共产主义步步逼近，1945年9月，渥太华苏联大使馆的一个密码员伊格尔·古琴科的背叛更加证实了这一点。这就是有名的“科尔比”事件，这个名字源于科尔比地区的一种加拿大威士忌酒，因为处理该事件的长官非常喜欢这种酒。根据秘密情报局的档案记载，关于科尔比事件，伦敦接到的第一份秘密通知是在9月9日，古琴科及其家人已被加拿大皇家骑警队保护起来的两天后。这条情报，通过威廉·（比尔）·斯蒂芬森爵士负责的纽约英国安全协调办公室，经秘密情报局安全渠道传递而来，情报来源于加拿大外事部常务次官诺曼·罗伯逊，他首先传给英国外事部常务次官亚历山大·卡多根的。密报称，“渥太华苏联大使馆文职官员昨天发表的一条声明”，“苏联特工”正在加拿大活动。“有令人信服的关于政治与科学谍报活动的文件”能够证明这一点。“经与斯蒂芬森及美国联邦调查局商议”，调查“正在进行中”。9月10日的几封电报说明了以下一些详细情况。苏联在加拿大的谍报活动由渥太华使馆武官尼古拉·扎博京负责，其组织是苏联陆军情报局，共有成员16人。可靠消息称，英国驻加拿大的原子弹科学家艾伦·纳恩·梅博士将关于铀——235的信息及其样品都给了苏联。由于苏联大使馆“对要员的消失表现得很惊慌”，渥太华“无法知道，他们是否怀疑我们已经了解到他们活动的一些情况，怀疑程度到底怎样”。[556]
也许从一开始，苏联便高度怀疑，对此他们很快便从秘密情报局金·菲尔比那里获得证实。9月17日，莫斯科向菲尔比在伦敦的苏联情报负责人鲍里斯·库伦特查尔德发出信号，证明来自“斯坦利”（菲尔比在苏联的假名）的关于“加拿大的事情……符合事实”。在伦敦方，虽然孟西斯也很关注科尔比事件，但它主要由第九处反情报处处长菲尔比负责，他同时负责与军情五处的联络，后者自然对此事也很关心。9月12日，菲尔比草拟文件，说明到目前为止科尔比事件的大致情况（也许是为孟西斯拟的，因为他将在9月13日就此事向艾德礼进行汇报）。该文件语气谨慎而镇定，同时还对事件的发展做出了自己的推测。他写道，似乎这位背叛者“提供的信息是真实的，尽管不一定所有的细节都很准确”。有迹象表明“他的消失在苏联大使馆引起了一阵恐慌”，因此“也有可能，其他成员会引以为戒，尤其是梅与在英帝国的苏联特工之间的联系将无法实现”。在附言里，菲尔比建议，“我们派一个人到加拿大去，这个人必须对苏联谍报活动非常在行……我不知道我们现有的情报官是否有人能够胜任”。他推荐了简·阿彻或军情五处的罗杰·霍利斯，但他更希望是霍利斯，因为他认为霍利斯更有能力，知识更渊博，因而也更有威胁。[557]
菲尔比还努力控制科尔比资料的传播。他在给孟西斯的附言里提议，此后通讯问题应该由情报机构负责，而不是政客们负责。他写道，加拿大传来的消息，证实了“任何有责任心的人一定在很久以前便有的猜想，即苏联正采用一切手段，包括正大光明的和下三滥的手段，以此发现我们在原子弹研究方面的进展情况”。因此，现在要做的事情就是“技术性工作，即调查相关苏联组织的规模、分支、性质、手段等情况，并想法估计它可能已经获得的情报的价值”。但贝文和卡多根相信，这件事具有非常高的政治重要性。它和伦敦一次吵吵闹闹的外长会议的担忧是一致的，即苏联代表可能会在会上要求了解原子弹机密信息，同时他们坚持科尔比电报应该继续传送给他们。因此，虽然所有的电报都经菲尔比之手，但哪些应送往外交部和唐宁街，他似乎没能加以限制。但在军情五处这边，他的情况还不错。孟西斯向其征求意见时，比尔·斯蒂芬森非常支持从军情五处派一个行家去帮助讯问事宜，“同意，请立即派人”，他在电报中称，于是霍利斯于9月16日受命出发，成为古琴科讯问中的关键人物。电文经斯蒂芬森和菲尔比，在霍利斯和军情五处之间传递，这样缓慢的速度让军情五处非常不满意。尽管菲尔比反复强调，对所有的通讯信息他都会在收到时即刻通知双方，但他似乎十分擅长清除、修改或只是推迟一些重要信息，还能做得不露骨，这让军情五处难以坚持改变信息传输渠道。[558]
