在干政的初期，朝野之间东林党的势力异常强大，因此魏忠贤并非一帆风顺。但由于东林党人恃才傲物，所以在当时的官场中也有不少积怨。而魏忠贤则大不相同，天生流氓的他，仗着江湖义气和豪爽作风很快就拉起了一支队伍。在这批人之中，有的自然是阿谀奉承、见缝插针的鼠辈，但也有一些是“拜了码头”愿意惟魏忠贤马首是瞻的死党。而日后，在朝野之间诸多对魏忠贤顶礼膜拜的人之中，却也不乏真心实意的狗腿子。一概而论的说阉党都是见风使舵的人自然也有失偏颇，魏忠贤获得如此巨大的“成功”还是有些小道理的。
在魏忠贤结交的外廷官员中，地位参差，开始时品级大都低下，多属于成事不足败事有余的搅屎棍角色，例如之前弹劾王安的霍维华。这些人更多的是让魏忠贤罩着，干点狗腿子差事，并不能给他提供太多的帮助。这种局面直到魏忠贤与内阁大学士沈潅结交才得到了根本的改变。
早在魏忠贤还是一般太监的时候，当时供职翰林院的沈潅曾给宫中的宦官们讲过课，由此细算，魏忠贤还是他的弟子。沈潅入阁之后，魏忠贤立刻和这位昔日的老师结为同盟。至此魏忠贤才算完成了自己权力联盟的骨架建设，羽翼也迅速地丰满了起来。在接下来的数年间，魏忠贤几乎是毫不费力地就组成了中国历史上空前绝后的“政治黑手党”。在魏党的组成人员中，有“五虎”、“五彪”、“十狗”、“十孩儿”、“四十孙”。正如《明史》所说：“自内阁六部至四方总督巡抚，遍置死党。”至此，魏忠贤的政治触角真正地遍布了大明江山，而在这个基础之上，他也意识到权力的巩固还需要军人的支持，于是在北京城，他又以卫戍的名义控制了数千人的精锐部队。虽然看上去数量不多，但如果真的有什么风吹草动，这支部队完全可以在别人尚未知情的情况下，迅速控制帝国的政治中枢。
魏忠贤结党营私的种种活动，东林党人可以说是看在眼里、急在心里。以他们的想法，与魏忠贤这样不学无术的流氓混蛋混在一起简直是人生最大的耻辱。因此可以说，从一开始东林党人对魏忠贤和客氏的权力集团就保持着足够的抵制力。朱由校刚刚即位不久，便有东林背景的官员侍郎陈邦瞻、御史周宗建、王心一等人上疏要求客氏出宫。少年皇帝朱由校对于这个要求也没有过分反对，于是客氏便被遣出宫。但没过多久，客氏的离去便在皇帝的心中造成了极大的影响，这个从小没有离开过奶妈的少年对客氏思念不已，甚至一度绝食。在这种情况下，朝廷只好让客氏重新回到皇宫，照料朱由校的衣食起居。客氏的这次出进，让皇帝坚定了留下客氏的决心。自此，无论是谁要求客氏出宫，朱由校都是毫不犹豫地立即拒绝，而客氏的后宫地位也就此确立。
东林党人对客氏的攻击深深地激怒了魏忠贤，于是在客氏回到皇宫之后不久，魏忠贤便对东林党人报以了强烈反击。在这一系列疯狂的攻击中，魏忠贤战术得当、进退灵活，虽然颇有曲折，但却有惊无险地将东林党的力量压制在了一定的范围之内。
在魏忠贤收拾东林党的过程中，第一个倒霉的是吏部尚书周嘉谟。作为掌管官员任命的最高长官，周嘉谟算是帝国之中的实权人物。在周嘉谟任职的几年中，不仅起用了大批后进的东林党官员，而且还成功地限制了与东林党关系龌龊的浙、楚、齐三党骨干。可以说，正是由于周嘉谟的存在，东林党才得以在朝野间保持了雄厚的政治实力和人员基础。而魏忠贤当权之后，最重要的事情也就是给他的党徒们封官进爵，这也是这个流氓出身的大太监的传统做法。这种类似于江湖义气的坐地分赃让周嘉谟非常厌恶，不免推三阻四。在魏忠贤斗倒王安的过程中，其亲信霍维华曾立下汗马功劳，让魏大太监青眼有加，提拔推荐理所当然。但作为吏部尚书的周嘉谟却并不理会魏忠贤这套把戏，随便找了个机会就把霍维华赶出了北京。这样一来，魏忠贤立刻恼羞成怒，唆使给事中孙杰，弹劾周嘉谟，说他替前任司礼监秉笔王安翻案。于是，天启元年（公元1621年）十二月，一道圣旨发出，周嘉谟被罢去官职。
