杀死王鹤翔后，雷晓波和郭天向全国宣布共和国自即日起由部队接管，成立军政府，雷晓波任上将总司令，郭天为上将总参谋长，将部队改为中央军，所有政要一律换为军人。并为董卓平反，举行隆重的葬礼，董卓余党李蒙、王方也晋升少将。自此，中华共和国进入军政府时期。
不久，驻守新疆的14师少将师长马腾天表示不承认军政府，起兵进攻西安，准备推翻军政府。雷晓波、郭天召开军事会议，觉得14师进攻西安是以卵击石，于是就派李蒙、王方的两个旅去阻击敌军。
李蒙、王方的部队和14师交火，14师官兵们个个彪悍，李蒙和王方又太过轻敌，结果二人的指挥部也被毕业于美国西点军校的马腾天独子，时年16岁的侦察连中尉连长马祺率部端掉，李蒙和王方都死在乱枪之下，两个旅的部队也被全歼。
雷晓波、郭天得知两个旅全军覆没，大惊，当即死守西安，坚守不出。14师将西安团团围住，然而战线太长，14师的补给跟不上，马腾天和其表弟，上校参谋长韩宇飞商议，准备退兵。雷晓波、郭天得知14师退兵，下令开城追击，14师猝不及防，死伤惨重。韩宇飞负伤，被中央第二军擒住，第二军中将军长樊昌和韩宇飞是CD讲武堂的同学，樊昌顾念旧情，下令将韩宇飞释放。最终，14师摆脱追击，撤回新疆。
雷晓波侄子雷风，在第二军任中校团长，将樊昌放走韩宇飞一事告诉雷晓波，雷晓波大怒道：“樊昌竟敢私自放走敌军参谋长，好大的胆子！他今天可以放了敌人，明天就可以背叛我，留着肯定是个祸害。来人，去把樊昌给我抓起来！”
“司令且慢，樊昌手里有三千人，他肯定不会坐以待毙，冲突一起，搞不好会演变成流血事件。现在局势刚刚稳定，不宜再动干戈。”作战参谋贾文和说。
“那你说怎么办，难道等着他樊昌夺权造反？”
“您还记得当年汉高祖刘邦是怎么杀韩信的吗？虽说今时不同往日，但是我们一样可以照葫芦画瓢，除掉樊昌。”
“你说说，怎么杀？”
“首先……再……这样他必死无疑。”
雷晓波大喜，当即任命樊昌为共和国军副总参谋长，让他来司令部接受任命。樊昌得知大喜，径直来到司令部。雷晓波在里面等着。
“多谢司令厚爱，卑职定当尽忠职守，不负您的期望！”樊昌敬礼道，“哎，司令，怎么不见委任状？”
“你私自放走14师参谋长韩宇飞，好一个尽忠职守，不负期望啊！”
“啊！”樊昌顿时大惊失色。
“来人，给我拿下！”
雷晓波一声令下，一队士兵持枪冲了进来。樊昌见状，赶忙要掏枪。雷晓波见状，命令道：“樊昌持枪拒捕，给我格杀勿论！”
士兵们数枪齐发，瞬间将樊昌打成筛子。第二军军长一职由第一军中将军长张济接任。
却说曹知行率部撤离陕西后，在河南开封占据一席之地，自行晋升为上校军衔。在此期间，曹知行接受了正义军余党500人的投降，将他们编为补充营，又培养了不少参谋，曾任教于河南讲武堂的许真被任命为少校情报参谋；其侄子许朗毕业于河南讲武堂，被任命为上尉联络参谋；北京讲武堂毕业生程昱为上尉机要参谋；国立北京大学毕业生郭嘉为上尉作战参谋；行伍出身的刘晔为少校军务参谋；刚毕业于金陵大学的满云龙和同学吕恪、毛孝行都被任命为中尉作训参谋。
一天，夏侯华带手下一个魁梧的士兵来见曹知行，这个士兵叫韦震，力大无比，刚来一月就立了功，在战场上一个人全部格杀敌军一个班。夏侯华将其推荐给曹知行，曹知行很高兴，将一些精锐士兵组织成警卫排，护卫团部，韦震任中尉排长。
之后，曹知行的独立团发展到7000人，统一河南全省。派人去接在青岛避难的父亲曹嵩来河南同住。于是曹嵩应儿子要求，率全家人和仆人们前往河南。经过济南时，驻守济南的77团某部少校营长张凯得到风声。这张凯为人非常贪财，他本是正义军余党，正义军起义失败后才被收编。当即率部截杀曹嵩一行，杀死所有人，抢走全部财物后，张凯所部全都落草为寇。曹知行得知，悲痛不已，咬牙切齿道：“杀父之仇不共戴天，77团！我一定要全灭他们！”于是出动12个营去攻打济南。曹知行下令：攻下济南后，杀光城中全部军民，将济南夷为平地。
77团上校团长、山东省主席陶谦是文人出身，毕业于国立清华大学，得知曹知行前来攻打，而77团远非独立团敌手，陶谦只得据守济南。不久，独立团将济南城团团围住，陶谦在城上喊话道：“曹团长，一切都是张凯部的擅自行动，这才酿成惨祸。我们77团根本不知情啊。”
“哼，陶谦老贼，你少在这里推卸责任。就算是张凯擅自行动，也是你监管不力的结果。我告诉你，如果战场上打不死你，围城也要把你给饿死！这次你休想活命！”曹知行恨得咬牙切齿。
陶谦入城，急忙召开军事会议，说：“算了，千错万错都是我的错，我还是以死谢罪，省得两军大动干戈，生灵涂炭。”
“团座别慌，咱们现在先坚守济南，卑职有办法击退敌军，说不定还能俘虏曹知行。”中校参谋长穆立苏说。
“穆参谋长，你有什么好主意？”陶谦急忙问道。
