从雍正二年春平定青海的叛乱，到当年十月年羹尧奉命入京觐见，年羹尧的权势、地位达到了顶峰。年羹尧于十月十一日入京觐见，十二月初九回到任所，在京逗留了一个月左右。仁这一个月之间，雍正对年羹尧的态度发生了突然变化，和前不久的热切期盼君臣相见的喜悦心情形成明显对照，雍正开始逐渐疏远和责怪他。
这期间，雍正并没有对年羹尧的青海之功过分的渲染和夸赞，而是频频向他发出警告的讯号。特别是年羹尧即将回任川陕总督前夕，雍正发布了一道长谕，大谈作皇帝难，作臣子也不易，其中有几处涉及到了年羹尧，名义上是在批驳外间关于他的谣言，实际上这是雍正向年羹尧和朝臣发出的富有深义的信号，听者不用太费心思就能知道：年羹尧已经失宠了！雍正既然已经这么做，那就证明，昔日在他心目中举足轻重、忠心耿耿的年羹尧已经失宠。雍正曾经说过这样的话：“作为一国之君，凡事都会仔细甄别、严加考察才能做决定，哪里有事事听从年羹尧建议的道理？年羹尧的才华，当大将军当总督虽说绰绰有余，但是他哪里具备作天子的聪明才智呢？”雍正前后态度变化之迅速真是让人费解和惊讶。
年羹尧自然也觉察到了雍正态度的变化，此时的雍正已经不再是对他言听计从、深信不疑、视他为手足的皇帝了。他回任后给皇帝的第一个奏折中就可见一斑。年羹尧自称自己才智平平，禀赋庸劣，在京城将近一个月的事件里面，没有提出什么对国家有用的意见，反而屡屡出错，每每自己想起，都惶恐不按。而雍正帝在年奏折的朱批的结尾也写了一段意味深长的话，其中有句话这样说：“凡人臣图功易，成功难；成功易，守功难；守功易，终功难。为君者，施恩易，当恩难；当恩易，保恩难；保恩易，全恩难。若倚功造过，必致返恩为仇，此从来人情常有者。尔等功臣，一赖人主防微杜渐，不令致于危地；二在尔等相时见机，不肯蹈其险辙；三须大小臣工避嫌远疑，不送尔等至于绝路，三者缺一不可。”
这句话实际上是在提醒年羹尧，要防微杜渐，不要倚仗着自己功劳大就不怕犯错。不要做过头的事。通过对雍正君臣往来的书信我们也能看出年羹尧这期间地位的变化。君臣之间出现矛盾，并且这种矛盾逐渐表面化。至于为什么年羹尧这次进京就招致了雍正对他的态度起了如此翻天覆地的变化，君臣之间究竟发生了什么不愉快，史书上没有相关的记载，我们也不能妄加揣测。但自此后，雍正屡屡向有关督抚密示：年羹尧居心不纯，大家要疏远他。
雍正三年正月，雍正通过各种场合，开始公开指责年羹尧办事有很多错误。但凡是年羹尧举荐参劾的人，雍正就故意逆着他的意思行事。三月份，年羹尧在奏贺“日月合壁，五星联珠”的好气象时，竟糊涂地将形容早晚勤奋谨慎、兢兢业业、不敢怠懈的“朝乾夕惕”一词，误写为词意大相径庭的“夕阳朝乾”，而且奏本内字画潦草不堪。雍正看后勃然大怒，说年羹尧是故意这样做．表示对他这个皇上的不尊敬。与此同时，年羹尧进京期间曾极力保举的甘肃巡抚胡期恒，品行卑鄙下贱，被召见时所说的话，都是些荒诞谬误之辞，于是雍正大发雷霆，责骂年羹尧实在是昏了头，竟敢欺骗皇帝和朝廷。年羹尧连连受到公开或私下指责，在这种形势之下，他知道这样下去自己可能性命不保，于是就自称心跳之病复发，饮食减少，睡眠不好，又连吐血数次，请皇上原谅他的过失。
在雍正越发厌恶年羹尧的时候，他听到的关于年羹尧的事反而多起来，这使他又气又恼。于是在四月十日下令将年羹尧调任为杭州将军，这就为整治年羹尧拉开了序幕。调任杭州将军后，年羹尧虽然表面上仍是朝廷的高官，但事实上的遭遇却极为窘迫，和囚犯没什么两样。雍正秘密命令江浙一带的官员牵制和监视年羹尧的一举一动，然后向他上报。年羹尧要办什么事，总是没理由就被驳回。至此他的心情更坏，什么公事也不理，只是个名义上的杭州将军，是个傀儡。
