从1947年3月开始，蒋介石以胡宗南的部队为主力，出动25万人，向陕甘宁边区发动重点进攻。当时西北野战军只有2.5万余人，少敌10倍，敌我兵力极为悬殊。而且胡宗南部是蒋介石的嫡系，兵员充足，装备优良。对付这样的敌人，一开始部队是有顾虑的。徐立清遵照中共中央和毛主席的指示，加强部队的政治思想工作，教育部队在战略上要藐视敌人，在战术上要重视敌人，以树立战胜敌人的信心。在政治教育的基础上，开展了练兵运动。驻陕甘宁的西北人民解放军部队，对担负保卫延安、保卫党中央、保卫毛主席、保卫陕甘宁边区的重大任务深感光荣，练兵的劲头很大。在胡宗南的15个旅向延安进犯时，徐立清参加了延安保卫战。当时部队子弹很少，平均每枪不到10发。为使中共中央和毛泽东主席安全撤离延安，他们克服了种种困难，顶住了敌人向延安的进犯，硬是顶了七天七夜，到3月19日，中共中央和毛泽东主席等安全撤离延安。从延安撤出后，毛泽东、周恩来、任弼时和人民解放军总部一直留在陕北，直到西北战场转入进攻。毛泽东主席在领导全国解放战争的同时，还直接指挥陕北人民解放军作战，极大地鼓舞了陕甘宁边区及各解放区军民战胜国民党反动派的信心。西北野战军，遵照毛泽东主席提出的“采取蘑菇战术拖疲敌人”的办法，转战陕北，徐立清参加了青化砭、羊马河、蟠龙等战役。每次战役徐立清都亲临前线积极参加组织指挥，进行政治动员，在关键时刻挺身而出承担危急任务。在永坪抗击战中，徐立清指挥警卫连抗击敌人，掩护彭德怀司令员安全转移。8月，他参加了出击榆林的战斗，调动胡宗南主力北上，策应陈（赓）谢（富治）大军南渡黄河。随后，他参加了沙家店战役，歼灭胡宗南部第36师。至此，胡宗南进犯延安的20多万军队，半年中被歼灭和拖垮近半数，西北战场上人民解放军开始转入内线反攻。9月，徐立清参加岔口追击战，击溃南撤之敌第1军、第29军。10月，他参加延清战役，收复清涧县城，活捉敌师长廖昂，迫使敌胡宗南部放弃延安以北各据点南逃。
1947年10月9日，西北野战军组建第6纵队，罗元发任司令员、徐立清任政委，辖新4旅、教导旅。随即徐立清等率6纵参加第二次打榆林，围攻月余未下，冬季转入新式整军。新式整军是西北战场上取得的一条宝贵经验。徐立清领导的第6纵队的新式整军运动健康发展，通过诉苦、“三查”（查思想、查工作、查斗志），民主推选干部，发扬三大民主（政治、经济、军事民主），开展群众性练兵运动，大大提高了官兵的思想觉悟和军事素质，增强了部队的战斗力。1948年二、三月，西北野战军在彭德怀司令员的指挥下，采取围城打援的战法围攻宜川城，迫敌求援。徐立清和罗元发指挥新四旅771团和教导旅2团，参加了打敌援兵的战斗。前来援救宜川之敌的整编29军两个师、四个旅、八个团，在瓦子街被我打援部队全歼，随即西北野战军攻克宜川城，又歼灭守敌一个旅。此役共歼敌3万多人，毙敌军长刘戡、师长严明，俘敌军参谋长刘振世、副师长李奇亨、师参谋长曾文思等，获得全胜。随后徐立清等率6纵参加了洛川战役。
瓦子街、洛川战役胜利后，1948年4月，在彭德怀司令员指挥下，乘胜组织西府、陇东战役，向胡宗南后方挺进。徐立清等率第6纵队进到长武、灵台，担任截断西兰公路、阻击陇东之敌马步芳部东进、保证进攻西府的野战军主力安全等任务。西北野战军主力英勇出击，解放宝鸡，威胁西安，迫敌逃离延安，放弃陕北，改变了西北战场的局面，西北野战军完全取得了战争的主动权。在西府战役中，胡宗南不仅调集了他在西北战场的兵力，还从河南调来了大批兵力，向西北野战军夹击。在此艰险情况下，徐立清临危受命，他和罗元发指挥新4旅于4月27日南下风翔以东三十里铺，抗击增援宝鸡之敌，掩护主力向北转移。与此同时，6纵机关和教导旅5月4日进到长武、镇原一线，顶住陇东之敌马步芳部，掩护西北野战军总部和彭德怀司令员转移、援救兄弟部队突围。这一仗打得十分险恶，6纵二个旅经过三天三夜激战，终使野战军总部机关和彭德怀司令员脱离险境。