1571年，杨应龙出任四川播州宣慰使，杨应龙对播州各族人民的统治极其残酷。1590年，叶梦熊上疏弹劾杨应龙种种罪状，1592年，杨应龙到重庆接受审讯，此后被释放。经过几年的准备之后，1598年，杨应龙起兵谋反，攻掠了贵州洪头、高坪、新村诸屯。此后又侵入湖广四十八屯。次年，贵州巡抚江东之命都司杨国柱等率兵迎战，结果明军大败，杨国柱战死，明朝廷大惊，增调部队前往增援。1600年，明军击败杨应龙，后杨应龙自缢而死，其子朝栋和兆龙等被俘，押解到京师后处死。此次平乱前后历时一百一十四天，死伤甚众，贵州各族人民也因此而饱受战祸。在平乱之后，明朝廷在播州地区实行改土归流，废除了土司的世袭制度，由明朝廷直接派遣官员进行管理。
明神宗在位的20年间，和周邻各国大体上保持着安稳的局面，之间也并没有大的战事发生。直至1592年，日本国出兵侵略朝鲜，明朝廷给予朝鲜援助，就此展开了抵抗日本侵略的大战。由于明朝廷最初不知军情的虚实，故而只派了一小队人马前去朝鲜作战，后被日本战败，明朝廷大为震动，此后才认真部署军事，抵御日军。在屡次战败之后，日军士气低落，无法再战，日军首领丰臣秀吉以议和作为缓兵之计，留驻在朝鲜釜山的日军始终没有撤离，而明军则决定议和而撤兵回国。1597年，日军又再次入侵朝鲜，明军再次派兵进行抗御。1598年，明军、朝鲜军与日军在海上激战，明军与朝鲜军共歼灭敌人万余人，取得了抗击倭寇战争的最终胜利。次年，明军班师回朝。日军首领丰臣秀吉在1598年7月病死后，德川家康开始兴盛，于1603年在江户设立幕府执政，次年派遣使者去朝鲜，丰臣家族败灭，日本与朝鲜再次恢复了往来。
明神宗万历时期，葡萄牙的殖民者们在澳门继续扩展势力。在明神宗即位之后，朝廷开始向澳门的葡萄牙商船抽取船舶税，而葡萄牙人居住在澳门，每年还要贿赠明朝的官吏钱财，逐渐形成了地租。此后，澳门逐渐被葡萄牙人所占据，广东的居民们掀起了反葡萄牙侵略的战争。1601年，葡萄牙派出了两艘战舰，装备大炮，驶入澳门港外，称要与中国通贡市。1605年，葡萄牙再次借口防备荷兰的袭击，没有得到中国政府的允许就在澳门修筑了炮台等防御工事，想要长久占据这里。葡萄牙人曾在1574年企图在中国内地传教，最终没有被允许。后于1606年，其中一名传教士病死在澳门。后另一传教士在澳门西北隔海的小岛上建起了一个耶稣会礼拜堂，以此作为传教的据点。澳门自此成为商业贸易的基地，以及欧洲传教士来华进行传教的前站。
明朝的经济和社会各集团
在南方的一些省区，并没有遭到元朝末年农民战争的扫荡，故而农民与地主的矛盾依然继续激化。在明朝建立初期，各地的农民相继举行了武装起义，而随着社会经济的逐渐恢复和发展，农民的武装斗争也日渐趋于平息，社会出现了数十年的相对稳定时期，为经济的恢复提供了必要条件。
由于战争破坏了地主对土地的占有关系，许多农民在斗争中获得了一定数量的田地，在社会趋于稳定后开始开垦田地，加速了农业生产的恢复，而明初统治者为了鼓励农业又实行了一些优惠政策，承认战后农民的土地占有权和耕种权，并承诺开垦的荒地归开垦者所有，而赋役制度的改革也有助于农业生产的恢复和发展。
元末的战争使得全国户口锐减，各地居民除了在战争中死亡之外，很大一部分流亡在外地成为流民。明初，统治者实行了移民屯垦政策，取得了成效，加快农业恢复的同时也刺激了人口的增长。根据明初时候编制黄册的统计，1381年全国的户口数是一千零六十五万四千三百六十二户，五千九百八十七万三千三百零五口。而到1393年，全国有了一千六百零五万二千八百六十户，六千零五十四万五千八百十二口。虽然这两个统计数字不一定是准确的，但显示出明初时期人口增殖的趋势是可以肯定的。
人口的增长，必然和农业经济的恢复相互影响促进，在史料记载中，从1368年到1383年的十五年之中，除了有三年缺乏统计数字以外，其余十二年都记录有“增辟耕地”的数字。其中最高的数字是在1374年，有九十二万多顷，最低的年份数字也达到了八九百顷。可见当时的耕地增辟速度也是十分快的。
随着农田的增辟，全国的粮食总产量也不断处于增长之中。在《太祖实录》中记载，1385年粮食产量为二千零八十八万九千六百一十七石，1393年是三千二百七十八万九千八百石，与《元史·食货志》中所记载的元文宗时期的税粮相比，增加了两千万石，大约是一点六倍。