同时纳恩·梅仍然是自由的。莫斯科发给他的一封电报被拦截，这封电报要求他于10月7日到伦敦进行联络。孟西斯认为，“应该让梅前往伦敦，这样我们才有机会知道他在伦敦的线人是谁，或许还能知道些别的情况”。军情五处（此事由其负责）对此表示赞同，于是这位科学家（梅）便回到了英国，在伦敦国王学院谋了一份职。在加拿大，古琴科交代出许多苏联特工，并告诉审讯人员，苏联“已经准备好向西方民主国家开战”，并且“苏俄卫星国[559]的大多数外交代表”，都是“莫斯科特工”。对科尔比审判中交代的苏联秘密侵犯，卡多根和贝文支持了大家的意见，即逮捕嫌疑苏联特工，并进行正式审判，这个过程可能有公开羞辱苏联的内容[560]。但考虑到太多的政治因素，美国和加拿大都不愿意采取行动。由于希望维持1945年7月波茨坦会议所展现的表面上的友好关系，同时迫于国内要求将原子弹机密严控于美国手中的压力，杜鲁门总统不愿意通过当众暴露苏联间谍丑闻的方式来解决问题，甚至在联邦调查局已经发现有广泛的苏联情报组织在美国活动之后，他也是这个态度。这让英国方非常受挫，尤其是10月7日纳恩·梅并没有去见他的苏联线人（显然，部分原因是菲尔比在通风报信）之后。
整个秋季，华盛顿一直坚决反对采取行动。11月艾德礼访问华盛顿时，杜鲁门总统拒绝与之讨论此事。11月21日，孟西斯对斯蒂芬森称，他对此“非常失望”，虽然他理解联邦调查局不希望他们对苏联谍报网的调查受到质疑，但他认为这种质疑是不可能的，因为苏联对此早已知道风声。他写道，“同时，科尔比事件正快速冷却下来，因为这事已经过去两个多月了”。而且，苏俄人“因此有了足够时间提前为此事做好准备，还可能组织反击行动”。孟西斯的沮丧是可以理解的，也许还有一个事实更加强了他的这种感觉：到目前，他已完全成了科尔比事件的旁观者。除了上级，军情五处在安全及反间谍事务方面都是领导机构。
1946年初，加拿大成立了皇家委员会并进入调查，纳恩·梅也在英格兰被捕并认罪，整个事件也因此最终公之于众。此后，外交部哈罗德·卡恰（兼联合情报分委会主席）询问孟西斯，苏联在加拿大的间谍活动暴露后，“为了分散注意力，苏俄是否会针对秘密情报局采取什么行动，其可能性有多大”。孟西斯告诉他，“目前，秘密情报局根本不可能因为在苏联或苏联卫星国的行动而受到任何攻击”。其原因很简单，即“还没有在那里建立任何较为广泛的英国组织”。“当然，个别特工可能被捕，”不过他认为，“可能性非常小，因为采取了预防措施（未具体说明）。”他还称，如果“他不能在卫星国快速建立组织，并抓住一切机会从苏联获得情报”，那将是他的“失职”。不过他又加了句法语：“我们不可能通过祈祷获得军事情报。”而且他希望，“在一年之内，我将拥有比目前宽得多的组织网”。同时他向卡恰保证，“在以后几个月中”，会“特别小心”。[561]
不管是私下里还是公开场合，对科尔比事件的注意力都集中于苏联对西方世界的挑战。同时，它也更加突出了这个巨大的威胁给欧洲及美国带来的真正困难。公众强烈的反应，可能给外交关系带来不利的影响，而且可能使东西方“和平共处”关系（如果这是总体目标）的建立变得更加困难。事实上，对许多人来说，科尔比事件证明，在冷战中，秘密情报机构在加强英国和西方利益的过程中可能会起到的作用。可是，这个问题仍然没有被弄明白，尤其是外交部，它总是急于将秘密情报局置于它的严密监控下。卡恰于1946年3月12日回应孟西斯时指出，虽然奥姆·萨金特爵士知道卫星项目正处于认真考察中时很高兴，但他“最希望的是，在我们不知情的情况下，你不应该在这些领域进行任何新的活动”。卡恰要求孟西斯“考虑这所涉及的政治冒险”，应该“清楚地确定”此事。[562]
