实际情报工作与反对官僚主义并行。莫里斯少校在马耳他管理突尼斯境内的几个小组，成员大都是“法国的爱国勇士……背着法国（维希）当局在那里从事情报工作”。1941年1月，三个乘小船出逃到马耳他的法国士兵带来消息说，莫里斯先前在突尼斯的眼线，以及现有的一个秘密组织，已经万事俱备，准备展开行动，只是还差无线电电台。法国方面的领导人安德烈·穆尼耶（一位38岁的律师，战争爆发之际曾在突尼斯工作），于2月末前带回了无线电设备，并且建立起了情报网络。在接下来的五个月里，不断地发回情报，从2月9号至6月28号就向马耳他传回232条情报消息[407]。2月25日那天，他们首先报告了德军在的黎波里登陆的情报。并在一个月后，发出了十分具有价值的情报——发现德军的坦克群。后来据秘密情报局报告，这是德军坦克“首次在非洲土地上亮相，并且使得我们攻占的黎波里推迟了近两年”。早在3月初，在邦角半岛两侧就安置了海岸观测哨，用来监视意大利护航舰队的行踪。4月5日，马耳他报告，由于一位特工的准确情报，一艘意大利军舰被鱼雷击中。为了掩护在突尼斯的工作，穆尼耶情报网组建了一家小公司——渔业研究公司，还制订了一个计划，通过一个当地居民转账。
1941年6月底，因介入特别行动处偷袭在拉古莱特港一艘法国油轮的行动失败，穆尼耶情报网被暴露。尽管穆尼耶和两个同伴安全脱身，但另有12名成员被捕，渔业研究公司的财产也被没收。事后反思，挫折要归咎于受特别行动处的“牵制”和缺乏基本的安全保证，还包括过分依赖突尼斯那些年轻而冲动的间谍的独立行动。接下来几个月里，情报局又从马耳他通过潜艇、汽船和空运调遣了新的间谍。秘密情报局设法在英国搞到了两架原属挪威的德国造亨克尔公司的He——115型双发浮筒式水上飞机，供局里的情报搜集活动使用。莫里斯回忆到，当时他们和当地皇家空军指挥员很难就这些飞机的保养和伪装达成一致意见。最大的危险就是在他们的演习中皇家空军飞行员喜欢胡乱开火——他们已经习惯了这样做。但是9月22日，其中一架飞机载着穆尼耶本人，一个“天生的领导者，也是我们最有价值的特工”，却在飞往突尼斯的途中失踪了。要与对方来的特工碰面十分困难。一名曾帮助过秘密情报局的突尼斯的外交官注意到，车辆的使用受到了极其严格的限制，在突尼斯以外的任何地方开车等一个人完全不可能。在别的地方，这会引起好奇，除非搞个随车的管乐队或许反而不会引起人们的注意。
然而同一个月，“迪克·琼斯”即将领导战时突尼斯最成功的情报组。他在开罗被征募后，由莫里斯带到了马耳他。按照他提出的“服役条件”，琼斯的工资是每个月75埃及镑（折合成现在2500英镑），其中60埃及镑直接给她妻子。“如果成功完成任务，活着回来的话”，会支付他1000埃及镑（相当于现在34000英镑）。“如果你因为敌人的行动牺牲了，不管是作为间谍被枪毙或是因其他任何敌方手段致死，你的妻子将获得3000埃及镑”；如果有报告说他失踪或被捕入狱，他妻子可以连续6个月得到60埃及镑；如果“在规定时间你没有回来的话，你的妻子可以得到1000埃及镑”。虽然钱肯定是其中的一个因素，但琼斯似乎也被理想主义动机所驱使，关于这一点他曾在给妻子的一封信中有过描述，而那封信显然是在他潜入突尼斯之前写的。他在马耳他的主管官员认为此事十分有趣，于是给伦敦发去了信件的副本。“那封信，”他写道，“尽管有些自我炫耀的成分，但更多的是在表明他（琼斯）为什么要从事目前受雇的工作。”“我之前所从事的这类事业都很有趣，”琼斯写道，“做那些事完全是出于对探险的喜爱。可这件事是完全不同的：它有一个非常明确的目标和理想。”琼斯的“首要目标”是“让我向法西斯主义政权报仇雪恨”。第二，他说他要为自由而战，“自由比我生命更重要。我深信如果纳粹法西斯取得了胜利，自由将不再存在。所以我惟一能做的，而且已经在这么做的，就是为捍卫世界自由的英国人马首是瞻”。