明初农业生产的工具和此前相比并没有多大的不同，但耕作制度和栽培方法，以及防治虫害、施肥、果树嫁接等方面却有着明显的改进，某些地方甚至已经开始实行农业作物的套种增产措施，例如桑树和蔬菜的套种。
棉花织物的推广和发展大约从元代就开始了，到明朝时期更进一步发展。棉纺织材料的成本低于蚕丝，种植范围广泛，加工工艺也比较简单。虽然棉纺织品不如丝织品华丽美观，但却更适合广大民众的需求。明朝在民间推广植棉，对以后的农业生产和人民生活都产生了深远的影响。
明初的手工业和元朝时期一样，也存在着两个系统，一个是供给皇家消费和军需服务的官工业，一个是供应民间生活资料和服务的民间手工业。官工业中的纺织业是非常重要的一个部门，在南京设置有织染局，拥有三百张织机，每年生产各色的绢布五千匹，织造工艺十分精湛。民间的丝织业也非常发达，在明初期，浙江钱塘相安里，有雇工十几人的手工工厂，纺织丝绸，这样的民营丝织工厂已经具有了一定规模。官工业主要经营丝织业，所以官府所需要使用的棉布主要获得渠道是民间的棉纺业。1369年，朝廷一次赐给北征军的木棉战袄就达到了十一万件。1371年发给在京军士的棉衣用掉棉布三十八万两千八百匹。而1379年发给陕西军士的棉布更高达五十四万余匹。1380年发给辽东诸士卒的棉布也达到四十三万四百余匹。根据这些数据，可见在明初时期，棉布的生产量是非常可观的。在明初时候，松江等地几乎每家每户都有小型的织布机。
明初，江西的景德镇是瓷器生产中心，生产规模大，技术工匠多，其工艺水平和瓷器产量都居于全国首列。景德镇的窑厂分为官窑和民窑，官窑的产品工艺十分高超，所生产的瓷器成为名重一时的艺术品。而民窑则主要是生产民用瓷器，但有时也需要承担官窑的生产任务。
冶炼业在明初规模也较大，1373年，全国共设置了十三个冶铁所，此后又有所增设。冶铁业是冶炼业中最重要的，除此之外还有铜和银等金属冶炼的工业。铜和铅是铸造铜币的原料，所以官府对其控制比较严格。而银是贵金属，具有货币价值，故而对银矿的开采和冶炼，官府的控制也是极严的。
明初时期常备军的数目十分巨大，由于军队的需要，军器的制造也十分重要，是朝廷的一门特殊官工业。军器包括有盔甲、弓箭弦条、弩弓、刀枪、火器等。工部下属有军器局，专门制造军营所用的常规军器和军装。而军队中那些不堪作战的士兵，则可以去充当军匠，学习军器制造的手艺。
明初的造船业也十分发达，同样有民间工业和官工业。民间的造船业主要是生产小型的民用船只，大规模的造船业都属于官工业。其中官营造船业中规模最大的是南京的龙江船厂，其分工细致，厂地广阔。此外还有龙江宝船厂，是专门为郑和下西洋制造大型高级船的船厂。不管是制造技术还是船只的生产量，明初时期的造船业发展水平都是较高的。
制盐业也是非常重要的官工业，盐价和盐税收都是非常重要的官府收入来源。明初时期盐业的生产、行销和征税都是由户部来管理的，朝廷一直严禁私盐的贩售和行销。
由于元末明初的战乱导致城市破坏，市场萧条，故而明初时期的商业也十分衰落，而明太祖的重点放在恢复农业上，故而对民间的商业活动有诸多限制。直到明太祖至明宣宗的七十年间，社会逐渐稳定，农业逐渐恢复，商业贸易才逐渐发展起来。而随着商业贸易的发展，明朝出现了很多的商业大城市。
自从1369年建设直到1373年告成，再到后来1390年扩建外城，南京成为明朝全国最大的城市。而北京原本是元朝时期的大都，后来在元顺帝撤离之际经济受到了严重的破坏。后明成祖有了迁都北京的打算，开始对北京进行建设，到迁都北京之后，北京也越发兴旺起来。
南京和北京的商业发展方面有相当大的差异，南京处于经济比较发达的江南地区，城市的手工业和商业有着优越的发展条件，其经济水平也高于北方城市。而北京地处内地农业区，与北边的蒙古连年作战，西北方的商业通道也受到阻塞，只有南方一条经济通道可以进行往来输送粮食及其他物资。可以说，南京控制着南方的财富物资，而北京则控制着北方的边防和全国的政治。