收拾了周嘉谟之后，魏忠贤又把矛头对准了内阁大学士刘一燝。与周嘉谟不同，刘一燝除了是朝中大员之外还是顾命大臣，因此力量也更为强劲，扳倒他难度自然更大。
此时由于魏忠贤的疯狂进攻，东林党人各个义愤填膺。审时度势之后，他们决定先从外部动手，打掉魏忠贤在外廷的援手、内阁大学士沈潅。而在这次斗争中，刘一燝恰恰充当了先锋元帅的角色，正是由他牵头组织了一批言官上疏攻击沈潅。然而此时沈潅是魏忠贤在外廷的最强同党，自然不能任由刘一燝将其打倒。于是，魏忠贤立刻指使党徒弹劾刘一燝，天启二年三月，魏又假借圣旨将刘一燝罢官削籍。
几个轮次的斗争下来，东林党尽落下风。很显然，在制造舆论和政治斗争上，东林党人并没有太高的天赋。他们对沈潅的攻击没有形成杀伤力，于是只好又转而攻击沈潅背后的靠山、已退休的前任首辅方从哲，希望能借力打力以达到自己的目的。
天启二年四月，有东林背景的新任吏部尚书孙慎行重翻旧案，上疏追论方从哲在红丸案中的罪责。这所谓红丸案，乃是明万历至天启年间接连发生的内宫三大奇案之一。万历四十三年五月初四，慈庆宫（太子居所）突然闯进来一位后来被认为是有点神经错乱的男子，手持枣木棍，凶狠地击伤几位侍卫。幸好被及时扭获，此案是为“梃击案”。万历皇帝朱翊钧死后，太子朱常洛即位，但即位不久就患上重病，郑妃又派人送药，结果不光没治好病反而转危，紧接着鸿胪寺丞李可灼又进红丸药，朱常洛吃了两丸便一命呜呼，是为“红丸案”。朱常洛死了以后，其选侍李氏虽身份低下，但是挟持年幼的皇帝朱由校（也就是天启皇帝）而自重，企图打破宫廷规矩，自此占据乾清宫。后经朝臣据理力争，才不得已移居到了哕鸾宫，这件事也就是三案之中的最后一件——“移宫案”。
“三大奇案”虽说各有离奇，但却都是皇族内部的权利之争，和身为奴才的朝臣、太监没多大关系，也不是他们能管得了的事情。但偏偏在几年之后，这一连串的案子又被翻了出来，成了东林党人攻击魏党的工具。
面对东林党人这一波来势汹汹的进攻，年少的天启皇帝也不敢怠慢，只好下了一道圣旨让朝臣们凑在一起商议此事。在这次会议中，东林党人都御史邹元标、给事中魏大中等一百余名大小官员，纷纷避实就虚要求治方从哲之罪，并希冀以此将沈潅牵连下台。不过魏忠贤绝非等闲之辈，在他的操作下，以司礼监为代表的内廷官员拼力庇护方从哲，客氏也从侧面劝解皇帝。于是闹了一阵，方从哲毫发无损。这样的结果让东林党人大为恼火，而具体操作此事的吏部尚书孙慎行也觉得自己很没面子，力气费了不少，可结果却鸡飞蛋打。一气之下，没过多久，孙德行便上疏请辞。这种负气离职的做法自然又中了魏忠贤的下怀，魏大太监也不含糊，立刻帮皇帝拟了一道旨，赶走了孙慎行。
赢下这一阵之后，魏忠贤依然毫不手软，继续追击，大肆斥逐和杀害反对他的正直大臣。而在此种情形下，东林党人也像吃了兴奋剂一样，继续攻击沈潅。刑部尚书王纪在上疏弹劾沈潅的奏折中，更是把他比作大奸臣蔡京，又激起波澜无数。