年羹尧落到如此地步，各地官员终于彻底看清了形势，开始捧打落水狗，有冤报冤，有仇报仇。他原来的党羽在严峻的形势下，也无法保持沉默，为表示与他划清界限，纷纷上表参奏年羹尧的种种不法行为。例如，山西巡抚伊都立首先参劾年羹尧，说他“作威作福，收受贿赂，党同伐异，侵吞国家财产，杀戮无辜，残害良民”。正所谓墙倒众人推，之后诸多官员都竞相揭奏年羹尧的不法罪状。为了震慑他，雍正把他们的奏疏一一发给年羹尧看，令他予以回应。六月，雍正开始严惩年氏子弟和亲信。此时，年羹尧已经彻底失势。
七月，年羹尧的罪过已经大白天下，雍正下旨革去他将军之职，但是又不允许他回京城，只是将他软禁在杭州。事实上这个时候雍正已经起了杀年羹尧的心思，只不过考虑到年羹尧先前位高权重，他的案子备受瞩目。要杀他必须找一个让天下人心服口服的理由。于是雍正动员广大官员们继续上疏揭发。于是那些看皇帝脸色行事的大臣们开始了又一轮对年羹尧的批判，大家纷纷检举他的罪行。
十二月初四，一件奇事终于使雍正最后动了杀机。初三那天，有一老虎突然出现在齐化门(今朝阳门)外，步军统领阿齐图得到消息后，立刻领军擒虎。而虎却趴在河畔苇草里，阿齐图等赶到现场后，只好焚烧芦苇。可是老虎还是一动不动地趴在那。到了半夜，趁人不备，老虎忽然跃出包围圈逃走，从东便门登城，从城上行至正阳门，由马道下城，并没有咬伤一个人，直接进了年羹尧家，蹲踞在屋上。阿齐图赶到后，举放火枪，老虎才跳下，躲避到花园中，最后被兵丁乱枪扎死。雍正得知奏报后，十分高兴，认为这是年羹尧必死的先兆。据说，年羹尧出生的时候就有白虎之兆，这次死在年家的虎，相传也是一只白额虎。这对于十分迷信天命的雍正来说，虎入年家，无疑是他杀年羹尧的一个重要借口和动因。
十二月十一日，朝臣们将年羹尧的九十二大罪结案奏上。但是雍正表示，念及年羹尧在青海立下的大功，免除他的极刑而将他交给步军统领阿齐图，让他自裁；年羹尧的兄弟被革职而免除正法；将年羹尧作恶多端的儿子年富正法，其余十五岁以上的均发往广西、云贵极远之地充军；年羹尧的妻系宗室之女，被遣回娘家；将年羹尧及其诸子家产抄没充公，但父兄族人家产免去抄没；年家族人现任、候补文武官者，全部革职。就这样，一度红得发紫的年羹尧，终于败运身死。
雍正加在年羹尧头上的罪名，也并不是莫须有的。年羹尧是个少年得志的人，太早功成名就使他养成了十分狂傲的性格，目空一切，他的性格也必然会与皇权发生冲突。由于自恃功高，再加上雍正对他的宠信，年羹尧在不知不觉间脱离了为臣之轨，行事不知检点，以致触怒了雍正，中年殒命。经过总结，年羹尧有五大罪状：妄自尊大，不守臣道是一罪；任人唯亲，结党营私是二罪；接受贿赂，是罪状之三；贪婪成性，擅权枉法是年羹尧罪状之四；争权夺利，诋毁同僚是他的罪状之五。
年羹尧的死，也可以说是他咎由自取作恶多端所致。俗话说：玩火者，必自焚。毫无疑问，年羹尧是该杀的。他凭借着皇帝的宠信，数年问居然贪污侵蚀勒索赃银达三百五十余万两，仅此一条，便是死有余辜的了。对于雍正而言，他要整顿吏治，要求所有宠臣必须做到为官清廉，年羹尧如此贪得无厌，自然是不可宽恕的。
不过，最令雍正不能容忍的不是这些，而是年羹尧功高震主，已经威胁到了皇权，使雍正感到留下此人不安全；其次是年羹尧在雍正争位、继位到治天下这一过程中知道的内情太多，这对雍正来说是个莫大的威胁，有时他甚至有藐视和要挟君上的意思，这使雍正又气又恼。上面的这些罪行让雍正最后还是下决心杀掉了自己这个昔日的心腹，但是可以说，是年羹尧自己葬送了自己的前途和生命。
