美国陆军参谋大学位于美国堪萨斯州的雷温沃斯要塞。这个地方风景优美，令人陶醉。但是大学的学生并没有太多时间去欣赏。军校严格的规章制度使他们只能在教学中度过每一天，只有在圣诞节的时候，才有时间放松。这所大学除了来自中国的学生外，还有英国、法国的军官，这些军官的军阶各不相同，非常混乱。黄仁宇并没有过多关注学习以外的东西，这次机会对他来说太重要了，他没有浪费每一分每一秒。
1947年6月，黄仁宇和他的同学完成了参谋大学的学业，集体回国。此时国民党的形势实在让人乐观不起来，就在黄仁宇回国前3个月，人民解放军在山东沂蒙山区发起孟良崮战役，全歼所谓蒋介石5大主力之一的全美械装备的整编74师，击毙中将师长张灵甫，蒋介石谓此事是“最可痛心、最可惋惜的一件事”时局不稳，战场失利，使南京政府迅速将黄仁宇这批军官分配至各级作训单位，以增强部队的作战能力，然而此时的南京政府在大陆的统治已岌岌可危。此时的黄仁宇不得不再一次为自己的前途考虑。
1949年的春天，美国陆军参谋大学时的同学袁韦兴找到了黄仁宇，希望他能够担任自己这个驻日代表团副官的助手，黄仁宇有感于国内窒息的空气，也想为自己寻一条新的出路，于是答应了同学的请求，在5月，从香港坐上“克利夫兰总统号”轮船的头等舱，去往日本。黄仁宇在驻日代表团的工作非常清闲，只是登记、转交、抄送，以及一些最为简单的汇报。对于这种散淡的日子，黄仁宇起先并不完全喜欢，不过由于工作清闲而得以有大量时间用来看书，倒是让他感到十分高兴。此时发生的一件事情，从某种角度来说，改变了他的后半生.这也正应了那句话：世事难料。
1949年10月，驻日代表团的中奖团长朱世明撤掉了自己的秘书，并要求黄仁宇担任自己的贴身副官。由于这份新的职务会剥夺自己平时的自由时间，黄仁宇并不愿意去当什么副官，但是上司并不接受他的说辞，黄仁宇只得硬着头皮开始了他的新任务。成为朱世明的副官后，黄仁宇有机会接触到一些内幕，其中波及面最广的要算“叶山会议”事件。
1949年10月10日，原南京政府驻法国大使馆“公使”凌其翰与使馆各级工作人员在“大使馆”门前降下了“青天白日旗”，第一次在巴黎悬挂起了新中国的五星红旗。此事时间被蒋介石方面成为背叛，影响极大。
驻日代表团在离东京郊区的叶山有间宾馆，作为周末休闲娱乐之用。巴黎大使馆起义后，驻日团曾在叶山召开过一次秘密的会议。黄仁宇听说在这次会议上有人说了不该说的话，大意是效法巴黎大使馆，让驻日代表团也改弦易辙。据说这些话被朱世明的秘书泄露了出去，才使朱世明撤掉了这个秘书。虽然这件事日后朱世明没再提起，很多人也没再多问，但此事已闹得满城风雨，作为代表团的团长，朱世明被看做是这场阴谋的策划者，他被美国人怀疑，被蒋介石调查，被其他军界同仁轻视，最后，朱世明不得不辞去团长的职务，而黄仁宇也收到了自己的退伍令。
不能回国，也不想去台湾，黄仁宇想起了曾经就读过的美国陆军参谋大学，他觉得这个时候申请一所美国的大学继续深造或许是不错的选择，重要的是，他在参谋大学学习其间取得的学问或许能派上用场。很幸运，黄仁宇找到了认可他学分的大学，被称为“公立常春藤”的密歇根大学，专业是新闻学。
当时已是34岁“高龄”的大学生黄仁宇学习时分刻苦，仅用了两年时间就取得了新闻学的学士学位。但这并没有给他带来什么好处，那时的他，口语还不是很流利，大学期间有没有相关的工作经历，他写的那些新闻稿件并不符合美国读者的口味，因此，他的求职总是在一次又一次拒绝中结束。
很多人怀疑他当初选择专业时是否没有经过深思熟虑，而只是凭他曾经在战场上写的那些战事通讯而自认为能在这行做出什么成绩出来。我们无法了解，黄仁宇遭遇接二连三地拒绝后，心中是否会有懊悔。但至少以日后发展发生的事情来看，至少在学新闻的时候，黄仁宇遇到了一个好老师，他就是新闻系主任威斯理·莫勒。
