西藏上层叛乱祖国，自然应受到历史的惩罚。人民解放军进藏平叛，势如破竹；达赖喇嘛外逃印度，上层反动势力土崩瓦解。
1951年5月23日，中央人民政府和西藏地方政府关于和平解决西藏办法的协议在北京签订。宣告西藏和平解放。
10月24日，达赖喇嘛代表西藏地方政府致电中央人民政府毛泽东，表示拥护和平解放西藏办法的协议。此后，在中共中央驻西藏工作委员会和人民解放军驻西藏部队在入藏的八年多时间内，一直采取放慢民主改革的步伐和耐心等待的方针，坚决执行党和国家的民族政策和宗教政策。中央人民政府根据宪法规定，一贯坚持各族人民之间和西藏人民之间的团结，在藏实行民族区域自治，这是西藏人民所热烈欢迎的。西藏自治区筹备委员会也于1956年4月成立。由于西藏地方政府上层反动分子的阻挠，自治区的筹备工作进展很少。根据“协议”中的规定，藏军要改编，西藏的农奴制度要按照人民的意愿加以变革。但这两项任务，由于反动分子阻挠而未能实现。中央人民政府为了等待这些反动分子的觉悟，还在1956年就通知他们，在6年内，即第二个五年计划期间，可不进行改革，也不改编藏军。但是，西藏地方政府和上层集团却不顾中央人民政府的耐心等待和再三教育，长期坚持分裂祖国、、维护农奴制的反动立场。他们在帝国主义、台湾国民党和外国反动派的策动下，指挥康藏两地一些最反动的大农奴主，在雅鲁藏布江以东、以北、以南的地方，组织叛乱武装，进行反对中央、背叛祖国的活动。他们把中央这种仁至义尽的态度看成是软弱可欺，从1956年5、6月起就指使叛匪窜扰昌都、丁青、黑河、山南等地区，破坏交通。劫掠财物，奸淫烧杀、残害人民，并且袭击中央派驻当地的机关。中央本着民族团结精神，责成西藏地方政府惩办叛乱分子，维护社会治安。西藏地方政府和上层反动集团却置若罔闻，非但不负责制止叛匪的骚乱，反而变本加厉，积极进行叛国的阴谋活动，直到公然撕毁十七条协议，发动武装叛乱。
达赖喇嘛原定于1959年3月10日到人民解放军西藏军区礼堂看戏，这是达赖喇嘛自己在一个多月前提出的，这个日期也是他自己决定的。但到了这一天，西藏叛乱集团却大肆散布军区部队要扣留达赖喇嘛的谣言，并以此为借口发动武装叛乱，劫持达赖喇嘛；提出“赶走汉人”、“西藏独立”的反动口号，当场打死了反对叛乱的西藏自治区筹委会官员堪穷索朗降措，打伤西藏军区藏族副司令员桑颇才旺仁增等人。同时，武装包围了军区司令部和中央驻拉萨的机关。在3月10日拉萨叛乱爆发后，达赖喇嘛曾三次给西藏军区政治委员谭冠三将军写信，声称他被反动分子劫持，并且表示正在尽一切可能设法处理反动集团的违法行为。他在3月11日的信中说：“反动的坏分子们正在借口保护我的安全而进行着危害我的活动”；3月12日的信又说：“昨天我通过葛厦责令非法人民会议必须解散，以保卫我为名而进驻布林卡的反动分子必须立即撤走”。谭冠三将军在复信中表示欢迎达赖喇嘛这种态度，并仍希望西藏地方政府改变错误态度，负责平息叛乱。但是，这些反动分子不但毫不改悔，反而决心扩大叛乱，竟在3月17日悍然将达赖喇嘛劫出拉萨，并在3月19日夜间向人民解放军驻拉萨部队发动了全面进攻，和平解决西藏事变的希望破灭了。
为维护祖国统一和民族团结，彻底解放西藏劳动人民，中国人民解放军西藏军区部队奉命于3月20日对叛乱集团进行讨伐。
经过两天的战斗，彻底粉碎了拉萨市区的叛乱，到23日止，俘获了叛军4000余名，缴获枪支800余支，轻重机枪81挺，八二迫击炮27们，山炮6门，子弹1000余万发。许多叛军在人民解放军包围后成股成股地投降。在拉萨反击叛乱武装的同时，驻藏部队迅速解除了日喀则、亚东、江孜、协噶尔、定日、黑河、噶尔昆河各地藏军的武装，接管了这些地方的反动政权，使西藏的重镇完全置于解放军的控制之下。
与此同时，中央军委迅速增调部队进入西藏，与原驻藏部队团结一致，共同担负起平息叛乱的任务。中共西藏工委、西藏军委根据党中央、中央军委“坚决平息西藏叛乱，彻底解放西藏人民，维护祖国统一，巩固祖国边防。粉碎帝国主义和西藏反动集团的一切阴谋”的指示，同时为了避免叛乱大幅度地反复，加速平叛斗争的进程，确定在平叛斗争中采取“平息一地、巩固一地、再转一地”的原则。为了实现这一原则，在平叛斗争的行动上又采取了“先平息叛乱的中心地区，后一般地区；先边沿，后腹心地区；先公路沿线，后偏远地区；以及先农区后牧区”等步骤。当拉萨反击战一结束，新人藏的部队陆续进入拉萨、昌都等地后，西藏军区即于4月8日挥师南下，分东、中、西三路渡过雅鲁藏布江，对叛军进行扫荡，叛军一触即溃，狼狈逃窜。经过十几天的战斗，先后攻克了雅鲁藏布江以南、江孜以东、喜马拉雅以北、则拉宗以西的广大地区，在山南地区荡平了思珠昌、四公布扎西为首的叛匪老巢，山南地区和喜马拉雅山北部的所有边境要点全部被解放军控制。这就截断了帝国主义、外国反动派从陆地上资助叛乱武装的主要通道。7月初8月底又相继对聚集在纳木湖（腾格里湖）和麦地卡地区的叛乱武装发起进剿，歼灭了青藏、川藏公路两侧的叛乱武装，保障了公路运输的安全。
