史可法忠诚有余，但魄力不足，以致循规蹈矩，不能抓住时机振臂一呼而力挽狂澜。结果被马士英钻了空子来了个“先斩后奏”，铸成败局。
同在朝中为官，不是每个人都志同道合。为了自己的前途和利益，必然是各有各的打算。这一点，史可法却不了解马士英。
崇祯十七年（公元1644年）三月十七，李自成率领农民起义大军包围了北京城，城外的守军三大营不战而降。城内的安全，本来由太监负责，但崇祯一向亲信的太监们都是些谄媚无能之辈，这时他们手足无措，有的甚至怀有二心。三月十八，李自成派已经向他投降的宣府镇守太监杜勋去见崇祯，要崇祯让出帝位。当天傍晚，崇祯的亲信、太监曹化淳竟打开了城门，让起义大军长驱直入北京城。
崇祯走出皇宫，登上煤山吊死在山亭的树杈上。
崇祯吊死在煤山的消息，是四月十二传到南京的。在农民军向北京进发的消息传到南京的时候，史可法就与南都的大臣们一起，誓告天地，向全国发出檄文，要求大家“勤王”（派出部队救援皇室）。史可法自己也带了部队，渡江到了浦口，准备北上。但就在浦口，史可法得到了北京被攻陷、皇帝已身死的消息，顿时痛哭流涕，悲痛异常！史可法与大臣们一起，为崇祯发丧致哀。
紧接着，他们又自然地议论起拥立新君的问题。因为这个问题如果不解决，就标志着国家没有了头脑，大明的江山也就到此为止了。
按正统的观念，皇帝死了，该由皇太子即位。但是太子在哪里呢·史可法他们一时无法知晓，于是，大臣们又自然地想到了皇帝的近亲。近亲中，福王朱由崧、潞王朱常芳是比较合适的人选。朱由崧，是神宗朱翊钧的孙子，崇祯的堂弟。朱由崧的父亲就是朱常洵，当年，神宗是很想立他为太子的，他的母亲郑贵妃也极力设法让他继承皇位，只是未能如愿。由朱由崧来接替皇位，似乎是合情合理的。潞王朱常芳，是神宗的侄子，崇祯的堂叔，也有继承皇位的资格。到底该立哪一个。
当时，都御史张慎言、詹事姜日广等起草了一份文书，分发给同僚们，主张立潞王。的确，潞王父子两代都有轻财和以公事为重的美名，这是人所共知的。福王的缺点，是大臣们有目共睹的。张慎言、姜日广这样做法，并不是凭个人的好恶，而是为了明王朝的利益。
文书送到了史可法的手中，史可法完全同意他们的意见。这时，手中掌握兵权的凤阳总督马士英也在让他的亲信到同僚那里去传话，他认为，立君要以贤明作为标准，不能固执地拘泥于人选的辈分顺序。
马士英的话传到了史可法那里，史可法就给马士英写了封信，把福王“七不可立”的意见坦率地告诉他。史可法还以为马士英也主张立潞王，但他哪里知道，马士英心目中的理想人选，不是潞王，而是福王！
马士英生于万历十九年（公元1591年），贵阳人，平民出身，在27岁上中了进士，被任命为南京户部主事。天启五年（公元1625年），马士英被提拔为右佥都御史，巡抚宣化，而刚就任一个月，就私自动用府库巨款贿赂朝中权贵，不料被人告发，丢了乌纱帽，只得灰溜溜到了南京。在南京混了几年，马士英与阮大铖勾搭在一起了。阮大铖，字集之，号圆海，又号石巢，安徽怀宁人，是个无耻文士。与马士英是同年进士，为了升官发财，投靠了魏忠贤。阮太铖还为魏忠贤写了一本《点将录》，模仿《水浒》故事，开了一份有100个东林党人的“黑名单”，致使100个东林党人被杀被捕。崇祯即位后，把魏忠贤一伙列入“逆案”，阮大铖的名字也在其中；按照皇帝的诏令，阮大铖“终身不得录用”。这样，阮太铖只能回到家，不久，因躲避农民起义军而流离南京，在这里与马士英成了“患难之交”。
