战后南方的重建成为了林肯政府所要面对的第一问题。林肯为此制定了一套专项计划，计划一经提出便在联邦政府内形成支持和反对的两股势力，当人们还在对林肯计划议论纷纷的时候，林肯却在和夫人观看演出的过程中，被一位极端支持南部方针的演员开枪射杀，这一事件令美国上下震惊至极。
遇刺事件渐渐平息之后，继任的副总统安德鲁·约翰逊重新推出南部重建计划，并按照自己的意愿颁布了新的重建纲领。战后的南方社会出现了混乱局面，黑人的生活并没有太大的改观，他们仍然没有享有应有的权力。同时，三K党的出现严重扰乱了当时的社会秩序，重建计划阻碍重重。随着约翰逊重建纲领中诸多弊端的暴露，在政府内形成了保守、温和、激进三个派别。激进派提出了自己的重建主张，并且获得了越来越多的支持，而势力被削弱的总统约翰逊只能看着自己的权力一天天被架空，直到最后被激进派推举的总统候选人接替了位置。
意外的刺杀
1865年，南北战争逐渐进入尾声。四月，北方军队击溃了负隅顽抗的南军，开进了南方首府里士满，奴隶主们没有了军队的保护，纷纷作鸟兽散。几天后，南军将领罗伯特·李及其率领的三万残部在阿波马托克斯被七万北方军层层包围，完全丧失了抵抗力量。9日，深知大势已去的罗伯特·李向格兰特投降，奴隶主手上的军队越来越少，再无翻身的机会。这意味着不会再发生大规模的军事对抗，北方的最终胜利指日可待。
就在罗伯特·李投降后的第三天，林肯进行了一次公开演讲。包括他自己在内，谁也没有意识到这将是林肯生命中的最后一次公开演说。演讲内容涉及联邦政府对南部重建问题的意见和政策。林肯重申对南方各州的宽大政策，他提出南部只要有10%的白人举行忠诚宣誓并组成州政府，就可以重新加入联邦。仁慈宽容的林肯总统甚至不愿意逮捕内战的元凶戴维斯和他的内阁成员，极力主张不要迫害或杀害过去的敌人。
“勿以怨恨对待任何人，要把慈爱加给所有人。”这是林肯的名言，在他看来，战争已经给人民带来了太多的苦难和分离，他希望战争结束后，不要再有残杀。他说：“我希望战争之后没有迫害没有血腥，任何人都别指望我支持绞死或者杀死他们的行为，即使这些人曾经十恶不赦。”但林肯的宽容并没有换来反对者的感激，他们对总统的仇恨仍像蔓草一样滋长。
1865年4月14日，林肯召开内阁会议，决定取消对南部的封锁。一切进展顺利，一直心情抑郁的总统终于展开了笑颜。在夫人玛丽·林肯的建议下，他们决定晚上到福特剧院看戏，放松放松心情。报纸和剧院的海报对此大肆宣扬，演员约翰·威尔克斯·布斯也在剧院海报上看到了这个消息。
布斯出身戏剧名门，演技高超，外表俊朗，深受女戏迷的追捧和青睐。但是布斯还有另外一个骇人听闻的身份——南部联邦的极力支持者。他曾组织了一个小组，计划绑架林肯，交换南方战俘，但是并没有成功。这天，他无意中得知林肯夫妇要到福特剧院看戏的消息，大喜过望。在他看来，这是刺杀总统的天赐良机。
布斯是一个受欢迎的着名演员。这样的身份为他出入剧院提供了便利条件——保护总统的警卫没有提防他。当天晚上十点，布斯佯装平静地朝总统的包厢走去。警察约翰·派克本来应该守在通往包厢的必经之路上，但他对看戏毫无兴趣，便躲到另一个房间喝酒去了。布斯能够顺利地走进包厢，还有一个重要的原因。包厢的门本来有锁，但这个锁已经坏了几天，却没有人注意。警卫的疏忽大意和警察的擅离职守，再加上门锁失灵，这三个重大纰漏让布斯顺利地进入了总统的包厢。
