达尔文还指出，动物为了忍受一年中最困难的几个月，做出一种独特的适应方法——冬眠。
9月8日，在一名高楚人向导的陪伴下，达尔文离开了布兰卡港。沿着荒凉的平原，来到了文塔那山脉。在一路平坦的平原上，很突兀地出现这一群高一千米左右的山崖，这些僻静的山脉几乎从未被勘察过。
一路前行，到达了塔巴尔康山山麓下，这地方突然降下一阵苹果般大小的冰雹。冰雹砸死了十五只鸵鸟、二十头鹿，许多小鸟、野鸭、鹞和雷鸟。
在萨拉多河彼岸，快接近布宜诺斯艾利斯时，达尔文看到了这里的草地，被茂盛的绿草覆盖着。他听这里的人说，家畜以它们的粪便为土地施肥，所以，这种好草总是生长在放牧家畜的地方。
在德尔蒙特这个优美的小城镇附近，可以看到河沟边沿上分布着大量的欧洲植物，不过，这些植物都是人为的规划种植的。达尔文不禁想起赖尔在《地质学原理》第二卷中写的一句话：“在扩展某些植物的地域性这方面，人类是最主要的活动者。”
9月12日，达尔文到了布宜诺斯艾利斯。
在这里还没停留几天，他就沿着巴拉那河，又开始到圣菲镇进行一次新的旅行。在被暴雨完全冲毁的泥泞道路上，他艰难地行走着。鼫是这里的草原上主要的啮齿动物，小猫头鹰经常住在它的洞里，它们是形影不离的伴侣。鼫总是不厌其烦地把许多不同杂物拖到洞口，它这样做，是为了在单调的草原中辨认自己的穴洞。再往南，鼫只分布到里奥内格罗，因为这种啮齿目动物适合居住在黏土或沙土中挖掘的洞穴里，需要丰富的植物。乌拉圭河是鼫分布的分界线，所以，虽然马尔多纳多四郊的土壤和植物与这里差不多，但在那里根本看不到鼫。鼫经常出没在乌拉圭河与巴拉那河之间的地带，但在乌拉圭河以东，就完全看不到了。这种情况也证实了这种观点（动物的种类是为一定的环境、一定的地点而产生的）是不正确的，就鼫的生长条件而言，乌拉圭河以东这片地方时最有利的。达尔文觉得这一情况很有意义。
达尔文渡过了几条小河，来到了巴拉那河的支流。他在去圣尼科拉斯的途中看到了壮观的巴拉那河，这条河的河水极为浑浊。在提尔西罗河一带，他找到了一些巨大的箭齿象牙齿化石，还有一些分散的骨骼。他听这里的船夫说，这些突出地面的骨骼它们早就发现了，但他们不知道这是怎么回事，也不知道它们是怎么来的，就认为这些化石是一种大型野兽穴居在洞里。去圣菲的路上，沿途全是森林。他还看到一具印第安人的干尸吊在树上，还有一些遭到洗劫的房屋，看来最后这段路不怎么安全。
10月2日，达尔文来到圣菲。这里长满了观赏树叶的商陆树，这里的气候比其他地方暖和，所以，树都比一般的地方高一些。他还发现不少新鸟类，还发现了仙人掌和其他植物的新品种。这里的天气很热，土壤吸收了很多热量，缕缕热气缓缓上升；蜘蛛结出的蛛网被这些正在上升的气流托起，因此，你能看到许多附着蜘蛛的蛛网在半空中随风摇曳。
这次旅行因为环境很艰苦，达尔文患了头痛病，在当地，治疗头痛的方法竟然是这样的：在两边的太阳穴上各贴上一片橙树叶或一半豆瓣。在圣菲耽搁了两天，随后渡过巴拉那河，到达东岸的圣菲巴雅达，他在此地停留了几天。研究了这里的地质情况后，他认为，这里以前是一个半淡水的海湾，南美洲东岸曾经有一次剧烈的上升，所以动物的尸体被河水冲积到这里来。
在动物的遗骸中，他发现了箭齿象和柱齿象的牙齿，还有一个巨大的犰狳化石甲壳。他还发现了一颗马牙。后来，奥温认为，早在欧洲马运入美洲以前，这种马就是在美洲绝种的特种马。
达尔文在这次旅行中还曾听到许多关于动物的故事。人们告诉他说，在1828～1830年的大旱时期，有大批动物死亡。在圣菲省的南部和布宜诺斯艾利斯省的北部，所有的河流都干涸了，所有的植物都旱死了。鹿聚集在院子里，在水井边找水喝；鹧鸪因为太渴，连飞的力气都没有了；最后，大概一共有一百万头牛死于大旱期间。有一次，几千头牛因为太渴，一起冲向巴拉那河，那里早已没水，已经成了一片沼泽地，那几千头牛再也没有出来。流经圣佩德罗的河流的支流里积满了腐烂的兽尸，达尔文这才明白，在同一个地方，为什么一下子能挖掘出这么多动物化石或遗骨。