阮大铖是以“有官万事足”作为自己的人生信条的，他又怎能受得了落寞呢·崇祯十四年（公元1641年）二月，有个奸诈贪婪、两面三刀的宜兴人周廷儒，得到了崇祯的信任，曾被任命为内阁的首辅。阮大铖与周廷儒臭味相投，在少年时代就是密友，一见周廷儒“东山再起”，赶忙给他送上礼物表示祝贺，并希望他举荐。周廷儒收了厚礼，但因阮大铖是“逆案”中人，不敢举荐，便提示阮大铖，如果他有什么知己，倒可以举荐的，一旦成功，他也就不愁没有前程了。结果，阮大铖就把马士英介绍给周廷儒，周廷儒就将马士英推荐给崇祯，使马士英成了兵部左侍郎兼右佥都御史，总督卢、凤等处军务。
由马士英的上述经历，可见其与阉党人物具有很深的关系。而朱由崧的父亲朱常洵，祖母郑贵妃，当年又都是魏忠贤、阮大铖之流竭力加以“保护”的。如果能立福王，马士英、阮大铖不就可以获得更大的权柄，爬上更高的位置了吗。
出于自身的私利，马士英与阮大铖沆瀣一气，当然要拥立福王而不愿让潞王上台了！但是，史可法却蒙在鼓里。
事情一旦做了，对方再反对也没有用。马士英的高妙之处就在于在对方知情之前，把事情定格，使之无力回天。
史可法从外地回到南京之后正与张慎言等一起筹划拥立潞王的大事，忽然，从长江北岸传来了消息：凤阳总督马士英主张拥立福王，反对拥立潞王！
的确，马士英等一边假惺惺地放出风，说什么“立君以贤”，一边却采取种种手段，要把福王推上台来。马士英一方面与南京的勋臣刘孔昭等相勾结，一方面又拉拢驻守江北的武将黄得功、高杰、刘泽清和刘良佐等，把福王捧上了天。在做好了充分的准备之后，马士英就给南京的大臣们发出了书信，说道：“以序以贤，无如福王。”意思是：无论从辈次顺序还是贤明说来，没有谁比得上福王，拥立福王，天经地义。还没有等到南京的答复，马士英已派了部队，护送福王到达了江北的仪真（今江苏仪征，在长江岸边），这样做，福王所感激、依赖的当然只有马土英一个人了。
对史可法来说，他意识到马士英把他骗了、卖了。怎么办·如果再坚持拥立潞王，那末，江南江北，势必引起纷争，这显然于国事不利；而国家不可一日无君，如果僵持下去，同样对国事不利。
经过反复的思考，史可法不得不以大局为重同意了马士英的提议，四月三日，南京的大臣到江边迎接福王。
2.顺手推舟，变被动为主动
福王做梦也没有想到自己能够来到南京。
到了南京，福王住进了内守备府，并去拜谒了孝陵（明太祖陵墓）和奉先殿（明太祖时的宫殿）。五月初，按照礼仪，南京群臣都到内守备府朝见福王。福王从来没有经历过这种场面，不知道应当如何接见大臣们。福王手足无措，满脸羞愧地只想早点离开大厅。
在史可法的心中，福王是不够格的，但事情已到了这样的地步，史可法不得不为福王撑腰，叫他应当理直气壮地接受群臣的朝拜，而不应当避开。否则，已经岌岌可危的半壁江山，就更难以支撑了，将来的复国大业，更难展开。
朝见仪式结束后，大臣们对当前的战守策略进行了议论。因为崇祯刚死，北京被陷，所以，史可法认为福王应当穿上丧服住在城外，而且派出部队北征，来向全国表示要为崇祯复仇的决心。福王听了，也讲不出个所以然，只是“喏喏”地点头答应。
在史可法的支撑下，南明政权就这样建立了。
君臣朝见福王之后，有的大臣提出了请福王直接登上“大位”（即当皇帝）的主张。史可法想：太子存亡不明，万一没有殉难，来到了南方，事情将变得复杂。因为按正统的观点太子应当是皇帝合法的继承人。
