成吉思汗将萨满教定为国教的同时，对其他宗教流派采取了一视同仁、多教并存、自由信仰的政策，这一政策延续到元初。
元世祖忽必烈建立元王朝之初，汉传佛教、藏传佛教、道教、白莲教等都取得了较大的发展；东西方的商旅、传教士亦来往频繁，自西方传来的伊斯兰教、基督教与犹太教的影响力也逐渐增加。由于元初政府对境内各种宗教基本采取自由放任的态度，甚且优容礼遇之，这种环境比较有利于宗教的传播与发展。
在元初宗教多元发展的局面中，萨满教仍一度占据主导地位，凌驾于各种宗教之上。萨满教的巫师是汗室司祭者之一，每年的祭天祭祖等重大祭祀活动皆由萨满主持。祭天时大量泼洒马奶，祭祖时还用烧饭仪式，这使元代的祭天、祭祖仪式具有浓厚的草原情韵。
据《元史》记载，元代每年8月28日在元大都即现在的北京举行祭典，跪拜呼唤成吉思汗名。“由珊蛮一人面向北大声呼成吉思汗及诸故汗名，洒马乳于地以祭”。这一古老的信仰习俗延续至今。
元初的萨满教虽为国教，但因为它是个原始落后的教派，在实践中越来越不能适应于元王朝新兴的政治、文化和信教的需求。元世祖认为，获得子民之心，仅有一个萨满教是远远不够的，所以他根据当时的政治需要，采取措施，让其他宗教势力介入，以支撑新生政权。
元世祖曾经邀请西藏藏传佛教高僧贡嘎扎拉申到大都，封他为“国师”。
早在1253年，蒙哥汗命令忽必烈率领几万名将领进攻西藏，在高僧贡嘎扎拉申的配合下，很快征服了西藏地区的地域。因此，忽必烈早就对贡嘎扎拉申协助统一全国的功德十分敬佩。
贡嘎扎拉申在婉言谢绝忽必烈的同时，便推荐他的侄儿帕克巴即八思巴进朝。元世祖接受了贡嘎扎拉的建议，把18岁的帕克巴封为“国师”。从此，藏传佛教的“红教派”便传入了蒙古，同时也严重威胁着蒙古原始宗教萨满教的存在。
1577年，藏传佛教的黄教即格鲁派代表索南嘉措与土默特阿拉坦汗即俺答汗，在青海察布尔恰拉寺第一次见面，阿拉坦汗认他为第三世达赖喇嘛。三世达赖喇嘛逝世后，四世达赖喇嘛转世给了阿拉坦汗的孙子云登嘉措。从此，为蒙古地区大量传入藏传佛教奠定了基础。
1585年至1590年，正值喀尔喀蒙古、内蒙古、卫拉特蒙古分裂之际。察哈尔图门汗派使节赴西藏请达赖喇嘛。达赖喇嘛虽当时没来，却派出了代表。
当时在喀尔喀大库伦建立了第一座“额尔德尼召”寺，还依据佛教的教理，在蒙古地区制定了宗教教权、地位和法规。这样，不仅巩固了蒙古族贵族的政治地位，也为藏传佛教的大量传入铺平了道路。
藏传佛教传入蒙古地区，并逐步向东部地区渗透。黄教派为了在蒙古地区站稳脚，总结了红教派及萨满教失信于民的教训，加强了清规戒律，严禁淫欲食酒和结婚。与此同时，藏传佛教的黄教派还增强了同蒙古上层阶级的联系，处处维护贵族阶级利益。
当藏传佛教在蒙古族地区迅速传播、发展并构成威胁时，原有的萨满教当然不甘心被夺取自己享有的宗教地位。因而，对黄教进行巫术诅咒、作法祛崇等各种手段尽力抵制。
关于藏传佛教和萨满教之间的斗争，曾有这样一段神话传说：
当时的藏传佛教活佛奈吉陶音和浩布克泰都认为自己的佛法无边，神通广大。为了消灭奈吉陶音，萨满教代表浩布克泰用尽法术，奈吉陶音却安然无恙。
正当浩布克泰骑上法鼓欲逃之时，奈吉陶音恰好用手中的法铃撮了一撮土朝他扬了过去。顿时，那撮土化作了飞沙走石，浩布克泰被远远地卷落到了大兴安岭北麓的沉香树下。结果，他围裙的飘带只剩下6个，铜镜只剩了9块，双面红鼓只剩了1面。最终，浩布克泰投降了奈吉陶音，做了他的徒弟。
后来，萨满教的“鄂都干”即女巫或大神佩带9块铜镜，身着6个飘带的围裙，用单面法鼓的原委，均由此而出。其实这只不过是一种传说而已。
在藏传佛教的严厉打击下，起初萨满教还负隅顽抗过。后来藏传佛教占领了主导地位，萨满教便每况愈下。
元世祖对萨满教采取了不理睬或稍加抑制的倾向，表达了他对本民族传统宗教习俗的基本否定态度。自那时起，萨满教在蒙古地区走向衰微，可是在民间照例信奉不辍。
[旁注]
传教士 向不信仰宗教的人们传播宗教的修道者。传教士基本指的是坚定地信仰宗教，并且远行向不信仰宗教的人们传播宗教的修道者。虽然任何宗教都可能送出传教士，一般传教士这个词是指基督教的宣教师。佛教应该是最早大规模传教的宗教，沿着丝绸之路送出它的信仰。
元大都 或称大都，突厥语称为“汗八里”，意为“大汗之居处”。自元世祖忽必烈时的1267年至元顺帝妥懽帖睦尔时的1368年，为元王朝国都。其城址位于今北京市市区，北至元大都土城遗址，南至长安街，东西至二环路。其城郭残垣，在中国政法大学东门外有“元大都城墙遗址”标志。
国师 是我国历代封建帝王授予高僧的称号。北齐文宣帝于550年诏高僧法常入宫讲《涅盘经》，尊为国师，国师的名称以此为始，在北周时似已有国师的称号了。元代的国师，兼有政教的权力；由于朝廷过分宠信喇嘛，造成了许多流弊。
使节 在古代，“使节”并不是对人的称谓，而是一种官职的凭证。卿大夫聘于诸侯时，国君要授其任职凭证，这种凭证就叫“使节”，又叫“符信”；使臣受命出使他国时，国君也要给予他出使凭证，这种凭证也叫“使节”、“符节”。
沉香树 学名土沉香，是一种热带及亚热带常绿乔木，为世界少有的珍贵药用植物，属国家二级保护植物，也是国际保护的物种。高5米至15米，树皮暗灰色，几平滑，纤维坚韧；小枝圆柱形，具皱纹，幼时被疏柔毛，后逐渐脱落，无毛或近无毛，时有时无。
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忽必烈建立元政权后，尽管他继续出席蒙古萨满教的仪式，而且他母亲的培养已使他牢记对新征服地的主要宗教提供庇护及支持的政治重要性，但他所采取的宗教政策，旨在尽力迎合他的全国臣民，以稳固和加强元政权。
在当时，忽必烈需要同支持他统辖全国的各派宗教发展关系，从而确保蒙古对这个国家的控制。他在试图吸引中原汉地宗教的上层人物的同时，也在争取其他地区宗教派别的有力支持。
