截至1942年夏天，东地中海和北非的秘密情报局记录已明显表现出杂乱无章，因为它既要为英国又要为英联邦军队提供情报。但是成功的因素正在渐渐增多。那些在岗时幸存下来的秘密情报局代表们，战时不得不忍受连续的撤退，成为很会打硬仗的人，拥有久经沙场的经验，慢慢地也能够在敌占区评估状况和开始建立高效的间谍网络。通讯情报的极大突破，改变了整个地区范围的情报状况，特别是反间谍和假情报工作。此外，6月苏联的参战和1941年12月美国的参战，也极大地壮大了盟军力量。所有这些促成了1942年10月阿拉曼战役的胜利，而这场战役终于扭转了局势，为1943年初夏将轴心国驱逐出北非战场打下了基础。
叙利亚、伊拉克、伊朗
约翰·雪莱在1940年初途经中东时，与法国情报局工作人员建立了联系，此联系在日后发挥了重要作用。1940年6月的一些资料记录了当时所准备采取的行动。6月4日，雪莱从开罗发回报告，称法国高级情报官员古斯塔夫·伯特兰曾告诉他，意大利驻伊朗大使的司机负责在德黑兰和巴格达之间定期为意大利和德国送情报，但司机已被法国收买，若假意攻击其车，他便会将情报送到指定地点。司机称，“随车的意大利士兵个个荷枪实弹，询问我们是否能够安排”。其后，雪莱加上了皮特里的警告：“这种行动绝对不能被搞砸，不能连累英国政府。”雪莱不清楚“我们是否有能力担此重任的组织”，照他的意思是要“麻醉意大利士兵后调换包裹，这种做法会使行动简单得多，也会省掉很多麻烦。最好能打开包裹，拍摄下来，再重新封好。这样才能使类似行动得以继续”。在伦敦的鲍尔比反对“采用任何盗窃行动”，因为此种行为定会招致报复，而且还会将罪责加于英国政府。他写道，雪莱的建议“提供了获得真正有价值的情报的最好方法”，不仅行动异常地难以执行，且极有可能只能用一次。瓦伦丁·维维安同意鲍尔比的意见（“符合常理”），认为这种事“值得做”，但前提是这种事能[反复]地做，且处理的方法隐蔽（这点实在没必要专门提出）。他建议伯特兰“让司机详尽地描述确切的路线，以判断我们有没有秘密开封及检查的机会”。只有这样才考虑是否批准行动。
但英法联合行动随着法国的失利而暂时搁置，此后英军在叙利亚和黎巴嫩的行动受到维希法国政权的严重限制。1941年3月，梯格从耶路撒冷发来报告：美国驻贝鲁特总领事非常倾向英国，给予他在叙利亚进行通信的外交工具。接下来的一个月（英国正从希腊撤军），有人担心德国会攻占叙利亚。于是伦敦总部询问梯格，若出现这种状况，他能否事先提醒。梯格称他在贝鲁特有一套便携式无线电装置，还掌握了一条通向阿勒颇的交通线路。另外，一位在贝鲁特的美国外交人员（身份不明）愿意提供帮助，出现状况时他可以提醒。梯格认为，他能利用当地走私贩做些事，而且还有一个刚萌芽的反维希政权组织可能会提供帮助。他发回报告，称：“这样，总有一种渠道能让我们尽早知道德国已登陆叙利亚。”
德国最终并没有入侵叙利亚。梯格在叙利亚的资源转用于为中东司令部提供维希法国政权的战役命令，直至1941年6月英联邦与自由法国联合行动，从维希政权手中夺回了叙利亚。梯格认为，后来英国情报站在叙利亚的正式存在是一个“临时的天赐良机，我们不在那里时可以用来加强机构”。梯格阐述了秘密情报局收集情报的长期手段与目前急需解决问题的不同，如目前与军事情报部门同事的关系。他敏锐地评论道，目前的首要任务是建立“有效的机构以应对未来可能发生的任何不测”。
1941年7月，梯格告知孟西斯，称英国与自由法国的政治关系十分紧张。他认为对于英国来说，“与法国和谐相处就像试图与一位好妒、暴躁又跋扈的妻子相处一样困难”。自由法国则认为到处都是英国的阴谋。戴高乐任命乔治·卡特鲁为驻黎凡特地区的自由法国军队总司令。尽管乔治·卡特鲁相较于戴高乐“更理性”，但他竟也认为英国试图将叙利亚据为大英帝国的附属国。卡特鲁担任戴高乐在叙利亚的代表后，一名打入卡特鲁总部的代号“火山”的前秘密情报局总部特工递交了卡特鲁与戴高乐之间的通信复印件，不仅说明了戴高乐对驻中东英军的态度，同时也揭露了他在法属北非的意图。“火山”一直工作到1943年夏，被看作非常有价值的资产。他的某些情报甚至直接供给英国外交部使用，或通过德斯蒙德·莫顿呈交给丘吉尔。[410]
