解放宣言发表后，大部分黑人奴隶仿佛看到了自由的曙光，纷纷报名参军，支持联邦政府。这些得到解放的奴隶战斗意志顽强，为了反抗曾经压迫他们的奴隶主，日夜训练，成为了一支势不可挡的力量，为北方战斗的胜利做出了很大贡献。有些无法奔赴前线的人，则留在后方为联邦军队生产粮食、修筑铁路、制造运输船只等，为前方部队准备好充分的战斗物资。
得到解放奴隶的大力支持后，北部的武装力量大大提升，再加上战略上日渐成熟的指挥，南北双方的战场形势逐渐发生了变化，优势越来越向北部靠拢。尤其是1863年爆发的葛底斯堡大会战，虽然南北双方伤亡都很惨重，但此次战役成为了内战的转折点。这场战役后，南部的武装战斗力大大削弱，不得不从进攻战略转向防守战略。
战争末期，北方战斗的胜利已成定局，许多废除奴隶制的拥护者担心，《解放奴隶宣言》将被视为违宪法令，黑奴自由将仍得不到保障，这也正是林肯所担心的问题。为了能更好地贯彻宣言的内容，林肯在连任总统后，要求国会通过宪法修改法案，禁止美国本土上的任何畜奴行为。这一项法案后来得到通过。
《解放奴隶宣言》是美国历史上一个非常重要的文献，它意义重大，对美国内部格局也产生了一定的影响。
首先，它为美国南北战争中北方的胜利奠定了基础。
其次，宣言的发布有利于促进社会的稳定。长期被压迫的奴隶，早已累积一腔怨恨和怒火，暴乱的事情时有发生，而解放奴隶就等于消除了这一社会不稳定的隐患。
最后，解放宣言也是顺应时代的产物。林肯一直是奴隶制的反对者，他十分同情黑人奴隶，为他们的悲惨生活而不平，这也是他发誓要废除奴隶制的重要原因。当时，美国奴隶主与奴隶间的矛盾已经不可调和，长此以往，奴隶们势必会群起反抗，这将给整个国家和整个民族带来危机，因而林肯选择在这个时期发表解放宣言可谓明智的选择。
最血腥的战斗
1863年六七月间，在美国宾夕法尼亚州的葛底斯堡爆发了一系列的战役，后来被统称为葛底斯堡战役。
葛底斯堡本是宾夕法尼亚州南部的一个村镇，在战争爆发前，它是一个水果产地和加工地，随着战局的转变，葛底斯堡逐渐演变成南北双方的战场，往日的和平消失得无影无踪。1863年7月初，南军司令罗伯特·李与联邦军队在此进行了三天三夜的激战，这场战斗最终以联邦军的胜利而告终。这是美国历史上规模最大、伤亡最严重的一场战斗。
7月1日，南军将领希尔和尤厄尔成功指挥军队率先抵达葛底斯堡，并占据有利位置。面对在兵力上占据优势的同盟军，北军将领汉考克迅速调整军队，重整旗鼓，修筑防御工事，准备从正面抵御希尔的进攻。
汉考克经过考察发现，他们所处的公墓岭易守难攻，于是便让赶来支援的北军沿岭布局，以占尽地利。在接下来的攻克战斗中，北军依据险要的山势，接二连三地粉碎了盟军的袭击。在部下的建议下，罗伯特·李暂且收兵，决定重新制订计划，待明日再战。
罗伯特·李经过分析发现，北军左翼依托山势，如果强行攻克，只会耗损兵力，所以他派尤厄尔带领军队突袭联邦军队右翼，北军措手不及，被逼下普斯山。回过神后的北军，立即发动反扑，尤厄尔的进攻再次被击退。
7月3日，罗伯特·李卷土重来，炮轰公墓岭，镇守的北军将士以大炮反击，炮战持续了一个多小时，空气中弥漫着浓厚的火药味。停止对击后，罗伯特·李召集部下，命令皮科特率领突袭队，越过草丛，强行突入联邦军队的中央。
由于双方阵地中间隔着一公里的开阔地，所以尽管南军的隐蔽措施做得相当好，还是被联邦军队发现了。此时的南军士兵成了暴露在外的活靶子，在北军密集的射击下伤亡惨重，待剩余部队赶到公墓岭时，北军在将领的指挥下早已做好迎敌的准备。
长时间的炮火对击，使双方军火所剩无几，虽然到达公墓岭的南军几乎只剩下一半，但北军的伤亡也很大，双方就此展开一场肉搏战。在阿米斯特德的带领下，南军很快从北军的防守阵线中突破出一个缺口，但这一缺口很快又被堵上了。联邦军将阿米斯特德及他的部下全部包围起来，公墓岭守卫战最后以北军的胜利而告终。