而徐立清所率的部队，却陷入了敌人的重围。在接到野战军总部命令突围的第二天，徐立清等率部向西峰镇进军途中，又与敌马继援部遭遇，经坚决抗击摆脱马敌之后，当黄昏转移时又被跟追的敌胡宗南部合围，截断了前进道路。部队在夜间从战场上撤下来时，已是疲惫不堪，建制混乱，没有饭吃，没有水喝，弹药将尽。徐立清临危不乱，他和旅长组织指挥部队顽强坚持战斗，直到胜利完成任务。在西北野战军召开的土桥会议上，彭德怀司令员表扬徐立清临危顾大局、挺身入险境的大无畏的革命精神。西府、陇东战役后，徐立清和罗元发率6纵于8月参加黄龙战役，10月又参加合（阳）澄（城）和荔北战役，都取得了重大胜利。随后在合阳、澄城一带进行冬训。
1949年2月1日，人民解放军实行统一编制，西北野战军整编为第一野战军，第6纵队整编为第6军。徐立清同罗元发率第6军出击渭北，解放富平、大荔等城镇之后，5月20日参加解放西安的战斗。6月，第一野战军以第3、第4、第6军组成第二兵团，徐立清被任命为第二兵团副政委兼政治部主任。他同兵团司令员许光达、政委王世泰率第二兵团参加了扶战役。7月11日，由礼泉经乾县西渡漆水河，从胡宗南、马步芳、马鸿逵防线之间楔入，迂回到胡宗南部侧后。次日拂晓，第二兵团先后占领青化、益店、罗局镇与眉县车站，断敌退路，阻敌突围，配合担任正面主攻任务的第十八兵团，将敌三个军和一个兵团部压缩在高王寺以南、罗局镇以东、午井以西之渭水河滩，经五小时激战，将敌全歼。同日午夜，第二兵团与第十八兵团会师后，又乘胜西进，第4军克宝鸡，第3军占凤翔，扶眉战役胜利结束，共歼敌四万余人。第二兵团乘胜追歼向陇东逃窜之敌，先后占领安口窑、华亭、化平、通渭等地，尔后同第十九兵团一起追击千里，歼敌万余，迫敌马步芳、马鸿逵部败退陇中、宁夏，造成人民解放军各个歼灭敌人的有利态势。
8月，在彭德怀的指挥下，第一野战军发动了兰州战役，集中第一、第二和第十九兵团八个军分三路围歼国民党军马步芳部。第一兵团为左路，进军西宁，截断兰州之敌的退路；第二兵团为中路，向兰州城南、城西攻击前进；第十九兵团为右路，向兰州城北、城东攻击前进。8月20日，第一野战军两个兵团兵临兰州城下。25日拂晓发起攻击，第二兵团第4军首先突破敌坚固工事，攻占了沈家岭、狗娃山；第6军攻占了敌南山营盘岭主阵地三营子；在63军攻占马家山的配合下，守敌全线溃退。26日2时，第二兵团第3军攻入兰州西关，抢占黄河铁桥，切断敌军退路，并迅速攻入城内与敌展开激烈巷战，于当日12时肃清城内残敌，兰州解放。随即遵照彭德怀司令员的命令，第二兵团沿兰新公路西进，9月21日与北越祁连山的第一兵团会师于张掖。在西北盘踞了80多年的马家封建世袭统治被彻底摧毁。
在中国共产党的号召下，在中国人民解放军反攻作战节节胜利的影响下，国民党新疆警备总司令陶峙岳和新疆省政府主席兼保安司令包尔汉，于1949年9月25日、26日分别通电宣布起义，新疆和平解放。
彭德怀司令员报请中共中央军委批准，命令第一野战军第一兵团率第2军和第6军进驻新疆。在准备进疆的时候，1949年9月徐立清升任第1兵团政委。起义将领陶峙岳等来到酒泉，同王震司令员和徐立清政委共同商讨进疆事宜。中共中央新疆分局成立时，王震任书记、徐立清任副书记。成立新疆军区时，徐立清兼任军区政治部主任。为争取部队早日进疆，徐立清同王震等乘飞机到达乌鲁木齐。当时，新疆局面相当复杂，任务十分艰巨。一些反动的民族主义分子，不甘心和平解放新疆，妄图勾结帝国主义势力举行叛乱；长期反动统治所造成的民族隔阂，亟待消除；中共各级组织需要建立、发展；旧的政权机构需要清理，新的政权机构需要建立；生产亟待恢复发展；三区（伊犁、塔城、阿山）建立起来的民族武装，需要按照中国人民解放军的体制进行整编和加强；起义部队要团结、教育、改造。总之，新疆呈现的是“百结待解”、“百废待兴”的纷繁局面。
