1.《第一哲学沉思集》的写作
1640年，对笛卡尔来说，真是个多事之秋。家里，三个亲人的去世令他悲痛不已。社会上，围绕他的思想展开的争论早已超过学术的范围，正在向政治和宗教的领域发展，这正是笛卡尔所不愿意看到的。自从《方法谈》发表至今，每天都要收到许多来信，有赞同的，有反对的，还有人亲自登门拜访的。每天仅写回信、接待访客就让笛卡尔应接不暇，这些事务严重地扰乱了笛卡尔平静的生活和正常的工作。为了躲开这些烦扰，笛卡尔又开始不断地转换居住地，过起了神秘的“游动式”生活。笛卡尔这样做还有一个理由，那就是他正酝酿着对传统的经院哲学进行系统批判。这一计划得到老朋友麦尔塞纳的赞同，他希望看到像笛卡尔这样优秀的学者能对传统哲学提出诘难和挑战。笛卡尔需要一个属于自己的环境，在此孕育出新的思想成果。
这本书从酝酿写作到完成的时间大约是1639年11月至1640年3月，原书是用拉丁文写的，书名最初是《形而上学的沉思，其中论证上帝的存在和灵魂的不灭》，1641年8月28日由巴黎的迈克尔书店出版。由于书中并没有论证灵魂不灭的问题，只是论证了灵魂和肉体的关系问题，所以就遭到麦尔塞纳的反对，他提议笛卡尔将书名改一改。但笛卡尔却没有采纳，他认为这样写可以引起巴黎神学院的重视，直到1642年再版时才把书名改为《形而上学沉思集，其中论证上帝的存在和灵魂和肉体的区分》。书稿寄出一周后，为了说明更名的原因，笛卡尔又特地写了这本书的梗概，并着意强调上帝和我们的灵魂的优先性和可靠性。这个梗概，就被当做内容提要附在了书的前面。
在书正式出版前，笛卡尔曾委托好友布勒马特托把书稿的校样送给当时知名的神学家和哲学家们阅读，他希望征求他们的意见，在此基础上对原著作进一步的修改和阐述，并以此得到巴黎神学院的出版许可。他先是把书稿送给索邦大学的神学博士们和巴黎大学的神学权威，希望得到他们的认可，结果如愿以偿，这些神学权威们并没对笛卡尔的论著提出什么异议，最艰难的一关算是通过了。笛卡尔要过的第二关是学术界同行，他把自己的书稿、神学家们的批评和自己的答辩一并交给远在巴黎的麦尔塞纳，希望在巴黎的学术圈里进行阅读和交流。本想这一关没什么大问题，但结果却在这里遇到了非常尖锐的批评和反驳。甚至还使他和批评者之间产生一些小误会和不愉快。
1640年3月，笛卡尔写完《形而上学沉思集》后，首先向艾米利乌征集意见。11月，刚处理完家务事的笛卡尔就开始了他的征集意见的工作。他通过朋友分批向有关学者送交书稿校样，到1642年5月，共收到6组反驳和答辩，它们分别是：第一组——神学家卡特鲁；第二组——若干神学家和哲学家；第三组——霍布斯；第四组——阿尔诺；第五组——伽森狄；第六组——另外若干神学家和哲学家。作者对每组的反驳都作了答辩，笛卡尔的答辩既是对反驳的注解和补充，又是对其哲学思想的严密阐述，还在一些很有针对性的答辩中表达出更深刻、更新颖的思想。在6组反驳中，霍布斯、阿尔诺、伽森狄等人都提出了一些很有价值的思想。
