另一方面，国民党还利用部分投降日军进攻解放区。9至11月，华北、华东地区的日军，除由八路军缴械者外，在美军和国民党军控制地区共有日军26．1万余人，除青岛日军1500人缴械外，其余日军在国民党军陆军总司令何应钦的指令下，不仅没有缴械，反而将其冠以“护路队”、“先遣队”等名义，驱使其成为“剿共”第一线兵力。其中最突出者：一是将日军华北方面军总部、蒙疆驻屯军总部、坦克第3师团、独立混成第2、第8旅团及第3、第5独立警备队等共10．6万余人，以保护铁路为名，分驻北平以外各铁路沿线，“作有效之防御”。何应钦还命令这些部队，“坚决反击”，必要时应向中共武装“收复失地”。二是驻太原、大同侵华日军第1军军部、第114师团之独立步兵第10旅团、独立步兵第14旅团等部共4．9万人，对这些日军，国民党第2战区司令长官阎锡山不仅不令他们立即投降，反而将其中的2万余人编为“山西先遣支队”，布防于正太路西段和同蒲路北段，执行所谓“护路”任务。三是山东侵华日军第43军军部、第47师团、独立混成第5旅团、独立步兵第1旅团及第9、第11、第12独立警备队等部共6．4万余人，在国民党山东省政府主席何思源“收复失地”的命令下，驱使其向即墨、胶县、淄博等解放区发动进攻。当遭到人民军队的迎头痛击后，何思源还亲自到济南医院慰问日军受伤人员。在苏中地区，国民党方面还命令日军独立混成第90旅团以“剿共队”名义，重陷已解放之海门县城。
国民党此种倒行逆施，深受侵华日军欢迎，日本驻中国派遣军总司令冈村宁次，乘机通过何应钦向蒋介石建议：“中国的对日抗战是结束了，但今后难题尚多，主要的就是剿共问题。这是中国的心腹之患。我既受到天皇的命令投降了中国，我就应该忠实地找机会为中国政府效劳。现在我们驻在中国的完整部队还有一百几十万人，装备都是齐全的，趁现在尚未实行遣散，用来打共产党当能发挥一定的力量。这是替中国着想。”蒋介石对冈村宁次的建议十分赞赏，打算采纳。只是后来由于美国的反对，蒋介石才不得不放弃这一意图。
向解放区进攻之国民党军和日伪军，所到之处，烧杀掳掠，无所不为，使得这些地区的人民流离失所。在豫西地区，国民党军第64师和暂66师以及该区之日伪军，侵占八路军从日军手中收复之伊川、宜阳、登封、禹县等地区后，从9月15日至21日的7天之内枪杀八路军伤病员、地方干部、抗日军人家属以及各阶层进步人士500余人，甚至惨无人道地采用剥皮、刀砍、活埋等办法残杀无辜群众，手段十分残忍。禹县以北之盱花台区被国民党军包围后，当场枪杀区长以下政府工作人员22人；该县文殊店区被国民党军占领后，有40余名妇女被强奸，50余头牲畜被抢掠。
凡此种种，几乎遍及所有遭到进攻的解放区。向绥远以东进攻的傅作义部骑兵第4师师长刘万春，于9月23日给傅作义的电报中不得不承认：“自我军东进以来，部队骚动地方，甚至奸淫抢掠，纪律荡然，以至民怨沸腾。”绥远人民普遍称傅作义部为“官土匪”，流传一首民谣：“说中央，盼中央，中央来了一扫光。”由于国民党军对解放区人民血腥镇压，惨绝人寰，使得解放区广大人民莫不悲愤填膺，他们奋起呼吁：希望中国共产党和人民军队伸张正义，立即制止国民党当局与日伪的合流，制止其残害人民、向解放区进攻的滔天罪行，以免中国在抗战胜利后重演内战惨剧。
B．中共中央、中央军委反击国民党军进攻的方针、部署中共中央根据国民党军向解放区大举进攻的形势，先后多次召开政治局会议进行分析研究。认为，“我军在华北、华中敌后艰苦抗战八年，功在国家，但国民党不让我军受降，并动员了70万军队在敌伪的掩护和帮助下，正向北平、天津、秦皇岛、张家口、石家庄、济南、青岛等地急进，企图控制华北各大城市和交通要道。”这些情况表明：国民党不仅要完全占领长江以南地区，还要夺取华北战略要地和交通线，以分割、压缩解放区，并打开进入东北的通道；依据中苏条约对它有利的规定，出兵占领全东北。
