时间到了1834年，“贝格尔”号继续测量着沿途的海岸。
1月12日，“贝格尔”号停泊在一个宽广的海湾——圣胡利安港。他们兵分两路，一部分水兵留守在船上，另一部分随菲茨·罗伊和达尔文一起到这个地区的腹地去。这个地区特别荒凉，到处都没有淡水，他们口渴得要命，也感到特别疲惫，特别是菲茨·罗伊还随身带着工具和笨重的双筒枪。他们选择了一个较高的地方向远处眺望，发现两个闪闪发光的湖，他们到湖那里还有很远的距离。然而，这时众人都疲惫不堪，不敢到那里去。如果那两个湖不是淡水湖，还是喝不上水，还得走回来。达尔文自告奋勇地说，先让我单独去探探情况，达尔文认为，自己在这些长途徒步旅行中，比菲茨·罗伊和水兵们有经验的多。达尔文和众人商定，如果发现那里有水的话，就会通知留下的人。
达尔文艰难地走到一个湖边，发现那是个盐湖，另一条也是盐湖，只好黯然回到了众人那里。菲茨·罗伊这时连路都走不动了，虽然已经休息了不短的时间，但他还是没有力气返回小船。达尔文让一个水兵留下来陪伴舰长，其余的人往小船走去。达尔文因为担心菲茨·罗伊舰长的安危，用最快的速度第一个到达小船，从里面取出淡水和食物，马上让人给菲茨·罗伊送去。其实，达尔文也很累，在缺水的情况下，他不但去了那两个湖边探情况，又快速地回到小船，体力消耗极大。达尔文当天感觉还不怎么累，第二天，他就病了，在床上躺了两天。
“埃德文切尔”号纵帆船还留在希望港修理，所以“贝格尔”号又往那里驶去，准备会合后一起前行。1月22日，在东福兰克岛作了短期逗留后，这两艘船扬帆向麦哲伦海峡驶去。
他们的船经常停泊在格烈高利角，这里经常发生大涨潮和退潮。他们在这里遇见了印第安人种族的一个分支——巴塔哥尼亚人，巴塔哥尼亚人住在窝棚里，以马为交通工具。经常穿着羊驼皮大斗篷，身材特别高大、体形强壮，非常引人注目。他们的脸上涂抹着白红颜料，让他们看起来勇敢而严肃。这里的妇女们也长得身材高大、体格匀称。这些人善良可亲，喜欢用羊驼皮和鸵鸟毛换取欧洲人的烟草，因为同欧洲人打交道，所以会讲一点英语和西班牙语。
1月底和2月初，一部分人乘坐小船去勘探麦哲伦海峡，另一部分人乘“贝格尔”号航行。麦哲伦海峡的两岸具有过渡的特性，在这里，你能看到巴塔哥尼亚的生物，也能看到火地岛的生物。在这些地方，对许多有趣的关于生物地理分布的情况，达尔文又可进行观察了。
“贝格尔”号停泊在饥饿港，连续下了三天的倾盆大雨，达尔文在雨停时登上海拔六百米左右的塔尔恩山。山上到处都是茂密的树木，这些树木安静地生长着，外面的暴风骤雨丝毫影响不了这里的一切。深沟与河谷里堆满了大量的腐烂树干，脚一踏在这些树干上，就会陷到膝盖处。旅行者们经常想靠一下某些树干，但这些树干都是一碰就碎的枯木头，所以他们经常摔倒。越往山顶，树木越少，山顶山光秃秃的，什么也没有。从山顶上看，凌乱的一些大小山脉分布在周围，四周的山峦被片片雪迹点缀着。
2月10日，“贝格尔”号打算去火地岛的东湖进行测量，不过，一件事的发生让他们不得不暂时停下这个计划。从福克兰群岛，传来一艘海豹捕猎船捎来的消息。高楚人在暴动中杀死了自己的首领西蒙和两名英国人，夺得了一半的野马和牛。其余的英国水兵逃走了，英国军舰“挑战者”号陷入混乱中。后来，这件事慢慢平静下来。
从麦哲伦海峡返回后，“贝格尔”去了东火地岛的东岸，完成了这次测量。
在圣·塞巴斯蒂安港，达尔文看见了一幅壮丽的景象：无数条抹香鲸正在嬉戏，它们跳出水面后，再横身向水面拍去，发出巨大的拍水声，很像大炮发射时的声音。
在经过位于东火地岛东南端的圣地亚哥角时，“贝格尔”号陷入了一个非常大的旋涡，南来的浪把军舰冲击的东摇西荡，最后只好停在东火地岛东岸。
