由以上分析不难看出，莱布尼茨的上帝概念或他所理解的上帝本性与其说是基督教神学的，不如说更是理性神学的、自然神论的、泛神论的。就他认为上帝创造宇宙万物不是任意的，而是以他对可能世界的知识和最佳原则为根据而言，他的上帝概念是理性神学的；就他认为上帝创造世界之后，一般不再干预世界的事务，世界按照上帝已赋予的法则运行而言，他的上帝概念是自然神论的；就他认为上帝本身是一个单子，而每一个被创造的单子具有与上帝相同的本性，它们（特别是精神）本身是一个小神而言，他的上帝概念是泛神论的。莱布尼茨的上帝概念也有基督教神学的痕迹，这突出表现在他认为上帝对人事具有干预作用。不过，无论他的上帝概念含有以上哪一种意义，有一点是可以肯定的，即他赋予上帝的这些含义完全都是出于他的形而上学体系的需要，这种需要概括说来就是要给单子及其前定和谐确立终极根据，给现实世界的完善性寻找充足理由，给精神王国的正义设置最高裁决者。与神学家不同，莱布尼茨设立和论述上帝的主要目的不是要证明上帝存在从而使人们确立对上帝的信念，而是要给他的形而上学提供终极根据从而自圆其说。
二、上帝作为单子存在及其前定和谐的终极根据
由前面的分析我们知道，对于莱布尼茨来说，要使单子成为独立自主的，就必须使单子非物质化，必须使这种构成个体实体内在统一性的简单实体成为精神性的能动的东西，而如果是一种精神的简单实体，它就应当是不可分的，也不应当是组合而成的。然而这样一来，就不能认为这些精神性实体能自然地产生和消灭。因为按照西方传统的观念，特别是近代在力学影响下所普遍接受的观念，产生意味着一个东西的不同部分的组合，而消灭是一个东西的不同部分的分解。既然单子是不可分割的，也不是可组合的，那么单子当然就不具有自然意义上的产生和消灭。正是基于这样的思维方式和认识，莱布尼茨说：“在没有部分的地方，是不可能有广延、形状、可分性的，这些单子就是自然的真正原子，总之，就是事物的原素。”“也根本不用害怕它们会分解，根本就不能设想一个单纯的实体可以用什么方式自然地消灭。”“根据同样理由，也根本不能设想一个单纯的实体可以用什么方式自然地产生，因为它是不能通过组合形成的。”既然单子不能通过自然方式产生，那么为什么会有单子？单子会不会消灭？对于哲学形而上学来说，这个问题是必然会提出的，而作为形而上学家的莱布尼茨必须给予回答，否则就不能给单子存在提供必要的根据或说明。
莱布尼茨对这个问题的直接回答是，“单子只能突然产生、突然消失的，这就是说，它们只能通过创造而产生、通过毁灭而消失”。对于单子会不会消灭，他的回答是明确的，“它们与宇宙同在，而宇宙会变化，但不会消灭”。这事实上是认为单子不会消灭。如果一定要说它会消灭的话，那么也不能以自然的方式消灭，而只能突然毁灭。但是，莱布尼茨却认为单子有产生，它是通过创造而产生的。这种创造是一种非自然方式的产生。既然是非自然的方式，那它就是一种奇迹。这种奇迹是什么？对此莱布尼茨自己也似乎说不清楚，而且事实上也无法说清。作为哲学家，他不可能像《圣经》那样神话般地设想上帝怎样创造世界。然而，他又不能不有所说明。于是他说单子是“凭神性的一刹那的连续闪耀而产生的”。“上帝是所有其他事物由以发源的原初中心。”关于这里所说的“连续闪耀”，拉塔曾作过研究。他认为莱布尼茨似乎把“闪耀”看作是“创造”和“发射”之间的中间术语。“创造”意味着上帝与其他单子之间的割裂太完全；“发射”意味着两者之间的同一性太完全；“闪耀”则意味着单子不是绝对从虚无中产生的，也不纯粹是神的本性的样式或绝对必然的产物，而是意味着它是一种倾向于实现自己的可能性。它需要上帝的协助、选择或意志，使它摆脱相反可能性的相反影响。作为一种可能性，它具有本质的限制，它是不完全完善的，但它倾向于实现自己。如果没有上帝的选择，可能性只会相互作用。
