在私人出版商那遇到的种种责难，促使笛卡尔想尝试另一条出版的途径。当时法国国内有出版许可证制度，刚从美国回来的出版商建议笛卡尔申请法国的出版许可证，笛卡尔认为这是一个明智之举。1635年5月，笛卡尔终于成功取得了法国国王的出版许可证，这为以后的出版铺平了道路。当然，为了获得这个出版许可证，笛卡尔免不了要向国王说几句歌功颂德、奉迎溜须的话，其实，这样做也正合笛卡尔的意思，他不是正希望在与现实政权搞好关系的基础上实现自己的思想革命吗！当然，笛卡尔这样做也是要付出代价的。他原本希望自己的书能够匿名出版，可当他的名字和出版的书名出现在法国的出版特权者的名单上时，也就没有什么秘密可保了。这样，一直为他的出版保守秘密的老友麦尔塞纳就有些不高兴，两人为此还有些小小的误会，不过很快就被笛卡尔化解了。就在笛卡尔与好友麦尔塞纳正在为出版一事发生争执时，出版商约翰·马雷已通过一些渠道悄悄地调查了笛卡尔这本书的情况，调查结果出乎他的意料，他意识到这本书的价值，并坚定了出版的信心。在约翰·马雷的努力下，1637年6月8日，《方法谈》一书终于在莱顿匿名出版。正是这本书奠定了他在学术界的地位。为感激祖国、母校和朋友，笛卡尔将此书呈献给法国国王、黎世留、奥伦治亲王，以及母校拉弗莱舍的耶稣会士教师。
创造思想的人也在创造着冲突和争执，因为新思想的创造总是与传统的观念和生活方式发生冲突，尽管笛卡尔一直小心翼翼，试图避免这种局面的发生，然而一旦他把自己的思想公之于众，这就不是笛卡尔的理性生活准则所能奏效的了。《方法谈》一书的发表，标志着一种新的思想体系的提出，在这个新的思想中，笛卡尔通过简洁而生动的个人经历的回顾，不仅总结了自己的信仰，而且还回答了他为什么信仰的问题。当有些人在为新体系的出现而欢呼呐喊的时候，一些人则站在旧体系的框架里指责新体系的种种“过失”，随着《方法谈》一书在知识界的广泛传播，笛卡尔的思想就成为人们争执和辩论的焦点。笛卡尔的新思想首先在刚成立不久的乌特勒支大学掀起波澜。当时支持和积极传播笛卡尔思想的是该校哲学教授瑞纳里、医学教授勒卢阿等知名学者。他们积极向学生介绍笛卡尔的思想，每周在学校做18次演讲，很快在学校形成了笛卡尔热。勒卢阿是瑞纳里的学生，他常以讲授生理学为名，在课堂上宣讲笛卡尔的思想。他主要讲授科学与哲学的关系，这些新鲜的理论观点自然引起学生们的兴趣，激起学生们的热情，当然也引起一些神职人员和经验主义者的反对。在学生和有关人员的支持和呼吁下，勒卢阿被校方聘为教授，这表明笛卡尔的思想在该校已经拥有一定的势力。然而好景不长，由于长期的劳累，年仅45岁的瑞纳里终于积劳成疾。为了钻研笛卡尔的思想，瑞纳里仍然带病工作了一个月，1639年3月，这位为了工作曾放弃婚姻的学者与世长辞了。瑞纳里在笛卡尔的心中占有一定的位置，他是一个忠实的信徒，他的去世对笛卡尔思想的传播是一个真正的损失。勒卢阿把瑞纳里去世的消息写信告诉了笛卡尔，并恳求能到埃格蒙特拜访他。得知瑞纳里去世的消息后，笛卡尔很是伤感，为了使自己的思想得到更广泛的传播，他同意了勒卢阿的请求。在瑞纳里的追悼会上，医学教授勒卢阿和修辞学教授艾米利乌宣读了他们为瑞纳里撰写的悼词。他们借这份悼词，对笛卡尔的思想大加宣扬，“勒卢阿甚至还认为笛卡尔隐瞒了自己真正的见解”。正是这份悼词将乌特勒支大学的争论推向了高潮。早对笛卡尔心怀嫉妒的阿尔明尼派牧师沃埃特，借着攻击勒卢阿的悼词来间接地批判笛卡尔的思想，他要求对笛卡尔把隐瞒了的“真正意图”解释清楚。沃埃特还对哈维的血液循环理论进行了批判，认为这些异端思想将干扰宇宙的和平。勒卢阿被迫修改自己的悼词，结果还是不能让沃埃特等人满意，他们要求笛卡尔对勒卢阿的文章发表意见。当笛卡尔得知自己的理论被人擅自解释时，很是生气，他对此“提出抗议”。不过这种抗议并未影响他与自己信徒之间的关系，而且，笛卡尔感到与年轻的勒卢阿交往心情非常愉快。作为长辈和导师，笛卡尔劝年轻的勒卢阿以后不要再那么直率、鲁莽，不能想怎么做就怎么做，要讲究策略和艺术，不要留下把柄让人家抓。否则就会适得其反，不但宣传不了自己的思想，反而自身的生命也难以自保。为了便于工作，他们必须分开，甚至在发表意见和观点时也要隐姓埋名。