7月4日夜间下了一场大雨，波托马河水位上涨，罗伯特·李的军队无法涉水过河，联邦军队本可趁此机会消灭敌军，但指挥官米德却无视这一良机，反而召开一夜的作战会议，使罗伯特·李得以趁河水水位退落后成功率残部撤退。米德虽然造成了这一失误，但他在葛底斯堡战役中的贡献仍然得到了林肯的肯定。
葛底斯堡战役堪称美国历史上最血腥的战斗，南北双方投入了不下十六万的兵力，其中有五万一千多名士兵牺牲。北军在米德将军的指挥下，成功取得战斗的胜利，并瓦解罗伯特·李的攻击，为最终决战的胜利奠定了基础。此次战役之后，南北双方的军事力量难以再保持平衡，同盟军的战斗力几乎被消耗殆尽，再也无力对北方发动攻击。
至此，北方摆脱被动地位，在战场上拥有了主动权。葛底斯堡的胜利也给北方军民树立了更加坚定的信心，为联邦军队最终夺得胜利提供了动力。
在此之后，双方又展开了本斯波罗之役、曼那萨斯峡谷之役，北军在南山和曼纳斯峡谷对罗伯特·李的军队进行进一步打击，虽然罗伯特·李最后成功逃脱联邦军队的攻击，但他对北军已再无招架之力，同盟军大势已去。
四个月后，政府在葛底斯堡战场为殉难的勇士们举行葬礼，林肯发表了不朽的演说，称颂这些英雄们的伟大功绩，号召人民学习他们英勇献身的精神，并维护他们用生命换来的和平与统一。
在葛底斯堡战役中，南军的失败一部分原因在于罗伯特·李的指挥失误。在罗伯特·李的带领下，同盟军在战斗前期势如破竹，一路攻无不克，战无不胜，但他渐渐被胜利的喜悦冲昏了头脑，他过于自负的个性也很快暴露无遗。在无往而不胜的盲目乐观情绪的支配下，罗伯特·李认为联邦军队不堪一击，这使得他很快自食恶果。
而对于北方来说，能够取得葛底斯堡战役的胜利，米德将军功不可没。在战役前的一个星期，他才被委派为指挥官，在短短时间内能够调整军队，分析出敌我优势，并一次次瓦解敌人的进攻，说明他除了有卓越的军事才能外，还有清醒冷静的分析力和判断力。较之以前的军事将领，他还多了一份顽强和勇气，在指挥各路军队时，他能够摆出拼死抵抗的气势，而不是慌忙撤退，这一点为战斗的胜利做出了很大的贡献。
北方的胜利
1863年，整个密西西比河流域已经被格兰特将军控制。他将南方分割成东西两个部分，改变了整个战略格局。1864年3月格兰特出任联邦军总司令，作为一名善于把握整个战争局势的优秀领导者，他决定与威廉·特库赛·谢尔曼将军共同制定东西作战协同计划，以推动战争的进程。5月初，二人兵分两路，各自率领10多万大军发动进攻。其中，格兰特的主攻目标是弗吉尼亚的里士满，谢尔曼则负责从田纳西州的查塔努加向佐治亚的亚特兰大进攻。
格兰特为人直率，指挥坚决果断，为了消灭敌人会不惜做出任何代价。他首先进入拉帕汉诺克河以南的荒野，与罗伯特·李将军在那里对峙了两天两夜。李充分利用地形优势对北军发动猛烈进攻，使得格兰特无法进行有利的反击。战争持续2天之后，格兰特的部队损失惨重，共损失了1.8万人。随后格兰特改变了战斗策略，转而进攻李在东南部的侧翼。但李揣摩出了格兰特的动向，因而他立刻转向东南方向，并在斯波奇尔维尼亚法院附近迅速建立起具有良好位置的防御工事。格兰特持续进攻了5天，不但未能动摇南军坚固的防线，反而又损失了大量士兵。
与前任将领不同的是，格兰特并没有因此而退缩。他坚信，要完全粉碎南方需要充分利用自己的军队在人数和资源上的优势。他比李有更庞大的军队规模，并且有充足的后备军可以为他弥补士兵和装备上的损失，而李的弱点正在于缺少这些东西，因此持续这样消耗下去，对方一定会被拖垮。格兰特说：“我主张在这条战线上打到底，即使打一个夏天也在所不惜。”他再次进攻李的东南方向侧翼，但在冷港又遭到了顽强的抵抗。