在双方死命角逐的过程中，魏忠贤东踢西挡，虽然占据了斗争的主动，将王纪削籍罢官，但最终沈潅也于当年的七月下台。沈潅的下台是东林党人在这场斗争中唯一值得称道的胜利，只是这胜利的代价过于沉重。是年八月，东林党人、内阁大学士孙承宗任职辽东经略，坐拥边关军政大权，东林党人的反扑才算是真正地取得了一点点效果。
失去了沈潅的有力支持，魏忠贤算是受到了一点小小的挫折。但这种挫折对于极有流氓韧性的魏忠贤来说，并非是不可逾越的难关。试想一个为了前途可以自阉入宫的人，他的内心该有多么强悍！于是，沈潅倒台没多久，魏忠贤便物色了两个新的帮手——顾秉谦和魏广微。紧接着，魏忠贤又有惊无险地将两人同时送入内阁，一举弥补了沈潅下台的损失，并以此为日后控制内阁埋下了伏笔。
由于魏忠贤的疯狂攻击，朝野间的政治版图正在悄然发生着变化。盘根错节、势力庞大的东林党人虽然在表面上占据着有利位置，但在气势上却已经开始显出颓势。
在内阁中，虽然首辅叶向高、次辅韩圹都属于东林一脉，但由于有了顾秉谦和魏广微这二人的牵制，自然较往日难受了许多。在内阁之外，魏忠贤的触角并没有完全舒展，负责官员任用的左都御史赵南星（后改任吏部尚书）、李腾芳、陈于廷，负责科举选拔的高攀龙、杨涟、左光斗、魏大中、袁化中等人都属于东林一脉。除此之外还有诸如孙居相、郑三俊、邹维涟等人也都在中央的各大部位担任着各种类型的职务。因此从表面上来说，东林党还具有相当的实力。
但让人泄气的是，东林党人这种表面性的优势，并不能转化为具体的力量，进而取得斗争优势。这种遗憾体现在三个方面，但究其根源却是相同的。
首先，作为东林党骨干的那些官员们，大都有着比较严格的行为准则，有抱负、有理想，能严格要求自己、身体力行。这是他们的优点，但作为士大夫阶层的杰出代表，他们对于政治斗争的残酷性显然认识不够。即便后来因为屡受打击有了一些认识，但却缺乏有效的自我保护及进攻手段。对于魏忠贤一伙近乎泼皮无赖的战法，东林党人一面嗤之以鼻、深恶痛绝，一面又缺乏与之对应的有效手段，一根筋似的钻牛角尖是他们常犯的错误。这种看似勇猛顽强、坚忍不拔的斗争策略虽然也取得了一些效果，但同时也给自身带来了不小的损失。
其次，作为典型的文人集团，东林党人对于政治总是充满乌托邦似的幻想，甚至有些孩子气。一到斗争的紧要时刻，他们总是希望圣明的皇帝能清澈明悟，公正地判断是非，因此上疏进谏是他们传统的攻击策略。而这种办法需要有极好的外部条件才有可能奏效：一是作为元首的皇帝确实明察秋毫，二是朝野之间利于己方的舆论要足够强大。但事实上，在天启年间，这两个条件都很难具备。首先，作为皇帝的朱由校基本是一个木匠，头脑再灵活也不会用到问政上。其次，在当时的朝廷之中，魏忠贤已经具备了一定的实力，想要发起一边倒式的舆论狂潮基本是不可能的。而且最关键的一点是此时圣旨的传达要经过魏忠贤所领导的司礼监，因此这圣旨到底是谁的意思已经很难说清。由此看东林党人死抱着上疏这一招不放，确实是有些迂腐和幼稚，其经常性的失败也在所难免。除此之外，东林党人的幼稚病还体现在他们面对失败时的态度上。往往只要努力泡汤，他们就会采取辞职的手段来发泄心中的不满，如之前所述的吏部尚书孙慎行和若干年后的一代大儒刘宗周。这种孩子式的意气于事无补不说，还会引起皇帝的不满，进而造成更大的损失。特别是此时他们还要面对魏忠贤这样的超级对手，辞职抗议简直就是在帮魏忠贤清除异己。
