大家都知道，珍妮是一个虔诚的基督教徒，正是他对上帝的信仰给了她鼓舞和力量。她不顾来自社会各个方面的压力，嫁给了身患严重疾病的霍金，日复一日、年复一年地护理着霍金。在霍金最困难的时刻，是她不辞劳苦地照料着霍金，使霍金转危为安，顺利地渡过难关。也正是珍妮在霍金绝望的时候，给了他活下来的勇气。而现在，霍金已经功成名就，病情也已基本稳定，这对相濡以沫、患难与共的夫妇却要分手了。珍妮可以默默地忍受着肉体上由于长年辛勤劳作所带来的痛苦，但她不能忍受自己的丈夫对她终生崇拜的上帝的不敬。霍金通过多年宇宙学的研究，无神论的倾向愈来愈明显，他所提出的“宇宙无边界”模型的理论根本就没有给上帝留出必要的位置来。正是这种信仰上的分歧导致了霍金夫妇婚姻的危机。
斯蒂芬离开珍妮之后，搬到一个公寓里面，同照看他多年的护士伊莱恩·曼森住在了一起，从而使斯蒂芬同珍妮的关系彻底决裂了。几年来，伊莱恩逐渐取代了珍妮的位置，她与霍金朝夕相处，陪伴着霍金出国旅行，与他一起度过工作的大部分时间。他们之间的这种接触和长期相处，使得他们之间的关系越来越密切。霍金与伊莱恩之间的关系说来也比较复杂。伊莱恩是戴维·曼森的妻子。戴维是一个计算机行业的工程师，正是他改造了霍金的计算机，使得霍金可以坐在轮椅上就能使用计算机。曼森夫妇有两个孩子，与霍金的小儿子蒂莫西在同一所小学里上学。有一次，曼森在学校门口接孩子时遇到了霍金，他与霍金的接触使他产生了在霍金的轮椅上装一个计算机的想法，经过许多次的试验他的想法终于变成了现实。后来，他和霍金成了朋友，并且曼森从此开始做起了计算机生意，他的妻子也被他介绍做了霍金的护士。现在，他们之间又出现了这种复杂的关系，这又是他们始料未及的。
霍金夫妇婚姻的破裂引来了各种各样的评论。有的人指责斯蒂芬·霍金，认为他在取得巨大成功和国际性声誉的时候，不应该离开与他一起度过艰难岁月的妻子。确实，珍妮在与霍金相处25年的时间中，献出了自己的青春年华，牺牲了个人的理想和事业，付出了辛勤的劳作，帮助霍金从一个普通的研究生发展为世界著名的物理学家。正是珍妮给了斯蒂芬以力量和希望，也正是珍妮帮助斯蒂芬渡过一个又一个难关，取得了现在的巨大成就。霍金在任何时候都不应该忘记珍妮，珍妮在斯蒂芬的生命中占据着很大的位置，对斯蒂芬事业的发展功不可没。然而，也有人认为，霍金夫妇婚姻的破裂是由多方面的原因所引起的，其中信仰上的分歧是最重要的原因。既然他们已经有了不同的信仰，并且互相都不再能容忍对方，那末这种婚姻再维持下去也是困难的。对于这样一件复杂的事情，单方面地指责哪一方都是不对的。
当然，霍金夫妇的离异所造成的后果也是严重的。一个完整的家庭现在变得支离破碎了，孩子们的心灵受到了很大创伤。那年，霍金的大儿子罗伯特23岁，刚刚从剑桥大学物理系毕业1年，现在正在攻读研究生课程。霍金的女儿露西快20岁了，正在牛津大学学习现代语言。父母的离异给他们带来了许多烦恼，但他们又不能不面对这一现实。霍金夫妇的分手对他们的小儿子蒂莫西打击最大，他那时才刚刚11岁，他完全搞不懂他的父亲霍金为什么要离开他们家而住到别的地方去。
霍金在这段时间里，心灵上也承受着巨大的痛苦。人们已经很少再看到霍金那迷人的微笑了。虽然霍金有时在表面也显得很快乐，还同他的研究生和同事们开玩笑，但很快他又会陷人消沉的情绪之中。他那时情绪十分反常，波动很大，以至于使整个应用数学和理论物理系都被一种令人沮丧的气氛所笼罩着。
