孙中山每次外出，见途中总无一人，甚为诧异，得知是袁世凯特意安排之后，说：“鄙人虽系退位总统，不过国民一分子，若如此尊严，既非所以开诚见心，且受之甚觉不安，应即将随从马队及沿途军警一律撤去，俾得出入自由。如大总统坚执不肯，则鄙人小住一二日即他去矣！”
袁世凯得知孙中山的心思，忙将军警撤除了。
孙中山在北京逗留了一个月，与袁会谈十三次，参加会谈的只有梁士诒一人。袁世凯始终装出虔诚的样子，恭听孙中山的议论，不论孙讲什么，他都表示赞成。偶有不同意，也要说上两句“贵论宏大，可以参考”的奉承话。
孙中山说：“北京内外受困，不可久居，最好迁都至长安、武昌或南京。”袁世凯均答应可以考虑。
孙中山说：“各省地方官吏，由中央任命，易招致民众的不平，最好由地方民选。”袁世凯赞不绝口：卓见极是，卓见极是。
孙中山说：“中国以农立国，若不于农民自身求彻底解决，则革新非易；欲求解决农民自身的问题，非耕者有其田不可。”袁世凯连道：“理应如此。”
关于召集国会后成立正式政府的问题，孙中山当面表示本人决不参加竞选正式总统，并且代表黄兴放弃竞选。又保证由同盟会改组后的国民党，一定全力支持袁当选正式总统。
谈到这里袁激动地说：“你所谈的一切事情。样样都对，我都赞成，只有这件事我不能赞成。我以衰朽之躯，勉强出来支撑危局，难堪重任。将来选举正式总统，只有像你这样年富力强而又才高志大的人，才能当之无愧。我哪能成呢？”
孙中山诚恳地说：“我们不但今天要你担任正式总统，而且将来还要你连任下去。十年以内大总统非公莫属。这正是加强个人责任，保证你能对一切事情放手去做”。
听到这里袁世凯喜出望外却又假惺惺地说：“这岂不是居我于火炉上，而你却可以逍遥自在于？”
孙中山严肃地说：“这却不然，我们可以分工合作。我认为当前最重要的事情，第一件是训练军队以防备外国人的侵略，第二件是开辟交通以发展国民经济。我们不妨制订一个宏伟的规划，十年之内，你练成精兵一百万，我造好铁路二十万里！”
孙中山站起来，致答词：“袁总统富于政治经验，担任国事，可为中国得人庆……袁总统善于练兵，以中国之力，练兵数百万，保全我五大族领土。以我五大族人民既庶且富，又能使人人受教育，与列强各文明国，并驾齐驱，又有强兵以为盾，十年后，当可为世界第一强国”。
答词致毕，孙中山也高呼：“袁大总统万岁！”
这时，孙中山对袁世凯已“绝无可疑之余地”了，遂给黄兴发电：“到北京后，与项城接谈两次，关于实业各事，彼亦尚有计划，大致不甚相远，至国防、外交所见略同，以弟所见，项城实陷于可悲之境遇，而绝无可疑之余地。振武案实迫于黎之急电，非将顺其意，无以负黎之望。弟到此以来，大消北京意见，兄当速来，则南方风潮亦可止息。统一当有圆满之结果”。
孙中山要求黄兴也北上北京，与袁世凯会晤，表示对袁世凯的支持。
实际上，黄兴早就对袁世凯产生了怀疑，尤其是张振武案发生，便更不想北上进京与袁世凯会谈。
孙中山的电文，消除了黄兴对袁世凯的疑虑，于是他来到北京。
9月11日黄兴从上海来到北京。袁世凯对他的欢迎仪式一如孙中山。黄兴受袁的迷惑比孙中山更深，不仅向参议院国民党议员疏通通过袁的心腹赵秉钧为正式内阁总理，吸收赵秉钧为国民党党员，还劝袁加入国民党，并且代表孙中山和他本人愿意以党的领导地位相让，希望袁以国民党为后援，“建设强有力之政府”。袁假惺惺地表示：加入政党诚然不错，然“今则非其时也”。嗣后，他对柏文蔚说他之所以拒绝加入政党，是因为“入甲党，则乙党为敌，入乙党，则丙党为敌，实不敢以一己之便安，而起国中之纷扰。昔英国有女王终身不嫁，人问之，则曰：吾以英国为夫。鄙人今日亦曰：以中华民国为党。四海之内，皆吾兄弟，三人同行，厥有吾师。俟将来政党真正稳固，或不能终守不党主义”。