进军新疆工作的大政方针，都是按照毛泽东主席、中共中央、中央军委指示决定的，各项工作开展得比较顺利，很快打开了局面。当时关系到全局的一项工作是从进疆部队中抽调干部，到地方去建立人民政权，到民族军、起义部队去进行工作，尤其加强思想政治工作和群众工作，以及大力发展生产、改善人民生活等等。这项繁重的工作主要由徐立清具体负责。那时，干部的思想觉悟虽然很高，指到哪里打到哪里，组织纪律性强，服从命令听指挥，但要他们离开老部队，到人地生疏、语言不通、民族习俗和信仰不同的地方去工作时也难免产生一些顾虑。徐立清根据革命工作需要，量才选人。许多干部都是由他亲自谈话做思想工作，帮助解决实际问题，走上新岗位的。他对干部既严格又实事求是。遇到思想一时不通的干部，他耐心开导以诚相待。凡是经他谈过话的干部都反映心情舒畅。由于徐立清精明的组织才能和积极热情的工作，在比较短的时间里，从第一兵团抽调大批干部的工作，进行得井井有条十分顺利，从而使中共新疆分局的工作也很快地开展起来。
当时，驻在伊犁的民族军是拥护共产党、欢迎解放军的。但由于他们一直处于边疆，没有受过中国共产党的直接领导，对党的民族政策不太了解，因而部队思想比较动荡，加上历史形成的民族隔阂，不少人心存疑虑。1950年4月，徐立清带工作组到伊犁去做民族军的工作。他们在伊犁找了民族军许多同志谈话，多次召开座谈会，耐心解释党的民族政策，肯定了民族军在反对国民党统治时所起的作用，宣传了中国人民解放军的宗旨和光荣传统。徐立清还特地嘱咐从第一兵团派到民族军工作的干部，认真执行党的民族政策。经过徐立清和工作组耐心细致的工作，使民族军许多干部、战士消除了民族隔阂和疑虑，因而很快打开了局面。民族军整编为中国人民解放军第5军的工作也得以顺利进行。赛福鼎和民族军的许多领导干部都一致反映徐立清的工作做得好，部队思想稳定了，第一兵团派去的干部和原民族军的干部密切了关系，增强了团结与合作。
徐立清在新疆时期，领导改造起义部队的工作也做得非常出色，表现出他在长期革命斗争中锻炼出来的政治工作领导才能。起义部队的士兵多是贫苦家庭出身，不少人是被抓夫或被拐骗、买卖、抵债来当的兵，又由于他们长期受压迫，几乎每个人都有一本血泪史。从第一兵团派到起义部队工作的干部，在徐立清的领导下，首先发动士兵忆苦，回忆阶级苦、誓报血泪仇。忆苦的“火种”一经点燃，士兵的觉悟很快提高，积压多年的旧仇新恨像火山一样爆发了出来，有的士兵甚至想对那些军阀习气严重的军官进行报复。有两个连队的起义军官，以为这是派进来的解放军干部有意整他们，因而，煽动士兵哗变，形势十分紧迫。徐立清闻讯后，立即赶赴现场，经过深入了解，弄清了前因后果。他采取把士兵和军官分开学习的办法，发扬民主广泛听取意见，然后把士兵对军官的意见转告给军官，做耐心的说服工作。通过从两方面分别做工作，既稳定了军官的情绪，又提高了士兵的觉悟，及时防止了哗变，受到了陶峙岳和起义部队的欢迎。后来，这一士兵和军官分开学习的方法被普遍推广。新疆起义部队顺利改编为中国人民解放军第二十二兵团以后，在建设和保卫新疆的事业中，发挥了重要作用。
中华人民共和国成立后，为了适应人民解放军向正规化、现代化建设发展的需要，建立统一的干部管理制度，实行统一的干部管理，中共中央军委1950年9月作出决定，成立总干部管理部，大军区、省军区、军分区和军、师、团，按级成立干部管理部门。10月，中共中央任命徐立清为军委总干部管理部副部长，在军委总政治部主任兼总干部管理部部长罗荣桓的领导下，分管全军干部任免和组织调配等工作。
