更有甚者，他曾向雍正进呈其出资刻印的《陆宣公奏议》，雍正打算亲自撰写序言，尚未写出，年羹尧自己竟拟出一篇，并要雍正帝认可。年羹尧在雍正面前也行止失仪，“御前箕坐，无人臣礼”，雍正心中颇为不快。
第二，结党营私。当时在文武官员的选任上，凡是年羹尧所保举之人，吏、兵二部一律优先录用，号称“年选”。他还排斥异己，任用私人，形成了一个以他为首，以陕甘四川官员为骨干，包括其他地区官员在内的小集团。小说《儿女英雄传》所写纪县唐实指年羹尧，说他是经略七省的大将军，“他那里雄兵十万，甲士千员，猛将如云，谋臣似雨”。这些都是艺术上的夸张，与实际情形有很大的出入，但也说明年羹尧的势力之大。
许多混迹官场的拍马钻营之辈眼见年羹尧势头正劲、权力日益膨胀，遂竞相奔走其门。而年羹尧也是个注重培植私人势力的人，每有肥缺美差必定安插其私人亲信，“异己者摒斥，趋赴者荐拔”。比如他弹劾直隶巡抚赵之垣“庸劣纨绔”、“断不可令为巡抚”，而举荐其私人李维钧。赵之垣因此而丢官，于是转而投靠年羹尧门下，先后送给他价值达20万两之巨的珠宝。年羹尧就借雍正二年进京之机，特地将赵带到北京，“再四恳求引见”，力保其人可用。遭年参劾降职的江苏按察使葛继孔也两次送上各种珍贵古玩，年羹尧于是答应日后对他“留心照看”。此外，年羹尧还借用兵之机，虚冒军功，使其未出籍的家奴桑成鼎、魏之耀分别当上了直隶道员和署理副将的官职。
第三，贪敛财富。年羹尧贪赃受贿、侵蚀钱粮，累计达数百万两之多。而在雍正朝初年，整顿吏治、惩治贪赃枉法是一项重要改革措施。在这种节骨眼上，雍正是不会轻易放过的。雍正对年羹尧的惩处是分步逐渐进行的。
第一步是在雍正二年十一月年羹尧陛见离京前后，此时雍正已作出决定，要打击年羹尧。年羹尧离京后接到的那份朱谕就是对他的暗示。
第二步是给有关官员打招呼。一是雍正的亲信，要求他们与年羹尧划清界限，揭发年羹尧的劣迹，以争取保全自身；二是年羹尧不喜欢的人，使他们知道皇帝要整治年羹尧了，让他们站稳立场；三是与年羹尧关系一般的人，让他们提高警惕，疏远和摆脱年羹尧，不要站错了队。这些都为公开处治年羹尧做好了准备。
第三步把矛头直接指向年羹尧，将其调离西安老巢。
到了雍正三年（1725）正月，雍正对年羹尧的不满开始公开化。年羹尧指使陕西巡抚胡期恒参奏陕西驿道金南瑛一事，雍正说这是年羹尧任用私人、乱结朋党的做法，不予准奏。
年羹尧曾经参劾四川巡抚蔡埏威逼所属知府蒋兴仁致死，蔡埏因此被罢官，经审讯后定为斩监候；而年羹尧的私人王景灏得以出任四川巡抚。这时雍正已经暗下决心要打击年羹尧，蔡埏被押到北京后，雍正不同意刑部把他监禁起来，反而特地召见他。蔡埏陈述了自己在任时因对抗年羹尧而遭诬陷的情况，又上奏了年羹尧“贪暴”的种种情形。雍正于是传谕说：“蔡埏是年羹尧参奏的，若把他绳之以法，人们一定会认为是朕听了年羹尧的话才杀他的。这样就让年羹尧把持了朝廷威福之柄。”因此，雍正不仅没有给蔡埏治罪，而且升任他做了左都御史，成为对付年羹尧的得力工具。
