初二，以被淹地方米价高昂，百姓生计困顿，康熙帝命“截漕粮十万石，发高邮、宝应等十二州县平粜。”再截留十万石储存淮安、扬州。康熙帝勤政爱民之仁爱之心天地可鉴、日月可明。
康熙帝历扬州、苏州、杭州、江宁等地。回銮时，经扬州，二十五日御舟泊淮安，渡黄河，乘小舟沿途视察新埽。
在视察黄河水利工程后，康熙继续南巡扬州、苏州、杭州后北返江宁经扬州、渡黄河再次视察新修建的水利工程后于五月返回北京，第三次南巡宣告结束。
五月初二，康熙帝命两江总督张鹏翮扈从入京。十七日，返抵北京。几天后，康熙帝对大臣说：“朕历巡江浙，所过州县，察其耕获之盈虚，市俚之赢绌，视十年前，实为不及。此由地方有司奉行不善，朝廷恩泽卒未下及。”于是命截留漕银，赈济并宽免积欠钱粮。
这一年九月，康熙帝以河道总督于成龙所绘河图示大学士等，他指出“今四海太平，最重者治河一事，朕前巡视，知水之不治，由洪泽湖水势过大，既不能泄，又加黄运两河合并，势愈浩瀚，以致泛滥。”康熙帝作出了改修河道，使黄河河身稍向北移，淮水得以畅流的决策。他指出：“靳辅、董安国、于成龙但知筑堤御水，至于改河身使北，俾清水通流，并未言及。若不令清水通流，虽修堤筑岸，黄水终致倒灌，焉能御之？”
康熙帝颁《修浚清口诏》、《巡视河湖酌定应办工程诏》，制定了新的治河方略：
（一）深浚河身。康熙帝指出：“朕留心河务，体访已久。此来沿途坐船外审视黄河之水，见河身渐高，登堤用水平测量，见河面高于田。清口、高家堰则洪泽湖水低，黄河水高，以致河水逆流入湖，湖无从出，泛滥于兴化、盐城等七州县，此灾所由生也。治河上策，惟以深浚河身为要。……诚能深浚河底，则洪泽湖水直达黄河，七州县无泛滥之患，民间田产自然涸出。不治其源，徒治下流终无益也。”
（二）筑挑水坝。康熙帝诏曰：“宜将黄河南岸近淮处河堤东延二三里，筑令坚固，淮水近河之堤亦拓筑使之斜行，会流则黄河之水不致倒灌入河矣。”
（三）开陶庄引河。康熙帝命：“挑引从惠济祠后入河，而运河再向东斜流入惠济祠交汇，黄水自然不倒灌。”
（四）浚直河道。康熙帝谕：“治河上策在深浚河身为要。”“宜于清口西，数曲处试行浚直，河直则溜自急，溜急则沙自刷而河自深。”
（五）拆除拦黄坝。康熙帝命从速拆除云梯关附近的拦黄大坝，浚直海口河道，使黄河直流入海，增强水势，冲刷泥沙。
此方略于第二年由新任河道总督张鹏翮开始贯彻实施。首先拆除拦黄坝，深挖入海河道。旬日之间，河床深了三丈。宽了二十多丈，河水滔然入海，沛莫能御。到康熙四十年（一七零一年）底，其他各项工程也陆续完成。次年夏，黄河又发生了特大洪害，这次大水是对新修诸项工程地严峻考验，康熙尤其关注。大水旬月不下，康熙命张鹏翮日夜守在河堤上。清口附近新修地挑水坝（今康熙御坝），在夏秋险情中，逼黄河大流直趋陶庄引河，循北岸而行。淮水从清口畅流敌黄，绝无黄水倒灌之患；洪泽湖高家堰堤工，几度发生险情，经加紧防守，终于挡住了咆啸地洪峰，经受了考验；其他工程也大都经受住了洪水地挑战。徐州至海口黄河西岸堤坝、山阳至邵伯运河西岸堤坝屡发险情，但也没发生往年地决堤大患。这次洪灾，仍有洪泽湖上游河堤被冲毁，但灾情较往年小得多。各项工程经受住洪水地考验。令康熙帝十分欣慰。
康熙帝此次南巡，还作《阅河》诗示河臣，特录如下：
淮黄疏浚贵经营，跋涉三来不惮行。