进入包厢后，布斯将枪口瞄准了林肯总统，罪恶的子弹射进了总统的左耳和背脊之间。虽然在场的观众有一千多名，但在悲剧发生的一瞬间，却很少人听见枪声。因为狡猾的暗杀者选择在戏剧的高潮部分开枪，这时观众全神贯注地观看演出，枪声混杂在观众的掌声和笑声中，很难辨别。刺杀行动成功后，布斯从包厢跳到舞台上，转身向观众喊了一句：“一切暴君都是这个下场”。一切发生得太快太突然了，观众甚至不知道这是戏剧情节还是现实。所有人都惊呆了，布斯借此机会逃之夭夭。
第二天清晨，林肯在剧院附近的一家私人寓所永远地闭上了双眼。
林肯被刺一事，在国内外引起了巨大的震动。林肯的逝世让人们悲痛不已。美国着名的诗人惠特曼以《啊，船长！我的船长！》一诗道出了人们的心声：
啊，船长！我的船长！
我们可怕的航程已经终了，
我们的船已安然度过所有的难关，
我们所追求的锦标已经得到。
港口就在前面，我已听见人们的欢呼，
千万只眼睛都在望着我们的船安稳前进，
它是这样的威严和勇敢。
可是，啊，心哟！心哟！心哟！
啊，鲜红的血滴，就在那甲板上，我的船长躺下了，
他已浑身冰冷，心脏停止了跳动。
啊，船长！我的船长！起来听听这钟声，起来吧！
旌旗为你招展，号角为你长鸣。
为你，岸上挤满了人，
为你，人们准备了无数的花束和花环，
为你，这雀跃的人群在欢呼，他们殷切的脸正对着，你看！
这里，船长，亲爱的父亲！
让你的头枕着我的手臂，
真像是梦，躺在甲板上，
你已浑身冰冷，心脏停止了跳动。
我的船长没有回答，他的嘴唇惨白，一动不动。
我的父亲没有感觉到我的手臂，他已经没有脉搏，也没有意志。
我们的船已安全地下锚，它的航程已经终了。
从可怕的航程归来，这胜利的船，目的已经达到。
啊，海岸欢呼，钟声长鸣！
可我却以悲痛的步履，
漫步在甲板上，那里躺着我的船长，
他已浑身冰冷，心脏停止了跳动。
林肯被比作美国这只大船的船长，形象贴切，至实名归。他在美国自由劳动制度与奴隶制度生死决战的关键时刻，带领着美国人民进行了一场维护进步与统一的斗争，平息了奴隶主的叛乱，消灭了奴隶制度，为美国的发展建下了不朽的功勋。
他身上的人格魅力闪闪发光。他意志坚定，勤奋好学，谦虚诚实；他文辞优美，能言善辩，机智勇敢；他热爱人民，推崇正义，克己奉公，平易近人。
林肯是一个伟人，更是一座丰碑。在美国发展的历史上，他的贡献足以与开国元勋乔治·华盛顿比肩。
约翰逊的新纲领
林肯遇刺后，副总统安德鲁·约翰逊当天宣誓就职总统。约翰逊是林肯政策的拥护者，他来自田纳西州，曾在国会当中担任过众议员和参议员，代表的是南方小农的利益。
内战开始之后，约翰逊始终表示要严惩南方的叛乱者，没收他们的土地财产，维护联邦的统一，这与林肯的主张不谋而合，约翰逊也成为内战期间唯一一位支持联邦的南部议员。
约翰逊在1864年被林肯提名为副总统，他的立场在此时更加鲜明，得到了北方资产阶级的信任。此时激进派认为约翰逊的主张能够改变林肯的重建计划，甚至在林肯遇此身亡后，他们觉得约翰逊的继任是联邦的一大幸事。但是约翰逊的目的不是为了迎合激进派，而是维护和扩大南部小农的利益。
内战结束后，约翰逊没有预料到社会结构的重大变化，仍然传统守旧地坚持19世纪初期杰斐逊-杰克逊“以农立国”的观点，希望联邦继续处于自给自足的小农经济中。
此时联邦内的资本主义发展非常迅猛，权力集中的趋势也日益加强，这些都被约翰逊忽视，同时他的种族思想根深蒂固，认为如果黑人的权力得到解放，会威胁到白人小农的生存。最后约翰逊不得不舍弃黑人的利益来和南部叛乱者进行和解。
