在“文革”开始的前一二年中，陈明远在先生们的指导下写了三部以海外华工奋斗史为主题的长篇叙事诗：《马来亚华工子弟》、《在古巴的中国人》、《东方的使者》。
第一部长诗的故事情节是由田汉先生提供的，并对此诗的主题歌反复润色推敲：
我从小的摇篮就在，
马来亚丛林深处。
我头上慈母的泪珠，
是南国灼热的星雨。
--《马来亚华工子弟歌》
在1964年，作者的几位教师都认为作者学习已有十几年，应该满师了。不妨陆续发表一些诗篇。叶以群准备安排《收获》杂志刊登作者的诗选，并着手写一篇报道文学，介绍郭沫若等诸位教师培养诗歌新人的经过。就在一个诗歌新星即将正式推出的时候，“四清”整风中，田汉遭到残酷的批判。于是这次诗歌新星又一次发射失败。
在1964年华东现代题材话剧观摩演出期间，田汉受到柯庆施、张春桥等的打击。未等到会演结束，田汉即愤然离开上海。田汉家中往日高朋满座，宾客如云，这时，忽然变得门可罗雀，萧条冷落。可是，从事科研工作的陈明远，星期天照样骑车去看望田汉。田汉将“会演”后所写七绝“无题”拿给他看：
裂断腰身剩薄皮，
新枝依旧翠云垂，
司徒庙里精忠柏，
暴雨狂风总不移。
陈明远也写诗唱和：
谁擎晴翠入云中？最喜华山大小松。
苗在青时已直立，人临绝处始相逢。
扎根乱石锋于剑，磐石粗根劲胜铜。
浊雾扑身寒刺骨，轩昂我自啸长空。
不久“文革”爆发了。本来，陈明远可以躲过这场浩劫，或者说注定会被运动所埋没。但是，这颗经过诸多导师培育了十几年的“新星”，却以意料不到的方式，被发射到了中国大地的上空，这就是被广大群众在“文革”中被误传的《未发表的毛主席诗词》事件。被郭沫若等人培养的“新诗诗人”却在旧体诗歌运动上，产生了巨大的启蒙、普及和推动作用。
1966年10月，陈明远初次见到了红卫兵油印的《未发表的毛主席诗词》小册子后，立即给周总理写信，说明真相。同样的信，一式两份，也呈进了中央文革。在l2月中旬毛泽东诞辰即将来临之时，他发现《未发表的毛主席诗词》更广泛的在四处翻印，并且愈印愈精致。他怕把误会闹大，便公开贴出声明，澄清此事。他认为由于诗的风格、笔调相似造成误会的事情，在历史上并不鲜见，只要加以解释，很容易澄清。但是，陈明远显然把问题想得太简单了，一纸声明立即给他带来了灾难。他马上被造反派关押审讯。
陈明远被关押在地下监禁室中，饱受皮带、拳头之苦，又被揪斗、游街。由于争辩已没有作用，作者最后决定绝食。当时，他还抱着一丝希望，也许周总理会派人来救他出去。
绝食几天后，陈明远即进入昏迷状态。头脑晕眩，眼前浮现出种种幻象。就在这一年夏天接踵而逝的，他的“私塾”先生一个个出现在他的面前：被迫跳楼自杀的以群师，投太平湖而逝的老舍师，被关进死牢的田汉师。在黑暗之中，他听到无边的海涛在耳边汹涌呼唤，看到郭老和田汉老来到他身边，同他携手走向海滩，大海发出惊天动地的咆哮。此时，他在死亡的边缘徘徊，仅存一丝生息，这时候，忽然从他的心底迸发出了诗句，这是面临死亡深渊的歌唱：
大海啊--我的灵魂！
我离开你已经多么久远……
那溶洞单调的滴漏，
深谷里凝滞的迷雾，
积压在岩头皱纹之间的
焦虑重重的汗珠，
还有慈母眼眶深处
因日夜盼望而洞穿的
几乎要枯干的清泉，
都离开你这样久远啊！
但无论彩云的羽翼