于是，在五月初二群臣第二次朝见福王的时候，史可法又当众表明了自己的看法。其中勋臣刘孔昭是极力主张福王马上称帝的，因为他早就与马士英、阮大铖等商量好了，只要福王一称帝，他们一伙不就成了拥戴新皇帝的赫赫元勋了吗·但是，史可法坚持自己的主张。他事实上是对福王的能力表示怀疑，感到担忧，他不同意马上让福王称帝。
史可法在大臣中有很高的威望。他们觉得史可法的主张有理，纷纷表示同意。经过反复的讨论，大家同意福王可以暂以“监国”的身份，行使皇帝的权力。
福王虽是马士英所立，但第一个掌大权的还是史可法。其实监国也好，皇帝也好，不过是名称的不同，事实上同样开始执掌军政大权。
这年五月初三，福王便召集大臣议论组阁大事。组阁，也就是推举大臣组织行使朝廷权力的内阁。在明代，废除了丞相制，由内阁大学士数人参要政务，草拟皇上诏令。内阁的第一名大学士称为首辅，事实上相当于丞相。
大臣们推举史可法、高弘图、姜日广入阁。
不料，刘孔昭这时竟举起手臂叫嚷着自己应该入阁。其实，孙孔昭只是凭着福王的荫功，才出入于大臣之列，并没有真才实学。
史可法见刘孔昭气势汹汹的样子，当即站出来反对，并以朝中没有勋臣入阁为由拒绝。刘孔昭一听，勃然大怒，但无法置辩，于是，急忙说代替马士英入阁。马士英当时不在南京，由于他是凤阳总督，在拥立福王中又有特殊作用，大家不便反对，也就同意了。
内阁就这样定了下来，福王封史可法为礼部尚书兼东阁大学士，并仍掌兵部事务；马士英则被命令继续督师凤阳。
史可法上任之后所做的第一件事，就是建议福王在江北设立四镇，分别由高杰、黄得功、刘泽清、刘良佐统帅，并在扬州设督师，节制四镇。史可法还建议福王把北京原有的锦衣卫一套体制加以改革，以杜绝告密、陷害等特务行为，节省开支，安定民心，有助于提高新政权的威望。
福王当上了监国，心里喜滋滋的，心想的是，当年在洛阳所过的奢华生活，现在又可以照旧维持下去了，而且地位比过去还要高得多。至于国家大事嘛，反正有大臣在那里操劳，不管史可法的建议到底好在哪里，都一一采纳。
为所欲为，强行控制朝政
马士英本以为拥戴福王有功，福王一定会感恩戴德将他大加提拔。结果，马士英虽然成了内阁大学士，却仍旧只是在凤阳督师，京中的大事都要听史可法安排。马士英不能接受这样的格局，他要自己控制朝政。
1.挑拨离间，调虎离山
既然自己要登场，那场上的主角当然就必须出局，马士英挑拨离间，硬是让史可法和自己来了个内外对调。史可法无力抗衡，不得不从。
马士英为了离间福王与史可法的的关系，并表明他对福王的“忠诚”，给福王献上了一封密呈。
福王收到马士英的密呈，打开一看，原来是当初史可法写给马士英的书信，上面有福王“七不可立”的意见。福王看后，心里当然不是滋味。后来，马士英又率领几万人马，来到江边，要求朝觐福王，并劝福王马上称帝，福王答应了他的要求，宣诏马士英入京晋谒。接着，马士英就具体开始了要把史可法排挤出朝廷的活动。
马士英装出一副谦逊的样子，假惺惺地自责自己对于管理军队缺少办法，以至士卒纪律松弛，百姓受到不少骚扰；而史可法在这方面能力非凡，几年来，统领军队纪律严明、威名卓著，江淮一带，人人钦佩。举荐史可法去做督军。这其实是排挤史可法的第一步。
对于马士英的为人，史可法已有察觉。听马士英这么一说，他心里非常气愤。但江淮一带是南京的门户，如果不严加防范，南京就会吃紧。另外也想到马士英此次来南京，不会轻易离开，其对朝中大权是志在必得，倘不对他让步，就会发生严重内讧，对新建的政权不利。