几处堤防亲指画，伫期耕凿乐功成。
§§§第五节 第四次南巡，河工初步告成
康熙的南巡指导治理黄河不是片面的，而是全面具体的，不但是对于水利工程建设、水利工程灾后重建，对于灾民的安置等这些大的方面进行细致的指导。同时在用人上，不但对于河道总督这些高级官员进行观察考虑任免，而且对于一个水坝和堤堰的具体负责者也是进行考量。足以看出康熙对于黄河指导之细致，部署之具体。
康熙四十二年（一七零三年）正月十五至三月十五日，正值康熙 “五旬万寿”际，由于黄河水患频发，出现大量灾民。康熙帝以河工即将告成，进行第四次南巡。
康熙命令漕运总督桑额截留漕运粮食两万石赈济济宁、泰安一带的灾民。然后康熙经泰安到宿迁县渡过中河，视察中河所有治河工程，晚上住在黄河水利工程前线桃源县上古城。对于中河治河工程康熙十分满意，奖赏扈从官兵。之后继续南巡金山、苏州、杭州后北返江宁后经扬州再次视察黄河水利工程。
二月初四，康熙帝御舟入清口。阅视天妃闸、御坝。颁《奖勉河臣诏》对河道总督张鹏翮及在河各官亲加奖勉。谕吏、工二部对总河以下各官“详加议叙具奏”。康熙帝还亲视陶庄引河，谕使引溜清口，阅视减水坝，申谕不可迎溜，防夺河洪。阅鲍家营，指授开浚引河，清江以安。阅中河口，命移建于扬庄。康熙帝谕河道总督张鹏翮曰：“仲庄清水出口逼溜使南。运口有碍。应将陶庄以下扬家庄处酌挑引河。令中河从此出口。”时清水出仲家庄。每当黄河暴涨。直射南岸。运口之灌在所难免。中河口门既移。则运口无患矣。
康熙帝制《河臣箴》于舟中，御书赐予河臣张鹏翮，《河臣箴》曰：“自古水患，惟河为大，治之有方，民乃无害。禹疏而九，平成攸赖，降及汉唐，决复未艾，渐徙而南，宋元滋溢，今河昔河，议不可一，昔止河防，今兼漕法，既弭其患，复资其力，矧此一方。耕凿失职，泽国波臣，恫鳏已极，肩兹巨任，曷容怠佚？毋俾金堤溃于蚁穴，毋使田庐沦为蛟窟，毋徒糜国帑而势难终日，毋虚动畚筑而功鲜核实。务图先事尽利导策，莫悔后时饬补苴术，勿即私而背公，勿辞劳而就逸。惟洁清而自持，兼集思而广益，则患无不除，绩可光册，示我河臣。敬哉以勖。”
康熙在视察了天妃庙时，指示：“归仁堤引河用以分泄洪泽湖之水势，若黄河加长，则恐清口水弱，著将祥符闸下板堵闭草坝将五堡闸酌量开放，以助清口之势。”这样将黄河迅速引流，以减轻对淮河的压力。他不但对治河的基础设施建设情况加以分析，利用经验加以指导。而且对治河官员也是仔细观察，并指导河道总督张鹏翮如何用人，指示：“至高家堰防险之人，用候选县丞经历等微员，此不过例监书办出身产薄微，倘有疏忽干系不小，须于候选官员内择其职衔稍大身家殷实者委令防险，如此则彼知自爱身家，又有候选之望，自能尽心防守有裨工程。”
康熙帝过清江浦，幸清宴园。还御笔题写“澹泊宁静”匾额赐张鹏翮，张鹏翮将其泐石成碑，至今碑石仍存。
康熙帝历扬州、镇江、苏杭、杭州、江宁等地。回銮途中，三月初二，康熙帝再次视察高家堰堤，驻关帝庙。次日继续视察河堤，命河道总督张鹏翮将堤岸单薄、桩木渐朽、土石残缺各处立即修筑。
康熙的南巡指导治理黄河不是片面的，而是全面具体的，不但是对于水利工程建设、水利工程灾后重建，对于灾民的安置等这些大的方面进行细致的指导。同时在用人上，不但对于河道总督这些高级官员进行观察考虑任免，而且对于一个水坝和堤堰的具体负责者也是进行考量。足以看出康熙对于黄河指导之细致，部署之具体。