“贝格尔”号向火地岛南面的一些小岛驶去，在拉斯顿岛停泊下来。这里住着火地岛人，达尔文以前在这里就曾碰见过。这里有一些火地岛部落，但有的部落甚至连首领都没有，部落之间被一片荒无人烟的地带或中立地区所隔离。为了争夺那些少得可怜的生活资料（悬崖下和海岸上的贝壳、鱼类和海豹，以及他们的主要财产独木船），各个部落相互仇视。火地岛人认识文明的欧洲人已经二百五十年了，但他们丝毫未变，还是老样子。
2月26日，“贝格尔”号进入菲茨·罗伊以前驾小船旅行过的贝格尔河。这一次，顺利过了这条河。顶着西风，航行中的“贝格尔”号熟练地迂回行驶。一些火地岛人守候在岸边，一起向船上的人喊着“雅密尔舒纳尔”，他们想用鱼和螃蟹，换我们的一些破布条。
三月初的一天，天气晴朗，达尔文和菲茨·罗伊参观了朋松布海峡北部壮丽的达尔文山，也参观了伏里阿海港，他们还碰到了老熟人琴米，他驾着一只挂着一面小旗的独木船，向他们驶来。他送给自己的英国朋友两张水獭皮，还送给舰长他亲手做的几个矛头和箭头，琴米看起来很温和，好像对住在这里没有一点怨言。“贝格尔”号离去的时候，他就站在沿岸的一个山岗上，燃起一堆火，向我们送别。
3月10日，“贝格尔”号又到了福克兰群岛，在附近的巴尔克里湾停泊。在这里，顽强的达尔文仍然毫不动摇地继续进行着博物学家的工作。不管是夹杂着冰雹的暴风雨天气，还是极为寒冷的恶劣气候，都阻止不了达尔文对工作的热情。
3月16日，由两名高楚人做向导，达尔文绕着这个岛的部分区域进行了一次旅行。法国人以前曾把马匹运到这里来，这里还有野牛，这两样动物特别吸引达尔文的注意力。这里的高楚人狩猎野牛很有一套，他们灵敏地往野牛脖子上投套索，然后，用刀全力刺向野牛后腿的主腱上，刹那就把刀刺入脊髓的顶端。野牛被刺后，便不能再快速地向前奔跑，只能等着被杀死。他们杀死野牛后，把牛连皮一起烤来吃，连皮烤的话肉汁不会流失，达尔文也和高楚人一起吃了野牛肉。因为这个岛上的母野牛很容易对付，经常被杀死后吃掉，所以在活着的野牛中，野公牛的比例比较大，它们经常向人和马发起冲击。对付野公牛，高楚人也很有一套，达尔文观赏了他们用敏捷动作将野公牛拖倒，他们一个人把一根套索抛到它的后腿上，另一个人把另一根套索抛到牛角上，他们的动作很快、很准确，顷刻间公牛就被拖倒在地。
达尔文指出，福克兰群岛上一群群的野马不断地退化，许多野马的个子在这里长不大，而且还害有跛脚病，所以小马经常死掉；相反，健壮结实的野牛却不断地繁殖增多。达尔文认为，这里的马之所以得跛脚病，是蹄子变长的缘故。小马的死亡，是由公马造成的，公马强迫母马抛弃小马。从这件事上，他看出有些生物比其他一些生物更能适应新的生存条件。他还注意到牛在这里分成了三种不同的毛色。
同高楚人一起的这次旅行，是在很困难的情况下进行的。开始旅行时，天气寒冷，还遇到几场夹杂着冰雹和雪的大雨；后来，天气暖和了一点，马却开始常常滑倒，达尔文的马就倒了不下十次。他们在回去的路上，不得不从水路而行。细小的浪花被风吹起，不断吹到他们的衣服上，他们回到家时，全身都湿透了，冻得直发抖。
4月7日，“贝格尔”号又向巴塔哥尼亚驶去。因为“贝格尔”号在长期的旅行中有些损坏，菲茨·罗伊舰长想修理一下，他也想趁此机会，乘小船考察一下圣克鲁斯河，这条河还没什么人去过。
4月13日，“贝格尔”号停泊在圣克鲁斯河河口。
4月18日，菲茨·罗伊舰长准备沿圣克鲁斯河上流对该河进行考察，他选了二十五名船员和他一起，乘坐三只捕鲸船动身了。捕鲸船出发的时候，正好涨潮，借着这个机会，捕鲸船逆流而上。这条河中心的深度约五米，河面宽约三四百米。潮退之后，无论用桨，还是张帆，都不能逆流而行了。于是，他们把三只船首尾相连，系在一起；把人分成两批，到河边拉着船走。军官和船员们都一样，吃一样的食物，宿营在同一个帐篷里。他们的行进速度很慢，每天只能走16～20公里的样子。河谷里，到处是光秃秃的沙漠，长着一些稀疏的灌木和毫无生气的植物。这里的动物主要是羊驼，有时候还能碰到大群的羊驼。沿途碰见许多羊驼骨，这时美洲狮捕猎到羊驼后，吃完肉留下的痕迹。灌木丛中有许多小鼠，它们长着一对大耳朵和一身软毛，经常受到小狐狸的追逐。
