再说吴长庆以前驻扎朝鲜近两年，由于朝鲜气候格外寒冷潮湿，结果落下喘嗽之重症。1884年春，吴长庆至天津与李鸿章商议军事，李鸿章即感到他病情严重，人极病惫。适值中法战争前夕，李鸿章遂于4月4日奏准，让吴长庆率领驻扎的三营庆军撤回山东金州，同时留庆军三营由记名提督吴兆有统带，并命分发各省补用同知袁世凯总理营务处，会办朝鲜防务。吴长庆还将自己的副营(警卫亲军)交袁世凯带领，以示对袁的信任和厚爱。
吴长庆回到国内后病情加重，于闰5月21日病死于金州军营，年仅51岁。吴长庆身故后，清廷谥“武壮”。朝鲜国王李熙也下令在汉城为吴长庆建靖武祠，令金尚铉撰碑文，碑阴题名首列宪僚张謇、周家禄、朱铭盘三人，第二十二名才是营务处同知袁世凯，可见，当时袁的地位并不高。
在吴长庆死后还不到两个月，袁世凯就把他家和吴的交情以及吴对他的恩情忘得一干二净，转身投靠到李鸿章门下。李鸿章是直隶总督兼北洋大臣，又是慈禧太后的宠臣，权倾朝野，能攀上他，对袁世凯的进一步发迹是必不可少的。可是，由于袁世凯的势利表现过于明显，引起吴长庆的亲信幕僚张謇、朱铭盘等人的极大不满。于是，张謇、张察、朱铭盘三人联名写了长达数千言的《致袁慰廷司马绝交书》，痛斥袁世凯近乎忘恩负义、骄横跋扈等种种劣迹。绝交书首先说到袁家与吴家三代世交，吴长庆以此对袁恩爱有加，袁世凯在吴长庆幕府中“由食客而委员，由委员而营务处，由营务处而管带副营，首尾不过三载”。吴对袁的提携之恩不为不厚，他们以为袁世凯必“溯往念来，当有知遇之恩，深临事之惧者，及先后见诸行事及所和函牍，不禁惊疑骇叹”。接着，绝交书一一列举了袁世凯的劣迹，比如背故主投新主，令故主难堪。绝交书说：“慰廷自结李相，一切更革，露才扬己，颇有令公(指吴长庆)难堪者”。吴在决定将跟随自己数十年的副营交袁世凯统带时，曾对幕僚说：“慰廷是三世交情，吾所识拔，必不负吾，必不改吾章程！”吴以副营托袁，颇有“举贤自代衣钵相传之意”。而袁却自矜家世，大言不惭，说什么“是区区何足奇，便统此六营，亦玷先人”，对吴长庆的托付根本不放在眼里，让吴长庆有托付非人之讥。又比如，袁世凯傲视师长同僚，即以对张謇来说，袁世凯刚入吴幕时，尚能够“谦抑自下，颇自向学”，让人觉得他是“有造之士”。但当袁世凯有了权力地位后却傲慢起来，对张謇的称呼也一变再变，由老师、先生、某翁直至直呼某兄，“愈变愈奇”，让人难以接受。绝交书还详细列举了袁世凯品行不端、心术不正的十一项表现。这篇绝交书将袁世凯早年凶险玩鄙，负义专断，历历指实，写得淋漓尽致，对于人们认识袁世凯的卑劣本性无疑大有帮助。
吴长庆在朝鲜平定乱事之后，以对外政策与李鸿章不同之故，致遭李鸿章疑忌而屡受其压迫，抑郁愤懑，在不得志中死去。张謇作为吴长庆的亲信幕僚，为旧主鸣不平，遂对袁世凯施以无情之攻击，令袁世凯难堪。“以致双方负气，十年不通函牍”。
1893年，朝鲜东学道农民起义发动。次年，义军在道首全璋准领导下席卷南部道，朝鲜政府无力镇压起义，只得向清政府请求派兵“代戡”。而清军再次入朝，将面临巨大风险。根据1885年同日本达成的协定，在朝鲜局势出现波动时，中日两国出兵来朝，事前必须互相通报，这就给了日本出兵朝鲜的合法权力。若日本此时也出兵朝鲜，又将造成中日两军在朝鲜对峙乃至爆发大规模战争的严重局面。若不派兵入朝，又将有损“天朝大国”的体面。因而，判断日本是否出兵，是决策的关键。
