因为路上积雪，雪莱花费了六天时间才赶到德黑兰，开始筹划在伊朗建一个功能齐全的情报站。这个情报站除了其他事项之外，还能够改善对于苏联的情报覆盖能力。而目前巴格达情报站管理的特工（大部分是英国商人）却不愿这样做。雪莱谈道：“这种人，虽然愿意冒些风险，却也不会拿生意来冒险。因为生意是他们谋生之道，他们不会跟伊朗政府过不去，让自己陷入困境，因此他们当然也不会积极参与派遣特工出入第九十五国[苏联]边界的间谍活动。”由于印度情报局已在麦什德的一个基地展开了针对苏联的情报活动，所以雪莱建议秘密情报局应该在伊朗北部的德黑兰和大不里士进行情报工作。他在跟法国和波兰在当地的情报员的交流中，发现波兰不仅已经向苏联境内派遣了间谍，而且还在阿富汗建立了情报网。尽管无法见到任何一个捷克人，他还是在报告中指出，他们在伊朗分明“提供了一个非常成功的特工招募基地”。[406]
孟西斯最初打算让雪莱挂靠在驻中东陆军总部，由他来协调向空军提供情报。但这项计划却遭到了军队内部的反对，英国皇家空军坚决反对将他调入部队。于是，孟西斯决定任命一位级别更高的军官戴维·皮特里爵士为中东各情报站的总管，并赋予他直接与所有三军武装部队指挥员接触的权利。60岁的皮特里是一位间谍高手。他出生在苏格兰亚伯丁，在“一战”前就在印度当警察，做过远东间谍的负责人，在两次世界大战之间担任印度情报局局长7年，1937年-1939年，他一方面协助改编巴勒斯坦警察，另一方面向秘密情报局汇报关于英属东非的情报需求。从1940年5月开始，皮特里和雪莱（曾作为他的参谋，直到9月调往特别行动处为止）组成跨情报联络部，由皮特里负责秘密情报局在该区域的工作，包括埃及、巴勒斯坦、伊拉克、伊朗、土耳其、埃塞俄比亚和东非。雪莱的组织则负责从希腊、巴尔干半岛、意大利和北非敌占区搜集和传递当地各种情报。特工们由各自的情报站管理，包括来自希腊和南斯拉夫的特工，在这些地区被德国占领后，他们主要从埃及展开行动，尽管他们与跨情报联络部实际上已经脱节，而且彼此间相互独立。
瞄准意大利
在1940年3月，弗雷德里克·温特博特姆抱怨说，有关意大利的情报工作“令人感到悲哀”。“我简直不相信，”他写道，“布达佩斯的意大利空军军官、贝尔格莱德与索非亚的意大利工程师和商人都那么的难以接近。我们必须要渗透到那边去，因为法国已最大限度地利用了这个机会。”到了5月初，局势依然没有得到改善。卡斯伯特·鲍尔比承认，“在过去的一周左右，军队明显对他们在意大利所搜集的情报数量表示不满”。虽然“在总部的压力下”，贝尔格莱德、雅典和马耳他情报站正在“努力应对意大利和西西里岛情报不足的问题”，而且开罗还出大价钱派遣了一些间谍到意大利占领的利比亚，可到目前为止“并没有取得什么进展”。鲍尔比建议尝试从更远的地方获取情报，比如说北美和南美，在那里有很多意大利殖民地。丹齐同意说，在他还是一名无名小卒时，他“大约一年前就提议，战前的招募中心应设在纽约、布宜诺斯艾利斯和巴西。虽然这将付出很大代价，但仍然是值得做的。一次招募在加拿大的意大利人的努力失败之后，就再也没有在美洲大规模地征募意大利间谍。但是丹齐继续推行这一想法。1942年10月，他指示里约热内卢情报站应该在广阔的南美意大利殖民地寻找潜在的间谍。‘纽约，’他感叹道，‘似乎永远不能找到合适的人选。’”
1940年意大利参战后，对间谍的需求更加紧迫。8月，伦敦方面通知瑞士、巴尔干、东地中海、伊比利亚情报站，秘密情报局急需有关意大利经济和工业情报。尽管后来从法国方面获得了些情报，但是似乎没有获得什么新的成果。两个月后，军情五处的一名国防安全官员兼秘密情报局当地情报站站长从马耳他传来消息，建议从法国统治下的突尼斯向意属殖民地利比亚派遣间谍。1940年春，一位秘密情报局官员A.J.莫里斯少校被派往突尼斯去建立一个分站，以便与法国当局联系。但是在英国7月3日奥兰炮击法国维希舰队后，莫里斯被逮捕了，并被带到了卡萨布兰卡，在那里一位反维希的警官放走了他，最终他于9月回到了马耳他。莫里斯认为，他之所以能够取得有关当地局势的可靠情报，以及重振第三十二国（意大利）组织，完全要归功于整个土耳其极端的反意大利情绪和他与几个官员的个人之间的友好关系。