据此，中共中央于8月23日和26日一再指示全党，务必认清当前形势，保持清醒头脑，对国民党的进攻必须自卫还击。并明确指出：“蒋介石消灭我们的方针改变没有？没有改变，不会改变的，他可能赞成和平是因有种种困难条件所致，是采取暂时的和平政策，以便取得时间治好疮疤，壮大他自己的力量，准备将来消灭我们，他们就是这种方针。”还告戒全党：“如果我们不能制止这些局部内战，并把他打出去，他就会得寸进尺，贻害无穷。”并指示全军：“我党力量强大，有来犯者，只要好打，我党必定站在自卫立场上坚决彻底干净全部消灭之（不要轻易打，打则必胜），绝对不要被反动派其势汹汹所吓倒。”
中共中央基于上述分析，决心反击国民党军的进攻，并提出如下方针、部署：
8月13日和23日，毛泽东先后指示全党：我们的方针是针锋相对，寸土必争，保卫抗战胜利果实。接着，他又就斗争策略问题向各战略区领导人指出：我们对蒋介石是采取“洗脸政策”，即：
蒋攻我亦攻，蒋停我亦停，有团结有斗争，有理、有利、有节。
为了贯彻中共中央提出的方针、任务，8月26日。中央军委就华北目前军事部署给各战略区发出指示电，要求：晋冀鲁豫军区“太行应即集结主力（太岳集结一部协助）组织夺取白晋路收复上党全区，采取一切有效手段彻底消灭伪顽逼敌投降”；“太岳区应集结主力，宽正面向同蒲路进击，重点置于该路南段，尽速发动民众民兵以游击方式包围封锁敌伪大据点，夺取小据点，彻底破坏同蒲路，控制平陆、垣曲一带黄河渡口，造成迟滞与打击胡宗南北进之有利条件”；“冀鲁豫平原主力应继续向开封、新乡、汤阴地区进攻，消灭孙殿英、庞炳勋部，逼敌投降，控制黄河铁桥。”晋察冀军区应即彻底破坏平绥路、平汉路、津浦路、同蒲路、正太路、德石路、平古路、北宁路，迫使敌伪兵力向大城市及要道集中，便于我以必要兵力着重夺取小城市；“赵尔陆部主力应即进占正太路之榆次、娘子关段，控制该路，夺取阳泉兵工厂”；
“晋绥军区应以协助聂军区夺取大同，巩卫张家口。因此须在绥远境内，集中力量在野战中寻求几个胜利战斗，消灭傅作义一部或大部，可能时争取收复归绥。在山西方面，须尽量消灭阎锡山部，夺取离石、汾阳、孝义、文水、交城，一时不能取得亦须造成包围封锁之势”，威迫阎锡山部内部变化。
1945年9月19日，中共中央正式确定以“向北发展，向南防御”为全国的战略指导方针以后，对全国的战略部署作了调整，调整的中心内容是把完全控制热河、察哈尔两省，发展东北并争取控制东北，保卫华北、华中作为全党、全军的主要任务。为了实现这一任务，中共中央决心在平绥、同蒲、平汉、津浦4条铁路沿线组织几个有力战役，以阻止国民党军向华北解放区的推进，达到既掩护八路军、新四军一部顺利进入东北，又有利于争取和平解决国内问题之目的。中央军委于9月中旬至10月中旬，先后多次指示各战略区：目前作战的重心应放在4条铁路线上，开展交通破击战；作战的主要目的是消灭和阻止北进之顽军；迟滞顽军北上的时间至少应在两个月以上，使我军能完全控制张家口、古北口、山海关一线，这对于争取东北和控制热察两省的胜利是极端重要的。10月20日，中共中央就实现全党的中心任务又进一步向各中央局、各野战部队发出指示：为了集中一切力量反对顽军进攻，还必须注意扩大解放区，“除移动大量军队与干部去东北及热河等地，并在那里组织人民，扩大军队，阻止与粉碎顽军侵入外。在一切解放区，是组织强大的野战军，有计划地歼灭向我进攻的顽军，歼灭得愈多愈干净愈彻底愈好。这是自卫的战争，我具有充分的理由，站在有理、有利的地位。解放区的一切工作，都应为了这一中心而服务。”
