科迪拉山脉与智利海岸之间的区域，被几条与主脉相平行的小山脉分割开来。这些分割出来的区域就是一些窄狭而平坦的盆地，再加上一些河流从这里流过，形成了一些河谷地带，这些盆地与河谷慢慢成为智利的重要城市。达尔文认为，这些区域原来都是海。许多急流由智利境内流入大海，这也是智利平原的土壤特别肥沃的原因。这里有小麦和玉米，还有成片的果园，果园里有桃树、无花果和葡萄……
8月16日，在向导的带领下，达尔文登上了海拔约一千八百二十米高的钟山。钟山南山坡上长着一片竹林，还有一些奇特的棕榈树。这种棕榈树树身极粗，当地人经常取出这些棕榈树的树汁，作为糖浆食用。
达尔文晚上在这里宿营。空气洁净、天气明朗。他可以看见停泊在瓦尔帕来索湾的船只，船山上的桅杆从这里看像一条细线。
达尔文第二天早上到达了山顶，从山巅向东远眺，便可看到安第斯山脉平直的山脊；从山顶向西远眺，便可看到智利就像呈现在地图上那样清楚。他在这里待了整整一天。
8月18日，达尔文从山上下来，穿过美丽的河谷，继续往前走。达尔文第二天晚上到了哈胡耶尔铜矿场，本来他是来这里考察矿山的地质结构的，但突然间下起了暴风雪，他不得不返回。
8月26日， 达尔文到了智利首都圣地亚哥，并在这里休整了几天。
达尔文又上路了，他决定绕弯继续往南走，来到了马伊普河。河上架着一座吊桥，河流波涛汹涌，从这种桥上走过去相当冒险，因为吊桥连两个人的重量都禁不起，一走上去就摇摇晃晃的。但当他到达卡查普尔这条小河时，连这种落后的吊桥也没有了。在卡察普阿尔河的河谷里，有几处能治病的考凯纳斯温泉，这几处温泉在当地极负盛名。
这里夏季几乎是滴雨不下，但夏季温泉里的水要比冬季更多、更热。达尔文推测，夏季的时候，山上积雪的融化首先渗入高温区，然后，与这里的地下水源混合后流到考凯纳斯地区的地面上，成为泉水。
在塔关湖附近，有许多浮岛，他在这里着手勘察金矿。这里的工人非常的累。他们必须从一百三十米深的地下，把五普特重的矿石背到地面上来。他们工作繁重，却只能吃一些煮熟的豆子和面包，伙食很差。矿石搬到地面后，把它磨成细粉后加水，随着矿泥沉在矿池里慢慢硬化，各种盐就在表面上晶化。过个一两年，黄金就能淘出来了。这是个复杂的过程，还得重复好几次才能淘出不多的黄金。
达尔文本来以为矿工们的工资就已经很低了，但这里农奴的生活比矿工们更苦。
达尔文回到瓦尔帕来索后就完全病倒了，他都在科尔菲德家养病一直到十月底。
达尔文患病之后，“贝格尔”号上发生了一件事。
1833年，菲茨·罗伊舰长为了加快海岸的测量工作，在加里松那里，他花三千六百五十英镑租了两只纵帆船；过了一段时间，同样的原因，他又花了一千三百左右英镑买下了一只洛乌船。他以为海军部会同意这两项开支，并补偿他这笔钱。海军部寄信说，他们不赞成租船，也不愿支付他租船、买船付出的金钱，还要他尽快解雇所租的船只。达尔文认为，这是两党之争的结果：菲茨·罗伊属于托利党，海军大臣属于辉格党。
对海军部的这一决定，菲茨·罗伊极不高兴，再加上他在长期的旅行中疲劳过度，这些原因使他的情绪非常颓丧，以至于他想到了向海军部辞职。
很明显，如果辞职被批准了，韦克姆就会晋升为舰长。但韦克姆并没有想自己生不生官的事，他劝说菲茨·罗伊收回辞职的决定。最后，舰长被说服了，大家都很高兴。舰长撤回了自己的辞职书。
这件事发生以后，达尔文焦急不安。一方面，如果菲茨·罗伊真的辞职的话，“贝格尔”号就要被迫抄近道由大西洋返回，达尔文在“贝格尔”号上博物学家的工作也不得不终止；另一方面，也和他思念家乡有关；再加上航海旅行愈来愈艰苦，使他疲惫不堪。
达尔文通过对收集来的材料进行研究，对南美洲的地质考察情况已经了然于胸。他也向自己提出了新的要求：竭力做到尽可能多收集搜集物，不仅记录看到的现象，而且还要解释这些现象的原因。他向菲茨·罗伊舰长借了一些关于许多南美和环球旅行的书，并给自己拟订了未来工作、未来旅行路线和参观一些新地区的计划。他不能半途而废，不能放弃快要完成的计划。