盟军进入叙利亚的部分原因是：1941年4月由拉希德·阿里领导的亲轴心国组织夺取了伊拉克政权。巴格达情报站一直预计伊拉克3月底会发生政变。在此次危机中，一名秘密情报局特工从伊拉克一名负责军队部署的军官处获得了有用的情报，即伊拉克军队预定的撤军路线，以及中东幼发拉底河部落对叛乱的态度。但秘密情报局驻巴格达代表称此情报“可惜来得太迟了，没法派上用场，因为我们的无线电台被撤除了”。英国军队镇压了此次叛乱。但《泰晤士报》责问外交部是否被弄得措手不及，以及“我们的情报部门正在做些什么”[411]。在秘密情报局内部看来，似乎是外交部的东方事务部没有传递秘密情报局所递交的全部情报，因为从《每周政治简报》的一组摘录中可看出巴格达情报站从年初就开始警示很有可能会出现政变。
1941年，巴格达情报站长不经过秘密情报局就与英国——伊朗（之前为英国——波斯）石油公司伦敦总部设立的专属渠道，建立了当地情报网。于是，秘密情报局利用英伊石油公司员工从事情报工作的问题浮出水面。1941年3月，鲍尔比发现，情报站利用“没有得到公司正式批准的人来从事我们的工作”，尽管公司经理知道他们的活动，他默许但不支持。鉴于石油公司与伊朗政府的微妙关系，当地经理的态度是“可理解的”。维维安对此举很不高兴，认为巴格达情报站“有意避开”现有的“完美而密切的联系”（除非公司总部允许，情报机构同意不会利用公司职员）。维维安还认为英伊石油公司会因此而降低“对情报部门的信任”。事实确实如此。在伦敦召开的一次会议上，一名英伊石油公司代表明确表示，任何导致伊朗指责公司而产生的影响不仅对英伊石油公司来说是灾难性的，而且还会引发战争。因此情报机构只得同意终止“聘用公司的职员”。但是，同年5月，维维安与马尔卡姆·伍尔科姆同英伊石油公司召开了会议。英伊石油公司保证他们仍然“准备自愿为情报部门82000提供他们可能知道的内部重要情报”。
谢利在1940年初的工作为秘密情报局的德黑兰情报站的建立奠定了基础。那年4月，该情报站正式开始工作。首任驻德黑兰代表待了不到一年，指示说要把工作集中在高加索地区和苏联南部，这段时间内向苏联的渗透进展甚微。1940年4月，伦敦指示德黑兰方面调查使用走私贩特工在苏联——伊朗边境工作的可能性。但这招明显行不通，因为在1941年1月，总部的陆军处强调，“苏联在中亚军区对我们来说是实实在在的‘盲点’，83000[德黑兰]至今都未获得过有关该区域的任何军事情报”。他们寄希望于1940年底增派的一位官员，他专门负责获取苏军情报以改善原有局面。1941年6月22日德军未入侵苏联，而苏也未加入盟军之前，英国对苏联可能会站在轴心国一边的恐惧加剧了其获取苏军意图及能力情报的需要。1941年2月，陆军情报局发现“在获取苏联作战顺序情报方面有令人满意的进展”，便催促秘密情报局“立即与莫斯科、高加索地区、中亚及东西伯利亚进行更深入的跨边境接触”。休博特·哈顿·霍尔曾记录道：“我认为情报局局长的决定是对的，我们最好还是另选时机反击苏联。”
德黑兰情报站站长暂时由威尔弗雷德·欣德尔（巴格达情报局前局长）担任，任期至1942年底。德国入侵苏联之后，秘密情报局对付苏联的行动暂时搁置。伊朗仍然有很多敌意活动，为防止亲轴心国掌管政权，英苏联军于1941年8月占据该国。欣德尔过去关注的安全问题似乎逐渐削弱了他的情报责任感。1942年9月，他制造的系列言论激起外交部内部人员的强烈愤怒。他抱怨其中的一位领事，称他与一位亲纳粹德裔英国女士（她通过婚姻获得英籍）私交甚密，而这位女士据说已被收为西班牙在北非的情报人员。当这名女士开的夜总会（由大使出资）被置于英国军队驻地之外时，大使向英国部长表示强烈抗议。欣德尔还报告了一名跟随约翰·达什伍德爵士的官员（来自外交部，检查德黑兰任务的安全性），说他“花了太多时间陪一名可疑的夜总会女孩”。此外，他还揭露了许多任务执行中的安全漏洞。比如一位不知名的英国公使官员在回答关于员工中的秘书数量的非官方问题时，公然宣称：“当然，他们并不全是真正的秘书，如欣德尔事实上是为军情六处工作。”欣德尔被从德黑兰撤走了。不过这件事说明了一个合理的安全考虑如何被无理地放大，并如何腐蚀秘密情报局官员的观点和工作。
