他以所谓如来清净禅来统一禅宗各派，评价其得失；又用教、禅一致的观点，分教、禅内部为渐、顿二派，会通教、禅，对当时和以后的佛教发展都有极大的意义。而他的教禅一致，最终统一于华严宗的经论与荷泽宗的禅法上面。他还据华严宗建立佛教人性论，将一真灵性看做没有生灭变易的精神实体，是人人皆具的佛性，人则是由这一真灵性发展而来，这是一种颠倒的宗教理论。
隋唐时期巴蜀的儒学相对道教、佛教，大有逊色。隋唐二代见于《四川通志》的儒学代表人物，寥寥无几。隋有重礼乐的何妥，与兰陵的萧杳并称当世两俊。唐代则有遂宁人张九宗，嘉定人仲子陵。这之前，儒学名师多在四川西部成都平原一带，张九宗、仲子陵的出现，反映了儒学在川中地区与嘉定（今乐山地区）发展水平的提高，宋代时嘉定地区人才辈出不是突然发生的。唐代儒学的发展，集中体现于《易》学的研治，这其实是自严君平以来巴蜀哲学的一个特点。唐代时剑州人李逢，成都人阴颖、阴道宏皆以精通《周易》而著称，更有著名易学家李鼎祚的出现。李鼎祚是资州人，著《周易集解》，引子夏、孟喜、焦赣、京房、马融、荀爽、郑玄、刘表、何晏、虞翻、陆绩、干宝、王肃、王弼、向秀、蜀才、孔颖达等32人，及《九家易》、《乾凿度》等众家之说，保存唐代以前尤其是汉代《易》学的宝贵资料。该书认为，先前《易》注分为二大派，一为郑玄，重天象而忽人事；一为王弼，重人事而略天象，各有所长，又各有所失。李鼎祚则取二派之长，补其所失，作为《集解》的著述原则。因而，此书流传千余年，被历代治《易》者所珍视。
诸子学自汉后就衰落了，虽不绝如缕，但可名家者，几乎代无其人。唐代巴蜀的盐亭人赵蕤却以纵横为主，兼采儒、墨、法、道各家，著为《长短经》，在唐代哲学中独树一帜。《四库提要》将其书定性为杂家，是比较妥帖的。其书以经世观念为核心，摄取各家之说，对自然社会的发展作了深刻的辩证论说，提出了一套以贤人政治为核心的政治理论，尤其是他在《长短经·惧诫篇》提出的“天下者，非一人之天下也”的观念，是十分尖锐的。在当时盛唐的历史背景下，由巴蜀隐士哲学家所发出的这一言论，弥足珍贵，尤具深远意义。
隋唐时期是巴蜀哲学儒、佛、道三者的共同发展时期，而这一发展是在三者既相互斗争又相融合的过程中实现的。如唐德宗时，蜀人李叔明站在儒家立场，上书反对佛、道二教，指斥二教空寂清虚，有害国计民生，这较韩愈上疏谏佛骨事件还早几十年。而李荣的重玄思想，明显地受到佛教三论宗的影响，由著名学者卿希泰先生主编的《中国道教史》已有详论；王玄览的《玄珠录》，更有明显的援佛入道的言论。三教既斗争又融合，为巴蜀在宋代进入以三教合一为特征的理学阶段做好了准备。
三、理学占统治地位的阶段
宋元明时期，是中国哲学理学占统治地位的阶段，巴蜀哲学在这一时期同全国哲学的发展基本上是同步的。佛教、道教经隋唐兴盛之后，此时发展相对逊于儒学，而儒学在吸取二教尤其是佛教的理论成分后，创立了三教合一的理学形态，成为宋元明清的统治思想，理学的经典《四书集注》，更是科举取士的标准答案。这个阶段的巴蜀哲学，出现了诸多在全国有影响的哲学家，而他们多集中在宋代，因而，在这一阶段中的宋代巴蜀哲学，是巴蜀哲学史上发展的顶峰。
宋代的巴蜀出现了全社会重视儒家经典学习的风气，这股风气之盛，范围之广，在巴蜀哲学史上是空前绝后的。巴蜀各地名师辈出，聚徒讲学，有的多至千余人，所讲内容多为理学经典；其中通经的学者，人数之多，令人惊叹；甚至在女性与下层人民中，也时有理学造诣精深的人物，如蒲卤的母亲时号任五经；二程兄弟游成都，与一箍桶匠言易，涣然有所省悟；袁滋入蜀，在眉、邛间与卖酱油者交谈，于易学大有所得。而进入中央充任太常博士、国子博士、太学博士的巴蜀学者，在宋代多达二十多人。巴蜀学者的哲学著述也十分丰富，据《四川通志》所载，巴蜀学者在宋代关于《周易》的著述在70部以上，《春秋》类的著作在60部以上，其他方面的著述也很多，数量之大前所未有，其中多是哲学著作。
宋代巴蜀著名哲学家中最早的是北宋初年的陈抟，他以道教为主，兼收儒、佛两家，以图书象数阐释《周易》，开理学易象数学一派。其后，周敦颐、程颐、程颢、邵雍等理学大师，言《易》多受陈抟的影响。自王弼后，言《易》者多以义理为主，陈抟以图书象数为宗，有令人耳目一新之感。其后出现了以三苏为代表的蜀学，与当时的洛学齐名。蜀学的核心人物是苏轼，苏轼的文章雄视百代，人所尽知，但蜀学主将秦观认为，蜀学的根本在性命之学，而非文学，以文学为蜀学的根本所在是对蜀学的贬斥。而性命之学，正是理学的主要内容。南宋时，巴蜀学者张栻与朱熹、吕祖谦并称东南三贤，为一代学者宗师。张栻主讲岳麓书院时，曾与朱熹会讲于书院，为学术史上的一件大事。全祖望在《宋元学案》中说，张栻之学似程颢，朱熹之学似程颐，由此可见张栻理学的基本格调。张栻之后的魏了翁，极力表彰程朱理学，为其取得官方的正统地位作出了贡献，同时又吸收陆、王及叶适的学术观点，建立起了具有综合各家特色的理学体系。
