但是这个计划不完善，食品和联络都发生了困难，原来指望沿途居民帮助他们并进行贸易活动，结果因敌视而告吹。由于行船和步行速度不同，联络成了问题。且在步行和乘船方式之间，谁乘船谁步行，总发生争执。
增加困难的还有一个在刚果臭名远扬的、夺船抢羊群的阿拉伯人蒂普，他残毒如狼，贸易和强盗行为并举。人们看到这种人在探险队中，自然认为全是一丘之貉一丘之貉（hè）：同一个山丘上的貉。比喻彼此相同，没有差别。今用于贬义。。而斯坦利之所以带他和别人同行，主要是想借重他熟悉环境和能应变机智。哪知却受了此人连累。
不管是什么原因，斯坦利在征途之初遇到的各部落，对探险队一直抱敌视态度。在许多时候，斯坦利看到岸边村落里有集市贸易时，便拿起铜丝做的手镯（zhuó）、玻璃珠子做的项链等商品，挥动着，口中叫着“老乡们！”表示要参加贸易活动。但结果总是这样情景：居民们立即消失不见了，紧接着从什么地方发出了作战的喊声和战鼓声；毒箭如飞蝗般地向他们射来。这使得探险队在等待水陆队伍汇合时或是宿营，均要构筑工事防线掩体，设岗哨派侦察，忙得不亦乐乎。食品换货或购买的计划也泡了汤，出现了饥饿的威胁。伤员的增多，以及伤口溃（kuì）疡（yánɡ）和传染病，也使斯坦利牵肠挂肚，搞得头大如斗，心焦如焚。
斯坦利的助手波科克的人道主义精神，对病人和伤员而言，充满了对他的感激。就是对一些别人带来的奴隶，他也真心对待。
斯坦利每到一个村庄，总想到贸易，但却遭到攻击，使探险队员经常出现伤亡，他认为，在残暴和友好之间本只隔一层薄薄的障碍，只要自己怀着和平愿望而来，探险队就能和土著部族人民交上朋友。不仅有相互贸易之利，对自己探险队的考察探险工作，也将大有帮助。哪知事与愿违，如今不断遭受伤亡，使他想到还击的问题。斯坦利觉得，探险队有足够的理由开战。他下令占领他们的村庄，布置进攻队伍，组织了梯队和保护后方及给养的卫队。他们决心为生存而同那些同样认为是为生存的土著们作战了。
那是1876年圣诞节前发生的战斗。这次战斗一打响，斯坦利觉得今生可能再也见不到未婚妻艾丽丝了。毒箭不断飞来，独木舟上躺满了伤员。斯坦利亲自参加作战，他们听到村民波——波，波——波，噢——噢——欧——呜！的叫喊声音，节奏奇特。探险队筑好工事，铲除了射击障碍和村民进攻者的藏身之处。
斯坦利不希望作战，因为探险考察还没有尽头。但是，这又有什么办法呢？如果不打仗，他们就会被杀死。这真是阴错阳差，为什么探险队每前进一步都要进行战斗呢？其实，斯坦利关心的只是一点：这条刚果河流自何方流向何方？
战斗白热化了，土人大举进攻，嚎叫声使人心惊胆战，鼓声震天，杀声撼地，毒箭飕飕，子弹呼啸。当土人向工事冲锋时，逐渐靠拢在一起，于是探险队的火力发挥了威力，幸存的土人惊惶失措地逃向森林之中。
斯坦利的探险队由于战火，既无法埋葬死者，也无法照料伤员。这时，空气中再次弥漫着、充满了尖叫声、杀声、喊叫声、战鼓声、来福枪呼呼嗄嗄的射击声、轰隆的战号声、冲杀声，以及医疗救护站及后方妇女儿童的呻吟和尖叫声等，这一切汇合成可怕的令他们永生难忘的地狱一般的声音。
由于众寡（ɡuǎ）悬殊，尽管土人伤亡巨大，但看来数量要开始战胜质量了。探险队全军覆没的危险出现了，虽然这只是乘船的一部分队员，但这是探险队包括斯坦利和波科克在内的精华。
斯坦利望着战场，觉得这一次恐怕甭打算完成这首次横贯东西非洲大陆的探险任务了。他望了一眼森林，黑压压的巨大树干，在明静的碧空中映出整齐的轮廓，像天幕一般展开着它们的铺张的、多节的枝丫。斯坦利忽然想到，在正午最热的时候，森林里的荫凉地方多么好啊！那里一定是幽静的、凉爽的、充满了树香的地方。……由于土人的临近，他又开了几枪，土人退走了，重又恢复组织进攻前的寂静。
斯坦利想到自己，想到未婚妻，想到利文斯通博士，想到遗弃他的妈妈和那个卑劣不负责任的不知名父亲，想起了热爱他文章的广大读者。突然，他想到了一句极富智慧的话：“生命中只有两个目标：其一，追求你所要的；其二，亨受你所追求到的。只有最聪明的人可以达到第二项目标。”正在这时，奇迹出现了，在陆上行进的蒂普率队伍赶到了，内外夹攻，土人在大乱中逃走。斯坦利精神大振。在一个风雨交加的夜晚，他派波科克到土人停放船舟之处，俘获了其全部独木舟，共三十六艘。这样一来，土人不得不进行和平谈判。最后，双方达成了协议。此役称温亚——恩贾拉之战。