黄兴一到北京，一心一意扩大政党，他在北京逢人便动员其加入国民党，上至袁世凯，下至一般君主立宪派分子、旧官僚以及前清遗老，都是黄兴动员的对象。
而孙中山却不太过问政治，他一心扑在中国的实业上。在他的心目中，头一件大事，就是把中国的铁路搞上去。他到张家口视察了詹天佑设计修建的铁路。
袁世凯对孙中山修建铁路的宏伟计划很感兴趣，指使梁士诒多次赴孙中山行馆，帮助拟订建筑铁路的规划。9月9日发布命令，“特授孙文以筹划全国铁路全权”，组织铁路总公司。每月给孙中山三万元的高薪。以后又任命黄兴为汉粤川铁路督办。对黄兴的随员也极力延揽：委派李书城为总统府军事处次长，其余张孝准、何成濬、曾昭文、耿觐文等人都给予参谋部或陆军部顾问官的名义。后来，袁世凯在中华民国第一个国庆日还发表命令，特授孙中山以大勋位，授黄兴勋一位及陆军上将。孙、黄都表示不受。
孙中山走后，袁世凯发表了自己拟订的袁、孙、黄、黎的共同宣言，也就是八大政纲。
共同宣言没有经过孙中山、黄兴的酌定，而黎元洪因为张振武案，回避与孙中山和黄兴会见，未入京，只列上名而已。
八大政纲如下：
一、立国取统一制度；
二、主持是非善恶之真公道，以正民俗；
三、暂时收束武备，先储备海陆军人才；
四、开放门户，输入外资，兴办矿山铁路，建置钢铁工厂，以厚民生；
五、提倡资助国民实业，先着手于农、林、工、商；
六、军事、外交、财政、司法、交通皆取中央集权主义，其余斟酌各省情形兼采地方分权主义；
七、迅速整理财政；
八、竭力调和党见，维持秩序，为各国承认之根本。
孙、袁、黎、黄的“四巨头宣言”，袁世凯获利甚大。不仅给人造成一个印象，他袁氏是“豁达大度”的，“诚心”谋求南北统一的；而且在《内政大纲》发表后，集中了政权，奠定了他的总统地位。
通过会谈，孙、黄均被迷惑，上了袁的圈套。8月28日，孙即表示同意选举袁为正式总统。9月2日又在北京报界欢迎会上宣布，“现在政治之事，有袁大总统及一般国务员担任，鄙人从此即不厕身政界，专求在社会上作成一种事业”，即建筑铁路，以实现其民生主义，不再与袁竞争总统。4日在答记者问时又说：袁没有野心，是民国现在很难得的一个人。10月6日对上海国民党员演说时还讲：“……余信袁之为人，很有肩膀，其头脑亦甚清楚，见天下事均能明彻，而思想亦很新。不过，作事手腕稍涉于旧，盖办事本不能全采新法。欲治民国，非具新思想、旧经验旧手段者不可，而袁总统适足当之。故余之荐项城，并不谬误”。黄兴更是忘乎所以，他说：“兴至京时，觉有一绝大希望及一绝大乐观之事，为袁总统之苦心谋国是也。报纸有以拿破仑诋之者，殊为失当，且亦绝无之事。袁之为人，精神充足，政策亦非常真确”。“今日北有袁大总统，南有黎副总统，犹之屋有栋梁，而吾辈方能住居寝食歌哭于其下，故我辈一面监督现今之政府，同时复当尊重此两大伟人”。他号召各界“须出真实爱国心，以赞助大总统建设之伟业”。袁听了这些话当然高兴，而他们讲的这些话，也着实在客观上帮了袁的忙。