史可法对马士英说：“无论在内在外，都是为了国家的防守大计，既然您有这样的看法，我也不会为了爱惜自己的生命而有所犹豫的，我不愿长敌人的志气而灭自己的威风，就照您所说的办吧！”
于是，福王正式即帝位，并确定年号为弘光元年（公元1645年）。
次日，马士英正式入阁办事。
马士英入阁办事，史可法离京督师的消息，一下子在南京传了开来。南京广大百姓和大学生纷纷起来反对。
苏州吴县有个人叫卢渭的人，听到史可法要外出督师的消息之后，愤愤指责淮扬是门户，京师是内堂，门户有人而内堂无人。如果定要这样做，那就会重蹈南宋灭亡的覆辙。南宋灭亡也正是由于秦桧在内，李纲在外的缘故。
“秦桧在内，李纲在外”，人们把马士英比作投降派的奸佞秦桧，把史可法比作抗敌派的忠良李纲，反映了民间自有定论。一时之间，这句话传遍了京城。
但是，昏庸的福王无论如何也不会听得进众人的意见。在史可法离京之日，他在朝廷接受了史可法的陛辞，加封史可法为太子太保，改兵部尚书、武英殿大学士，给饷银二十万两，命百官到郊外饯行。不久，福王还命史可法打听崇祯太子的下落，并到凤阳、泗州祭告明皇室的祖陵。
史可法请求派总兵刘肇基、李栖凤、于永绶、卜从善、全声桓随征，推荐李蘧为主事、何刚为军前监纪，又请求发给铜甲、铜锅、倭刀、团牌、红夷和色绢、白布等军需物资，福王都一一同意。
史可法只带了三千兵卒，离开了南京城。南京城的实权，落入了马士英手中。
2.忍气吞声，不落圈套
好汉不吃眼前亏，史可法身陷是非之地，处处是马士英给他设的爪牙和圈套，稍有不慎便会落入魔掌。史可法忍气吞声，为了江山社稷忍辱负重。
马士英掌权以后，想整治史可法。马士英与手下“四镇”战将联合，为史可法出难题。其实是个圈套，想借机除掉史可法，然而史可法早已识破。
福王即位后，根据大臣的建议，因黄得功、高杰、刘良佐、刘泽清四人“早决大计，拥立圣躬，功在社稷”，论功分封他们分别为靖南伯、兴平伯、广昌伯、东平伯，让他们分别管辖滁和、徐泗、淮海、凤寿等地，这就是所谓的江北“四镇”。这四个人，虽然骁勇善战，却都桀骜不驯。黄得功，人称“黄闯”，自以为是，目空一切，譬如当福王给他下诏书时，他竟会掀翻案几，拉开衣襟，破口大骂：“去！速去！我不晓得什么叫诏！”刘良佐，则喜欢骑一匹花马到处乱窜，人称“花马刘”，江淮间没有人不怕他。刘泽清，阴狠惨毒，冷酷残忍。有一次，刘泽清举行酒宴，招待一位故人的儿子。刘泽清招唤豢养的猿猴给客人敬酒，客人因猿猴面目狰狞，不敢接杯。刘泽清笑着说：“你害怕了吗·”说罢，命手下把一个在押的犯人拉到厅上，剜出了他的脑子和心肝，放进瓯钵，同酒调和，再让猿猴捧到自己面前。刘泽清一边饮，一边嚼，竟然神色自若。至于高杰，也同样是个粗暴犷悍的家伙。这四个人，马士英早就与他们搭上了关系。马士英能够进京入阁掌权，就是以他们的兵力作为后盾的。马士英入京后，要史可法去做这四悍将的“督师”，也无非是要让史可法陷入窘境。
督师府定在扬州。扬州在当时是一个繁华的城市，四镇都想争夺，其中以高杰特别暴横。当史可法离开南京来督师时，高杰正在扬州城下与扬州城内的居民发生冲突。扬州城有个人叫郑元勋，眼看高杰来势汹汹，就向兵备道马鸣等建议，希望把高杰迎入城中。结果，全城百姓大为愤怒，杀死了郑元勋。高杰知道后，怒不可遏，拼命攻城。知府马鸣等组织人员坚守城池，双方相持不下，百姓、士兵伤亡惨重。就在这时，史可法来到了高杰的驻地。