11月24日，“贝格尔”号上的全体船员又忙碌起来，有几个人在谢利万的指挥下，乘着舢板和高速艇去奇洛埃岛的东部，开始了测量工作。达尔文去了该岛北端的查卡奥，在那里，其他船员将与他会合。留在“贝格尔”号上的一部分船员去考察岛的西部，任务完成后，与第一队人马在南部会合。
查卡奥原来是岛上的主要港口，在海峡里的急流和危险的岩礁中间，来到这里的船只经常失事。最后，无奈的人们就把港口移到了圣卡尔洛斯。在查卡奥，达尔文遇到了第一队人马。达尔文和他们碰面后，一起往南推进。小岛有一些平坦的地方，是被河谷切割开来的，现在，这些地方被一片不能通行的森林覆盖起来。在这片大陆上，有三座活火山，正在喷出一团团巨大的浓烟。每座火山，高度都有两千米左右。
11月30日，这队人马来到曾是奇洛埃岛的古都——卡斯特罗，现在这里已经变成一个特别荒凉的地方。
达尔文特别注意到这里有一种基干一米多高的植物，名字叫庞克。庞克有四五个直径超过两米的齿状圆叶子，叶子的周长起码有十一米。
12月6日，这队人马到达岛的南部——圣佩得罗，“贝格尔”号上的另一队人马已经先到了。
达尔文和菲茨·罗伊都想爬上岛顶去看看，但这里到处是腐烂的树干，根本无处借力，脚一踩就陷了下去，他们只好放弃这个念头。
12月10日，两队人马会合后，“贝格尔”号继续向南驶去。13日，到达乔诺斯群岛，在这里遇到了罕见的风暴。“贝格尔”号又调转船头，向北驶去。
12月20日，在靠近特烈斯蒙特斯角以北的地方，“贝格尔”号发现了一处海港。海港附近，有一座正圆锥体的山丘，海拔大概五百米。这个小山尽管不怎么高，但却极为险峻，达尔文坚持着爬到了山顶。达尔文在《考察日记》这样描写了登山后的感觉：
能够爬上一座山的山顶，特别是在这荒凉的地方，更会让人觉得快乐。在爬山时，我不安地期待看到某种新东西。虽然我的期待经常落空，但我总是从新期待，这种期待总会出现的。从山顶眺望，我们能看见宏伟壮观的景色，一种胜利和骄傲的心情油然而生，涌上心头。在这些人迹罕至的地方，你也许会这样想，我是第一个站在这座山顶上的人，这样的话，你还会有一种荣誉感。
在这荒野的海岸上，他发现有人住过的痕迹：在悬崖凹处，有一堆草铺，草铺上有人睡过的样子，还有篝火余烬，岩石上有斧痕。他感到极为惊奇，难道这里有人住吗。转念一想，也许这是遇难水兵留下的痕迹。
没过几天，“贝格尔”号发现另外一边的海港，便停泊下来。这里的海岸上出现一个衣不蔽体的人，他看到有船来到，大为兴奋。这人是美国人，他是来这里捕鲸的，但捕鲸小船被岸边的暗礁撞得粉碎。他也不能沿着海岸走过去，这很危险，他的一个同伴就是这么死的。其余的两个以海豹和软体动物充饥，他们用燧石取火，还有两把斧子和几把刀，住在芦草舍里一直坚持了十五个月。带上这个美国人，“贝格尔”号又出发了。
12月30日，在特烈斯蒙特斯半岛最北端附近的小港里，“贝格尔”号停泊下来。
1835年1月初，围着这个深水的小海湾，达尔文同菲茨·罗伊乘小船绕行了一周。途中遇到无数的海豹，还有以食死尸为生的火鸡兀鹰，火鸡兀鹰窥伺着海豹。湍急的流水从花岗岩的高山上飞泻入海。海燕、海鸥和鸬鹚在水面上来回逡巡着，伺机捕捉鱼类。有一对美丽的黑颈天鹅也在那里游来游去，几只海獭也凑热闹似的在水里慢慢游弋。
在乔诺斯群岛，“贝格尔”号停泊了一个星期。这里的植物娇艳秀丽，一直生长到海岸边。这里还有四座火山，尤以科尔科瓦多火引人注目。
在乔诺斯群岛上，哺乳动物很少。达尔文在这里找出两种水栖动物：一种是啮齿动物鼩鼱，它有一身珍贵的漂亮毛皮，一个又大又长的尾巴。后来，引进到前苏联后被驯养成功。另一种是小海獭，它不仅吃鱼类，而且也捕食大量漂浮的小螃蟹。在这里，还曾看到各个地方都有的一种小鼠，这引起了达尔文的深思。