孙中山离开北京之后，不再过问政治，而一心扑在中国的铁路建设上。他为考察日本实业和解决经营铁路的经费问题，于1913年2月前往日本。
1912年8月，同盟会与共和党、国民共进会、国民公党和共和实进会一举合并，改组为国民党，一切党务都由代理理事长宋教仁主持。在当时，国民党就是反对袁世凯独裁的惟一大党。1912年底至1913年初的国会大选中，国民党取得了胜利，并预定宋教仁担任内阁总理。
袁哪能容忍自己费了很大力气才控制起来的内阁居然要夺到国民党手中。在这权力发生危机的时刻，袁世凯丧心病狂，不择手段，通过特务头子洪述祖，传令曾经在上海当过流氓和帮会头子的应夔丞，制造了一桩震动全国的大血案。
1913年春，宋教仁在湖南、湖北等地旅行后抵达上海。3月20日夜，由上海启程返北京，当他刚刚步入火车站，就被应夔丞所收买的兵痞武士英用枪击伤。宋因伤势严重，抢救无效而逝世，终年31岁。
听到宋教仁遇刺的消息，袁心中甚是欢喜。但这个久经变故的政客，表面上却始而装出一副十分惊讶的样子，继而又装作万分痛惜的姿态。然而，假的终究是假的。3月23日，有一个古董商向上海租界巡捕房报告：他在应夔丞家买古字画时，应让他去暗杀一个人，并许诺事成之后给1000元的赏金。那个人正是宋教仁。于是捕房据此线索，当即逮捕了应夔丞，次日又将正凶武士英捉拿，并搜出应与洪述祖等的往来密电本和函电多件。在孙中山和黄兴等人的强烈要求下，将查获的函电证据向全国人民公布了。袁世凯这个老狐狸终于露出了马脚，他的凶残本性大白于天下了。
当国民党人群情激愤，一致谴责谋杀宋教仁的主犯时，一向狡猾奸诈的袁世凯，再一次露出凶神恶煞的面孔，叫嚣什么“武力统一”，发动了反革命内战。
袁世凯这些违背历史发展的规律，把牺牲他人而作为自己升官的倒行逆施之行为，也激起了国民党上层人物的不满和指责。
1913年7月上旬，孙中山在上海召开国民党会议，决定兴师讨袁，发动“二次革命”。李烈钧由上海秘密返回江西湖口，发动当地驻军起义。12日上午8点，驻沙河镇赣军林虎旅在李纯部的威逼挑衅下奋起反击。李烈钧立即在湖口召集会议，宣布江西独立，通电讨袁。并发布檄文如下：“民国肇造以来，凡我国民，莫不欲达真正共和目的。袁世凯乘时窃柄，帝制自为，灭绝人道，而暗杀元勋；弁髦《约法》，而擅借巨款。近复盛暑兴师，蹂躏赣省，以兵威劫天下，视吾民若寇仇，实属有负国民之委托。我国民宜亟起自卫，与天下共击之”。自此，国民党的“二次革命”开始，南北战争正式爆发。次日，江西省议会开特别大会，公举李烈钧为江西讨袁军总司令，欧阳武为都督，宣告与北京政府脱离关系。
7月15日，江苏宣布独立，17日安徽宣布独立，18日上海、广东宣布独立，19日福建宣布独立，25日湖南宣布独立，8月4日重庆宣布独立。
袁世凯为了表明自己发动反革命内战的“正义性”，袁世凯发布了一系列通令，把挑起内战的罪名硬扣到李烈钧等人头上。17日他申告用兵理由，谩骂欧阳武“全无国家观念，纯乎部落思想”，“捏词诬蔑，称兵犯顺，视政府如仇敌，视国会若土苴，推翻共和，破坏民国，全国公敌，万世罪人”。把别人的革命行动说成反革命行动，把自己的反革命行动说成革命行动。