大学里的思想斗争远没有结束。当笛卡尔正在与他的信徒们商讨对策的时候，沃埃特也没有闲着，他在当年6月的德雷赫特宗教会议上，把笛卡尔的学说指责为无神论思想，并归结为若干条，逐条加以批判。我们知道，笛卡尔是个天主教徒，他最忌讳把自己的理论称作无神论，而且在当时的条件下，宣布其学说为无神论，就等于在政治上判了死刑，甚至连作者个人都有生命的危险。伽利略事件就是明证。可能觉得自己的阵营有些薄弱吧，沃埃特也开始为自己招兵买马，他看中了该校的女学者斯丘尔曼斯，该女士年方28，在知识圈内人气正旺。她不仅是个语言天才，掌握了除土耳其之外所有欧洲国家的语言，另外还非常精通拉丁语和希腊语，而且她还非常具有艺术天赋，绘画、雕刻、写作样样精通；她还对数学、哲学、神学颇有研究，被人们亲切地冠之于“一位平静的、喜欢钻研的温顺的爱神”。沃埃特利用斯丘尔曼斯向他求教的机会，动员其参加到反对笛卡尔思想的行列里，因为他知道，斯丘尔曼斯虽然不是天主教徒，但她对宗教还是很虔诚的，她在批判笛卡尔的斗争中起了一定的作用。
校园里两派的斗争正如火如茶地进行着，笛卡尔并不想把自己扯进去，更不想站在众人面前情绪激昂、沫星四溅地发表演讲。他此时在莱顿，正气定神闲地赋诗画画，并写信向麦尔塞纳介绍了自己的绘画情况。也许是瑞纳里的逝世刺激了他，也许是受青年医生勒卢阿的影响，笛卡尔又一次把自己的注意力转到医学上来了。这个困扰他一生的问题就是如何能让人活得更长时间。为了解决这个实际问题，他结识了老教授瓦尔切，并与他关系密切。为了对人体生理有更深入的了解，在笛卡尔的努力争取下，他终于参加了尸体解剖。仅有这些实践经验还是不够的，笛卡尔开始看学习医学方面的书。为了能够更好地学习，笛卡尔从莱顿转到附近的恩格吉斯特居住，在这个小村庄里，人们和平幸福地生活着，过着世外桃源的生活。笛卡尔还沉湎于他的医学研究，他了解这门学科的最新进展，对医学的关注也加强了他与勒卢阿之间的友谊。
这期间，笛卡尔的身体状况并不很稳定。1638年夏季，笛卡尔在莱顿居住，当地流行热病，很多人都感染上这种疾病。朋友们关心笛卡尔，写信询问他的情况。笛卡尔给麦尔塞纳回信说，尽管当地热病流行，但只有他一人没有染上这种疾病，言语中显露出几分自信和自豪。可是，到了1639年，年仅42岁的他已感到身体越来越虚弱，精力也大不如以前了，与生俱来的疾病总是在折磨着他。他非常痛苦，情绪有时也很低落，他说疾病不仅使他的身体有些虚弱，而且也带走了他对工作的热情。他不想再谋求什么工作职位和学术头衔了，希望利用自己的医学知识，为患有疾病的病人减轻痛苦。至于自己的生命，笛卡尔陷入了对生和死的思考中。他说他希望自己长寿（这也是他热爱医学的动力之一），但上天不允许他长命百岁。面对上帝，他只有敬重和服从，无论上帝让他干什么，他都会毫无保留地服从上帝的安排，并尽力完成自己的使命。这在一定程度上也表明了笛卡尔的死亡观。早在1637年，笛卡尔就围绕宗教中有关死亡的问题发表过自己的看法。关于宗教，他的态度是，他不想介入有关上帝是否存在的证明，因为那是人的忠诚和信仰。然而现实使他不得不介入这些问题。当他提出“我思故我在”时，为了证明我的存在，也曾经大胆地怀疑过上帝的存在，笛卡尔对自己的行为解释为，那些怀疑只是为了更好地确定上帝和自己的存在。在现实中，人们只有克服自己弱点，正确地认识自己，有正确的判断，才会有正确的行动。然而有意义和有价值的实践是以哲学中意识的独立存在为前提的。在笛卡尔看来，在对待世界问题上，我们应该采取两种态度，两者也是互相关联的。关于生活中的原因，我们可以凭借理智加以解释。而关于上帝及其由上帝所决定的问题，我们必须靠忠诚加以信仰。那么，在上帝的安排和人的自由两者之间如何协调呢？首先，上帝创造了宇宙秩序，使日月星辰的运行毫厘不差，四时昼夜的周转有序进行，这些都是我们人力所不能改变的；其次，上帝不但创造了人类，也将人类置于她的控制之下，那么人的自由究竟应该如何发挥呢？笛卡尔认为，“上帝对人的一切行为，在她派遣我们人世之前，早已确知我们的心意和倾向。是她把这些倾向放在我们身上，也是她安置了我们周围的一切，使这种和那种事物，在这个或那个时刻，显现出来给我们选择。这一切都是她预先料到的，但是她并不逼迫我们这样做”。上帝的意志也可分成两部分，一部分是绝对意志，另一部分是相对意志。“按前者，她希望一切事物顺其自然进行；按后者，是与人功过有关的，她希望人们遵守她的法律。”他曾经用一个很有意思的例子说明这个道理，例如，上帝给了我们一双眼睛，而我们却可以自由地去看周围的事物。使眼睛具有视角的功能是上帝的事，发挥视角的功能是人类的事，我们所做的就是维护或损害眼睛的功能。同样，死亡也是这样，既然上帝决定生命的死亡，我们就应当在死亡面前处之泰然。然而，在生活中我们却应该备加珍惜自己的生命。我们无权决定自己不死，但我们却有权决定自己很好地生活。