在黄仁宇的回忆中，威斯理·莫勒是个非常有趣的人，每次下课，他总是愿意和黄仁宇多聊几句，并推荐他看相关的历史书籍。如黄仁宇自己所说：“我开始注意历史，大半原因是受他影响。”这所谓的影响更多得来自威斯理·莫勒的“特殊背景”。这位新闻系的系主任曾就读于神学院，毕业后曾立志想做个牧师，也传过几年的教。他总是很乐意和他的学生，尤其是黄仁宇谈论那段时光，还不断提到星法院、命运预定说的教义、陪审团审判等。
这些事物黄仁宇从未听说过，他感到了强烈的好奇心，这种心情促使他急切地想要了解这些东西，此时的黄仁宇“我逐渐相信，我的中国知识和经验应该透过历史来评估。”“但那时我还不知道是透过世界历史，或是西方文明史，甚至不知两者有何差别。”正是出于这种疑问，黄仁宇对历史发生了浓厚的兴趣。同时，周围又有许多同学与老师劝他，如果想要研究历史，就必须继续深造。在这种情况下，黄仁宇开始读历史学。
在大学毕业后的第3年，黄仁宇顺利拿到了历史学硕士学位，又过了7年，黄仁宇拿到了博士学位，他的博士论文是《明代之漕运》。这10年的硕博生涯，对黄仁宇的那些美国同学来说，或是是惬意无比的，但对他来说却充满了艰难。到美国前，黄仁宇并没有攒下太多的钱，大学时已花去了大半，为了按时缴纳硕博期间的学费，并保证生活上的开支，黄仁宇除了学习，全部的时间都放在了打工上。
黄仁宇干过电梯工，洗碗工，服务员，清洁工。只要能立刻拿到钱，他本身又能做得了的他都做过。黄仁宇很享受在工作以后拿到报酬的那种感觉。正是有了这种感觉，才让他忘却了工作上的辛劳。尽管辛勤的工作只是为了能保证学业能按时完成，但黄仁宇还是遭到了一些朋友的指责，他们认为黄仁宇应该把更多的时间花在历史研究上，而不是打工这件事情上。指责的人当中有一个是他的弟弟。
打工经历总的来说是愉快的，但偶尔也有令人烦恼的时候。他在回忆录里这样写道：“一些年轻的研究生和讲师总是在店里高谈阔论，他们要弄熄烟蒂时，用的不是烟灰缸，而是咖啡杯，而且还很用力。他们这么做，给我增加多余的工作。咖啡杯只要沾了黑色污点，就没有办法用机器来清洗。”
博士毕业的黄仁宇面临着同大学毕业一样的问题，那就是找工作。那一次他接连失败，这回却截然相反。他很快被南伊利诺伊州立大学所聘用，成为这所大学的历史系助教。这是一个极好的开始，应该说，黄仁宇的生活总算安定了下来。他的幸运季由此开始，1966年，他与格尔结为夫妻，不久之后，由于朋友同时也是知名教授的余英时推荐，黄仁宇被纽普兹大学聘任为副教授，年薪11500美元。由于纽普兹大学特殊的授课方式，需要黄仁宇在有限的时间内将百余年的中国史融会贯通，使他开始逐渐培养其以“大历史”的方式来讲课以思考问题的方式。因为只有这样，才能以最简洁快速的方式将中国复杂而精深的历史表达得明快。
1967年，黄仁宇到哥伦比亚大学参与《明代名人传》的工作，为期一学期；在结束这项工作后，同年7月，黄仁宇又收到李约瑟博士邀请他参与《中国的科学与文明》的工作。这无疑是对他历史研究工作的莫大肯定与信任。可以说，此时的黄仁宇，在历史研究领域已经是一位名家了。
波折的荣誉：《万历十五年》现象
1970年的夏天，黄仁宇全家迁到麻省的剑桥，进行为期9个月的在哈佛大学东亚研究所的历史研究。在这里，他结识了费正清教授。黄仁宇的研究课题原定为整个明朝的盛衰变化，以税收制度的演变为主要内容。费正清教授给了他很好的建议，让他舍弃了在近300年历史中耗费大量精力描述基本的事实，而将所有注意力集中于16世纪，黄仁宇最终将这个课题定名为《16世纪明代中国之财政与税收》。
费正清教授虽然是美国研究中国历史的权威，对黄仁宇的研究工作也帮助良多，但两人的关系并没有因此而一直和睦下去，随着课题研究的深入，两人陷入了研究方法的冲突之中。一个偏重于某段具体历史的分析，而后者则更注重“大历史”观下对千年的历史进行纵横交错，以理出历史本身的演进过程。