用武力消灭国民党这正是袁世凯所希望的，要他放下屠刀既不可能，要他辞职更办不到。何况其军事力量处于绝对优势，战胜国民党势力即在指顾之间呢！7月21日袁世凯发布了戒严令，宣告湖口、徐州等处地方，凡应攻守各地域均处戒严状态，其余地方各司令官可临时宣告戒严；北京因有“奸人匪徒混迹其中，希图扰乱”，亦同时宣告戒严。同日又发布两道命令，再次颠倒黑白地重申了用兵的所谓“正义性”和“必要性”。什么“叛党欲破坏民国，惟本大总统责当保之，叛党欲涂炭生灵，惟本大总统责当拯之”；什么“断不忍五千年神明古国，颠覆自我。但使一息尚存，亦不许谋覆国家之凶徒以自恣”；什么“暴徒倡乱”，“不得不以兵力戡定”；什么“用兵定乱，为行使《约法》上之统治权”等等，把自己打扮得俨然是真理的化身，人民的救星。在复蔡元培的电中，更寡廉鲜耻地说：“叛徒倾覆共和，破坏民国，几有亡国不顾之势。鄙人有救国救民之责任，当此存亡危急、国民呼号请命之时，断不敢舍之而去，坐视乱党之荼毒生灵。至未选举以前，一日在职，一日决不放弃责任，即此所以尽职于国民及仰酬公等之厚爱也。其他非敢所闻”。23日，他撤销了孙中山的筹办全国铁路全权，决心将反革命内战进行到底，对任何人的劝告一概置若罔闻。
结果是袁世凯胜利了。
1913年10月10日“国庆节”到来的这一天，正是袁世凯如愿以偿，隆重就职而成为正式总统的一天。宣誓地点在前清皇帝登极的太和殿。届时，袁世凯由一大群文武官员簇拥着，威风凛凛地检阅了拱卫军、禁卫军及京卫队等北洋精锐。袁世凯梦想成为正式大总统的愿望，终于实现了。他感到，名正言顺进行独裁专制的时代开始了。
改变《约法》置法律于不顾这是袁实行独裁专制的第一步。他喜欢随心所欲的“人治”，厌恶法治：绝不允许任何民意机关或法律对他的权力进行丝毫的限制。
1914年5月1日，袁世凯正式公布废除原来的《约法》。实行经过他炮制的新《约法》。新《约法》计10章68条，贯串着封建专制主义和反动的皇权思想。袁世凯把两年来恣意破坏资产阶级民主制度所攫取到的各种封建专制特权，统统用法律形式固定下来。同时，他废除了内阁制，改行总统制。袁世凯得意地扬言“予今日始入政治新生涯”。接着，袁世凯便按新《约法》改组了政府机构，排除异己，制造派系，开始了他“屈天下人奉一人”的反革命政治生涯。
接下来，袁世凯为了进一步从精神上控制军队，以陆海军大元帅的名义，发布了第一号令，颁布了军人训令10条，其中第一条就是“军人宜效命国家，忠事元首。坚心定志，切戒妄听邪言”。一句话，一切都要效忠他。
在使中央军政机构适应独裁统治的同时，袁世凯对地方制度也大力变革，使地方也听令于他。他下令各省都督改称为将军。还在北京建立将军府。各地将军深知自己的荣辱福祸统统控制在袁的手里，只要不失宠，不论怎样贪赃枉法、草菅人命，都不会被贬黜。所以，他们在袁世凯面前无不卑躬屈膝，唯唯诺诺，这正是袁世凯所要求的效果。
严刑酷法亦是袁世凯想使全国人民都屈服于他的暴政之下的手段。从1914年初到1915年末的两年里，袁公布了一连串反人民、反民主的司法条例。为了控制舆论工具，堵塞人民言路，他为新闻界制定了《报纸条例》。为了镇压革命党人和人民革命活动，他还制定了《治安警察条例》……。凡此种种手段都是用来钳制人民的思想和民主活动的。除此之外，袁世凯还控制着笼罩全国的庞大的特务警察网，以实行他的恐怖统治。
这样一来，原来那个口口声声大讲“大总统是国民公仆”，时时处处鼓吹“共和”的袁世凯，终于撕下了冠冕堂皇的假面具，一个彻头彻尾的封建独裁专制主义者的面目出现在人民的面前了。