袁世凯极力主张派兵入朝，以维护并提高“天朝上国”的威信。当时日本也放出话来：“中国可以放心出兵代朝戡乱，日本决无他意”。袁世凯在同日本驻朝鲜官员的往来中，判断日本支持中国出兵，日本若出兵，最多是以保护使馆为名，调百余兵来朝鲜而已，因而他极力怂恿李鸿章尽快出兵。李鸿章本想出兵，但顾虑日本的态度，而犹豫不决。在收到袁世凯几份催促出兵的电报后，李鸿章终于下定决心。他命直隶提督叶志超任主帅，率聂士成部2000余人开往朝鲜汉城，并根据协定将中国出兵一事通告日本。
此时的日本早已做好了出兵朝鲜并同清军决战的准备，在接到中国出兵的通告后，立即命部队出动，在清军抵达汉城时，大批日军也先后开到朝鲜，来势汹汹。这样，朝鲜半岛上中日两国军队形成对峙局面，战事一触即发。
在这种严重局面下，袁世凯也感到无良策可施，而在朝鲜，日军数倍于清军，战端一开，显然不利于中国，此时再留在朝鲜已是凶多吉少。袁世凯也被日军的声势吓破了胆，他接连向李鸿章等去电报，请求回国，并把政务交给唐绍仪代办，自己称病不出。7月17日，袁世凯终于得到了朝廷恩准回国的诏书，如同得到大敕，立即易装逃离汉城，乘船回国，结束了他在朝鲜十二年的生涯。
1895年4月下旬的一个傍晚，一驾装饰豪华的马车，风尘仆仆驶进天津城，徐徐停在李鸿章的私人花园门外。
对袁世凯此次专程来访，李鸿章非常感动，特别设了丰盛的晚宴，款待袁世凯。晚上二人促膝谈心至半夜方散。
此次进谒，使李鸿章对袁世凯有了更为深刻的了解，为日后的东山再起，埋下了一个极有力的伏笔。
在此之前，袁从朝鲜气喘吁吁地刚刚赶回天津，便被李鸿章委任为转运局承办，去应付中日甲午战争。袁世凯和昔日的老上级周馥一道，同赴辽东，专办粮物军需，供给前线。
对这次战争，袁世凯看得很清楚：中国不是日本人的对手。
当时，国内群情激昂。对日本人不宣而战非常愤慨。李鸿章沉默不语，他毕竟是朝中与外国人打交道最多的大臣，深知中国军队的战斗力已降至最低点，他知道这种不中听的话会引来满朝文武举国上下的同声反对和谴责。
中日谈判破裂，朝廷一声令下，中日正式开战，然而无论是陆上，还是海上，中方都是连连失利，节节败退。但尽管如此，身为北洋大臣和直隶总督的李鸿章还是振作精神，全身心地投入到战争中去。
这个时候，只有一个人让他感到是个知己，这个人便是袁世凯。袁从朝鲜一回到天津，便把自己在朝鲜时对日本军队直接了解到的情况对李全盘托出，并明确提出，中国已失去战机，朝鲜早就被日本控制，现在惟有拱手让出朝鲜，舍车保帅，尽力求和，然后再寻机反扑。李又把不得已而战的内外压力向他陈述一遍，表明了自己的无奈。二人于默默对视中，已相互理解，成为知己。
战争失败，李又不得不作为替罪羊，硬着头皮到日本签订了《马关条约》，不但白送了朝鲜还割让了辽东半岛、台湾、澎湖列岛给日本，赔偿军费二亿两，并让日本一直将通商口岸沿长江开到重庆。消息传出，全国人民悲愤至极，正在北京应试的举人康有为等人上书请废和约，发出改良政治，挽救民族危亡的强烈呼声。清政府中的一部分官僚也大为不满，都把矛头指向李鸿章。有的甚至提出杀李以谢天下，废约再战。4月中旬回到天津的李鸿章。已成过街老鼠。人人喊打，只有窝着满肚子的冤屈和无奈，躲在家里不敢出来。不少昔日常来巴结的官员，此时也为了自己的形象，避嫌不来了，一时间门庭若市的李家花园，此时已变得冷冷清清，门可罗雀。