“大教育”管理体制；成立文化局，统筹文化艺术、新闻出版、广播电视、版权工作，建立了“大文化”管理体制；将市物价局并人市工商局，统筹物价和工商行政管理工作；将规划、土地和房地产市场管理职能融为一体，组建规划国土局，建立了“规划为龙头、土地管理为中心、房地产管理一体化、房跟地走”的“大城建”管理体制；将市政公用事业局及园林总公司的行政职能合并到城管办，城管办统一管理市政道路、路灯、环卫、排水、园林绿化等工作，建立“大城管”体制。大行业、大系统管理，较好地解决了过去按专业设置机构导致的机构臃肿、部门分割、办事效率不高等问题，强化了政府宏观管理职能。
（三）建立健全决策咨询、审议协调和监督机构，促进政府组织结构的合理化
深圳在几次机构改革中，都很重视决策咨询机构的建设。先后成立了经济社会发展计划委员会、规划委员会、环保委员会、国有资产管理委员会等议事协调机构，作为准决策机构，协助市委、市政府审议重大事项，搞好协调。这些准决策机构既不作为一级管理层次的委办机构，也不同于那种虚设的临时委员会，它是虚（组成人员兼职，不是管理实体机构）实（重大决策必经的环节）结合体，在一定程度上实现了决策与执行的分离。还通过组建法律顾问室和各类社会民间咨询组织，建立健全“决策务虚会”等措施，聘请国内外的专家、学者、知名人士担任顾问，请他们提供决策咨询和论证，为特区的建设出谋划策。
鉴于特区商品经济的日益发展和市场调节机制的逐步形成以及特殊的地理位置，市委、市政府不断采取措施完善监督体系，以保证特区各种经济活动和管理行为沿着健康的轨道运作。重点加强了计划、财政、银行、工商、税务、统计、审计等等部门，增强了政府宏观调控和监督能力。还成立了首家经济罪案举报中心，较早组建了监察局，对建立高效廉洁的政府发挥了重要作用。
（四）培育和发展各类社会中介组织，使政府真正由直接管理转为间接管理
目前，特区已发展起来的各类社会中介组织有2700多家，从业人员30000多人。包括为企业和行业管理机构提供服务的行业协会；在政府与企业、社会之间起公证、鉴定作用的会计、审计、律师等各类事务所；代表各阶层利益的律师、工程师协会等。它们一方面为企业、社会提供服务，另一方面沟通政府与企业、社会的关系，为政府制定政策、规划提供有关信息，协助政府搞好宏观管理。
政府则通过制定相应的政策、法规，引导、规范社会中介组织的行为。社会中介组织的产生与发展，可以保证政府职能转变真正落到实处，并为政府摆脱微观事务，实现宏观管理创造了条件。
（五）建立三层次国有资产管理体系，在政资分开、政企分开方面进行了有益的探索
深圳于1987年在全国率先成立了第一家投资管理公司，将属于国有资产产权的部分行政职能从政府部门转交给投资管理公司承担。投资管理公司代表国家管理地方国有资产，通过管理、监督。投资、服务等手段，确保市属全民所有制企业资产的安全和增值。从而明确政府与企业的关系是一种资产关系，而非行政隶属关系，以减少政府对企业的行政干预。同时，对市属19家集团（总）公司委派了国有资产代表——董事长，实行了董事会领导下的总经理负责制，开始改变了过去国有资产有人投而无人管，所有权与经营权模糊不清、责任不明等状况。
1992年，深圳国有资产改革进一步深化，全市成立了国有资产管理委员会及其办公室。之后，又将市建设集团公司、市物资总公司改建为国有资产经营公司，进一步理顺了产权关系，实现国有资产管理职能与经营职能分开，形成了一种营运主体多元化，互相竞争又互相促进的格局。1996年，市国资办与市投资管理公司分离，明确和规范了国资委（办）、资产经营公司、企业三层次的职能定位，标志着深圳市国资委（办）——资产经营公司——国有企业三层次国有资产管理体系的基本形成。
深圳三个层次的国有资产管理体系，在上层实现了政府的社会经济职能与资产所有者职能的分开；在中层实现了国有资产监督管理与国有资产经营职能的分开；在下层实现了国家终极所有权与企业法人财产权的分开。通过层层授权，形成了以资本为纽带的产权关系，基本上解决了国有资产“责任主体虚置”问题，体现了在社会主义市场经济条件下政府管理好所有权、放开经营权、行使宏观调控权的改革要求，有效地保障了国有资产的安全与增值。
到1999年底，深圳市属国有企业总资产达1617.1亿元，国有净资产达367.3亿元，利润总额达41.4亿元，与1980年相比，年递增率分别为43.9％、40％、34.4％。同时，深圳市属国有企业经济效益继续在全国地方国有企业处于领先地位，其中，总资产报酬率、净资产利润率、盈利率、销售利润率、获利倍数等五项经济指标连续5年居全国第一。