建国初期，军队干部工作由过去战争年代各解放区分散管理的做法，走向全国全军统一管理，任务十分繁重。军委和大军区、军兵种、院校领导机构需要组建、充实、加强；急需考察了解全军干部的情况，以实现“知人善任”；急需妥善抚恤牺牲烈士的家属和致伤致残、年老体弱的干部；急需抽调大批干部转业，支援国家和地方建设；急需在深入调查研究的基础上，按军队正规化建设的要求，建立健全正规、统一的干部服役和干部工作规章制度及其实施办法。徐立清到职后，立即投入了紧张的工作。他善于用脑，亲自动手。在罗荣桓部长的领导下，他组织机关干部，遵照毛泽东主席和中央军委关于军队干部工作的方针、政策和指示，拟制贯彻执行办法并组织实施。根据军委总部机构组建的需要，到1954年的四年里徐立清积极参与领导了从全军选调了近三万名军事、政治、后勤和各类技术干部，逐步建立、健全和加强了总参谋部、训练总监部、总政治部、总干部部、武装力量监察部、总后方勤务部、总财务部、总军械部，同时调配了近20万名干部组建了海军、空军、防空军、公安军、炮兵、装甲兵、工程兵、通信兵、防化兵、铁道兵等军兵种，以及民航局、气象局、军事学院、政治学院、后勤学院、军事工程学院等领导机构，从而使人民解放军由单一的步兵，走向诸军兵种合成的军队，完成了重大的历史转变。干部工作，在这个重大转变中措施得力、成绩显著，发挥了重大作用。在加强军队建设的同时，总干部部向地方输送了80多万名干部。在80万军队干部转业地方的工作中，徐立清提出做好工作，务必使“走者愉快，留者安心”，既支援了国家政权建设和经济建设，又推动了军队本身的建设。
1951年，在罗荣桓部长的领导下，徐立清参加领导制定了《中国人民解放军各级干部管理部门工作职责（草案）》、《中国人民解放军干部任免暂行办法》、《关于评级工作指示》、《关于干部保健暂行规定》、《关于若干计算军龄问题的规定》、《关于处理部队中老弱残疾人员的指示》、《关于复员工作的指示》等，卓有成效地统一了干部工作的主要管理制度。从1953年开始，在中央军委和罗荣桓部长的领导下，徐立清领导起草了《中国人民解放军军官服役条例》。1955年2月8日，徐立清在第一届全国人民代表大会常务委员会第六次会议上，作了《关于中国人民解放军军官服役条例的说明》，会议一致通过后，毛泽东主席发布命令，公布了《军官服役条例》。在徐立清精心组织之下，军官服役制度、军衔制度、勋奖章制度和薪金制度得以在全军顺利地实施，从而较好地奠定了军队组织建设制度化的基础，有力地推动了人民解放军革命化、现代化、正规化的建设。
徐立清十分重视通过院校培训干部的办法。他坚决贯彻中央军委提出的训练干部是建设现代化革命军队长期的经常性的中心工作的指导思想。他提出，院校工作一要抓好教员队伍建设和在职干部的选拔配备；二要准确地选调、培训学员和正确地分配学员。建国后头四年，他把通过院校培养干部作为军队干部的主要来源，使军队干部队伍的军政素质及文化素质和专业知识水平，得到了显著提高。
徐立清有一个突出的长处，就是善于联系干部、了解熟悉干部、识别干部和量才使用干部。他曾一再强调，考核干部是干部工作的基本建设。只有把考核干部工作做好，才能正确地选拔使用干部。他说到做到，身体力行。他不仅同广大干部有着经常性密切的联系，还认真地研究干部档案和深入部队进行面对面的考察，利用一切机会了解熟悉干部。力求准确地掌握主要领导干部的情况，他的家门一直是敞开的，只要找上门来的同志，不论职务高低，熟与不熟，也不论是节假日、白天或晚上，他都热情接待。有一次，有位同志去他家，因他不在家，门卫没让这位同志进门去坐，事后他知道了这件事，专门派秘书去看望了这位同志，表示了歉意。由于徐立清没有架子，总以谦逊、热情和平等的态度待人，广大干部都愿意接近他，乐意同他谈心、交心。也由于他厉行深入实际和艰苦细致的工作作风，使他很快掌握了全军干部队伍的基本情况，熟悉了军以上领导干部和一些优秀的或有特长的师长、政委，尤其是对老红军和大单位的领导干部了解得更详细，甚至连他们家中发生了什么事都能及时知道。所以，他参加中共中央、中央军委和总干部部研究干部工作以及向罗荣桓部长汇报时，用不着翻本本，凭记忆就能说出主要领导干部及全军干部的基本情况。由于他熟悉干部的长处和短处，在研究干部任职和配备领导班子时，能提出准确的意见，用其所长、避其所短，真正做到了知人善任，使领导班子搭配得当。