受狂风冲击而断裂，
沙滩上苦涩的浪花
被烈日曝晒得萎谢，
峰顶禁锢的每一丝白发，
草根潜伏的每一粒露液
还有我这被枷锁窒息，
被镣铐拴死的
满腔炎黄子孙的热血，
它们都要聚为涓流、
小溪、急湍、瀑布
汇成怒吼的江河，
要像奔赴军旗下的战士
前仆后继、不惜一切，
跨越死亡的旷野，
每时每刻，梦想着
要轰隆隆地
奔回你的怀抱里来，
我的灵魂--大海啊！
这首《海魂》是陈明远第一回用生命谱写的诗篇。由于周总理及时派人来解救，挽回了他的生命。
12月25日，总理联络员（一位老红军干部）来到中国科学院传达周总理对陈明远上书的指示：“第一，主动说明情况是好的，今后不要误传《未发表的毛主席词》了；第二，这不是政治问题，澄清就行了，不要再追究误传者责任；第三，再不要搞什么‘揪斗’了。”
由此，陈明远获得了暂时的自由。
1968年春天，陈明远与管汀鹭结婚。管汀鹭出身于干部家庭，当时是中国科学院生物物理研究所的研究实习员。按国家规定，他们请了一个月婚假，去游历了杭州、广州。在旅途上，他又获得了诗歌的另一次丰收。1968年5月的广州，到处在武斗，一片混乱。他见到了一种“含笑花”，产生了新的灵感。他用旧体和新体两种形式写了“含笑花”。把这两首新旧体诗加以对照，是十分有趣的：
但惊芳郁不知名，万片红唇欲发声。
新月赋彤添秀丽，旭光透影倍鲜明。
莫同枫叶愁颜老，亦耻杨花媚骨轻。
藐视寒潮偏不谢，风中笑语自盈盈。
下面是同诗的新体：
惊喜于你们的清芳
却来不及请教芳名
无数片殷红的嘴唇
酝含着温柔的笑影
还没被砸破的新月
遗留下灵秀的外形
晚霞用最后的光彩
把神态映照得通明
不像那暮秋黄叶
在萧瑟中摇落了生命
也不屑于追随杨花
上下左右飘忽不定
藐视那一阵阵寒潮
它无法使你们凋零
在阴森凛冽的空气里
传给我亲切的笑声
不难看出，这首“含笑花”包含着诗人对新婚妻子管汀鹭美好、坚定品性的赞颂。
当陈明远与爱人管汀鹭由广州回到北京，恰好正逢上“五一六”通知发表两周年，在又一场“清理阶级队伍”中，他与爱人被分别关进“牛棚”。搜出的作者的几十首新诗，成为“恶毒攻击伟大旗手”江青的“反革命罪证”。
当时“牛棚”中被一同关押的“走资派”、“资产阶级反动学术权威”、“反革命修正主义分子”有几十人，其中包括七十多岁的老科学家和老干部。陈明远在其中属年龄最轻的一个，因为他“死不认罪”、“毫无悔改之心”受到格外严密的监视。由于在烈日下经受沉重体罚，强制劳改，陈明远被私刑拷打的伤口发炎肿胀，经几次吐血后，人昏迷不醒。
陈明远被两个专政队员押送到北京医学院第三附属医院，出示了“此人为阶级敌人”的介绍信，让专为“黑帮”做手术的医生诊治。当时诊断结果：高血压、心律不齐、脊椎劳损、关节炎、高烧39度……
正当专政队员去取药时，突然一群戴红袖章，披绿军装，腰系武装带的人冲进来。一条黑布蒙住了他的双眼，在一片“打倒”的口号声中，他被绑架出医院，塞进一辆停在门诊部门前的越野吉普，人一上车，吉普车就一溜烟开跑了。
当吉普车开到和平里，他头上的黑布被解了下来，车中爆发出一阵欢笑声，原来，这些绑架者全是他的好朋友。他回到了朋友中间，紧张的神经一松弛下来，浑身立刻瘫软，只觉浑身刀割火燎，人又昏迷了过去。当朋友们小心翼翼地将他抱进房间，抱到床上，用清凉的湿毛布敷到他发烫的额头上，在他的脑中突然又涌现出一句句诗行：