英国哲学家霍布斯是1640年底接到笛卡尔的书稿的，当时他正在巴黎写自己的回忆录，麦尔塞纳热情地接待了他。麦尔塞纳不失时机地把笛卡尔托小惠更斯转来的书稿交给霍布斯，希望他能对此书提出自己的意见。霍布斯当时已是很有声望的哲学家，他的机械唯物主义观点与笛卡尔的思想格格不入。霍布斯看过笛卡尔的书稿后，毫不费力、也毫不客气地写了自己的批评意见，并用匿名信的形式把16条反对意见寄往荷兰的笛卡尔住处。1641年1月20日，笛卡尔在莱顿陆续收到霍布斯的批评信，最初他是怀着感激的心情来对待这些来信的，但当读过几封后，笛卡尔就觉得有些不对劲，他发现霍布斯的主要意图并不在于批评他的哲学，而在于表述自己的思想，这使笛卡尔怀疑他是否仔细读过自己的作品。特别让笛卡尔不能容忍的是，霍布斯总是摆出一副居高临下的姿态，似乎要把自己的思想强加给笛卡尔。笛卡尔感到自尊心受到了伤害，他不愿再看这些空洞、无益的批评性文章，自然也不愿意与这样的人发展友谊。所以，当接到霍布斯批判自己的《屈光学》文章后，他赶忙给麦尔塞纳写信，告诉他对霍布斯批评文章的看法以及对霍布斯个人的态度，他说，他不想再与霍布斯有什么交往了，也不想见到这个人。如果让他们两人再交往下去，肯定不会有什么好结果，甚至可能由朋友发展为敌人。在麦尔塞纳看来，霍布斯的评论是很诚恳的，也很有善意，并不像笛卡尔所想像的那么糟糕，两人之间的误会是与他们的文化背景有关。霍布斯来自英国，习惯于用经验主义原则和机械力学理论观察世界，而且，当时已年过四旬的霍布斯对数学、特别是几何学并不很熟悉。文化方面的差异决定了霍布斯不可能更深入地理解笛卡尔的思想。这种文化上的鸿沟并不是不可逾越的，但这需要时间和相互之间的理解和沟通。在彼此还很陌生的情况下，让一个性格内向、敏感而自尊的学者去看一个陌生人的高谈阔论和对自己思想的漠不关心，那自然是难以接受的。所以，笛卡尔和霍布斯初次交流的不愉快，本是可以避免的，然而阴错阳差，竟使两位伟大思想家之间产生如此大的隔阂，这真是学术交流史上的一大遗憾！
也许是受霍布斯批评的影响，笛卡尔原本要对传统的经院哲学进行系统的批判，现在他突然改变了主意。他认为，与其批判别人的思想，不如创立自己的思想，这或许也是笛卡尔1641年春季开始构思《哲学原理》的一个理由。他希望通过这本著作将自己的思想进一步体系化、条理化，并以教材的形式在学校得到传播。受乌特勒支大学的影响，笛卡尔或许认为他的思想在青年人中更容易得到认可和传播。
不过，作为学者，笛卡尔对霍布斯的批评文章还是重视的。霍布斯共提出16条反驳意见，笛卡尔在每一条反驳后边都进行了答辩，这是其他6组反驳意见中所没有的。可见，笛卡尔与霍布斯的争论，更多的是个人感情方面的，至于学术问题，笛卡尔还是比较理性对待的。
第四组的批评是来自神学院的，批评者名叫阿尔诺，年仅28岁，是一位才华横溢、学有所成的年轻神父，是法国的哲学家、神学家和神学博士。他是从麦尔塞纳那里接到笛卡尔的书稿的，其谦逊的态度和治学作风曾获得笛卡尔的好评。笛卡尔认为阿尔诺把学术观点和作者本人加以区别，是“更明智、更能助人为乐的人”。阿尔诺在批评文章里扮演了两个角色，一个是以哲学家的身份提出“关于人类精神本质本性问题和上帝存在性问题”，另一个是以神学家身份提出“一个神学家能够在本著作中所遇到的问题”。笛卡尔回答阿尔诺神父的问题时显然更有学者和绅士风度，而且也更条理清晰、胸有成竹。