（六）建立新型的社会保险管理体制
随着经济体制和行政体制改革的深入，特区不断调整和完善社会保障体制。1991年成立了市社会保险委员会及社会保险管理局、医疗保险管理局，1992年颁发了有关规定，正式建立起社会保险管理体制，形成了社会共济与自我保障管理体制。1995年，进行了深层次改革，将全市养老、工伤、医疗保险、住房公积金等分散与多头管理改为集中统一管理，市、区分级管理改为全市统一管理，按照十四届三中全会精神，真正建立起了统一的社会保险管理体制。并实行社会保险行政管理与基金管理分开，执行机构和监督机构分设，增强了其社会“安全阀”的功能，促进了特区社会主义市场经济健康有序地发展。
（七）大胆进行行政综合执法体制改革试点
为了全面有效地贯彻实施行政处罚法，大力推进依法行政、依法治市工作，从根本上解决行政执法队伍多、散、乱的问题，必须对现行行政执法体制进行改革。这也是深化机构改革的一项重要内容。1998年6月，经深圳市人大批准，深圳市罗湖区进行行政综合执法试点，同年10月，市政府通过罗湖区行政综合执法实施方案。11月，罗湖区行政执法检查局（以下简称“执法局”）正式成立。罗湖区实行综合执法体制改革试点的主要内容及一年半实践所取得的成效有以下几个方面。
1.解决了多头执法、重复处罚问题，精简了机构和人员。执法局承担原由城管、环卫、文化、社会医疗机构、旅游、房屋租赁、计生等七个方面行政主管部门在罗湖区依法实施的行政执法检查权和行政处罚权，市区两级的相关行政主管部门依照法律、法规和有关规定在各自范围内对其行使行政管理权和监督权。执法局成立后，上述七个方面的市执法队伍不再到罗湖区执法，罗湖区、街道的相关队伍相应撤销，原来20多支执法队伍变成一个队伍，实际执法人员由500多人精简为130多人，从而较彻底地解决了因为基层执法队伍多，职责不清而带来的多头检查、交叉执法和重复处罚等群众意见大的问题。
2.实现执法重心下移，加强基层执法力度。执法局将内设的业务执法科原则上按街道办事处设置，在辖区实行综合执法，人员定期轮换，并以执法局的名义进行行政检查和处罚。这种条块结合、以块为主的执法体制，既有利于执法局的统一指挥，集中力量应付各种突发事件，又贴近基层，直接在街道办事处辖区内进行大量的日常性、简易性的执法工作，实现了执法重心下移，加强了基层执法力度。
3.形成综合执法合力，提高了行政效率。试点前，罗湖区分属市、区、街道三级的不同部门的20多支队伍，力量分散，各执法队伍之间联系少，遇有突发性事件或要集中开展专项斗争，协调比较困难。执法局成立后，队伍指挥权统一在局里，从而确保队伍能够集中指挥，统一调度，有利于各项专项治理工作的开展，打歼灭战。同时，执法局还灵活运用多种行政检查权和处罚权，实行综合治理，产生了很好的执法效果，大大提高了行政效率。
4.规范执法行为，树立了良好的政府形象。执法局成立伊始，就一改过去一些执法队伍在执法过程中着装不整齐，执法简单、粗暴，重处罚轻程序的做法，要求执法人员头戴贝雷帽，身穿制服，在执法过程中，严格依法办事，按照办案程序执行。这种文明执法，不仅有力地促进了政府依法行政，树立了良好的政府形象，并且也越来越受到广大市民的欢迎。
（八）加强法制建设，促进依法行政
在进行机构改革的过程中，市委、市政府还很重视法规制度建设。一是先后制定并下发了“机构编制管理办法”、“编委工作规则”、“事业单位登记管理条例”、市直党政机关人员编制与经费包干办法等行政管理方面的法规与规章。二是结合机构“三定”，建立健全党政机构机关自身管理的规章制度，包括工作制度、工作规划和办事程序以及政务公开制度。有效地防止了在机构设置、人员编制管理和干部使用方面以及其他工作中的随意性，保障和扩大了机构改革所取得的成果。三是加快立法进程，先后制定151项法规、128项规章，涉及了政府对经济、社会、城市管理等各个领域。对促进党政机关各部门依法行政，逐步实现行政管理的法制化、规范化和程序化也起了重要作用。
（九）按照统一领导，分级管理的原则，理顺市与区、区与镇（街道）之间的工作关系，发挥市区两个积极性