康熙帝一路巡视，见河工初步告成，还曾欣然命笔作《览淮黄成》诗一首：
殷勤久矣理淮黄，几度风尘授治方。
九曲素称天下险，四来实为兆民伤。
使清引浊须勤慎，分势开流在不荒。
虽奏安澜宽旰食，诫前善后奠金汤。
三月十五日，康熙帝经东平、东昌、沧州、天津回京，第四次南巡宣告结束。十六日，康熙帝召大学士、九卿等谕曰：“朕此番南巡，遍阅河工，大约已经成功矣。向来黄河水高六尺，淮水低六尺，不能敌黄，所以常患淤垫。今将六坝堵闭，洪泽湖水高，力能敌黄，则运河不致有倒灌之患。此河工所以告成也。”
§§§第六节 第五南巡，筹划善后之规
康熙四十四年（一七零五年）初，康熙帝认为，河工虽说告成，尚须察验形势，筹划善后之规。二月初九，康熙帝启程离京，踏上了第五次南巡的旅程。这次南巡的目的是查看治河取得成果：“兹黄水畅流，尚须查验形势，即偱河南下。”并实地勘察取得治河黄河的有效途径。
在这次南巡前的上谕中，康熙回顾靳辅去世后的治河历史，总结得失。他找到了在靳辅去世后治河成果没有继续发展达到大治黄河的主要原因在于成龙和董安国治河无能。又进一步总结指出：“张鹏翮遵奉朕言，坝工筑成黄溜遂直趋陶庄，清水因以直出叠经伏天六丈，并无倒灌之事，其张福口等引河筑归仁堤疏人字芒稻经涧等，河开大通口，皆遵朕旨一一告竣。”
在骆马湖视察时，康熙根据康熙三十八年（一六九九年）和康熙四十二年（一七零三年）两次南巡视察此地的对比。康熙三十八年（一六九九年）时康熙视察时只能看到河岸，康熙四十二年（一七零三年）时情况略有好转。而这次视察时，两岸人丁兴旺，树木茂盛。当听闻奏报过去被河水肆虐的下游地区亦连年丰收时，康熙十分兴奋，大呼：“河事已大治矣”。
二月十六日，康熙帝御舟过临清州，泊于土桥闸，对大学士等说：“初次到江南时，船在黄河两岸，人烟树木一一在望。康熙三十八年则仅是河岸，四十二年则去岸甚远，是河身日刷深矣。自此日深一日，岂不大治。闻下河连年大熟，亦从前所未有也。”
面对治河取得的巨大胜利，康熙十分高兴。
三月初六日，康熙帝御舟经东昌、济宁，入江南境。初八日，渡黄河，泊清江浦，康熙帝亲阅扬家庄等处新开中河闸口及附近堤岸，见黄河已顺轨安澜，非常高兴，归舟欣然赋诗二首，名曰：《扬家庄新开中河得顺风观民居漫咏二首》：
其一
瞬息风帆百里余，往来数次过淮徐。
光阴犹似当年景，自觉频催黑鬓疏。
其二
春雨初开弄柳丝，渔舟唱晚寸阴移。
庙堂时注黄淮事，今日安澜天下知。
康熙帝把扬家庄“春雨弄柳，渔舟唱晚”的美景融进诗行，正是他当时心情的写照。这两首诗被勒石成碑，立于扬家庄三坝。
但康熙并没有被治黄取得的胜利冲昏了头脑。进一步要求“河工已经告成，善后之策更为紧要。”他通篇考虑全局进行谋划，指示张鹏翮等人淮河沿岸堤坝矮小而单薄，必须加高堤筑，不能被暂时的胜利冲昏头脑，放松警惕，使取得的成果付之东流。
十一日，康熙帝御舟泊扬州城北高桥，康熙帝谕河道总督张鹏翮曰：“河工已经告成，善后方略更为要紧。朕今亲临阅视，修建天妃闸，甚当。倘黄河水涨至五六尺，清水不涨，势弱不敌黄，黄水自然倒灌，亦必然之理。岂可因此即谓治河失策乎？若遇倒灌，即将天妃闸下板，蓄清水以敌黄，不过数日，黄水即退。粮船过时，即起板开放。”他还指出：“黄河南岸堤工关系紧要，应加紧修防。”