4月26日，随着他们的不断前行，地质情况也在发生变化。以前是稀疏的小玄武岩砾石，现在是更坚硬、更厚的玄武岩石块。
他们就到了石隘口地区，这地方有几个罕见的喷泉。河岸边，陡峭的悬崖上，有一些巨大的猛禽，这些是兀鹰，它们的翅膀足有2.5米长。
29日，到了科迪拉山脉，一群雪峰从地平线上跃入他们眼帘。
5月5日，他们开始返回，因为是顺流而下，只用了三天时间就到了。
5月12日，“贝格尔”号结束了对南美洲东岸旷日持久的测量工作，经麦哲伦海峡向西岸驶去。
6月8日，“贝格尔”号到了马格达雷纳河，经过这条河，来到塔尔纳角。这里的环境极为恶劣，有强风、坚硬的岩石那、滑溜的冰快、刺骨的水、覆盖着地面的积雪……不过，不从环境角度来考虑的话，这里的景色确实很壮丽，一条条通向海边的冰川，山麓下有一片片阴森的树林。
6月10日，沿着狭窄的海峡，“贝格尔”号迂回行驶，从东符里岛和西符里岛之间进入太平洋。这里的海岸形状，看着就让人害怕，你不禁担心会不会遇到翻船等意外情况。
6月28日，“贝格尔”号停泊在圣卡尔洛斯港，港口在奇洛埃岛上。奇洛埃是一个大岛，山峦起伏，四周覆盖着密林，常绿树木和热带植物可以在这里生长。海上的风一年四季吹向这里，也带来大量的雨水，这地方潮湿多雨。岛上的居民具有印第安人的血统，但又不全是，大部分都是混血人种组成。他们和睦、勤劳，使用最原始的工具，开垦土地和磨碎粮食。他们住在清除掉树林的海岸上，主要吃鱼、马铃薯和猪肉。
7月14日，“贝格尔”号向智利的主要海港瓦尔帕来索驶去，7月23日，“贝格尔”号到达该港后停泊在那里。
瓦尔帕来索的气候宜人，达尔文极为高兴。城市坐落在一排大山丘的山麓旁，由一条长街组成，看起来很漂亮。远处的科迪拉山脉山峦起伏，这里还有呈圆锥形的阿康卡瓜火山。还有一件事令达尔文极为高兴，在这里，他遇见了老同学和老朋友理察德·科尔菲德。在老朋友的邀请下，达尔文住进他家里。
艰难困苦的海上奔波之后，终于能够休息一下了。达尔文享受美好的、暖和的阳光，呼吸者清新干燥的空气，品尝有味的新鲜煎牛肉。达尔文心情也变得轻松而愉快，然而，他在不知不觉中想起了家乡，想起了朋友和剑桥自由自在的生活。在剑桥，达尔文与同学们的关系是多么的友好、多么的真诚啊！但在“贝格尔”号上，达尔文与菲茨·罗伊在政治上存在分歧，这使他们的关系有时候不怎么融洽。
达尔文还想起了汉斯罗，像以前一样，达尔文期待他对自己的工作给予有益的建议和批评，期待得到他的帮助。汉斯罗的住所成了达尔文的搜集物聚居地，因为达尔文收集的一切，全都寄给他了。所以，达尔文热切地盼望汉斯罗的信件，希望知道那些寄给他的搜集品怎么样了，希望他能对自己的搜集物提些意见。但达尔文有时一年，甚至更长的时间都收不到他的来信，因为“贝格尔”号经常在航行中，很难知道什么时候会停泊在哪里。
达尔文在这里终于收到了汉斯罗的回信，汉斯罗在信中对他的工作和他的搜集物给予了很高的评价，还对他的一些发现进行了评论。
在瓦尔帕来索，达尔文经常出去游览，有时远，有时近。但这里除了有一些散发着浓郁芳香的花朵外，其他的植物很少，动物也不多。这可能和这里不刮海风，经常刮南风有关。
8月14日，为了考察安第斯山脉的地质结构，达尔文又一次出发旅行。在西海岸，他注意到这里的贝壳，它里面的泥原来是海里的淤泥，里面充满着微小的海洋生物残余物，他因此确定这里的海岸曾上升过。
达尔文翻过了基里克山，就住在钟山的山麓之下。这里有一条基尔奥塔河，许多常绿植物长在河水旁的沟壑上。从山顶往下俯瞰，基尔奥塔河谷坐落在一群光秃秃的高山之中，谷里风景如画，有橙子树和橄榄树果园。