雍正三年（1725）三月，出现了“日月合璧，五星联珠”的所谓“祥瑞”。群臣称贺。年羹尧也上贺表称颂雍正夙兴夜寐，励精图治。但表中字迹潦草，又一时疏忽把“朝乾夕惕”误写为“夕惕朝乾”。雍正抓住这个把柄借题发挥，说年羹尧本来不是一个办事粗心的人，这次是故意不把“朝乾夕惕”四个字“归之于朕耳”。并认为这是他“自恃已功，显露不敬之意”，所以对他在青海立的战功，“亦在朕许与不许之间”。接着雍正更换了四川和陕西的官员，先将年羹尧的亲信甘肃巡抚胡期恒革职，署理四川提督纳泰调回京，使其不能在任所作乱。四月，解除年羹尧川陕总督职，命他交出抚远大将军印，调任杭州将军。
最后一步是勒令年羹尧自裁。年羹尧调职后，内外官员更加看清形势，纷纷揭发其罪状。雍正以俯从群臣所请为名，尽削年羹尧官职，并于当年九月下令捕拿年羹尧押送北京会审。十二月，朝廷议政大臣向雍正提交审判结果，给年羹尧开列92款大罪，请求立正典刑。其罪状分别是：大逆罪5条，欺罔罪9条，僭越罪16条，狂悖罪13条，专擅罪6条，忌刻罪6条，残忍罪4条，贪婪罪18条，侵蚀罪15条。
雍正说，这92款中应服极刑及立斩的就有三十多条，但念及年羹尧功勋卓著、名噪一时，“年大将军”的威名举国皆知，如果对其加以刑诛，恐怕天下人心不服，自己也难免要背上心狠手辣、杀戮功臣的恶名，于是表示开恩，赐其狱中自裁。年羹尧父兄族中任官者俱革职，嫡亲子孙发遣边地充军，家产抄没入官。叱咤一时的年大将军以身败名裂、家破人亡告终。
凡看过电视连续剧《雍正王朝》的读者，都一定会对年羹尧留下深刻印象。这位显赫一时的年大将军曾经屡立战功、威镇西陲，满朝文武无不服其神勇，同时也得到雍正帝的特殊宠遇，可谓春风得意。但是不久，风云骤变，弹劾奏章连篇累牍，各种打击接踵而至，直至被雍正帝削官夺爵，列大罪92条，赐自尽。一个曾经叱咤风云的大将军最终落此下场，实在令人扼腕叹息。
那么，历史上的年大将军究竟是一个什么样的人？又是什么原因导致雍正要下决心除掉这个自己曾经倚为心腹的宠臣？
关于雍正为何杀年羹尧，史学界向来有争论。有人说是因为年想造反，又有人说年羹尧当年参与了雍正与诸兄弟的皇位之争，雍正这样做是杀人灭口。我们不妨分析一下这些说法：
一种观点认为年羹尧的死是因为他自立为皇帝。乾隆时学者萧爽在《永宪录》中提到：年羹尧与静一道人、占象人邹鲁都曾商谈过图谋不轨的事。有的学者也持此说，认为“羹尧妄想做皇帝，最难令人君忍受，所以难逃一死”。而《清代轶闻》一书则记载了年羹尧失宠被夺兵权后，“当时其幕客有劝其叛者，年默然久之，夜观天象，浩然长叹日：不谐矣。始改就臣节”。说明年确有称帝之心，只因“事不谐”，方作罢“就臣节”。其实这种说法是没有充分依据的。
在封建时代最注重名分，君臣大义是不可违背的，做臣子的就要恪守为臣之道，不要做超越本分的事情。
年羹尧的所作所为的确引起了雍正的极度不满和某种猜疑。年羹尧本来就职高权重，又妄自尊大、违法乱纪、不守臣道，招来群臣的侧目和皇帝的不满与猜疑也是不可避免的。雍正是个自尊心很强的人，又喜欢表现自己，年羹尧的居功擅权将使皇帝落个受人支配的恶名，这是雍正所不能容忍的，也是雍正最痛恨的。雍正并没有惧怕年羹尧之意，他一步一步地整治年羹尧，而年也只能俯首就范，一点也没有反抗甚至防卫的能力，只有幻想雍正能看着旧日的情分而法外施恩。所以，他是反叛不了的。雍正曾说：“朕之不防年羹尧，非不为也，实有所不必也。”至于年羹尧图谋不轨之事，明显是给年罗织的罪名，既不能表示年要造反，也不能说明雍正真相信他要谋反。