眼看李鸿章这棵庇荫大树已倒，袁世凯得另投门庭，重建功业。朝中官员鉴于对日战争节节挫败，知道旧军不可靠，纷纷上条陈。以筹饷练兵为当前急务，皇帝载湉采纳众议，认为参酌中外兵制，改练新军，是自强的关键，于1894年9月成立了督办军务处，负责整顿京畿旧军和改练新军，以恭亲王为总理大臣，庆亲王为会办，李鸿藻、翁同龢、荣禄、长麟会同办理。袁世凯听到这个消息，懊悔迟了一步，落在别人后面了，犹豫了好些日子，试着先给李大军机写了一份禀呈，分析甲午战败的原因，提出练兵自强的方案，可是迟迟不见回音。袁世凯心情急躁，于是带了跟班吴凤岭乘火车去京师活动。
甲午战争的失败，彻底暴露出清王朝旧军队的腐败无能，显示了日本军队和洋枪洋炮的强大威力。在战争中，无论是李鸿章督率多年的淮军、苦心经营的北洋水师，还是刘坤一的湘军，都已不堪一击。清政府对依靠原来的军队维护自己的统治已发生了严重怀疑，各方人士也都痛感应迅速改革旧军队，建立新军队。
于是，从《马关条约》签订的这一年开始，清政府便下决心着手筹备建立新式陆军，选派青年出洋学习军事，设立武备学堂一类的新式军事学校，并批准了西按察使胡菜编选定武军士，两江总督张之，洞训练自强军十三营，一时间，训练新军成为举国上下的一个热门话题。
对如此敏感的大事，袁世凯当然不能袖手旁观，他已经瞅准了这是一个千载难逢的绝好机会，训练一支属于自己的军队，是他早在朝鲜时就朝思暮想，并几次欲付诸实践而不得的事，现在他决不能放过。
甲午战争暴露了清军的腐败无能。而日军由于采用西方的军事制度和先进武器，在战争中表现出的优越性令清军将领自叹弗如。战后，要求改革军制，整军经武的呼声日益高涨。同时社会上也开始改变以前重文轻武的风气，弃文习武成为时代新潮。在这种背景下，清政府也酝酿编练新军，并于1894年11月成立了“督办军务处”，由恭亲王奕为首，实权掌握在慈禧太后的亲信荣禄手中。
袁世凯逃离朝鲜后，曾奉命赴前线协助前敌营务处周馥工作，主要是为各军筹拨弹药粮饷。他同湘军名将刘坤一及淮军聂士成、宋庆等将领多有接触，并因办事干练、有条理而颇获好评。在此期间，袁世凯曾到北京，遍访京中友人，他甚至抛弃嫌疑主动登门拜访已经有十多年不通音信的张謇，两人交谈三个小时。袁世凯历数在朝鲜因在李鸿章管辖之下，不能行使吴长庆政策之苦闷。并且说，此次乱事发生，曾有密电致李鸿章数十次之多，均不采用，且遭申斥。他又向李鸿章建议，如不愿开衅，即请明令派我(袁世凯自称)与日本驻朝公使协商，共同平乱，及共同改革朝鲜内政之办法，亦遭李鸿章严拒，言时愤慨不已。张謇听了表示十分同情，后来张謇在弹劾李鸿章的奏折中两次提及袁世凯之名，显然是完全听信了袁世凯的一面之词。随后，袁世凯把光绪壬午以后李鸿章对日交涉如何软弱，两次把吴长庆军队调回中国如何失算，与伊藤在天津所订条约如何错误，他本人在朝鲜因中国军队之撤回，对日交涉及对朝鲜处置如何困难，李鸿章之如何掣肘，并将最近四个月间来往文电摘要抄录，缮成小册数十份，呈送北京要人，不由军机处，而直达光绪皇帝，另有一份，则直达那拉氏。可见，袁世凯知道李鸿章失势后对其落井下石。《马关条约》签订后，李鸿章被国人视为卖国贼，声名狼藉。本来靠李鸿章提拔起家的袁世凯加入了打“死老虎”的行列，并利用其叔祖袁甲三及堂叔、堂兄弟们的关系，到处攀援京城内外的达官显贵，如李鸿藻、荣禄、刘坤一等人，袁世凯之势利善于投机由此可见一斑。