霍金在情感上遭受的这种磨难是巨大的，也是常人所想像不出来的。因为正常人在遭受了感情挫折之后，他们有许多释放情绪的途径和方式，或者大哭大喊，或者参加剧烈的体育活动．也有的人通过与他们的朋友交谈排泄他们的情绪。而霍金由于身体条件的限制，他几乎不可能找到释放情绪的方式和途径，只能默默地忍受着眼下这些痛苦。珍妮和孩子们的照片还像过去那样挂在霍金的办公室里，霍金有时呆呆地望着这些照片，心里面很不是滋味。
戴维·施拉姆是霍金的一位亲密朋友，他与霍金认识已经快20年了，对霍金的情感生活非常了解。他不同意有些人所塑造的那个在情感上完全与众不同的霍金的形象。施拉姆认为，尽管霍金有着超人的智力和残疾的身体，但他有正常人的情感。他对女性有着同正常男人一样的感觉，这也是他为什么那么喜欢电影明星玛丽莲·梦露的原因。据施拉姆说，霍金与他的女护士伊莱恩的关系并不是建立在怜悯或其他不牢固的基础上的，他们在长期的接触中产生了真爱，在此基础上建立起了他们之间的亲密关系。
在那些日子里，霍金在公开的场合拒绝谈论他的私生活，他在接受任何采访时都严格遵守他为自己定下的这一规定。新闻记者则不依不饶，想方设法地从霍金夫妇那里得到一些他们觉得有价值的内幕消息。珍妮同霍金一样，在公开场合缄默不语，只字不提他与斯蒂芬之间发生的事情，她还屡次拒绝制片人要她参加《时间简史》影片拍摄的邀请，她偶尔也接受自己熟悉的记者的采访，但对于她与斯蒂芬生活中的事情她是一点儿也不会涉及的。记者们无论怎样诱导，在斯蒂芬和珍妮那里他们都得不到他们所想要的东西。
霍金夫妇的分手对珍妮来说无疑是一件令她十分痛心的事情。珍妮曾经对别人这样讲过，1989年对于她和斯蒂芬来说，是所有的一切都到位了的一年，随后他们生活中的严重时刻便到来了。她经历了在这所住宅里所发生的由盛到衰的过程，亲眼目睹了斯蒂芬是如何从黑洞深处走向那些熠熠生辉的奖章的。她已经完成了照料斯蒂芬的使命，现在只是想告诉斯蒂芬他不是上帝。从她的这些谈话中人们可以隐隐地感觉到她心中埋藏着的一些怨恨和苦衷。当然，她不想讲得太多，也不想伤了斯蒂芬的心，毕竟他们一起度过了很长一段令人难忘的日子，其中有许多往事给他们留下了美好的记忆。
斯蒂芬和珍妮偶尔还见见面。斯蒂芬自从与珍妮分手后，十分想念孩子们，尤其是挂念着他的小儿子蒂莫西。他尽可能地抽出时间来看看孩子们。蒂莫西是斯蒂芬非常疼爱的一个孩子，他长得很像霍金，样子看起来十分可爱。斯蒂芬知道由于大人们的矛盾给孩子们带来了许多内心的痛苦，尤其对于年仅11岁的蒂莫西来说，无疑是一次重大的打击，对于那幼小的心灵来说是难以承受的。斯蒂芬心中充满着内疚，每次来时都尽可能地与蒂莫西多玩一会儿。他与蒂莫西一起玩游戏，他们有时在一起下棋。对于年纪稍大的孩子罗伯特和露西来说，他们十分了解父亲那固执的个性，也知道与父亲相处是十分困难的。在《宇宙的主人》这部纪录片中，露西曾经这样说，父亲是个十分倔强的人，他对于想要做的事情一定会坚持做下去，甚至不惜让他周围的任何人付出任何代价。露西也说她自己不是那种像她父亲那样倔强的人，她也不喜欢有自己这样的个性。
对于霍金这样一位世界著名的科学家来说，他的一言一行、所作所为，都足以引起世人的关注和重视，引来无数各种各样的评说。霍金及他的《时间简史》的是非功过成了新闻媒体和大众谈论的话题。霍金能否承受住那些来自各方面舆论的压力？他的科研工作会不会受到冲击和影响，他从此会不会远离学术？人们的这种担心是很自然的，但事实证明这种担心是没有必要的。霍金还是原来那个霍金，他继续进行着他的宇宙学研究，过着非常充实的生活。他的办公室门上仍旧贴着这样的字条：“请安静，老板在休息！”