徐立清非常关心、爱护干部。他总是耐心地从思想上、政治上帮助干部进步，又非常重视解决广大干部的实际问题。他关心工农干部的培养提高，也重视知识分子干部，经常深入了解知识分子干部的问题，检查落实党对知识分子的政策。他热情扶持年轻干部的成长，选拔年轻优秀干部入学培养和出国深造，又特别关怀老干部的安置。他多次讲过，要在他有生之年，把老干部安置好，在职的要关心离休的，台上的要关心台下的，有权的要关心无权的，没犯错误的要关心犯了错误的。他所到之处，首先看望不在位的老干部，帮助他们解决实际问题。他自己有病，却经常把别人的健康挂在心上。他对待犯错误的干部的批评是严肃认真的，同时又是热情诚恳、实事求是的，既指出他们的错误，又不抹杀他们的功绩、优点和长处；既讲原则，又讲团结，反对混淆两类矛盾和“左”的一套整人的做法。一些犯过错误、接受过徐立清批评和帮助的同志，至今仍对他怀有感激和敬重之情。
在评定干部级别和为实行军衔、勋奖章、薪金三大制度的工作中，徐立清倾注了心血。人民解放军征战年代没有等级制度，建国后在正规化建设中，建立等级制度势在必行。1951年，干部开始评定级别，为实行军衔制打基础，1953年为实行军衔制做准备；1955年全军实行了军衔制度、奖勋章制度和薪金制度。实施这些制度，政策性很强；评定工作十分复杂，涉及每个干部的切身利益，既要考察其现任职务，又要考察其历史功绩，需要在全军范围内平衡，尽力做到公允。既要加强思想教育工作，更要加强细致的组织工作。只有做好这项工作，才能鼓励干部上进，发挥干部的积极性，巩固军队内部的团结，增强部队的战斗力。在总干部部对全军师以上干部，特别是对1000多名干部授予将官军衔的工作中，徐立清亲自动手，自上而下，普遍排队，纵横比较，反复衡量，逐个审查，统一研究，经常工作到深夜，有时秘书坐在沙发上睡着了，一觉醒来，天已放亮，看到他仍在伏案工作。1955年7月，干部授衔授勋评定工作基本完成时，徐立清劳累成疾，心脏病严重，不得不离开工作岗位进行治疗。
徐立清还有一个很大的特点，就是在工作中总是处处以身作则。他从不计较个人名利、地位和待遇。他是全军唯一的一名正兵团级干部自己要求不授上将军衔的人。在评定军衔时，按照中共中央军委规定的条件，他既担任过兵团政委、正兵团级、又现任总干部部副部长，是完全符合授予上将军衔条件的。当他看到授予上将军衔的人员名单中有他时，他即给中央军委和罗荣桓部长多次写信，以自己主管干部授衔的具体工作和“便于向干部做工作”为理由，请求不要授予他上将军衔。他这种高尚的情操，在广大干部中传为佳话。他病倒之后，对自己占着位置不能工作深感不安，曾向中央军委、彭德怀、罗荣桓元帅写信，请求“让位”，免去他总干部部副部长职务，以便及时任命新人。当他身体刚有好转时，又向上写信，说他身体已难以胜任在总部工作，请求提前退出现役，转业地方，或到省军区任个副职，做点力所能及的兵役或群众工作。他处处为革命工作和军队建设着想。他对家属、子女和身边工作人员，要求也很严格。他做了几十年干部工作，从未徇过私情。由于他处处以身作则，以自己的行动作出表率，在做别人的工作时，也就有一种无形的说服力。徐立清无私的高尚品德，赢得了人们的尊敬。他在广大干部中深孚众望不是偶然的。
1950年10月初，徐立清到北京军委总部工作那年刚满40岁，满头浓密乌黑的头发，身材匀称，十分潇洒健康。由于积劳成疾，从1955年下半年起一病五年，头发变白了，身体明显衰弱了，好像一下子老了许多。但徐立清还是不顾自己身体健康，拼命地为革命工作着。