特别行动是另一个可能的途径。合并特别行动处后，战后情报局在特别行动方面有了更先进的技术，而且，1946年2月，参谋长委员会明确地给秘密情报局安排了一项任务：“整理、核查及评估与将来秘密行动有关的信息，并选择使用秘密手段进行攻击的可能目标。”3月，外交部发出传阅电文，通知其代表“除了获取情报，情报局在没有提前获得特定批准时，不得进行任何行动”，与此同时，孟西斯在秘密情报局组成了一个计划小组，为将在外国进行的特别行动拟出大致计划。虽然这样的行动需要获得外交部的批准，但40年代末，秘密情报局时常受到来自军队的压力，要求它从事这方面的活动，比如，1946年，陆军元帅蒙哥马利为让参谋部接管秘密情报局，曾奋战过一段时间。另一个狂热分子是空军司令约翰·斯莱瑟爵士，他提出了特别行动式战斗的概念，对苏联进行渗透颠覆、秘密破坏及宣传鼓动。1948年1月，在与孟西斯共进午餐时，他指出“心理战及特别行动处行动”的可能性，但对孟西斯所设想的现代责任与义务感到很失望。斯莱瑟认为，“至少一千万英镑一年”是“为赢得冷战，我们采取秘密行动所应考虑的最低费用”，他对“‘C’正在考虑的50万英镑，感到非常吃惊”，这个数目对他来说“少得让人觉得很可笑”[563]。孟西斯考虑的特别行动需要“很少的”费用，可能也表明对整个想法缺乏热情，但情报局仍然对此事做了指示。比如，1949年初，“特别行动手册”就“秘密空中行动”做出了详细指令。这样的空中行动充分吸收了1939年至1945年的经验，主要目的是再次发生战争时使用。“特别行动基本指令”制定了基本行动准则，指出所有的行动都必须经过外交部的批准，“雇用外来人员”在目前“是禁止的”，尽管“接触经过挑选的个别外来人员”，“有可能被授权”。
如果外来人员不受限制，苏联阵营国家的人到西方来时，便可能有机会利用他们。1947年8月的一次情报搜集会议上，哈里·凯尔提议，“努力寻找并招募卫星国运动员，以参加明年的英格兰奥运会”。辛巴德·辛克莱对此主意很感兴趣，并要求总监想办法“让情报站借此在各地招到新人”。情报搜集调研总监的任务，是“在奥运圈子挖掘出一个合适的英国中间人”。在与英国体育当局协商此事之前，他们决定“就此计划探一探军情五处的意见”。结果此事就此停滞，因为军情五处表示“不希望”，于是计划便放弃了。
1944年，布兰德委员会曾仔细考虑过秘密情报局代表的掩护问题，这个难题在1945年以后仍然考验着特情局。有一个增加秘密情报局海外代表安全性的办法是发展中间人作为安全保证，这在后来被称为“非正式助理”。其基本原则是，“代表绝不可以直接跟特工联系，而是通过仔细挑选的、值得信赖的中间人跟他们联系。传递要求及接收报告都要经过中间人，这个中间人通常应该是本地（如果可能的话，最好是英国）居民或商人”。1946年11月情报搜集会议对此事进行了讨论，负责欧洲北部地区的P.7在会上表示，在他们地区没能找到合适的人选。“一些重要的商人可能比较合适”，他汇报说，“但他们大多数人要么太忙，挤不出必要的时间”，即便愿意接受工作，“就是要求无条件保证，而这是我们无法保证的，即如果他们的生意因为跟我们联系而受到影响，造成的任何经济损失都由我们负责”。约翰·梯格认为问题不会无法解决，他提出代表可以选择“几个非正式助理，这些非正式助理将按他的意愿培养和发展特工‘细胞’”。“理想的非正式助理”，应该是“经过精心挑选的、不惹眼的人，并且对他将从事工作的地方有着非常广博的知识”。尽管很清楚这样的理想人选是难以找到的，会议仍然强调“代表直接跟特工接触是不允许的。只要有可能，便应有非正式助理或某个即便是很被动的人加入”。