为了将《16世纪明代中国之财政与税收》顺利完成，黄仁宇废寝忘食地工作。每天除了必要地休息时间，黄仁宇每天几近工作12个小时以上。至，1971年初，书稿终于完成。黄仁宇将稿子复印了一份寄给了英国剑桥大学，希望能在这所大学的出版社出版自己的着作。对方很快回复了消息，表示很看好这本书的出版前景。与此同时费正清教授也表示出对书稿的兴趣，但他更愿意将书稿抽出一部分内容出版，黄仁宇回信说自己无法将书稿进行分割，因此这本有关16世纪明朝财税制度的书最终由英国剑桥大学出版。
此书的出版使黄仁宇在历史学界的名声大振，加上参与李约瑟博士主持的《中国的科学与文明》课题，以及撰写《剑桥中国史》明朝部分的荣誉，使黄仁宇的学术影响进一步扩大。此时黄仁宇已在纽普兹大学任教10年有余，无论是在外人还是自己看来，黄仁宇的学术和生活都充满了无限的希望。然而中国有句古话“否极泰来”，好运连连的黄仁宇在遇上了他人生中最大的挫折——1979年3月27日，他被纽普兹大学解聘了。
这是一个突如其来的打击，在之前，没有任何迹象表明，名声在外，受人尊敬的黄仁宇会遭受如此待遇，即便是被同一时间解雇的教师不曾想到。这一年黄仁宇62岁。失去工作的黄仁宇也想过为自己维权，也去找过新工作，但都不如意。与失去工作一起带给他沉重打击的是《万历十五年》的出版过程。黄仁宇的这本书，是通过一个朝代的横切面来展示明朝潜伏的危机，照射出这个帝国有盛转衰的必然性，可以说是一本严肃的历史着作，只是手法上，为了便于普通读者能对历史产生兴趣，而采取了通俗的演绎方式。只是这样一来，《万历十五年》便出现了一个奇特的问题。
在学者看来，本书过于强调通俗性，表现手法上过于轻率，立场上偏重于私人情绪，使得这本书缺少严谨的学术态度，而在出版商看来，这本书没有惊险的冒险，缺乏故事性的叙述语言，尤其重要的是，他们认为，这是一部历史着作而非通俗读本，美国的出版商不愿意冒这样的风险。如黄仁宇在《万历十五年和我的大历史观》一文所写的那样，商业出版商担心”妨碍资金的流通，迟滞今后业务”，大学出版社则“顾虑学校的信誉与地位。”
黄仁宇将希望寄托于英国方面，但对方看到美国同行的反应后，也婉拒了黄仁宇的出版请求。无奈之下，他想到了中国。他以最快的时间将书稿译为中文，希望能得到在中国出版的机会，但是当时中国动乱的余波尚未完全过去，他对此并不抱过多的希望，但他并没有完全放弃。
1978年，黄仁宇长沙临大时的同学余哈维从美国前往中国探亲，黄仁宇便将书稿交给余哈维让其带往中国。同学的中国之行给黄仁宇带来的好消息，余好哈维告诉他，他的妹夫，当时颇为有名的漫画家、作家、书法家黄苗子愿意玉成这本书在中国的出版，黄苗子又请廖沫沙出山为此书作序。当时廖沫沙刚被平反，身份贤重。黄苗子当时尚不知廖沫沙与黄仁宇是“年轻时的患难之交”。世上的事情就是这般奇妙，转来转去，都是一场机缘。
经过黄苗子的热心推荐，中华书局同意出版这本在国外遭受冷落的书稿。经过出版社的文字润色，及返回给黄仁宇审定，1982年5月，《万历十五年》正式出版，两年后又再版，至21世纪的头10年，已不知这本书到底再版重印了多少回。
大陆版问世后两年，台湾的食货出版社在台出版《万历十五年》繁体版，到1992年，这一版本的《万历十五年》已再版了25次，2版后，又有印刷50次的记录。从这一数字上可知此书在读者中受欢迎的程度。西方的出版界亡羊补牢，也很快使黄仁宇的这本代表作成为畅销书，而且还成为几家大学的历史教科书。
时至今日，即使不是历史的专业人士，对“黄仁宇”这个名字也不再陌生，而在几十年前，一般的读者对这个人还是相当的陌生。《万历十五年》将黄仁宇从一个美国式的历史研究学者提升为一个具有全球知名度的著名历史学家。