从年羹尧来看，他一直也是忠于雍正的，甚至到了最后关头也一直对雍正抱有很大幻想。
在被革川陕总督赴杭州将军任的途中，年羹尧幻想雍正会改变决定，因而逗留在江苏仪征，观望不前。结果这反使雍正非常恼怒，他在年羹尧调任杭州将军所上的谢恩折上这样批道：“看此光景，你并不知感悔。上苍在上，朕若负你，天诛地灭；你若负朕，不知上苍如何发落你也！……你这光景，是顾你臣节、不管朕之君道行事，总是讥讽文章、口是心非口气，加朕以听谗言、怪功臣之名。朕亦只得顾朕君道，而管不得你臣节也。只得天下后世，朕先占一个‘是’字了。”雍正的这段朱批实际上已经十分清楚地发出了一个信号：他决心已定，最终必将除掉年羹尧。
直至年羹尧接到自裁的谕令，他也一直迟迟不肯动手，还在幻想雍正会下旨赦免他。但雍正已经下定决心，认为使其免遭凌迟酷刑、自裁以全名节已属格外开恩，所以他应该“虽死亦当感涕”，因此年羹尧生路已绝。一个想要谋反的大臣怎么会对皇帝有这种不切实际的幻想呢？雍正在给年羹尧的最后谕令上说：“尔自尽后，稍有含冤之意，则佛书所谓永堕地狱者，虽万劫不能消汝罪孽也。”在永诀之时，雍正还用佛家说教，让年心悦诚服，死而不敢怨皇帝。
还有一种观点认为，年羹尧参与了雍正夺位的活动，雍正帝即位后反遭猜忌以至被杀。不只是稗官野史，一些学者也持这种看法。据说，康熙帝原已指定皇十四子胤禵继位，雍正帝矫诏夺位，年羹尧也曾参与其中。他受雍正帝指使，拥兵威慑在四川的皇十四子胤禵，使其无法兴兵争位。雍正帝登基之初，对年羹尧大加恩赏，实际上是欲擒故纵，待时机成熟，即罗织罪名，卸磨杀驴，处死年羹尧这个知情之人。有人不同意此说，主要理由是雍正帝继位时，年羹尧远在西北，并未参与矫诏夺位，亦未必知晓其中内情。但客观上讲，当时年羹尧在其任内确有阻断胤褪起兵东进的作用。
关于雍正帝篡改遗诏夺取皇位的情况，许多著述都进行了阐释，阎崇年的《正说清朝十二帝》也有系统归纳，此不赘言。各家说法，见仁见智，莫衷一是。雍正即位一事，确实疑点很多。而他即位后，又先后处置了原来最为得力的助手年羹尧和隆科多，让人更不禁要怀疑这是做贼心虚、杀人灭口。当然，这只能算是合理推定，尚无铁的资料作为支撑，所以，这种怀疑套句俗语说就是：“事出有因，查无实据。”
我们暂且抛开雍正决心除掉年羹尧的真正动因不说，从年羹尧自身而言，他的死确实有点咎由自取。他自恃功高，妄自尊大，擅作威福，丝毫不知谦逊自保，不守为臣之道，做出超越臣子本分的事情，已为舆论所不容；而且他植党营私，贪赃受贿，“公行不法，全无忌惮”，为国法所不容，也为雍正所忌恨。这就犯了功臣之大忌，势必难得善终。所以《清史稿》上说，隆、年二人凭借权势，无复顾忌，罔作威福，即于覆灭，古圣所诫。
值得一提的是，在年羹尧死的时候，雍正还派人给年羹尧留下一句话：“但愿人长久，千里共婵娟。”