但是事实证明，要潜入意大利确实极度困难。雷克斯·霍华德在1941年1月问到雅典情报站在向南意大利派遣间谍的进展如何时，一位不明身份的官员在会议记录上简短地写到“无”。由于急欲得到意大利军队对阿尔巴尼亚，特别是利比亚的军援情报，陆军部询问了秘密情报局在意大利港口的监测组织的情况。战前，此任务由维也纳情报站负责，但是在秘密情报局被逐出奥地利之后，这个站也就宣告解体了。尽管雅典和马耳他都付出了极大努力，但是秘密情报局随后“没能够建立起任何永久性监视系统”。即使在维也纳的组织一直在努力（建立无线电通讯也遇到了极大的困难），其所提供的情报远远不够完整，特别是因为“部队总是在守卫森严的码头夜晚登船，线人不能保持24小时全天候监视”。一位颇有偏见的官员谈道：“毫无疑问，海军部希望我们在所有港口都建立起间谍网，配备无线电台，能在黑暗中也看得清清楚楚，并且随时能够出入所有码头。”
渗入利比亚的企图也并不成功。鲍尔比指出，开罗这样做也遭到了失败，虽然尝试过多次。早在1940年，秘密情报局花大价钱派遣了六个间谍，但是由于意大利的警惕，如何把他们送达、接回与通讯等难题都未能得到妥善解决，结果毫无建树。一个间谍在法国控制下的土耳其工作，创立了一个庞大的利比亚阿拉伯组织，然而还没有来得及正常运转，法国就沦陷了。1940年后期，战事极大地扭转了局势。12月9日盟军从埃及到利比亚的进攻取得重大成功，到了1941年2月初，英联邦军队已经向前推进了近四百英里，澳大利亚人占领了班加西，俘获了多达一万名意大利俘虏。情报局有一个计划，让战俘成为潜在的间谍。鲍尔比对此并不表示乐观。“意大利人不适合做间谍，”他写道：“虽然他们不喜欢法西斯，但是他们仍然爱自己的国家，不喜欢仇恨。我担心这样做只会成为一种有利可图的遣返计划。”意大利兵败利比亚，这使得希特勒于1941年3月派遣了非洲军团前去助阵。截止到4月末，在埃尔文·隆美尔将军的带领下，轴心国军队将英国人驱赶至埃及边境一侧。巴尔干的同时沦陷进一步扼杀了秘密情报局渗入意大利的机会。到了6月份，由于海军部强烈要求“跟踪监视从意大利港口发往利比亚的可能军援”，并抱怨秘密情报局过去六个星期来只提供了四份关于意大利和西西里岛的情报。鲍尔比报告说，有望尽快从马耳他渗入到西西里岛，从瑞士渗入意大利北部。而丹齐警告说，那样可能得花上四个月，局势才会有所改观，因为这在很大程度上取决于西班牙和瑞士还能支撑多久而不被德国所占领。尽管两个国家都没有被入侵，里斯本和马德里情报站都得到指令要求以意大利的情报工作为主，但在整个1941年，其表现仍旧令人沮丧。丹齐希望日内瓦情报站能够多搞一些情报，但也在11月注意到，由于一名特工在维护经辛普朗铁路隧道到瑞士的交通线时被捕，这“使得他们更加谨慎，为此谁也不便指责他们”，几乎到了绝望的程度。陆军处在百老汇承认：“事实上，自从我们失去了4400情报站（维也纳情报站）之后，我们再没能够组织起一次针对意大利的像样的间谍活动。我觉得现在要我们拿出行动方案还真有点难，但我们会充分讨论这个问题。”