1958年总干部部合并于总政治部，为总政干部部。1961年，徐立清身体已有好转时，罗荣桓提请中共中央批准，任命他为总政治部副主任，仍然分工主管全军的干部工作，也兼管过保卫、组织、联络、群众、民兵和国防科委的政治工作。为了加强对科技干部的管理，1964年中共中央军委决定，在总政干部部和各大军区、军兵种干部部门，增设科技干部管理机构。在徐立清的主持下，总政治部随即发出了《关于加强科技干部管理工作的通知》，建立了实行职务名称的制度。从此，对科技干部的管理开始走上了轨道。为了加强民兵政治工作，在徐向前元帅的领导下，于1965年7月召开了全军民兵工作会议。徐立清参加了这次会议，并在会上作了发言。会后中央批转了由徐立清主持起草的《民兵工作会议纪要》。这一文件对指导民兵工作、加强战备起了推动作用。
徐立清重新工作以后，即着手调查研究全军干部及干部工作的变化情况，针对存在的问题，提出了不少改革意见和措施。他领导并亲自组织对《军官服役条例》进行修改，此条例于1963年提请第二届全国人民代表大会常务委员会第102次会议通过，由国家主席刘少奇明令公布。这期间他狠抓干部工作的各项条例的贯彻落实，并提出这是干部工作的中心任务。
1962年，在广州召开的军委扩大会议上，徐立清发言强调干部不应成为“一潭死水”，要有进有出。为了“出”好，他提出要根据干部的不同情况，分别做转业、复员、退休、离休安置。为了“进”好，他提出，一是要选好基层干部，并形象地说，这是“选好苗子”，“苗优才能禾壮”。只有把基层干部选好了，干部队伍特别是各级领导干部提高了素质，才能有可靠的保证。二是要选好各级领导干部的接班人，以便进行新老交替。他主张选拔接班人要破除单纯的资历观点，主官干部可以在同级副职中选，也可以从下级正职中选，特别优秀的，需要时也可以越级提拔。这年的年底，在总政治部颁发的《1963年全军政治工作指示》中，提出了要妥善安置年老体弱的老干部和选拔培养接班人的问题。1963年2月，在全军政治工作会议上，又专题讨论了培养接班人的问题。同年底，徐立清主持召开全军干部工作会议，重点解决选拔培养接班人的问题。毛泽东关于接班人问题的讲话发表之后，把培养接班人的问题，推向了一个新的高度。到1964年上半年，全军新提拔的军长、政委，约占同职人数的四分之一；新提拔的师长、政委，约占同职人数的三分之一，开始打破了论资排辈的框框，一些单位开始出现了40岁以下的师长、政委，35岁以下的团长、政委，30岁以下的营长、教导员，25岁以下的连长、指导员。军队选拔接班人的工作初见成效。
1965年9月，徐立清到江西萍乡参加“四清”。他带病在农村做调查研究，并同农民一起劳动。他用毛泽东思想教育团结农村干部和群众，反对“左”的做法，坚持实事求是，以理服人，整顿了农村党的组织和政权机构，提高了农业生产，因而得到了好评。同年底的一天，徐立清突然被召回北京。事后得知是因所谓“罗瑞卿问题”。随后不久“文化大革命”开始了。
“文化大革命”前，军队干部工作已基本走上了正常轨道，干部有进有出，干部的选拔、使用、培养、交流和安置老干部、培养接班人，以及干部福利、抚恤、服役、退役等项工作，都逐步建立健全了规章制度和行之有效的措施与办法。正当干部工作向正规化发展的时候，“文化大革命”开始了，不仅正常的干部工作遭到了破坏，而且给干部工作横加了许多莫须有的罪名，造成了严重的后果，给党、国家和广大干部、群众带来了严重的灾难。在这场灾难中，徐立清也受到了诬陷和迫害。
“文化大革命”的十年浩劫中，徐立清在身处逆境的情况下，仍然尽力保护干部。在“造反派”揪斗干部时，他始终坚持原则，实事求是，刚直不阿，不屈从于压力，为干部说公道话。在遇到紧急情况时，他不顾个人安危挺身而出，耐心地给群众组织做工作，保护了不少老干部。一天傍晚，听说李天焕被困在清河公安部队医校，徐立清立即前去解围。当时，秘书挑了四位身材高大年轻体壮的保卫干部，准备保护徐立清，替徐立清挨打。徐立清当晚赶到清河医校，立即在礼堂召开大会，介绍李天焕的历史功绩。就在讲话的同时，他安排人员把李天焕安全转移。一天夜里，徐立清听说周总理在京西宾馆开会，总部机关的职工群众组织拥进去了。为了保护周总理的安全，徐立清立即赶到京西宾馆，叫人广播说徐立清来了，在食堂接见大家，听取意见。徐立清将乱哄哄的人群吸引到食堂进行说服工作，一直搞到下半夜，保证了周总理安全地离开京西宾馆。