与奇洛埃岛上的树木相比，乔诺斯群岛上的树木更像火地岛上的树木。这里和火地岛一样，都有山毛榉树。更值得注意的是，火地岛上的苔藓植物，地衣植物和上型蕨类植物的种类繁多，数量很大。但这些植被在西海岸群岛都能找到。
在这一地区，凶猛的大海燕在海面上盘旋。其中一种称为别拉德的海燕，它一受到惊吓，就钻进水里。在水下，游过一段时间后，又从水中飞到空中，直线飞行了一会儿，就一头栽下来，重又潜到水里去……从它腿的长度、嘴和鼻孔的形状，都证明它是海燕。但它脚爪上没有后趾、翅膀短，还有潜水习性，从这些来看，它更接近于与它相似的海雀。
1月18日，“贝格尔”号到了奇埃洛岛，再次停泊在的圣卡尔洛斯海湾。
19日夜，用望远镜，达尔文观看了奥索尔诺火山爆发的情景，火山一直到凌晨才停止喷发。
后来才知道，那天晚上，不止奥索尔诺一座火山爆发：距奥索尔诺向北八百公里，智利的阿康卡瓜火山，距阿康卡瓜火山以北四千三百公里的科谢圭钠火山，也在同一天夜里相继喷发起来。爆发的同时产生了强烈的地震，在一千六百公里的范围内都有明显的震感。
达尔文和金克被菲茨·罗伊派往卡斯特罗，让他们从那里横过奇洛埃岛到西岸的库卡奥小教堂去。在沼泽地区，路是用圆木铺成的，本来就很滑，再加上下雨，就更滑了。不过，这里的马匹好像已经习惯了这里的路，它们灵巧地像狗一样，从一根圆木跳到另一根圆木。高大而茂密的森林和芦苇围在路的两边。
1月23日，达尔文和金克到达一座美丽的小城市卡斯特罗。达尔文给当地人彼得罗先生带来一封介绍信，彼得罗非常友好，接待了达尔文。为护送达尔文及其旅伴沿着海岸往南走，还为他们雇了强壮的马匹。当地一名警卫队长自告奋勇，要亲自护送他们到库卡奥。他们沿着弯弯曲曲的小路前进，往西横穿过一个岛。时而又经过精耕细作的田地（谷物和马铃薯在这些田地上长势很好）；时而穿过巍巍壮观的森林。这里的道路非常落后，警卫队长就命令印第安人，用当地的一种小船把达尔文极其旅伴送到库卡奥湖。
库卡奥零星住着着三四十户人家，都是看起来特别可怜的印第安人。沿着宽阔的海岸，达尔文和金克从这里往北走，汹涌澎湃的海浪拍打着海岸。他们找印第安人为他们做向导，想到圣卡尔洛斯去，但这里的印第安人死活不同意带他们去。
1月28日，他们才到圣卡尔洛斯。
2月4日，离开奇洛埃岛，“贝格尔”号向北航行。一路上大雾弥漫，直到8日方才到达智利的瓦尔迪维亚，这里离海岸约有十六公里，分布在的沿河一带的低地。这个城市的周围，都是茂密的苹果树林。
休整了几天，带上一个向导，达尔文又出去旅行了。美洲海岸上，有着茂密的处女林，这里森林的颜色比奇洛埃岛上的森林鲜绿。可能是因为智利的常绿树木比奇洛埃岛上的常绿树木少的缘故吧！
2月20日，达尔文正在海边的森林里躺着休息，突然发生了强烈的地震，持续了两分钟。地震时，达尔文在外面，他努力让自己站稳，但地面的剧烈摇晃让达尔文觉得头昏。居民们惊慌地涌到外面。城里的房子是木头的，摇动得特别厉害。
2月22日，“贝格尔”号离开瓦尔迪维亚，“贝格尔”号沿着海岸往北继续前行，沿途进行测量。
3月4日，“贝格尔”号停泊在智利的康塞普西翁市港湾，附近有一个基里基纳岛，达尔文就在那里登陆了。他一到这里，就听到人们到处在谈论2月20日大地震造成的可怕性毁灭。在塔尔卡瓦诺海湾和康塞普西翁市，所有的房屋全都倒塌，地震后的巨大的海浪连塔尔卡瓦诺的废墟也卷走了。达尔文亲自去了地震中心地，见识到了地震灾难性的破坏力，还有因为地震而引发的海啸也具有强大的破坏力。有许多表面附有海生生物的岩石碎片，由于地震，被抛到海岸上，他亲自进行了测量。他认为，地面的许多大裂缝和移位都是大地摇晃的结果。