在接下来的一年里，大家集思广益，考虑了很多策略与方案。一位官员认为与其派遣间谍到第三十二国（意大利），还不如把“高层灵通人士”带出意大利。里斯本情报站发现了一位杰出的音乐家，他应邀在1942年9月举行的威尼斯国际音乐大会上演奏。海军处要求他查明到访威尼斯时有哪些军舰，或查明在七八月份访问期间一直有哪些军舰停靠在威尼斯，但是没有记录说有任何回应。有人建议在葡萄牙成立一家演出公司，可沿途打探意大利的情报设施以及搜集情报。开罗情报站则建议从东非遣返的意大利人当中寻找反法西斯分子，然而丹齐不无忧虑地说，这种方法已为先前一批护送队试用过了。“船上的法西斯特警把守很严”，警告意大利人不得向任何可能的英国间谍说话，并“采取了积极措施以保证警告的到位”。他担心最糟糕的事情会落到一个很有价值的眼线头上。关于1942年12月的情报工作，秘密情报局陆军处的一位军官表示，尽管我“施加了各种压力”，让他们搞到有关意大利的情报，但却“收效甚微”。“到目前为止，”他写道，“虽然困难重重，但还是可以在两方面有所期待。首先是意大利军队由于连续败绩而士气低落。这不仅让间谍在意大利执行任务更加容易，而且还提供了更多人选渗透进意大利。其次是德国加强了对意大利的控制，这反倒有可能让我们对意大利人之间的高层的积极合作更加放心。”他估计这两种情况交织在一块，可以为我们创造机会。真是有先见之明（结果也证明了这点）。
北非行动
戴维·皮特里爵士在开罗只待到1940年12月即被召回伦敦，调查秘密情报局的那个麻烦不断的兄弟单位——军情五处出现的问题。梯格暂时从耶路撒冷调回接替皮特里。但是当1941年4月皮特里被委任为军情五处处长时，伦敦派出卡斯伯特·鲍尔比担任区域最高指挥官，负责巴尔干和中东地区。鲍尔比必须在百老汇和开罗两头奔忙以应对北非沙漠之战的动荡局势。1941年初，他支持在利比亚建立一个超前基地（开始在与埃及边境相望的拜尔迪耶，然后在更西边的托布鲁克），从那里可以把人员派遣到敌人防线之后的沙漠里。但由于非洲军团在4月份将英军赶回了埃及，此计划已变得不再可行。鲍尔比调到开罗，既要与秘密情报局自身的体制顽疾作抗争，同时还要与中东军事指挥部建立良好工作关系。从情报的角度来看，这不仅有必要，而且如果秘密情报局要想获得扩展与重建的资源，那就更重要了。鲍尔比成功地改善了与地方当局的关系，很大一方面要归功于他与同事相处的能力，然而他却因为超负荷工作，身体给拖垮了。到了1940年末，他住院治疗，但仍向伦敦方面保证自己不会“垮掉”。“事非如此，”他声称说，“这只是由于我到这里后连续劳作的缘故。”
然而与特别行动处的关系也成问题，他们也在稀有资源上展开了竞争。秘密情报局和特别行动处都需要空军支援，飞机不足是他们经常担心的。尽管1942年初，总部同意在中东配置英国皇家空军中队，专门供秘密情报局和特别行动处使用，但即使到了1943年，也只有不到五架远程飞机可用，造成秘密情报局间谍派遣和特别行动处的设备被频频拖延。鲍尔比和特别行动处中东负责人特伦斯·麦克斯韦向伦敦请示，希望能优先满足他们的需求。丘吉尔一次访问中东时，特别行动处面呈丘吉尔一份文件，内容是他们动用了好几次远程飞机都是秘密情报局付费的，此事继而发展成为两个机构之间的短暂冲突。直到1943年中期，由R.C.霍基中校领导的334空军联队（担负特殊使命）创立后，这些问题才得到缓解。该空军联队往往经由北非，之后从意大利机场起飞执行任务。1942年初，鲍尔比又向伦敦总部抱怨特别行动处试图接管当地军情九处的职责。他在报告中指出，秘密情报局已经和军情九处建立了稳固关系，并且合作密切。他说，特别行动处的主要利益是让更多的人潜入敌国，而不是让更多的人逃离敌国，而将逃离和进攻混为一谈只会让逃离变成一场灾难。除此之外，他还认为，特别行动处“更急于接管我们的运输和通讯设施，而不是我们的责任”。至此，特别行动处明目张胆的疆域扩张受阻。后来鲍尔比描述麦克斯韦具有“某种狂妄自大”的特质，他后来居然建议在中东地区的所有秘密情报组织统一由一个人来协调（也就是麦克斯韦自己），对此，外交部的亨利·霍普金森宣称“简直太过分了”，麦克斯韦的想法最后胎死腹中。
