伯颜觉得这是自家的奇耻大辱，愤怒地说道：“我身为皇太师，一人之下，万人之上，为何要尊蒙哥后裔为使长？”于是，他在元惠宗面前诬陷彻彻秃谋反，请求将他处死，元惠宗不允，伯颜竟擅自行刑，使彻彻秃蒙冤而死。元惠宗对伯颜的所作所为日益不满，却又拿他没办法。
挑动黄河天下反
蒙古军事贵族所建立的大元帝国，是一个社会矛盾复杂、危机四伏的帝国。在帝国境内将各民族划分为四个等级，严重的民族歧视使国内矛盾重重。元朝时期汉族作为被侵略者处于下等，元朝建国后，废除了科举制度，知识分子的社会地位甚至不如男盗、女娼。直到1313年，才由元仁宗爱育黎拔力八达下诏恢复科举制。
但蒙古军事贵族对这个制度一直持仇视态度，伯颜当权时，经常对元惠宗妥懽帖睦尔说：“陛下有太子，莫叫他读汉人的书！”由于伯颜坚决主张再废科举制度，到1336年，礼部考试停止举行。
脱脱上台后，变更伯颜的政策，恢复科举，招揽汉官，一度博得“贤相”之声。但此时元朝朝廷的财政面临崩溃，脱脱被迫发行新的纸钞，聚敛财富，引起物价暴涨，民不聊生，纷纷起而造反。
1350年，元朝发行“至正宝钞”。民间使用的“中统宝钞”“至元宝钞”都要兑换成这种新发行的纸币。为了弥补财政亏空，政府大量印行“至正宝钞”，弄得物价飞涨。面值50000文的十锭宝钞买不到一斗米。因此市场上人们拒绝用这种纸币，民间恢复了物物交换的贸易方式。
此外，从1344年开始，黄河连年泛滥，灾民遍野。脱脱因此派工部尚书贾鲁负责开挖和疏通河道。贾鲁征召15万民工日夜劳作，修河所用的物资，就近摊派到遭受水灾的灾民头上，监工们还经常扣发民工的口粮。治理黄河，本来是一件利国利民的好事，反倒因此弄得天怒人怨，这是元末起义的另一个导火索。
经济危机加上修治黄河，重重压力压在人民身上。民间宗教团体“白莲教”趁机组织河工起义，掀起了燎原烈火。
元朝建立以来，民间一直流行白莲教、弥勒教、明教等秘密宗教。“白莲教”来源于佛教净土宗的分支“弥勒宗”，主张念佛修行，把“往生净土”标榜为修行的最终目标。“净土”指西方极乐世界。在极乐世界里，楼观宫阙，庄严富丽，殿前的水池中，盛开白色的莲花，“白莲”的教派名就来源于这个传说。
元朝末年，“白莲教”主要在江淮一代传播，信徒很多，主要的传教者有淮东的韩山童和淮西的彭和尚。
韩山童与信徒刘福通、杜遵道等人筹划起义，他们首先散播流言，说明王即将出世，然后刻了一个只有一只眼睛的石头人，背上还刻：“莫道石人一只眼，此物一出天下反。”悄悄埋在黄河河道中。1351年5月，河工们在疏通河道时，挖出了此物，一时之间人心惶惶，“白莲教”的信徒们纷纷前去寻找韩山童问计。
韩山童等人看时机已经成熟，就聚集了三千余人在白鹿庄密谋起义，杀黑牛白马，祭告上天。韩山童自称“宋徽宗八世孙，当为中原主”，于是众人共推韩山童为“明王”，以头扎红巾为号，待时起义。
不料这一消息被颍州县官得知，于是，元朝派兵镇压，包围了白鹿庄。韩山童猝不及防，被捕牺牲。他的妻子杨氏带着儿子韩林儿逃到武安（今河北武安）的深山躲避起来。刘福通带着一批人，浴血奋战，冲出重围。突围的红巾军直扑颍州，攻下州城。
刘福通、杜遵道冲出重围，正式掀起反元的红旗，攻占颍州（今安徽阜阳）。还发布文告，指出当时社会极端不公，他们要恢复宋朝。不久，彭和尚也在淮西煽动徐寿辉、陈友谅等起义，各地的白莲教徒纷纷响应。起义军头裹红巾，因名“红巾军”，义军转战南北，极大地打击了元朝的腐朽统治。