中共中央在向全党全军提出新的战略任务的同时，就“布置几个有力战役，打退顽军气势”这一关键问题作出了具体部署：晋冀鲁豫区，“以冀鲁豫主力及太行之一部对付沿平汉路北上之孙连仲；以太行、太岳主力及赵尔陆部对付沿同蒲、正太路北进之胡宗南。”晋察冀和晋绥区，“必须立即组织察绥战役，消灭傅作义部，解放绥远，收复归绥，夺取雁北13县”；“聂、贺军待绥远战役完毕，即以主力转至平津方面，策应东北作战”；“肖、罗野战军限上半月（1945年11月上半月）在平北集中，编组完毕，待命东进，侧击进入山海关、锦州、沈阳线之蒋军”。山东及新四军主力，“对付沿津浦路北上之顽”，并准备“打张岚峰、郝鹏举伪军及何陈两顽之后梯队，控制新黄河以北，孤立何陈两顽深入徐州部队，保障与声援五师与河南军区主力之行动”。东北方面。
“林、彭立即布置内线作战，先在葫芦岛至锦州，营口至海城之线，尽力阻滞登陆之蒋军，以待已到部队之组成及路上行进部队之到达，并于适当时机坚决消灭蒋军，不使进沈阳”。
10月15日，中共中央就津浦、陇海、平汉、同蒲、正太、平绥、北宁等7条铁路“施行有计划的破坏和扼守”问题，给各中央局、各战略区明确的区分了任务，即：“津浦路德州至天津段，归渤海、冀中负责；德州至济南段，归冀鲁豫、渤海负责；济南至徐州段，归山东、冀鲁豫负责；徐州至浦口段，归新四军负责；
陇海路归新四军、冀鲁豫负责；平汉路石家庄至新乡段，归太行、冀鲁豫负责；石家庄至天津段，归冀晋、冀中负责；正太路归冀晋、太行负责；同蒲南段归太岳负责；北段归晋绥、冀晋负责；平绥路归晋绥、晋察冀负责；北宁路归冀东负责。”中共中央在这个指示中还规定：“凡归两区共同负责者，须有一区受另一区之统一指挥，由各中央局具体指定之。”
从9月下旬至10月中旬，中共中央和中央军委就自卫反击作战方法，特别是开展铁路破击战方法先后几次向各战略区作了明确指示，主要是：第一，“动员全党、全军及广大人民，认识目前交通作战的严重性”。务必明确：“对于各路前进顽军加以严重打击，消灭其几十个师，阻止其前进，则国民党的反动计划必被我打破，我在将来长期和平阶段中的有利地位即能确立”。第二，集中优势兵力，歼灭整批敌人。要求每路主力兵团须各有3万人到5万人，组织得力的野战指挥机关和政治机关，配合地方武装和民兵，用纠缠扭打的战法，在顽军前后左右，一直和顽军纠缠扭打，寻求有利机会，集中优势兵力消灭其一两师主力。第三，以小部队和民兵配合主力作战。广泛使用地雷炸弹，普遍袭击、截击，既阻止其前进，又断绝其后方接济，并组织群众坚壁清野，使其孤军深入，补充困难，陷于被动，在其弱点暴露时猛力进击，消灭其有生力量。第四，发动广大群众配合野战军破击铁路。凡有强大力量足以控制铁路一段时，均应力求控制一段，布置战场，和顽军作战，求得整批消灭顽军力量，阻其前进。凡不能控制铁路一段时，则应积极破路，袭扰，埋设地雷，翻车和相机打击顽军，务使其不能乘车而必须步行前进。凡无正规部队地段，必须组织多数武工队、游击小组去埋设地雷、炸弹和翻车等。中共中央和中央军委为打退国民党军向解放区进攻而制定的方针、部署和发出的一系列指示，极大地鼓舞了解放区军民为保卫抗战胜利果实，保卫解放区而奋起自卫还击的决心和信心。遵照这些指示，晋冀鲁豫军区、晋察冀军区、晋绥军区、山东和华中军区，以及东北人民自治军分别在平汉路、同蒲路、平绥路、津浦路以及北宁路沿线，紧紧依靠人民群众，以敢于斗争、敢于胜利的磅薄气势，对国民党军的军事进攻展开了有力的反击。