在处理市与区、区与镇（街道）工作关系时，总的原则：一是按照有关法规，给够区、镇相应管理权限，二是市区两级职能划分，要有利于市的集中统一领导，又要有利于发挥区的积极性。1990年以前，特区内设有五个管理区，作为市政府的派出机构，主要任务是抓好基层政权建设、市政建设与管理、精神文明建设工作，其职责权限有限。1990年撤销五个管理区，组建三个市辖区，区作为一级政权机构，强化了经济建设职能，其管理权限相应地扩大，1992年市政府颁发了“关于进一步扩大和明确区人民政府行政职责权限的通知”，从计划管理体制、财政体制、投资项目立项审批、城市建设、城市管理、劳动人事管理、出港出国审批、文化卫生教育管理等八大方面给区下放了权力。1992年底，宝安县撤县建区，市委颁发了“关于市与新建区管理权限划分的意见的通知”，进一步从九个方面明确了区的管理权限。通过调整，区级政权职责权限不断扩大，基本理顺了市与区的关系，较好地发挥了区在各项事业建设中的积极性。在机构改革和调整中，也注意处理好区与镇（街道）的关系。宝安、龙岗二区也先后两次给镇下放权力，扩大镇在工交、税务、环保、房产、交通、劳动、文化等方面的管理权限。福田、罗湖、南山三区也在改革中进一步强化街道办事处在经济建设方面的职能和辖区单位的综合协调和检查监督权力。从而为镇和街道办事处发展经济，搞好城市管理创造了必要条件。
（十）全面展开事业单位机构改革，积极促进政事分开
事业单位机构改革是行政管理体制改革不断深化的需要，如若政事不分，行政体制改革将会受到阻碍。为此，特区积极推进事业单位改革，在1994年局部调整的基础上，于1996年颁发了《深圳市市属事业单位机构改革方案》，实行全面改革。改革主要内容包括：
1.合理调整经费渠道。1994年，同财政局一起对市直40多个事业单位的经费渠道进行了全面清理，每年减轻财政负担1400多万元。1996年，撤并事业单位23个，改变事业单位性质，转为企业11个，收回编制707名，并对一批事业单位经费渠道进行了调整，每年减轻财政负担4400多万元。
2.科学地进行分类管理。一是根据事业单位的社会功能、性质，科学地确定经费管理办法。二是对经营性、能照章纳税的自收自支的事业单位实行编制自定、备案管理办法。三是对社团组织实行工作自主、经费自筹、编制自定、人员自聘。四是在中小学推行编制与经费包干办法，即在完成教学任务的前提下，允许学校有10%的空编，空编经费由学校自主安排。五是严格控制重复设置的事业单位，大力支持市场经济发展、改革开放急需的事业单位。
3.适度推进事业单位社会化。一是取消事业单位的行政级别。二是尝试事业单位兴办主体多元化，如一些幼儿园、医务所可由企业、集资等途径兴办。三是事业单位用人采取灵活形式，在编制内可聘用，可使用临时工等。目前，正研究文化体育场馆等事业单位实行社会化的意见。
（第二节当前深圳政府机构存在的问题
自特区建立以来，随着经济体制改革不断深入，深圳市市直机关先后进行了五次机构改革，现行机构设置较为精干，职能转变大体到位，政府宏观管理体系基本形成，行政运行较协调，工作效率较高。但是，随着改革与发展进入新的阶段，政府机构又遇到一些深层次矛盾和问题，尤其是社会主义市场经济的发展与政府职能定位不尽合理，政府少数机构设置不适应、政府行为不够规范的矛盾日益突出。政府部门权力化、权力利益化、利益合法化的现象相当普遍。与全面建立社会主义市场经济体制、把深圳建设成花园式、园林式现代化国际性城市的要求相比，深圳现行政府机构和行政管理体制还存在较大差距。其存在的问题主要表现在：
一、政府职能转变不彻底，行政审批事项仍然偏多
虽然深圳在全国率先进行审批制度改革，并取得了较大成效，但由于审批制度改革的复杂性、艰巨性，决定了这项改革不可能一步到位。一方面是一些政府部门仍不善于或不愿意从社会经济发展全局考虑问题，而是热衷于通过行政审批干预经济及社会活动，影响了市场经济的健康有序发展，影响了政府宏观管理效果。另一面是受国家现行行政管理体制和法律法规体系的约束，决定了地方政府对一些审批事项尽管想取消但又取消不了，制约了地方政府职能转变。当前，改革后的政府审批制度还存在一些问题。
如，审批和核准事项仍然偏多，许多事项尽管保留的必要性不大，但仍继续保留；审批事项取消后，机构和人员编制未能及时做出调整；许多事项的审批环节还比较多，审批手段仍然比较繁琐；审批方式仍不够规范，审批的公开化、科学化、制度化程度仍不够高，存在主观随意性，行政监督制约机制不完善。
二、机构设置交叉，办事环节多