1967年1月12日，新的中央军委文革领导小组成立，徐向前任组长，萧华和徐立清任副组长，下设秘书组、简报组、机关组、院校组和联络组，在三座门办公。当时由于萧华已被揪斗，在徐帅领导下，由徐立清在三座门一线主持了一段日常工作。徐立清刚刚到三座门不几天，1月20日早上，一些群众组织冲进三座门，把徐立清抓走。徐帅闻讯，一大早即赶到三座门，把徐立清要回，并向这些群众组织讲：徐立清是好人。为了保证军委文革领导小组正常进行工作，徐帅宣布：不准冲文革办公室，不准随便抓文革办公室的工作人员。但在当时，党的组织已陷入瘫痪状态，领导干部普遍被批斗，形势非常复杂。徐立清在徐帅领导下，想尽办法维护和保持军队的稳定，但已无能为力。徐帅讲话群众组织不听。中央文革又避而不见。徐帅和徐立清夹在中间，在三座门“作蜡”。
1967年8月，林彪“彻底砸烂总政阎王殿”的“指示”透露后，总政机关很快被“砸烂”了，徐立清被打倒了，家也被抄了。徐立清被打倒是意料中的事。“文化大革命”刚开始，林彪即放风说徐立清是贺龙的人，什么事都向贺龙请示汇报，甚至散布说徐立清对林彪封锁，连大单位领导干部的配备、调衔、定级都不告诉林彪。事实是：当时林彪常在外地“养病”，贺龙元帅主持军委日常工作，徐立清当然要经常向贺帅请示汇报，而且重大问题他都是报请军委主席、副主席决定。徐立清去向林彪请示汇报时多被叶群挡驾，或由叶群接见，林彪不见。可是林彪却反诬徐立清对他封锁，无罪加罪。徐立清较长时期体弱多病，被打倒之后，医药也停了，经常被拉着到处挨“批斗”、“陪斗”，还挨过打。1968年1月，徐立清由中央“二办”监护审查。1969年11月，对徐立清解除监护，撤销党内外一切职务送军队农场监督劳动。随后他即被遣送山西侯马总政干校劳动，一个月只发50元的生活费。在干校劳动期间，他也不得安宁，有些群众组织还是常常去“批斗”、“挖材料”，使他仍受着种种折磨。直到1971年九一三事件之后，他才回到北京。
1973年底，全军八大军区司令调动时，中央军委命令徐立清任济南军区政委。徐立清在济南军区工作一年零九个月，走遍了军区部队驻地徐州、淄博、长山岛、青岛、潍坊、临沂、蓬莱、烟台、海阳、栖霞、威海、刘公岛、日照、连云港，三个野战军、一个省军区、一个守备区、一个警备区和守备师、军分区、人武部及师、团、营、连，他都亲自去调查研究，指导工作，帮助解决问题。他还同军区所在的省、地委密切配合，帮助稳定局势，解决“文化大革命”带来的问题，做好团结工作。
1975年1月，邓小平出任中共中央军委副主席。7月，邓小平和叶剑英副主席召开中央军委扩大会议，提出军队要整顿的方针。9月，徐立清奉命调回北京，再任总政治部副主任，仍主管全军干部工作。当时，军队的干部工作被“文化大革命”搞乱了套，最突出的问题是干部超编严重。徐立清回到总政工作后，积极贯彻中共中央军委副主席邓小平提出的以“三项指示为纲”、“军队要整顿”的指示，着手解决军队存在的“肿”、“散”、“骄”、“奢”、“惰”等五个方面的问题。他首先抓“消肿”；二是配好领导班子；三是落实干部政策，“解放”干部。当时“四人帮”还在台上，继续施展阴谋诡计，篡党夺权，祸国殃民。由于“四人帮”的作乱，1975年底又发动了所谓“反击右倾翻案风”运动，错误地“批邓”，反对“整顿”。因此，“文化大革命”的错误难以纠正，军队“消肿”工作也停了下来，将要出现的军队的大好形势遭到了更加严重的破坏，在此期间，徐立清同总政广大干部和群众一起，采取种种方式，同“四人帮”特别是同张春桥进行斗争，以最大的努力保持军队的稳定。1976年10月，“四人帮”反革命集团被粉碎，徐立清积极投入了揭批“四人帮”的斗争。虽然当时的斗争形势非常复杂，但徐立清坚持实事求是，主张正确处理两类不同性质的矛盾。由于在总政机关对一些问题一时认识不一致，使他一度受到很大委曲，他的心脏也更加衰弱，不得不安上心脏起搏器。