松树沟在平安峪西北，山势来脉为乾山。朝东南对金星山以东，西南有黄花山、成子峪、莽牛山、西峰口、天台山、象山、兴隆口、金星山。为黄花山支脉，后靠高高的烟墩山，左砂平安峪、右砂黄花山。西大河在烟墩山与平安峪之间，向南流淌，入龙门口。不足之处堂局狭窄，后靠满山常翠却左砂漏气，地势西高东低。
普陀山是昌瑞山至凤台山西峰之间一圆顶，其龙砂借凤台山右峰所护之脉，虎砂系平顶山所下之脚，两面缠护严密。前对天台山东岭，内水由右行过明堂出，形如负，有垅中峙，是为上吉之穴。普陀山山势正来脉，东山坡之外系裕陵妃园寝西马槽沟，西山坡下系本山来水，山沟南北均深四五丈不等，接往南自西来水有冲刷地势一段，南北长三十五丈，东西均宽八九丈不等，均深七尺。
熟悉堪舆的内务府员外郎宽惠、松瑞，礼部主事张元益，刑部主事高士龙，相定了一处穴基。第二年候补四品京堂彭祖贤，鸿胪寺少卿文硕覆看得普陀山和平顶山。普陀山坐金星，平顶山坐土星，前者有平安岭，左右护砂，互相环抱。两穴内堂水均出丁未方，与神道水会合。外堂水均出巽方，且与定陵壬丙山向系属一脉。
同治十二年（1873）两太后已垂帘听政十二载，载淳即将亲政，三十九岁的慈禧又一次派人选陵址。平顶山改名普祥峪，普陀山改名菩陀峪，而且由慈禧、慈安两太后亲临阅视，敬奉懿旨普祥峪、菩陀峪定为万年吉地。普祥峪著派亲王协办大学士全庆，总管内务府大臣都统春佑，工部右侍郎荣禄承办。菩陀峪著派醇亲王，左都御史英元，总管内务府大臣吏部侍郎魁龄，总管内务府大臣明善办理。
慈禧选定菩陀峪为自己的万年吉地，同治十二年（1873）兴工，至光绪元年之工程清单可见其工程之浩大。宝城刨槽深一丈九尺，东西宽十丈六尺，南北长十丈七尺，筑下柏木大桩一千三百五十一根，柏木丁五千二百九十二根，后三面城根外，安更道高八尺。方城刨槽深一丈七尺六寸见方，每面七丈一尺五寸，筑下柏木大桩四百十三根，柏木丁二千八百六根，前三面月台高八尺。城身高一丈六尺三寸，往上接安明楼，城身前面安须弥座。城门券洞高五尺，券洞内地面安白石一层，北口接连隧道下坡。
地宫金券平地落深六尺三寸，券墙东西面宽三丈六尺，南北进深二丈二尺七寸，券顶中高二丈五尺。券上顶用澄浆砖砌五伏五券，并砌粗砖蓑衣顶。前门口上顶外面白石上錾云龙凤。安红铜大管扇一根，两旁安白石门二扇，下安白石槛。门两旁墙根下安龙须沟眼二个。宝床床身面宽七尺二寸，进深一丈二尺，高一尺三寸。床上面錾金井，围圆五寸，下罩原山吉土，深一丈三尺二寸，下脚见方宽八尺，上顶径圆一尺。门洞券平地落深六尺三寸，券墙东西面宽一丈二尺，南北进深七尺六寸，券顶中高一丈五尺。上顶用澄浆砖五伏五券，并砌粗砖蓑衣顶。前门口上槛后面安红铜小管扇一根。两旁安白石门二扇，下安白石槛。券两旁墙根下安龙须沟眼。罩门券平地落深六尺三寸，券墙东西面宽一丈八尺五寸，南北进深九尺，券顶中高一丈八尺六寸，上顶用澄浆砖砌五伏五券，并砌粗砖蓑衣顶。券洞北面门口两旁安雕花白石马蹄柱二根，上顶安雕凿斗科飞檐瓦陇，兽吻白石过梁一根。