作为“杰出人物”，琼斯是一位埃及犹太人，曾在意大利殖民地服役，可以假冒意大利人。在犹太殖民地居民的帮助下，同时拥有突尼斯和法西斯意大利身份的他能够经突尼斯潜入利比亚。但是行动出师不利。11月末，琼斯和另一名间谍从潜艇安全登陆后，一名英国突击队员用小船送他们进入利比亚，但他的船翻了，只好游泳上岸。他们正试图为他找一些干衣服，不料警报拉响了，法国警察逮捕了他们三人，缴获了他们的武器和两个箱子，其中一个装有无线电收发报机，另一个装有“20万里拉，30万法郎，5000英镑，一些纯金币，两个分别装有11颗钻石和绿松石的麻袋”，另外还有“一个棕色木箱，里面有生产隐形墨水的化学药品”。两个间谍受到了审判，被判处做20年苦力。1942年11月8日英美联军在北非登陆（火炬行动），这导致了德国攻占突尼斯。六天后，秘密情报局的成员和一大批支持戴高乐主义的犯人被法国当局释放，琼斯也得以释放并继续组织情报网，在接下来的四个月里收获颇多。
在埃及工作的鲍尔比参与了非洲局项目，通过此项目，秘密情报局中东情报站和开罗、卡萨布兰卡和达喀尔的情报站在渗透方面进行合作，很多活动都是由沙漠远程突击队实施的。沙漠远程突击队是1940年夏为了在敌人后方侦察、情报搜集和特种作战而设立的。整个1942年，沙漠远程突击队不断将中东情报站的间谍护送进入敌占区，实施北非的秘密情报搜集任务。1942年4月末，据报告称，由一位60岁的犹太大学教师（代号52901）率领的一个小组正打算离开靠近利比亚边境的锡瓦，由沙漠远程突击队带领赶往埃尔阿比尔。在那里，52901向当地酋长作了介绍。那里靠近班加西，便于小组报告敌军的部署。其他两组计划在5月份出发，目的地是的黎波里。一组由一位在利比亚生活了10年的意大利共产党人率领；另一组主要是法国人，他们将被空投到突尼斯，然后由西面进入的黎波里。非洲局的管理范围并不只限于非洲北部，于是制订了计划派遣第四组（也都是些自由法国人），潜入马达加斯加岛。这个计划由于5月初英国入侵该岛而受阻，隆美尔的两次反击使得北非的活动受到了破坏，尽管20901和他带领的那组在1942年6月-7月成功地进行一些情报报告。隆美尔的第一次反击是在1942年1月，他将英军打退到了班加西；第二次反击则是在5月20日，一直持续到了7月初，直到非洲军团抵达亚历山大港50英里外的阿拉曼。秘密情报局担心开罗以及其中东指挥部可能会沦陷，故除了留下一副空架子外，全部撤离到了耶路撒冷，直至战争结束。
1942年，秘密情报局在中东的地区总部的建制完全是伦敦总部的翻版。在鲍尔比的指挥部之下，设有政府代码与密码学校和无线电安全部门的一个区域办事处。各种秘密情报站搜集的情报，主要由中东情报站通过中东情报联合中心发布。反谍报工作是中东安全情报站的职责，其作用与国内军情五处类似，主要是防止英国人向敌方泄密。安全情报站配备一名秘密情报局的代表，两个组织保持着良好的关系，反间谍工作总体不错，双重间谍与假情报工作尤为突出。秘密情报局的中东情报处与特别行动处1942年3月30号成立的达德利·克拉克的A组（负责制作假摄影情报）联合，主要负责协调双重间谍的活动。与伦敦双十委员会的作用类似，在中东这个组织被命名为三十委员会。在战争的其他地方，反间谍情报的主要来源是政府代码与密码学校，其提供的情报（代码ISOS[408]，以布莱奇利庄园的一名高级成员名字命名），由罗德尼·丹尼斯少校负责的秘密情报局在当地无线电通讯站接收与分发，丹尼斯于1941年11月被任命为第五处驻开罗代表。与伦敦秘密情报局的瓦伦丁·维维安和军情五处的戴维·皮特里之间不时发生激烈冲突，不同的是，丹尼斯回忆到，秘密情报局、中东安全情报处和A组之间的关系很协调，因为有关官员之间的友善和相互尊重。“除了例行会议，我们通常一周至少聚会一次，一起喝酒吃饭，期间不时会擦出一些思想的火花。”“伦敦部门内部的形式主义，”他写道，“在开罗用不上。”[409]