1351年，徐寿辉建国称帝，国号“天完”。元朝廷派兵镇压起义，屡屡失败。直到1352年，元相脱脱亲率大军南征，联合各地地主武装，首先攻克徐州，继续推进，在汉水流域又镇压了布王三和孟海马的义军。次年十一月，彭和尚战死在瑞州，红巾军起义遭受重大挫折。
朱元璋崛起江淮
1352年，郭子兴占领濠州，朱元璋成了郭子兴部下的一名红巾军士兵。朱元璋不但英勇善战，而且很会办事，因此郭子兴很赏识他。参军仅两个月后，郭子兴就把他提拔成自己的亲兵，还把义女马氏嫁给了他。
1353年郭子兴又提升朱元璋为镇抚，从这时候起，朱元璋开始发展自己的力量。他回到家乡招兵买马，少年时代的伙伴徐达、周德、吴良等纷纷前来投奔。这些人和后来的邓愈、常遇春、胡大海等，成了朱元璋手下的骨干力量。到1354年，朱元璋的队伍扩大到两万多人。
朱元璋还专门吸收了一些读书人，帮他出主意。定远有弟兄俩很有名气，哥哥叫冯国用，弟弟叫冯国胜，朱元璋就向他们请教打天下的道理。在他们的影响下，朱元璋有了运筹天下之志。
1355年6月，郭子兴病死，韩林儿任命郭子兴的儿子郭天叙为都元帅，部将张天祐为右副元帅，朱元璋为左副元帅。
随着力量的壮大，朱元璋为了进一步扩大势力，决定从和州（今安徽和县）渡江攻打采石、太平（今安徽当涂），然后进攻集庆（今江苏南京）。他正愁没有足够的战船的时候，巢湖水军头领双刀赵和李扒头派人邀请朱元璋到巢湖商量两家合作的事情。
朱元璋听到后十分高兴，正打算亲自去赴宴的时候，有人告诉他，说李扒头想在商谈时杀掉朱元璋吞并他的部众。朱元璋得到这个消息后装病不去，反邀请李扒头来赴宴，李扒头来后被朱元璋溺死。双刀赵闻讯逃奔徐寿辉那里去了，巢湖水军也就归顺了朱元璋。朱元璋势力大增，率军攻下了采石、太平，把进军的矛头指向集庆。
这时，元朝军队分两路包围太平：一路用大船封锁长江江面，截断朱元璋军队的退路；一路由地主武装陈茔先攻打太平。朱元璋奖励有功的将士，以鼓舞士气，又派徐达率领一支兵马绕到陈茔先的背后发动袭击。陈茔先腹背受敌，被俘投降。
从1355年7月开始，朱元璋向集庆发动了3次进攻，前两次因为军中大将陈璧先暗地里和元朝守军勾结，攻城失败。红巾军损失了不少将士，其中，都元帅郭天叙和右副元帅张天祐也都被杀害了。之后，朱元璋成了宋军的统帅，全部占有了郭子兴的部队。
1356年朱元璋第三次攻打集庆，由朱元璋亲自指挥攻城。起义军水陆大军几十万人云集集庆，浩浩荡荡，旌旗招展，气势非常壮观。叛将陈璧先的儿子陈兆先被打得落花流水，元朝守将福寿紧闭城门，不敢出战。朱元璋率军加紧攻城，集庆城最终被攻破，福寿死于乱军之中。
占领集庆以后，朱元璋贴出安民告示，安抚城内百姓：“元朝政治腐败，让大家吃够了苦头。我攻下集庆，是为大家除奸平乱，以使大家安居乐业。愿意与我建功立业的贤人君子，我会以礼任用。从今以后，官吏不许欺压百姓，一经发现，决不宽容！”百姓们很高兴，很快就恢复了安宁。宋政权在应天设立行中书省，任命朱元璋为平章，作为它的地方政权。
朱元璋是个很有谋略的政治家，善于利用别人来保护和发展自己。当时，北方刘福通力量强大，他接受了韩林儿的任命，承认宋政权的龙凤年号，打着宋政权的旗号办事，因此，受到刘福通红巾军的保护。与此同时，借刘福通大举北伐时，趁机攻占了集庆，以这里为中心建立自己的根据地，保持了自己队伍的独立性。