让笛卡尔不快的另一个批评者是法国唯物主义者伽森狄，他是1641年到巴黎的，也是从麦尔塞纳那里得到笛卡尔的书稿的。他也如霍布斯一样，对笛卡尔的每一个沉思提出反驳，其中也不乏霍布斯式的高谈阔论，强加于人。让笛卡尔感到奇怪的是，在他收到伽森狄的批评文章的同时，也收到伽森狄夹附的一封信函，其献媚、赞美之辞让笛卡尔直倒胃口。笛卡尔被伽森狄的这种不诚实的态度所激怒，立即写信给麦尔塞纳，在反驳伽森狄的文章的同时，也对伽森狄的人品进行了批评，这也是两人一直合不来的理由。
1640年12月，笛卡尔收集到6组反驳意见，并对每组意见进行了答辩。于是，他就把书稿连同6组反驳与答辩一并交由出版商出版。按笛卡尔的意图，他是想通过这些有声望的人的意见来为自己的书稿造势，以避免出版后引起的不必要的麻烦。他原本并不打算让霍布斯和伽森狄两人看的，是麦尔塞纳自作主张让这两人参与的。好在这两位唯物主义者都对笛卡尔的著作持批判和否定的态度，这也从反面帮了笛卡尔的忙。
由于法国国王的特许和索邦神学院神父们的同意，《沉思集》在巴黎顺利出版。3个月后，这本书才到达荷兰的书店里。笛卡尔把《沉思集》分别赠送给各地的知名人士，如路易十三的掌玺大臣塞吉埃、拉弗莱舍学院院长、耶稣会神父诺爱尔等。这些书有的是他自己亲自送去，有的是通过麦尔塞纳转送的。
笛卡尔的《沉思集》发表后，在知识界引起强烈反响，但是由于是用拉丁文写的，其影响面又很狭窄。当时法国一位年轻的王宫贵族德吕纳公爵看过笛卡尔的《沉思集》后，很是欣赏，他希望能把笛卡尔的著作介绍给更多的法国人，于是就把《沉思集》翻译成法语。随后克莱尔色列把其后的《反驳》和《答辩》也翻译成法语。伽森狄看到自己的反驳被附在笛卡尔的著作后面出版，心里很不高兴，他认为自己的信件只是写给笛卡尔个人看的，笛卡尔在未经本人同意，就将属于私人信件公开发表是对写信者本人的不尊重。于是就针对笛卡尔的答辩又写了几条新意见，并把自己的反驳和意见单独集结，以《形而上学研究》书名于1644年在阿姆斯特丹出版。笛卡尔得知此事后，致信克莱尔色列，要求在法文版中删去伽森狄一组的反驳，由自己写给译者的信件和对伽森狄《形而上学研究》一书的意见取而代之。后来，征得笛卡尔的同意，1647年法文版《沉思集》出版时，又将伽森狄的反驳和笛卡尔的答辩附在书的最后发表了。
笛卡尔《沉思集》的出版，实际上是欧洲近代历史上第一次公开的、直接的哲学论战。通过他们的论战，我们可以一睹以笛卡尔为首的一代思想家的精神风采。
2.《第一哲学沉思集》的基本内容
笛卡尔思想发展的脉络是通过他的论著表现出来的，《探求真理的指导原则》是其思想方法的最初体现，这种纲要性的原则只是其方法的雏形，还存在许多缺陷。《方法谈》虽是以序言的形式出现，但其思想方法较以前更精炼、更系统、更深刻。随着思想方法的成熟，笛卡尔就要在其思想方法的指导下建立自己的哲学体系，《第一哲学沉思集》就是其建立新哲学的基本原则和科学的形而上学基础。
在这本书的一开始，就有笛卡尔《致神圣的巴黎神学院院长和圣师们的信》，在这封信中，他申明了自己的写作宗旨，这其中也不乏他的某种献媚和机智。最直接的目的就是希望把自己的书置于教会的保护之下，因为他认为，他的书是从哲学方面证明了“上帝和灵魂这两个问题”，使人们不仅仅是在信仰的层面上，而是在理性的层次上理解上帝和灵魂存在的合理性。并从方法论的角度使人们“更容易、更确切”地认识上帝和灵魂问题。他煞费苦心地引经据典，喋喋不休地声明自己对宗教的忠诚，最终都是为了寻找索邦神学院的保护，使自己的科学方法、哲学思想和宗教信仰实现和谐与统一，而这正是笛卡尔所祈求的。