但是，上帝的选择只意味着排除了发展的障碍。拉塔的分析是有道理的，不过莱布尼茨自己在单子论§5中还是讲到单子通过创造产生。不管莱布尼茨自己怎样精心地措辞，他的“连续闪耀”并不能给上帝怎样创造单子以令人信服的说明。显而易见，这个术语不过是一种遁词而已。无论这种奇迹表现在哪里，也无论创造的过程或方式怎样，这都是不重要的，重要的是他通过“创造”、“奇迹”引出了上帝。人们都承认，上帝是万能的，既然如此，上帝通过非自然的方式或奇迹创造单子当然也就是不成问题的。莱布尼茨这事实上是利用人们的常识信念来给他的形而上学提供终极根据，给他的整个体系提供逻辑起点或第一公理。但是，他又不仅仅如此，他并不仅仅找到人们公认的上帝就止步了。如果是这样，在这里我们也就不必讨论他的上帝理论了。他在找到上帝的同时，出于他形而上学研究的基本意图的需要，对传统的上帝作了如前面所阐述的种种改造，使上帝真正能给他的理论主张提供保证，使作为他的形而上学拱心石的单子概念奠基于上帝之上。
单子是具有一定完善性同时又具有一定的不完善性的存在，单子存在的根据就是单子的完善性和不完善性的根据。在莱布尼茨看来，这种完善性就是来源于上帝，而这种不完善性则来自单子自身的限制。他写道：“如果说，创造物依赖上帝，因为创造物存在着和活动着，甚至惰性状态也是不断的创造，那么这就是说，上帝不断地把创造之中的积极的、美好的和完善的东西给与创造物，并不断地创造出这种东西来；一切完善之物都来自光明之父，而活动中的不完善和缺陷则来自原来的限制。”上帝是最完善的实体，这种最完善性意味着他具有最大的智慧、最大的善性和最大的权能。既然如此，他的创造物当然就具有完善性。这是不难理解的。单子的有限完善性不过是上帝的无限完善性海洋之一粟，他在谈到人的灵魂的完善性与上帝的完善性时就是这么看的。他说：“上帝的完善性就是我们灵魂的完善性，但是他是在无限制的程度上具有它们；他是一个海洋，我们只能被认为是那海洋的水滴；在我们之中有某种能力、某种知识、某种善性，但在上帝之中，它们都具有其完全性。秩序、比例、和谐使我们愉悦；绘画和音乐是这一切的典型：上帝是所有的秩序；他总具有比例的真理，他使宇宙和谐；所有的美都是他的光线的喷射。”然而，既然上帝是全能的，单子为什么会有不完善性呢？对于这个问题，莱布尼茨似乎有不同的回答。一方面，他认为“不完善性来自某种限制，即来自缺乏某种性质”。
在他看来，单子是从上帝那里接受其完善性的，但是单子本身的接受性是有限的，它不可能完全从上帝那里全部接受完善性。他说：“就实在性被看作纯粹肯定的而言，上帝是所有完善性的原因，因而是所有实在性的原因。但是，限制或缺乏是由限制其接受性的原初的不完善导致的。”“神性是受创造物的接受性限制的。”他作了这样的比喻：创造物像一条载重的船，河水以与它本身所负载的重量成比例的速度带着它前进。那么，它的速度来自河水，而限制它的速度的迟缓则来自货物。他说：“水流是船运动的原因，而不是迟缓的原因；上帝是本性完善性和创造物活动的原因，而创造物接受性的限制是存在于它的活动中的缺点的原因。”然而，单子原来是不存在的，在上帝创造它之前没有单子，那它本身怎么会有限制呢？