在以后的3年里，他又逐步占领了常州、宁国（今宣城）、扬州、处州（今丽水）等地方，势力遍及江淮，后来，退守安丰的刘福通和韩林儿也不得不向朱元璋求助了。
元朝灭亡
朱元璋听从谋臣刘基的意见，先击败了陈友谅，然后把大军集中起来，向东面进攻，又消灭了张士诚。这时，朱元璋已经拥有一支很强大的军队，占据了长江中下游的富饶地区，具备了推翻元朝、统一全国的实力。
而这时候，元朝的统治者元惠宗昏庸无能，他的军队和红巾军在外面杀得不可开交，他却在皇宫里寻欢作乐。皇太子爱猷识理达腊看不惯父亲的这种做法，于是，就联合皇后和左丞相哈麻，想废掉元惠宗，自己当皇帝。元惠宗听说哈麻想背叛自己，下令把哈麻充军到广东，在路上把哈麻活活打死了。
皇太子和皇后没有成功，很不甘心，就想再寻找机会准备下手，这样，宫里乱作一团。而且在这个时候，镇压红巾军的过程中，元朝内部形成了一批新的军事头目，他们握有重兵，各霸一方，为了争夺地盘，扩大自己的势力，经常互相攻打，根本不把皇帝放在眼里。
而这时候的朱元璋，一面作北伐的准备，一面注意着北方的动静。他看出元朝内部矛盾重重，消灭元朝的机会到了。
1367年10月，朱元璋发布檄文，提出“驱逐胡虏，恢复中华，立纲陈纪，救济斯民”的民族斗争口号，保证大军所过之处秋毫无犯，以争取北方人民的支持。然后，任徐达为征虏大将军，常遇春为副将军，率主力部队开始北伐中原。
朱元璋是个很有才能的军事家，他了解元朝的形势，然后制订了正确的战略计划，“左攻取山东，再占据河南，然后夺占潼关，控制这个门槛。最后进攻大都，扫荡山西和陕西”。朱元璋制订了严格的军纪：不能随便屠杀人民，不能抢夺老百姓的财产。所以，他的军队很受老百姓欢迎，自然赢得了民心。
徐达按照朱元璋的计划，很快攻下了山东、河南，元朝的军队不是投降就是逃跑，根本就挡不住北伐军的进攻。
徐达接着会合各地军队，率几十万大军以马、步、舟三路齐发，沿运河北上。大军抵达德州，与常遇春、张兴祖等会合。接着，徐达军攻破长芦、青州，到达直沽。常遇春、张兴祖各率水军，在河东西两路齐进，步兵和骑兵在陆上行军。然后徐达一路进兵直达通州，驻扎在通惠河东岸，常遇春驻扎在西岸。
通州是元大都的东部门户，也是其重要的交通要道，想要攻克大都，就必须首先攻下通州。明军智胜元军，通州大捷，徐达消灭了元大都的主力部队，占据了通州这个战略要地。元惠宗听说通州陷落，十分震惊和恐惧，意识到大都也不能保全了，召集后妃太子商议避兵北逃。
太监伯颜不花说：“大都是世祖忽必烈定下的京城，陛下应当死守，怎么能丢弃它呢！我们愿意率领护卫军到城外抵抗明军，请求陛下固守大都！”元惠宗觉得有些道理，可是，大都城里的守军少得可怜，外面的将领们又不来救驾，看来都城是守不住了。于是，元惠宗叹了口气说：“今日岂可复作徽、钦！”当夜，率领后妃、太子和文武大臣一百多人，从建德门逃出了大都，北逃上都。
1368年，大都城陷落，宣告了元朝统治的结束。同年，朱元璋在应天府称帝，国号明，年号洪武。1370年，元惠宗于应昌（今内蒙古克什克腾旗西达来诺尔附近）患病去世。元朝自成吉思汗至此共15帝，163年。自世祖忽必烈定国号起，共11帝，历98年。