1865年5月29日，约翰逊发表了《大赦宣言》，这项宣言根据林肯的《重建和大赦宣言》提出，除了规定的十四种人之外，其余参与叛乱的南方人都可以赦免，他们的私有财产除了奴隶之外全部归还。约翰逊的重建政策可以说是林肯政策的继承和发扬，但是二者也有不同之处：首先，总统拥有了特赦权，只要规定的不予大赦的十四种人中有人提出特别申请，总统可以酌情进行特赦；其次，约翰逊的政策规定拥有财产两万美元以上的叛乱者不享有赦免权。
约翰逊的政策和林肯相比更加宽容，实际上，在《大赦宣言》发表之后，南部的绝大多数叛乱者都获得了赦免，其中提出特赦要求的有15000人，其中直接获得总统特赦的有13500人，而在获得特赦的总人数中，超过50%的人财产超过两万美元。由此可见约翰逊所谓遵守的林肯政策中“不允许赦免的十四种人”变成了一纸空谈。而约翰逊的种族思想也在这一刻显现出来，他规定在内战中进行叛乱的黑人一个也不许赦免，而各个州的制宪大会代表则完全由白人来担当。约翰逊对黑人的仇视情绪愈加强烈。
为了推行自己的重建政策，避免来自国会的阻碍，在《大赦宣言》发表一个月后，约翰逊紧锣密鼓地针对南、北卡罗来纳州，密西西比州、佐治亚州、德克萨斯州、亚拉巴马州和佛罗里达州七个州宣布了重建宣言，临时任命了各个州的州长，各个州也因此开始积极的执行约翰逊的重建政策。
到了1865年年末，各个州的州议会、州宪法、州政府、参加国会的参众议员相继产生，这些选取完全是在没有黑人参与的情况下进行的，因此南部各州的领导者基本还会之前的就官员和种植园主。在选出的国会议员当中，包括了南部同盟的副总统一名、将军四名、上校两名、内阁成员六名、国会议员五十八名。当时关在监狱里的原南部同盟副总统亚历山大·斯蒂芬斯在获得特赦后四个月内，便当选了佐治亚州联邦国会参议员。这足以表明约翰逊的重建计划基本是原班人马，经过特赦之后重新接纳了他们。
南方各个州的州政府虽然宣布撤销“脱离发案”，废除奴隶制度。但是在批准联邦宪法第十三条修正案的时候，这些州又犹豫不决，希望能有一些宽泛的政策，在奴隶问题上得以保留。这些州希望否认黑人在国会当中权力和政治地位的法律依据。
在国会的第三十九次会议开幕之前，仅仅有亚拉巴马州、南北卡罗莱纳州和佐治亚四个州宣布批准宪法第十三条修正案。南卡罗莱纳州并附带一份声明，表示黑人在国会当中对其政治地位的任何企图都是违反宪法的。其他一些州也跟风保留此项建议，密西西比州在修正案生效之前一直就没有批准。
南方社会的动乱
约翰逊政府在南部各州推行他的重建纲领后，南部政治局势开始逆转。逃走的种植园主们纷纷回到故地，代表他们利益的南方民主党重新上台掌权，继续维护奴隶主贵族的寡头政治，对黑人实施充满种族压迫和种族歧视的强权统治。他们抢回被黑人分掉的土地，否定内战的结局，试图让南方回到战前的状态。
为了重新控制黑人，继续奴役黑人，南方的民主党人重新上台后，使用他们惯用的伎俩制定限制黑人自由、权利、地位的法律，将黑人牢牢地捆缚在种植园。他们仿照战前的奴隶法典，换汤不换药地草拟所谓的“黑人法典”。
南部各州先后出台了这样的法律。根据“黑人法典”，黑人几乎无政治地位可言，他们被剥夺了选举权、参政权、陪审权，甚至不被允许出庭提供不利于白人的证词；黑人不得自由选择居住场所，在一个地方定居后不能自由迁徙到其他地方；为了保证种植园有长期稳定的廉价劳动力，黑人法典还规定，黑人不仅不得拥有土地，而且不能自由选择职业，从事独立的经济活动，只能和种植园主签订合同，在种植园从事强制性的劳动；同时为了维持种族界限，黑人法典严格禁止黑人与白人通婚，违令者会受到重罚。