高峰之后往往是低谷，这似乎是自然界的普遍现象。哲学也是如此，巴蜀哲学在宋代大家辈出之后，元明两代转入相对低谷。巴蜀经宋末战乱，废佚殆尽，元代时四川有建树的学者甚少，但许多流寓江南的巴蜀学者，却大都成就斐然，其中以虞集最为知名。虞集的哲学讲穷理正心合一，并鼓吹以朱熹《四书集注》为取士标准答案，对元代统治者确立朱子的钦定地位起了积极作用。明代的巴蜀有两位很有影响的哲学家，一位是谪戍云南的杨慎。杨慎的特殊人生经历，使他在哲学上对道学与心学都持批判的态度，而提倡重博、重实的实学观。一位是潜心研究《周易》的来知德，他以阴阳横对、上下颠倒的错综之说解《易》，别开新面，成一家之言。
四、批判理学、反封建君主专制的阶段
明末清初，中国社会经济的变化，清人入主中原所带来的社会大变动，在中国哲学界引发了批判理学、反封建君主专制的启蒙思潮。这在巴蜀哲学中亦有反响，因而，自明末开始，巴蜀哲学也进入了一个新阶段。
在明末清初的巴蜀哲学界，同时出现两位哲学家。其中一位是以反理学而著称的费密，一位是以批判封建君主专制而闻名的唐甄。费密以道不离事，讲求中实之道，批判宋明理学是虚妄之学；主张由汉儒训诂去探求圣人之道，否定宋儒所谓道统之说。唐甄反对君主专制的君权神授，认为君主与庶民一样都是人，并无神圣性，指斥历代帝王都是为掠夺天下而滥杀无辜的盗贼；他提出理想社会应该是一切“皆为民也”，并以此判定当权者的得失。费密、唐甄的思想，与当时思想界王夫之、黄宗羲、顾炎武等人的思想相呼应，都是明末清初启蒙思想在哲学上的反映。
但是，清王朝建立后，这一思想进程被摧残了。程朱理学仍是官方统治思想，不满于官方统治思想的许多知识分子，在清王朝实行的文化高压政策下，只好埋头于文字训诂的考据之中，使清代考据训诂之学极其发达。在江南吴皖等文化发达地区，几乎是人人马郑，家家许贾，考据训诂，灿如星汉。
但是，在张之洞督学四川以前，巴蜀完全停留在宗奉程朱的阶段，学子只知宋学，而不晓汉学。因而，《四川通志》载有许多清代四川学者及其众多著述，但阮元刻《皇清经解》一千四百零八卷，王先谦刻《续皇清经解》一千四百三十卷，竟无一四川人的作品。四川的学术再次远远落后于全国学术的发展。然而，四川哲学界除宗奉程朱，另有一可喜变化，就是出现了韩道高、王家驹、黄之玖、芮镱等人研治诸子学的现象，说明了诸子学在清代巴蜀哲学中占有一席之地。
清末，张之洞督学四川，以阮纪之学相号召，四川才逐渐兴起汉学的研治。但清末内困外辱的严重民族危机，迫使人们寻求救国救亡之道。因而，张之洞创立尊经书院，从书院却走出了变法志士杨锐、维新改良思想家宋育仁等人，其中的廖平则是经学终结的代表人物，在中国哲学史上被冯友兰先生视为经学的殿军人物。廖平自称一生尊孔尊经，前后学经六变，但结果都是用古今中西的各种学说，对孔子与孔经作了近代的改扮，冲决了经学的传统藩篱，从反面宣告了经学的终结。由尊经书院出来的吴虞，则在接受西学，尤其是在日本求学后，以西方近代社会科学，批判传统的孔孟之道，成为反孔英雄。这标志着巴蜀哲学的质的转变：以经学为内核的巴蜀哲学，被以近代资产阶级新学为内容的哲学所取代。传统的巴蜀哲学从此完结了。
综观自严君平迄清末的巴蜀哲学，有几个值得特别提出的地方：第一，巴蜀哲学的发展往往落后于全国哲学的发展，如汉代三国两晋、清代都是如此。但这种落后，多因巴蜀学术与全国学术交流不足而造成的。第二，巴蜀哲学史上的著名哲学家，很多是走出四川的学者，他们走出巴山蜀水，与当时全国的学术相交融，才创造出了有影响的哲学成就。如西汉的扬雄，宋代的陈抟、苏轼、张栻、魏了翁，明代的杨慎、来知德，明末清初的费密、唐甄。第三，巴蜀哲学具有经史并重的学风，不少人既是哲学家，又是史学家；既有哲学著作，又有史学论述。在历代巴蜀著述统计中，哲学与史学的著述往往是分量最重的两个部分。第四，巴蜀哲学很重视《易》学的研究，自严君平开始，这几乎是一个传统。研《易》者除大师名儒外，妇女及下层人民也有精通者。巴蜀哲学史上以《易》名家者，自汉以来，人数最为可观，连宋代理学大师程颐也有“《易》学在蜀”之叹。第五，巴蜀哲学在落后于全国时，往往在外来影响下会出现大的发展。西汉文翁化蜀之后，出现了巴蜀比肩于齐鲁的文化大飞跃，产生了扬雄这样著名的哲学家；清代经张之洞兴学，由尊经书院走出了一批具有全国影响的学者，也包括廖平这样的经学大师。