读笛卡尔的这部著作，我们会明显地感觉到，无论从语言的表述，还是思考的内容，乃至他的处事技巧都比以前成熟、老道得多了。一个思想家，在人类思想的长河中，其所创造的东西仅仅只是一朵很小的浪花，我们不要指望笛卡尔的每一句话都是新的思想，事实上，在他一生的几部著作中，都在重复着他的新思想，不同的只是，我们通过对这些著作的解读，渐渐地就看到了一位思想家的新思想的成熟过程。更重要的是，我们应该与作者一起体验那在炼狱中锻造新思想的痛苦历程。
在本书的前言中，笛卡尔开宗明义地道明所要探讨的内容——“上帝和人的灵魂”。他回忆说，这两个问题在《谈正确引导理性和在科学中探求真理的方法》中已经提到，不过那时只是“顺便一谈，并无深论”。为什么如此呢？笛卡尔解释说有两个原因：一是，那本书主要是探讨方法的，在人们还没有理解自己的方法时，贸然使用这种方法论证上帝和灵魂，怕引起太多的误解；二是，上帝和灵魂问题本身既很重要又很复杂，他想“大家对这个问题如何判断”，如果一次谈不清楚，最好能“多谈几次”。后来作者在写《方法谈》的时候，又一次谈到上帝和灵魂，而读者对该书提出的两个反驳意见正好也是这两个问题。“第一个反驳是：不能从人的精神对它本身进行反思时只看出它自己、看不见别的什么东西这一事实就得出结论说，人的精神的本性或本质仅仅是思维；因为‘仅仅’这一词就把其他凡是有可能说得七也是属于灵魂的东西都排除掉了。”笛卡尔申辩到，因为那时“我只知道我是一个在思维的东西”，“我还没有谈到事物的实在情况”。他希望自己在本书里能解决好灵魂和肉体、灵魂和外物之间的关系。“第二个反驳是：从我心里有一个比我完满的东西的观念这件事不能得出结论说这个观念比我完满，更不能说这个观念所代表的东西存在。”笛卡尔认为，“观念”有不同的含义，如果它是“我的理智的一种活动”，那它就不是完满的；如果它“可以客观地被当做这种活动所代表的东西”，即便我们不能假定它存在于我们的理智之外，那我们也可以证明它比我们完满。笛卡尔认为这也是他这本书所力求证明的一个主要内容。
由此我们可以看出笛卡尔这本书与前两本书之间的必然联系，可以说，《沉思集》不但回答了针对《方法谈》所提出的反驳意见，而且也是《方法谈》所确立的方法原则的具体运用。两者结合的结果就是产生了笛卡尔的二元论思想。
谈完了该书的主题内容，笛卡尔下来就谈他与作者的关系，其中有些话是言不由衷的，如他说“我既不想得到一般人的好评，也不希望很多人读我的书”，这不是出于什么谦虚，而是对大多数读者的失望。他认为读者中能与他“一起进行严肃认真的沉思”的人少，“而断章取义、专门以吹毛求疵为乐”的人多。读到这，我们不由地想到笛卡尔与反驳他的一些读者之间的不愉快，因为他把书稿寄给这些人，就是把他们当做能读懂他的书的少数人，对他们寄予厚望，希望他们能针对自己的著作提出有见地的批评，如果有人犯了笛卡尔所说的“多数人”的毛病，那自然令他失望和生气。他与霍布斯、伽森狄之间的冲突也就在情理之中了。第一个沉思怀疑什么？