对于这一点，莱布尼茨似乎没有明确地说明，不过他有时似乎用虚无的概念加以解释。与作为纯粹能动性或完善性的上帝相对立的是作为纯粹被动性或不完善性的虚无。单子是从可能性而来，而可能性就其现实性而言就是一种虚无，这样可以说单子是从虚无中来。既然如此，单子就不可避免地具有不完善性。他说：“必须承认，上帝赋予以力量和具有某种感觉能力的创造物，也包含有某种积极的东西，换句话说，除了限制之外，它还包含有某种东西，从而不能归结为纯粹的限制或不可分之物。……这种包含有某种积极之物的力量，是创造物的一定程度的完善；这种力量还具有活动力，在我看来，这种活动力构成实体的本性。……恰恰从这里可以得出：事物产生于上帝和虚无 ，产生于肯定之物和否定之物，产生于完善和不完善，产生于力和限制，产生于能动和被动的本原，产生于形式（即隐德来希、努力、企求）和质料或本身迟钝的物质。我用自己所研究的从0到1这些数的起源来说明这种不是虚无的东西，这是事物不断地从虚无中创造出来和事物依附于上帝这一点的一个卓越标志。”在他的《关于中国哲学写给雷蒙先生的信》中，与那种把上帝变成可分之物的发射论相反，莱布尼茨把灵魂称为“production immédiatede Dieu”（上帝的直接之物），接着又说：“它只能从虚无中创造出来。”在他看来，现实事物就是存在于上帝与虚无这两个极端之中的，是上帝使它们从无限的虚无变成具有一定完善性的实在。正是在这种意义上他说：“在上帝和虚无之间有无限众多的等级。上帝是与虚无相对立的最高存在物。”
从上面这种意义看，上帝的权能是受限制的，虽然他能创造奇迹，但他并不能改变一切，更不能做那种不可想象的事情。但是从另一方面看，对于莱布尼茨来说，单子之所以有不完善性，不是因为上帝的能力有局限，而是因为上帝要使单子构成的世界具有差异性，从而具有多样性、丰富性，具有秩序和和谐。虽然每个被创单子或事物本身有不完善性，但由它们构成的整体却具有最大的完善性，是所有可能世界中最好的。
可以设想，如果所有的单子都没有限制，那么每个单子都与上帝没有区别，都是上帝，那么宇宙只有一个实体。这样的宇宙就不可能成其为宇宙，更谈不上完美。所以他用神学的语言说，不能把一切都给予创造物，否则就会把创造物变成上帝，就事物的完善性而言，存在必须有各种不同的程度和各种各样的界限。在他看来，最好的过程并不总是避免一切坏的东西，因为坏东西可能是与更大的好的东西相伴随的。他举例说：军队里的将军宁愿有某些伤亡而取得巨大胜利，而不愿要没有伤亡但同时也没有胜利的情形。他还根据数学和其他的例子指出，“对于整体的更大完善来说，也许需要部分的不完善。”这样看来，不仅单子的能动性来自上帝，而且单子的被动性也来自上帝。从莱布尼茨的全部思想来看，他的这种解释是与他的形而上学基本主张相一致的。这倒不是说他不想否认上帝的全能，而是因为他要给个体的个体性和整体的和谐性提供论证。如果所有个体都是绝对完善的，它们当然就无所谓差异，就谈不上什么个体性；同样，如果没有个体的差异，自然也就无所谓整体的和谐。他自己也明确表明了这一点：“单子从一个普遍的和最高的原因中，既获得它的能动的特性，也获得它的被动的特性（也就是说，既获得它的非物质的特性，也获得它的物质的特性），因为，如果不是这样，单子由于自己的相互独立性便不能创造出我们在自然中所看到的那种秩序、那种美和那种和谐了。”单子的本性就在于它既具有完善性又具有限制性，既是能动的又是被动的。既然这种完善性和限制性、能动性和被动性都来自上帝，那么上帝无疑就是单子存在的终极根据。