除了南京和北京以外，其他的一些商业城市也随着农业经济的恢复而开始逐渐复兴，如杭州、苏州和扬州等地已经恢复成为全国纺织业及其交易中心。而济南、开封、松江、常州、荆州、南昌和成都等地则成为粮食交易和商品的集散地。在南北大运河开通之后，沿河的城市例如淮安、济宁、东昌、临清、德州和直沽等地都形成了较为活跃的商业城市。此外还有大同、开原、洮州、河州及大理等沿边城市则由于与边境的民族进行一些土产贸易而有所发展。而沿海的福州、泉州、广州和宁波等城市依然是对外贸易的重要港口。
在全国重要的商业城市之间都有形成已久的传统商路，构成了商业的交通网络。在明宣宗时期，全国的商业城市大约有三十多座，各个城市之间由商路连接，形成了商业市场的一个巨大网络。
明初，周边国家与明朝廷的传统贸易活动仍然采用朝贡的形式，而民间的私自贸易则被严厉禁止。明朝廷对于对外贸易的限制是十分严格的。到明成祖时候，进一步扩大了对外贸易，取消了对外贸易的限制，并多次派遣官员出使东南亚各地。从明成祖到明宣宗时期，郑和、王景弘等就率领舰队远航，其除了政治目的之外，也拓展了海外贸易。尤其是郑和七次下西洋，造成的影响不容小觑。
在明世宗嘉靖之后，社会进入了相对稳定的一段时期，农业和手工业又得到了进一步的发展。从嘉靖一直到万历的一百年间是中国经济发展史上非常重要的时期，在这一时期，中国的商品经济繁荣程度以及工商业的发展都是前所未有的。但是纵观世界范围，中国却日渐失去领先地位，落后到了西欧各国之后。
大抵自嘉靖以来，商品的生产和交易都有了空前的发展，这些都是伴随着农业及手工业等的发展而呈现出来的境况。而城市之间交通的发达则形成了全国的商业网络，货币的白银化也为商品交易的发展提供了条件。
另外，由于商业的发展，国内的白银产量不足，于是开始从国外输入。西班牙人从其殖民地将白银不断运往菲律宾，再由中国商人运送到国内。白银的大量流入加强了白银作为主要货币的地位，同时也扩大了中国商品的出口，促进了贸易及商品生产的发展，同时还有利于市场金融的活跃以及资本的积累。
南京和北京一直都是明朝时期最大的城市，是政治中心，同时也是南北经济的枢纽。北方以北京为中心，形成了北方城市的经济体系。而江南、东南及西南一带则以南京为中心，形成了南方城市的经济体系。其他的都会城市，例如湖广的武昌、四川的成都、浙江的杭州、江西的南昌、福建的福州以及广东的广州等都依旧保持着传统的经济地位，从而继续推动着商品经济在明朝时期的发展。
在嘉靖年间，还陆续出现了一批新兴的中小型城市，这些中小型城市当时还不具备成为城市的条件，所以被称之为“市镇”，蕴藏着无穷的发展能力。这些市镇原本只是一个个小小的居民点，或者是一个荒僻的渔村，或者乡村的贸易集市。它们在城市商品经济发展的刺激下，人口急速增加，商业和手工业也以较快的速度发展起来，社会经济面貌有了明显的改变。这些新兴的市镇大部分集中在江南的苏、松、杭、嘉、湖等地区。
明朝的对外贸易原本有朝贡贸易和私人经营两种形式。朝贡贸易在永乐和宣德时期十分兴旺，郑和出使海外各国，实际上就是中国对外朝贡贸易的一种扩大。洪熙时期明朝廷停止了下西洋的船队，并不再增加新的朝贡国，一度繁荣的海外贸易随着朝贡贸易的衰落而逐渐走向衰落。而私人的对外贸易活动也一直都受到严格的限制而不能有所发展。到明穆宗隆庆时期，明朝廷在对外贸易上基本采取了所谓的“海禁”政策，禁止商人进行海上通商，以此来加强海防，同时也让官府得以独占贡市贸易。但朝臣中依然有一部分极力主张开放海禁，恢复通商，此后，明朝的海禁时而紧时而松，朝廷内部对于是否开放海禁的争端也一直未曾停息，私人的海外贸易就在这样的情况下继续发展。外国来华贸易的船只大多是在广州一带停泊，中国的丝帛、绸缎、瓷器、果物等，通过这些外国的商船，运往亚洲各国，与此同时，西洋、南洋、印度洋地区的大批商品也随之进入中国的市场。
随着商品经济的发展，地主阶级中的贵族集团逐渐成为一个庞大的寄生团体。在经济发达的江南地区，地主与士大夫相结合的团体成为足以影响江南经济和明朝政治的一大势力。而由于经济的发展，商人阶级也逐渐兴起，并依据不同的行业和地区，组成了不同的集团，逐步成为社会经济发展中的重要力量。但商品经济的发展却没有带给广大农民什么好处，土地兼并现象越来越严重，数以万计的农民逐渐沦为流民，进而沦为佃仆，成为晚明社会中的一股逆流。