格兰特的坚持遭到一部分人的非议，他们强调这样下去北方军将会损失惨重。北方政府有些嫉妒格兰特的人将他称作“屠夫”，认为他不爱惜手下士兵的生命。面对种种不满和非议，林肯对这名他十分器重的手下给予了无条件的支持和信赖。他力排众议，为格兰特提供充足的士兵和武器装备。
战局终于在格兰特的不懈坚持下出现了转机。随着时间的推移，罗伯特·李在冷港的战线已经疲惫不堪，而他还必须在没有预备队支援的情况下继续战斗。格兰特再一次率军从侧面绕过南方军，通过詹姆斯河南部对彼得堡发动进攻。在南方军进入彼得堡城内后，格兰特率部从城外将其全面包围，并建立起绵延数英里的复杂战线。格兰特通过加长战线截断了南方军与里士满的补给线，将李重重围困在城内。这场对峙一直持续到6月份才成为定局。
此时，谢尔曼将军在西线战场的进展并不太顺利。6月27日，他率领部队向肯纳索山发动进攻，结果遭到猛烈的反击，军队伤亡惨重。更为不妙的是，朱巴尔·厄尔利将军于7月份率领邦联部队突然从圣安多峡谷穿越波托马克河，行军到了距离华盛顿仅有五英里的地方才转向。
在面对整个战局的危机时，谢尔曼表现出和格兰特一样的坚决果敢，他不放弃任何击败敌人的机会。这位军事天才曾与格兰特一同在夏洛战役取得过出色的成绩，当时他既是格兰特的手下，也是他的至交。在面临战局的危机时，格兰特给谢尔曼下达了命令，要求他不计后果、不惜任何代价地摧毁南方，也就是说，谢尔曼不但要消灭对方的军队，还要摧毁对方的经济基础和人民的战斗意志。因此，谢尔曼在9月2日打进亚特兰大后，当南方军在田纳西反击时他并没有追击，而是决定从亚特兰大到海边，率领行军穿越佐治亚。
这场浩浩荡荡的行军不仅占领对方的领土，而且也几乎摧毁了对方的物质资源，彻底削弱对方的战争潜力。在一个多月时间里，谢尔曼率军长驱460多公里，沿途毁坏南方的种植园、村庄、城镇，甚至是数百英里的铁路。他曾表明“我们一定要清除和摧毁一切障碍，只要有必要，就杀死每一个人，夺走每一寸土地，没收每一件财物。一句话，无情地摧毁我们见到的所有事物……”
同时，征服南方人民的心理也是行军的重要目的。在南方白人眼里，他们的军队意味着无情的残酷和掠夺，而对南方黑人眼里，他们是拯救其自由的救世主。当士兵焚烧了他们前主人的房屋时，所有黑奴都欢呼雀跃，激动不已，甚至有人将谢尔曼唤作摩西。
对于谢尔曼而言，部队的士气已势不可挡。12月22日，他率军攻入佐治亚的萨凡纳；1865年1月初，他向北方进军，将所到之处烧成一片焦土；2月，他直取南卡罗来纳和哥伦比亚州。整个战况势如破竹，胜利的曙光就在眼前。
谢尔曼的胜利对于林肯的总统大选也具有重大的推动意义。当林肯在1864年6月份被共和党再次提名为总统候选人时，他将竞选伙伴定在了联邦主义者安德鲁·约翰逊上，与民主党人的意见相悖，再加上共和党激进派的排挤，他被双方所孤立；但随着形势的扭转，11月，林肯以压倒性的绝对优势连任总统。在1865年3月发表就职宣言时，他在胜利在望的情况下谈到了战后的重建，他表示“希望所有美国人放下怨恨，弥补伤害，实现南方和北方永久的和平”。
格兰特方面的东线战场也胜局已定。被长期围困的李在弹尽粮绝的状态下甚至无法撤兵回到里士满和在林奇堡的丹维尔铁路。里士满于1865年4月3日陷落。除了不到3万人宣称要抵抗，整个部队已决定投降。
4月9日，格兰特和李在阿波马托克斯的法院会面。双方都十分尊重彼此，整个会面的气氛也十分友好。他们简略讨论了墨西哥战争，之后格兰特依照林肯的命令提出条件，声明只要罗伯特·李的部队放下武器便可以回到家乡。同时，他也接受了李的请求，允许保留马匹。
这场历时四年的战争终于结束，而战争带来的重大损失和战后重建的种种问题还亟待解决。