李鸿藻
李鸿藻(1820-1897)，直隶(今河北)高阳人，号兰孙，咸丰进士，翰林院编修。1861年4月，咸丰帝特诏为皇太子载淳(后来即位为同治帝)的师傅。此后历任内阁学士、户部左侍郎、军机大臣、都察院左都御史、工部尚书、总理各国事务衙门大臣、兵部尚书、协办大学士、户部尚书、礼部尚书等职。当时，清廷内外大臣有所谓清流与浊流之分，而清流又有南北两派，李鸿藻为北派清流首领，张佩纶、张之洞为其中坚；翁同龢为南派清流领袖，黄体芳、陈宝琛、吴大徵、王仁堪、邓承修等为其中坚。作为清流派大老，一代帝师，李鸿藻“独守正持大体”，因而名重京师，是袁世凯很想攀援的大人物。中日甲午战争爆发后，李鸿藻奉命商办军务，旋复为军机大臣。据说，袁世凯拜到李鸿藻门下，是由是他的拜把兄弟、翰林徐世昌介绍引见的，在投入李鸿藻门下后，袁世凯几次以“小门生”身份写信给李鸿藻，分析甲午战败原因，极力炫耀自己的军事才华。如在1895年5月7日致李鸿藻的信是这么写的：
至此次军务，非患兵少而患在不精；非患兵弱而患在无将，其尤足患者在于军制冗杂，事权纷歧，纪律废弛。无论如何激励亦不能当人节制之师，即如前敌各军共计不下十万人，而敢与寇角者，亦只宋祝帅、依尧帅旧部二三千人，及聂提督千百人耳。此后，非望风而逃，即闻风先溃，间或有一二敢战者，又每一蹶不可复振。为今之计，宜力惩前非，汰冗兵以节糜费，退庸将以肃军政，亟捡名将帅数人，优以事权，厚以饷粮，予有二三自爱者，又每师心自用，仍欲以剿去发捻旧法御劲敌，故得力者不可数睹耳。其各省防练诸军大半安闲太久，习气薰灼，其真能御敌者，实难枚举，派驻前敌，徒足以滋扰闾阎与军务，不但无补而闻风惊扰，反为他军之累，况和局已定，嗣后饷源尤渐支绌，新募诸军自须依次汰遣。伏莽之起，恐不旋踵而各省防练诸军，尤须先行调回，以资弹压，其南方诸军又宜由就近海口船载以归，免至沿途地方遭其骚扰。
现值奉省荒歉，农务方殷，兵民杂处，此户弃业，如能早遣一日即为数万生灵之福，且此次赔输甚巨，开源节流，亟须整理，而养兵之费向属繁巨，似应速派明练、公正、真实知兵大员，除将着名骄饱疲懦诸军即须遣散外，仍将拟留各军认真点验，分别减汰，务期养一兵即得一兵之用，庶库无虚糜，扞卫有实效。统计奉直一带如有精兵六七万人，分归二三名帅扼要驻扎计可自守。正肃禀间，闻倭因俄、法、德三国要挟，已允还我全辽，诚足为大局聿。惟三国助我应必有以自计，他族生心亦在意中，而在栽自强之道，仍属刻不容缓。
以小门生卑微浅陋，何敢妄参末议？惟念世受国恩，未报涓埃，复蒙太老夫子恩遇，陶成有加无已，既有管见不敢壅于上闻，是否有当，优候采纳，不胜悚惶、待命之至。再，去秋本家本生母右肢受风，迄今未愈，足以小门生奔走戎马时，切系念病，每因之有加。前以军事孔亟未敢以私于请，现值和局已定，前敌输运已商同胡臬司燏菜饬各局总办，委员依次收柬。拟即禀请北洋赏假，归省以遂乌私。俟得批允，即将首途。此后遥荫慈晖，仰瞻愈远，尚乞不遗葑菲，随时教诲下颁，俾有遵循，不至玷辱知遇，尤切歧祷。谨肃寸禀，慕叩崇安。伏祈垂鉴。小门生袁世凯谨禀。四月十三日。
袁世凯在信中那种极谦卑的口吻活灵活现，这正是枭雄惯弄的手段，来得志时极谦卑恭顺，而一旦得志便猖狂，无不如此。