1980年1月，徐立清被免去总政副主任的职务，任命为成都军区第二政委，6月改任第一政委兼中共成都军区党委第一书记。根据当时他的身体状况，一些领导劝他注意身体，让他掌握一下大政方针就行了，可是徐立清一到任即抓紧调查研究，忘我地进行工作。他维护民主集中制，从不个人说了算。他善于集中正确的意见，敢于负责，勇挑重担。他坚决拥护和贯彻中共十一届三中全会以来的路线、方针和政策，把中央的政策同军区部队的实际结合起来，对军区部队的建设作出了显著成绩。他是一位有胆识有魄力的“好班长”，兢兢业业，卓有成效地完成了党所赋予的任务，受到了广大指战员的敬重和爱戴。
正当全党全军和全国人民贯彻中共十二大精神，全面开创具有中国特色的社会主义建设新局面的时候，1983年1月6日，久经考验的忠诚的共产主义战士、人民解放军优秀的政治工作领导人徐立清，病逝于北京，终年73岁。
徐立清曾当选为中国共产党第七、第八、第十一、第十二次全国代表大会代表，第十一届中央候补委员。1977年任中共中央军委委员。1978年任中共中央军委人民武装委员会副主任。在中共第十二次全国代表大会上，当选为中央顾问委员会委员。他还被选为第一、第二、第三、第四届全国人民代表大会的代表，第三届全国人民代表大会常务委员会委员，第三届全国政协常委。1955年被授予中将军衔，荣获一级八一勋章、一级独立自由勋章和一级解放勋章。
徐立清在长期革命斗争中，在社会主义革命和社会主义建设中，一贯忠实于党，忠实于人民，忠实于共产主义事业，忍辱负重，勇于承担艰险任务。无论环境多么恶劣，条件多么艰苦，斗争多么复杂，他都能坚持无产阶级的党性原则，保持共产党人的革命气节和优秀品质。在历史的大转折中，他坚决地执行了党的马克思主义的思想路线、政治路线和组织路线。他拥护和维护中共中央和中央军委的正确领导，服从组织、尊重同志、重视团结、谦虚谨慎、识大体、顾大局、光明磊落、坚持原则、敢于同不良倾向和错误言行进行斗争。他严于律己，宽厚待人，言行一致，勇于自我批评，始终和广大群众站在一起，同甘苦，共奋斗。徐立清的一生，是革命的一生，战斗的一生，全心全意为人民服务的一生，为共产主义事业鞠躬尽瘁的一生。
中共中央、中央军委对徐立清的丧事非常关心，军委主席邓小平亲笔批示，要把徐立清的治丧同当时的中共中央书记处书记杨勇的治丧通盘考虑安排，并说他要亲自参加徐立清的遗体告别。1983年1月16日，胡耀邦、邓小平等党和国家领导人及中央、国务院、军委、驻京部队代多人，向徐立清遗体告别。18日，在总后勤部礼堂举行了追悼会，由杨尚昆主持，余秋里致悼词，悼念徐立清。在外地的叶剑英、李先念、陈云等党和国家领导人，还派工作人员到徐立清家进行慰问。
中共中央军委副主席徐向前元帅，在病中听到徐立清逝世的消息后，万分悲痛。他在审定徐立清的悼词时，对徐立清作了恰当的评价，特别指出：徐立清“有功不骄傲，委曲能求全”，切中了徐立清一生的为人和高尚的品德。徐帅对部属是了解和知心的。
徐立清逝世的消息传出后，许多领导同志以及和他相处过的广大指战员都悲痛不已。张爱萍、萧克、傅钟、魏传统、贾若瑜等发表了悼念诗词，宋任穷、王震、余秋里、甘渭汉、颜金生、王诚汉、钟汉华、鲁加汉等发表了《为干部队伍的建设沥尽心血》、《忠贞不渝，一身正气》、《干部工作者的楷模》等悼念文章。张爱萍在《痛悼徐立清同志》的挽诗中写道：“源本立清去自清，路遥风霜不计程。惜君征途重谨慎，后继有人慰英灵。”道出了徐立清一身清白、不计个人得失、勤恳、谨慎，为共产主义事业竭诚奋斗的一生。
1986年清明节，在八宝山革命公墓徐立清的骨灰盒前，安放着一个小白花圈，上款写的是：献给尊敬的徐立清同志；下款写的是：反对过您反对错了的人敬献。一个人生前让人尊敬容易，而在死后若干年仍能受到人们的尊敬，尤其是受到反对过他而又通过实践证明是反对错了的人的尊敬和怀念，却是非常非常不容易的。