券两旁墙根下安龙须沟眼二个。闪当券平地落深六尺三寸，券墙东西面宽二丈一尺，南北进深五尺，券顶中高二丈一尺八寸，砌五伏五券。隧道券北口平地落深六尺三寸，券洞北口高一丈八尺五寸。南门口高一丈一尺，面宽一丈一尺，进深连南口五丈七尺三寸，砌五伏五券，券洞前口安白石券脸一道，券洞后口两旁安白石角柱二根，上安拉扯白石二根。券洞内自上口至下口安豆躐级二十九层。扒道券券洞内安豆渣石躐级十七层。上券门外安石沟漏筒直达宝城墙根下，向外引水龙须沟。地宫金券前面东西两旁作暗沟筒二道，各长十丈七尺六寸，至宝城东南、西南角达于城外。方城以外东旁应修沟筒二十二丈二尺四寸。西旁应修沟筒十九丈五尺六寸。石台高四尺五寸，东西宽二丈，南北宽五尺。
三座琉璃门座，门东西宽二丈二尺五寸，南北宽一丈七寸，高一丈七寸。东西次座门，高一丈七寸，东西宽一丈七尺，南北宽八尺二寸五分。大殿刨槽一丈二尺九寸，东西宽十丈三尺，南北宽七丈四尺。大殿前月台刨槽深一丈八寸，东西宽五丈四尺，南北宽二丈六尺五寸。东配殿刨槽深一丈五尺五寸，南北宽六丈五尺，东西宽二丈四尺。西配殿刨槽一丈一尺，南北宽六丈五尺，东西宽三丈四尺。东帛炉刨槽深五尺，东西宽一丈二尺七寸，南北宽一丈五尺六寸，西帛炉同。
宫门刨槽深一丈二尺，东西宽六丈二尺，南北宽三丈一尺。宫门前月台东西宽七丈，南北宽二丈六尺，宫门东面墙东西宽六丈一尺，南北宽一丈四尺六寸。宫门西面墙东西宽六丈一尺，南北宽一丈四尺六寸。宫门东进深墙东西宽一丈四尺六寸，南北长二十七丈八尺四寸。宫门西进深墙同。东西值房东西宽二丈八尺，南北宽三丈六尺。东西朝房东西宽四丈三尺，南北宽六丈四尺。大月台东西宽二十丈，南北宽十二丈五尺。三孔桥东西宽二丈三尺，南北长六丈九尺四寸。东西便桥东西宽二丈二尺，南北长四丈八尺四寸。大河筒东西长二十一丈，南北宽四丈八尺四寸。大库南北宽六丈，东西宽二丈六尺。省牲亭东西宽三丈八尺，南北宽三丈八尺。南北库东西宽四丈三尺，南北宽二丈五尺二寸。随库井水积深一丈一尺。碑亭每面五丈见方。碑身高一丈七尺二寸，宽五尺九寸五分，厚二尺六寸。
普祥峪、菩陀峪隆恩殿前，月台左右铜仙鹤和鹿各一对。仙鹤石座高一尺六寸宽一尺六寸长二尺四寸，铜仙鹤一对，身长二尺五寸五分，通高四尺五寸，铜鹤连石座通高六尺一寸。铜鹿石座宽一尺六寸长三尺二寸高一尺六寸，铜鹿一对身长二尺六寸，通高四尺一寸，连石座通高五尺七寸。
普祥峪、菩陀峪隆恩殿内明间暖阁内宝龛一座。面宽九尺七寸，进深七尺四寸四分，隔扇窗三尺零五分，高五尺五寸，柱子见方四寸五分。底下石座高一尺三寸，上面须弥座高一尺三寸，前面正中木制仙桥一座，面宽四尺二寸，进深二尺五寸，后高三尺。宝龛下坎高四寸，在宝龛内设宝床一张，须弥座上宝床靠背三，中间高二尺八寸五分，宽二尺七寸五分，两边高二尺二寸五分，宽一尺八寸。