阿拉伯人蒂普想回到东岸坦桑尼亚的桑给巴尔去，其商队已收集了不少财富。而探险队出发到现在已两年多了，许多人想和蒂普商队一齐回桑给巴尔。但这样一来，探险队将分崩离析分崩离析：形容国家或集团组织分裂瓦解，不可收拾。，斯坦利的探险事业将因功败垂成而前功尽弃前功尽弃：以前的努力完全白费。。
斯坦利付给蒂普出发前答应过给他的金钱，要求他设法挽留探险队的人。于是，蒂普对探险队人们说，不许跟着他走，不然，斯坦利也只能回桑给巴尔，一报告苏丹，我也就完了，只有跟着斯坦利前进，将得到荣誉和金钱。结果，探险队继续跟随斯坦利前进。
蒂普商队离开后，又多了些战利品独木舟，全体队员都能乘上船，再也不用争论谁该沿河岸徒步前进了！
斯坦利沿途均作出计划，进行科学记录和测量，并把沿途遇到的全部情况记录下来。
由于死亡和开小差，斯坦利失去了二百一十名他在桑给巴尔招募的脚夫，只剩下一百四十三个人了。在这些人中，四十八人有枪，但只有二十四人能进行战斗。到了1877年4月28日，食品都要吃光了，他们不得不找到什么就吃什么。探险工作要进行，防御（yù）工事每天要做。行进中随时可能有战斗。因此，这些人一天到晚的十分繁忙而疲惫。
这时，大自然的困难又来了。森林看不到尽头，瀑布又常拦路，还得抬运舟船绕行。脚夫们怨食物短缺，开小差现象始终发生着。波科克由于赤脚而发生了溃疡溃疡：皮肤或黏膜的表皮坏死脱落后形成的缺损。，行路越来越艰难。每天遇到大、小瀑布，急流中惊险百出，时而救落水之人，大忙一阵；时而船翻人亡，令人伤心惊怕。这段路瀑布、急流、旋涡，交替在他们面前出现，使他们大吃苦头。后来的一千五百公里行程，他们走了运，没遇到什么难以越过的障碍。但土人又开始骚扰他们了。他们和班加拉族打了一仗，竟然只轻伤多人而突围逃去，斯坦利安然无恙安然无恙：形容人或物平安无事，没有遭受到任何损害。。
在探险最后的半年中，他们顺河前进了一千九百公里，这条河似乎通到天边，永无尽头，现在探险队的敌人主要是这条河本身了。在急流中又有十几个人被淹死，独木舟也越来越少。虽然也做成些新舟，但水路上大、小瀑布不断，脚夫因驶船困难和供应差，生命又受到威胁，所以开小差现象又出现了。
最不幸的是，斯坦利的勇敢、诚实又善良的左右手波科克，先是脚上伤口感染溃烂，情况不断恶化，继之，在一个大旋涡中，被淹死了。这件意外使斯坦利精神到了崩溃边缘。他绝难离开这个能干的好朋友。那天夜晚，他坐在这个瀑布旁的石头上，悲痛欲绝。他幻想波科克或许能从可怕的旋涡中逃脱出来。他枉（wǎnɡ）然地期待着……
这时刻，探险队筋疲力竭，濒（bīn）近死亡，士气低落。斯坦利派人送出两封内容相同的信给一个叫恩邦马地方的当局。顺流前进，似乎绝望，为了生存及完成探险目标，想穿过内地向恩邦马前进。
1877年8月9日早晨，这时离开非洲东岸已经差一天就到一千天了。探险队遇到了一支从恩邦马开来的救援队而获救了。
三年前与他一起出发的356人中，只有115人到达了终点。未到达的人中，除了逃跑的以外，都死于途中，共死了173人：21人死于赤痢，58人死于战斗，45人死于天花，14人淹死，其余的死于其他意外事故。
斯坦利探险队首次沿刚果河穿越非洲大陆，填补了非洲地图上最后也是最大的空白。同时，他也犯下了巨大的罪过，这些罪过只有那些为达到目的而不择任何手段的殖民主义者才会犯下。斯坦利有一段话，很好地说明了这一点。他说：“我们进攻和捣毁了28个城镇，六七十个村庄。在陆地和水上打了32个战役。奋战了52个瀑布和急流。在原始森林里筑了30英里的车道。在一座1500英尺高的山上拖曳（yè）着我们的独木舟和船前进了六英里。……有时候我简直不相信这条大河会有尽头。”
为这次探险，斯坦利的个人生活也作出了很大牺牲。他在美国的未婚妻艾丽丝，在他到达卢阿拉巴河时，就与别人结了婚；当他到达大西洋时，她已经有了女儿。他回到英国时，头发已过早地花白了，体重只有4.45千克，身体极其衰弱。在众多的贺电贺信中，他读到了艾丽丝写来的信。信中说道：“在我读到有关‘艾丽丝小姐’号命运的报道时，我流泪了。我本希望那艘以一个姑娘名字命名的船，会象征那位姑娘对你的忠诚。现在，你大概已经知道了，我像成千上万妇女做过的那样，没有忠于自己的誓言。”
直到近50岁时，斯坦利才与一位英国国会议员的女儿结婚。
他结婚十四年后，于1904年5月10日逝世，享年六十三岁。