10月12日，达尔文又开始头痛，他决定即刻返回布宜诺斯艾利斯。他搭乘一只小单桅船，一路经过了树木众多的群岛，他看到了许多水豚，还有美洲豹这种猛兽，美洲豹以食水豚为生。在欧洲，人民经常谈论美洲豹。这种动物在这里并不少见，经常能看到它们在树林里出没。它们经常袭击人和畜，特别是樵夫。他听当地人说过这样一件事：有一只美洲豹，钻进了圣菲的一间教堂，咬死了牧师。为了开枪打死美洲豹，人们不得不从上面拆掉一个墙角；你也许会说，直接开门进去不就打死了吗，这样的话，估计你还没开枪就先死了。用爪子从树干上一块块把树皮揭下来，是美洲豹经常干的事。当地人认为，它们是为了磨利自己的爪子。达尔文经过考察，发现这里确实有美洲豹生活过的踪迹。
达尔文在这里还看到过剪嘴鸟，这种鸟与燕鸥相似。它的嘴呈窄条形，上半片嘴不长，但下半片嘴却出奇地长。剪嘴鸟用下半片嘴贴着水面飞来飞去，不一会儿，它的嘴所碰到的小鱼，全部被它从水中灵活地叼出来。
10月20日，他在达巴拉那河的河口上了岸，他怕赶不上“贝格尔”号。
在布宜诺斯艾利斯市等了两个星期，达尔文也没有等着“贝格尔”号，他索性不等了，正好开往蒙得维的亚的邮船要起航了，他便搭乘了这条邮船。
11月4日，在蒙得维的亚，他找到了“贝格尔”号。为了画完所有的海岸图（资料是由一些小纵帆船收集来的），舰长决定把起航日期拖延到12月初。达尔文心想，还有一个月的时间呢，便决定到当时叫本达·奥利德、现在叫乌拉圭的国家去旅行一次。这次旅行，他用了两个星期。
去之前，达尔文就想好了去的地点，那地方在蒙得维的亚以西的科洛尼亚·德尔·萨克拉明托城。他打算从沿乌拉圭河上流出发，经过乌拉圭河的一条支流河，到达沿岸的小村落梅塞德斯。然后，从梅塞德斯返回蒙得维的亚。
达尔文刚出发就遇到了拉普拉塔河的汛期，他乘着小船，不得不多次渡过流入的河流。完全不习惯于游泳的马，竟然游过了一些足有五百米宽的河流，这让他甚是惊奇。达尔文在前几次陆地旅行的时候，看到的都是极为平坦的平原；他现在他看到的地方是丘陵，呈现出高低不平的状况。这里有许多小溪，有碧绿繁茂的草原，风景如画。出发后的第三天，达尔文到达科洛尼亚·德尔·萨克拉明托。乌拉圭为争取独立，同巴西发生了战争，在战争期间，该城受到严重的破坏，变成一片废墟。此外，还有一些建筑物毁于大雷雨。在附近的畜牧场里，有一种样子像狮子狗的本地牛，本地人称做“尼阿塔”。达尔文指出，这种牛属于奇特的动物品种，由于上唇短，它们只能吃长得很高的草类，而吃不到长得很矮的草类，所以在大旱期间，它们很容易死掉。
沿着清澈的河水，达尔文在向南迅速驶去，经过壮丽的乌拉圭河岸时，往北拐去。在畜牧场里，他遇见了热情有礼的高楚农民，但这些人的愚昧，也让他吃惊。例如，你对他们说，地球是圆的，这些人不相信。
达尔文在这里换乘了马匹，他骑马穿过一望无际的树丛，终于到了乌拉圭河的一条支流。站在山上，向这条河望去，又宽又深，水流湍急，风景美丽如画。河流的拐弯处，一边是森林带，一边是碧绿的草原。
回到蒙得维的亚，达尔文在市区休整了几天。一个星期后，听说“贝格尔”号快起航了，便搬到了舰上。
12月7日，“贝格尔”号带着“埃德文切尔”号（向洛乌买的那条纵桅帆船）往南朝巴塔哥尼亚方向驶去。
这次航行一帆风顺。不过，中间有一个小插曲。航行的途中，天空突然出现一望无际的一群群白色的东西，这些白色的东西是蝴蝶，它们向“贝格尔”号飞袭而来，所幸的是，没造成什么损失，事后，水手们说是“下了一场蝴蝶雪”。
有一次，达尔文往海里撒了一张小网，捞上来计多在海中的浮游活甲虫，其中一部分是陆栖甲虫，一部分是淡水甲虫。达尔文认为，也许有一条来自淡水湖的小河流进海里。
12月12日，“贝格尔”号和“埃德文切尔”号到了希望港口。上岸后，达尔文发现这是一片荒漠，在这一片辽阔的平原里，长着棕袍色粗硬的草的地块寥寥无几，多刺的灌木丛覆盖在它的上面，到处有淡白色泥土的圆形砾石。荒漠的主要特征就是食物、植物和动物奇缺。西班牙人刚发现这里的时候，打算在这里定居下来；后来，因为印第安人的反抗和恶劣的自然条件，不得不打消这个念头。
在不知不觉中，达尔文在“贝格尔”号上的旅行生活又过去一年。这一年，达尔文仍继续研究南美洲的地质情况，他对自己的研究工作十分耐心、孜孜不倦，在困难的环境中，他发扬了自己的坚韧精神。旅行不是件简单的事，要有令当地的陌生人信任的本领，要有作正确判断的卓越才能。青年时代的采集、收藏和打猎为他这次能安然的航行打下了基础，现在，他已锻炼成为一个善于思考、善于给自己提出问题、并且设法解决不同问题的博物学家了。经过了两年的历练，此时的达尔文已经成长为一个博物学家和旅行家。
物种起源问题越来越多地出现在他的脑海里。