光绪五年六月二十二日，慈安慈禧两陵工程才同时竣工。慈安陵用银二百六十六万五千两，慈禧陵用银二百二十七万两。第二年（1895），慈禧命把修建了二十二年的菩陀峪的三殿全部拆除，严令原材料丝毫不得迁就重建三殿.至于慈禧为什么重建，只能按照她一贯作法推断，有菩陀峪耗银不如普祥峪因素，慈禧陵不如慈安陵豪华，使慈禧心里很不舒服。光绪七年（1881）慈安四十五岁暴亡，慈禧从此大权独揽，便想重修自己的陵墓。光绪二十年（1894）慈禧六十大寿，时值甲午战争又遇全国罕见的灾荒，慈禧不顾国家财政困难，灾民流离失所饿殍遍野，下令将已修好的隆恩殿及东、西配殿全部拆除重建。这个工程持续了十四年，直到慈禧死后才完工。
重建后的慈禧陵三殿，其规模工艺，豪华富丽，其用料耗银数量惊人。不仅超越了清代祖陵，就连明清两朝二十四帝居住的紫禁城，也没有这般奢华。隆恩殿红褐色的门窗隔扇、梁枋、檐柱，乍看不如红漆彩绘的梁枋艳丽，用的都是坚硬有光泽，纹理精细美丽的红褐色名贵黄花梨木。它的学名叫海南檀，是制作精细家具的上等原料，所以采用了原木精制而不加油饰的工艺做法。梁枋上为直接沥粉贴金的和玺彩画，是清式宫廷建筑中最高级的一种彩画形式。所有云蝠寿字锦纹以及千姿百态大大小小的行龙、卧龙、升龙、降龙，都用赤、黄两色金叶贴成，光是金龙就有两千四百多条。全部彩画堂皇富丽，肃穆庄严，虽然历经近八十多年丝毫没有剥落，依然金光耀眼完整如新。
清代帝后陵的隆恩殿内，只有四根明柱上贴金，做缠枝莲花或龙盘行云。就连代表皇权威严帝王登极的太和殿，也只有六根贴金明柱。而在慈禧陵三殿内外却有六十四根金柱，况且还不是一般的贴金，而是用铜做成半立体镂刻的盘龙，然后铜上鎏金，显得光华四射闪闪耀目。尤其是在立体的金龙头上安装带有弹簧的龙须，借助空气流通龙须自行摆动，如群龙低吟无比美妙。可惜这巧夺天工的金龙，如今连一麟一爪也不存在了，只有依稀可见金龙盘玉柱的痕迹。
慈禧陵三座殿堂的墙上，镶有大小不等的三十块雕花砖壁，共计二百三十七平方米。所雕的花纹有“五福捧寿”、“四角盘长”、“万字不到头”等。“五福捧寿”为五只展翅向心飞翔的蝙蝠，围着一个几何形寿字取其谐音，而称五福捧寿。“四角盘长”取其盘长绶带连绵不断之意，寓吉祥如意。“万字不到头”用“”字锦，取其连绵寓富贵不到头之意。所有雕砖的外围均饰以蔓草莲花和连珠纹，凡凸起的花纹全用赤金叶子贴饰，而凹下的底部则用黄金叶子贴饰，赤黄二金交相辉映，浑然一体，光彩夺目。一般帝后陵寝殿堂，均为粉刷墙壁，以米黄色为主，用翠绿色镶边，加以红、白、黑三色线条，显得很庄重。但慈禧陵三殿却装修得金碧辉煌，仅贴金一项就用了黄金四千五百九十二两。
慈禧隆恩殿前有一块“凤引龙”的陛阶石，高三百一十厘米，宽一百六十厘米。周边雕刻缠枝莲花，中心为丹凤展翅凌空，穿云俯首向下，蛟龙曲身出水，腾空向上。所有图案全部采用高浮雕加透雕的手法，龙凤均雕刻玲珑剔透，生动传神。初建陵时，慈禧陵所置的陛阶石与慈安陵所雕的陛阶石相同，慈禧嫌雕的不好，就下令将原来的那块陛阶石埋掉重新制作，这就是著名的“凤引龙”丹陛石，原来那块后来在东砂山被挖掘出来，现陈列在慈禧陵宫门外台阶下面。