只为挣脱脚上的镣铐，
猛地撕断双脚，
剧痛又终于转成麻木，
一举冲破云霄。
狂风向我耳边咆哮，
血雨随我身后飘摇。
我明白再不会有
“安乐窝”为我建造！
舍弃骨肉，抛尽烦恼，
更无任何退路可逃，
我微微一笑：从今以后，
只有飞得更高、更高！
--《冲天之歌》
陈明远在朋友们家中辗转躲藏。但是，随着运动发展，几乎每个人的家中都有人被斗、被审查，为了避免随时可能会暴露，朋友们一商量，认为待在北京太危险，便凑钱为作者买了一张去重庆的火车票，让他到四川乡下去暂避。为了安全，还特意安排他到偏僻的南口车站去上午。
就在去往南口车站的路上，他接连看到路边的围墙和布告栏上，赫然贴着许多张造反派追捕他的“通缉令”，布告上还印有他的大幅照片。他感到，无论自己走到那里，都会牵连他人，给关心他的人们带来灾难，他下了一个决心，回去。自己回“牛棚”去。一人做事一人当，决不牵连朋友。
于是，他拒绝了朋友的好意，按照“通缉令”详述的衣着，换上从“牛棚”中出来时的衣服，泰然自若地走回了中关村。此时，作者已对这个颠倒了的世界，毫无留恋。他愿步老舍先生的后尘，宁为玉碎，不为瓦全：他要以死来表示对法西斯暴行的抗议！他镇定地迈进中国科学院的大门，院子内到处是打倒他、通缉他的大标语，他镇定地走向“牛棚”……造反派们先是惊愕得目瞪口呆，片刻之后，就群涌而上，将他打得晕死过去……他又被押回了“牛棚”，他倔强地拖着身子向难友们微笑致意。禁闭室外哨声急促，叫喊声、脚步声响成一片，一场空前残酷的批斗会正在准备召开。作者在衣兜里放了一封绝命书--“历史将宣判我无罪”然后拿起一瓶“敌敌畏”从从容容饮下。只觉眼前金星乱迸，人失去了知觉……
当他再一次睁开双眼，他发现自己没有死，他第二次死而复生了。几位白衣白帽的护士正俯身在他的枕边，用极大的同情和哀伤望着他。他头脑一阵晕眩，白色的病床像一叶小舟在大海中漂流。他将李白的《临终歌》暗暗诵了一遍又一遍。在神态半昏迷状态下，一句句诗浮现出来：
上帝折断我一面翅膀，
我被从云端扔进海洋。
白羽和血花碎片轰响，
波谷却不忍把我埋葬
浪尖托住了我的单翼，
支起一片帆，凌风远航。
而另一段残翼藏在水下，
船尾摇曳出曲折的霞光。
冰山冒着寒气擦过身旁，
礁石下章鱼的触手伸张。
我默默飞驰、心里明白：
一旦停留就只有死亡。
孤帆在迷雾里寻找东方，
让希望的影子暗中生长。
熬到天尽头，总能抓住
一片白云补好我的创伤！
……
--《大鹏之歌》
从这首诗之后，陈明远又进入了一个诗歌创作爆发期，灵感的波涛不断向他袭来，意外的佳句不时涌现脑际。他便用拼音、“密码”--只有他自己才能看懂的符号、缩写记录下呕心沥血的诗篇。诗歌，是他生命之海中的灯塔，厄运中的希望，他终于又开始了新的生命。
此时，在全国各地仍然有《未发表的毛主席诗词》在传抄、翻印。各地造反派每发现一种翻印本，就会制造一起冤狱。专案组纷纷由各地来外调。每外调一次，陈明远即被作为罪魁祸首批斗一次。外调专案组每制造一批“现行反革命”，便要陈明远招认“黑关系”。陈明远一律加以拒绝，又为自己的诗竟牵连这么多素不相识的诗歌爱好者而内心不安。