慈禧隆恩殿周围的汉白玉望柱和栏板上也布满了凤引龙的雕刻。在六十九块栏板的里里外外，到处是凤引龙追纹饰，那一只回首顾盼的翔凤和一条昂首向前的行龙，穿云舞动惟妙惟肖。全部栏板上一百三十八组凤引龙连接起来，令人产生天旋地转若宇宙在永恒地运动。还有那七十四根望柱，打破了历来一龙一凤的龙凤望柱格式，在所有柱头上雕满翔凤穿云，在柱身的里外均雕刻着一条出水的升龙。明显地表现翔凤压在两条龙头上，得意姿态甚属罕见，不能不让人联想到慈禧挟制同治和光绪两代帝王的历史。
传说慈禧慈安死后，西太后慈禧埋葬在东边，而东太后慈安埋葬在西边，是因为慈禧十分狡猾，万事都想拔个尖儿，她早就看中了慈安那块风水宝地，慈安活着的时候，她不敢声张，等到慈安死后，就不管祖宗的家法制度，不顾东大西小的习俗，无礼霸占。也有说法是东西太后一道东陵相看风水，回京后一次慈禧和慈安下棋，便对慈安说：“姐姐，万年吉地已竣工，您看哪一处风水好啊？”慈安没动声色，正举棋不定。慈禧进一步搭讪说：“姐姐，干脆咱姐俩以三盘两胜来定局，谁赢了由谁挑选吉地，好吗？”慈安漫不经心地说：“行，哪块儿地方都一样。”一个有心一个无意，慈禧全神贯注终以二局胜棋，赢得了东边那块风水宝地。所以西太后葬在东边。
传说归传说，按清朝规定，死于皇帝之后的皇后陵名称，只在帝陵名后面加上帝陵的方位来定。如顺治的孝陵，比他晚死的孝惠章皇后葬在孝陵东侧，就定陵名为“孝东陵”，其他“泰东陵”、“昌西陵”、“昭西陵”也均以方位而定。因咸丰皇帝陵称定陵，慈禧慈安陵均在定陵东侧，故统称“定东陵”。两陵之间只隔一道马槽沟，慈安陵依山势称普祥峪定东陵居西侧，慈禧陵依山势称菩陀峪定东陵居东侧，两陵占地面积均为两千二百六十五平方米。因为两位太后生前的地位悬殊，故死后葬地位置才有区别。慈安十六岁就被咸丰皇帝册封为皇后，而慈禧十七岁进宫时只是一位贵人，咸丰皇帝死时，她只是一位贵妃，根本没当过皇后。后来因为她亲生子载淳以咸丰帝独生子的身份继承皇位，慈禧才母以子贵，被尊为圣母皇太后，继之施展阴谋与慈安同时垂帘听政。尽管是两太后同时执政，慈安的地位仍高于慈禧。两人同时修造的陵墓，不管在位置上还是耗银的数量上，都显示出她们之间的差异。慈安葬在西侧是因为她理当更靠近咸丰皇帝的定陵，而慈禧只能葬于距定陵稍远一些的东边。另外皇陵神路均按以次接主的规则，咸丰皇帝定陵神路接顺治帝孝陵神路，慈安陵神路接咸丰帝定陵神路，慈禧陵的神路只能接在慈安的神路之下。可见慈禧陵在东，不但不能说明她地位显贵，反而证明她的地位比慈安低，这才决定了她的陵墓位置。
慈禧太后病逝到葬入东陵普陀峪地宫，有一年多的时间。其间有许多丧葬礼仪活动，也产生各种各样的传闻。
慈禧太后病逝当天举行小殓，掌仪司首领太监用鹅黄吉祥轿将慈禧遗体从西苑仪銮殿抬出，由四名总管太监执香摆对前导，出景福门、宝光门、西苑门，进入紫禁城西华门，再由熙和门、协和门进入锡庆门、皇极门、宁寿门。这段时间将近一个小时，是下午4点半到5点半。然后到皇极殿内，将遗体安放在回床上，完成小殓。
