蒙古帝国的建立者铁木真是蒙古族乞颜部人，于1162年出生在漠北草原斡难河上游的一个笃信萨满教的家庭中。铁木真出生前后，蒙古各部大多都信仰萨满教。铁木真自幼受萨满教的熏染。
铁木真年幼时，大漠南北草原各部各自独立，互不统属。铁木真长大后，在统一蒙古各部及对外战争过程中，他根据当时蒙古社会的现实情况，以萨满教作为精神武器，使为其政治和军事服务。
萨满教的日月崇拜在铁木真称雄过程中起到过重要作用。据《黑鞑事略》记载：
每将出征，必令公预卜吉凶，上亦烧羊髀骨以符之。
萨满教的日月崇拜观念以及在此基础产生的原始直观的天文知识也被广泛地运用在军事活动中，并与占卜习俗结合在一起，构成了蒙古族早期军事活动中以天象观测来决定兴兵与否的重要依据。
在蒙古萨满教占卜者中，有些人熟悉天文学，特别是他们的首领，他们预言日食和月食的时间。实际上，萨满巫师是北方民族军事天文学的开创者。蒙古军队“秋出兵，春休兵，岁岁验中秋夜月明为利，即兴兵；若中秋夜风雨晦冥为不利，即不兴兵”，符合一定的自然规律。正是在萨满巫师们开创的充满神秘色彩的军事天文学中，孕育出北方民族科学天文学的萌芽。
萨满教除了日月崇拜，其天神崇拜也在铁木真开创帝国之路上多有帮助。蒙古帝国时期的军事首领们在战争开始前或结束后要举行一些萨满仪式，有时候甚至在萨满教仪式活动上讨论决定军事策略。比如出征前祭战旗的祭祀活动就与萨满教观念有关。
据《蒙古秘史》记载，铁木真征讨乃蛮部时，由于乃蛮部兵力众多地势有利，铁木真为鼓励战士们的战斗勇气，唤起他们的战斗力，先举行祭旗仪式。
在蒙古萨满教天神系统中，专管战旗的天神被称为“苏勒德腾格里”。当时祭战旗的祝福仪式中唱道：
仁慈的苏勒腾格里战神，
请享用吃喝……
在祭旗仪式之后，铁木真发兵去征乃蛮，结果铁木真大胜。这是一种精神战术。战旗不仅是统一行动的战争符号，同时起到了唤起战斗力的暗示符号作用。
铁木真在战场上往往以祭战旗的方式来唤起蒙古军民的战斗力，使他们团结在战旗之下发挥出目标一致、所向无敌的战斗精神。战旗在铁木真的历次战争中起了统一军民思想和行动的作用，同时也起到识别敌我双方，防止内部残杀的标识作用。
战神崇拜和战旗的崇拜密切联系在一起，更能够调动战士的战斗热情和所向无敌的战斗勇气。铁木真统一了诸蒙古部落后说：
赖长生天之力，得天地之赞助，而匡普天下之百姓，俾入我一统之制矣。
铁木真将自己的胜利归之于天神的佑护，而将敌人的失败也解释成“天不佑护”。
信仰萨满教的诸民族之观念中，战神被认为居于战旗中。蒙古萨满教把专管战争的天神叫做“戴沁腾格里”即出征之神。当时祭词中所描绘的战神形象为：
你是戴沁腾格里神，共有九兄弟，
放射出了白色和红色的光芒。
骑上的纯种烈性马，
头戴大桶式的盔，
身穿黄皮甲帽，
脚蹬长筒靴。
身佩虎皮箭囊和豹马弓套，
腰缠护腰，佩有短刀和宝剑，
手执三根苇棒。
头上有雄鹰翱翔，
右肩上有一只狮子俯卧，
左肩上有一只老虎跳跃，
两侧有黑犬、黑熊和黄熊……
战神祭词就是一套富有感召力的语言符号系统，其中往往绘声绘色地描述战神的形象，并向它祈祷、请求、甚至立盟誓，以此来表达战胜敌人的决心。
在蒙古族萨满教的观念中，对神山和山神的崇拜古来有之。蒙古族自古以来把蒙古地方的孛格多山、查苏凸海日罕、杭爱山等山脉当作神山来崇拜并祭祀。尤其不儿罕山是蒙古族祖祖辈辈祭奠下来的神山。
据《蒙古秘史》载，当篾儿乞惕部来侵击时，铁木真向不儿罕山去躲避。篾儿乞惕走后，铁木真对着不儿罕山感谢道：
于不而罕上，遮护我如蚁之命矣。我惊惧极矣。将不儿罕山，每朝其祭之，每日其祷之，我子孙之子孙其宜省之。言讫，向日，挂其带于颈，悬其冠于腕，以乎椎鹰，对日九跪，洒奠而祷祝焉。
这种爬上山顶祷告的信仰习俗在古代蒙古族中间流行较普遍。据当时的波斯史学家拉施特的《史集》记载，当花刺子模王杀死铁木真派去的商人时，铁木真得知后愤怒地独自上山头，将腰带搭在脖子上，光着头将脸帖到地上，祈祷三天三夜。
蒙古族对树木的崇拜可能是基于对它的生命力的崇拜。据史籍记载，有一次铁木真出去打猎，有个地方长着一颗孤树。他在树下下了马，在那里心情异常喜悦。他遂说道：“这个地方做我的墓地倒挺合适！”就这样，铁木真去世后，把他的灵柩埋葬在那里。这跟萨满教对活树之生命力的崇拜有关。
在建立蒙古帝国过程中，铁木真格外注重与萨满巫师阔阔出的合作。阔阔出是铁木真手下老臣蒙力克的四儿子，当时的萨满教首领。
据传说阔阔出掌握9种语言，能够骑一匹有灰斑的马到天上去与神鬼交谈。他平日常说：“神在和我谈话，我在天上巡游。”这令当时的蒙古人对他有一种迷信的恐惧。在早期的蒙古帝国国家意识形态建构过程中，通天巫阔阔出对铁木真称“汗”起到了至关重要的影响。
1206年春，铁木真召集贵族及诸那颜，在斡难河源举行忽里勒台大会，举行了蒙古帝国的开国大典。在这一蒙古最高级别的军政会议上，阔阔出为铁木真求得了“成吉思汗”这一尊号，其含义就是“赖长生天之力而为汗者”。这一尊号与汉民族帝王的“君权神授”具有相同意义。
在忽里勒台大会上，阔阔出郑重宣告：
永恒的长生天任命成吉思汗为人世间唯一的可汗。
阔阔出确定的这一“天意”，立刻被“成吉思汗”铁木真引为无上的权威，并以此为指引，他与他的子孙展开了对全世界的征服。
阔阔出把铁木真神化，认为他是天上派来的，是天的意志的代表者，“奉天承运”，代天行罚的。谁违背了他们的意志，就是违背了上帝的意志，会受到无情惩罚。事实上，蒙古萨满教这种天命观的确立，就是由来已久的“长生天”概念的发展和完善。
长生天，蒙古语称为“孟和腾格里”，是蒙古族萨满教的最高神明。蒙古萨满教认为“孟和腾格里”天神有99个，西方的55个天是善的天，东方的44个天是恶的天等。
天在蒙古族的萨满教信仰中成为诸神中之第一位神，被称为“万物之父”的天得到了特殊的意义和地位。蒙古人自古有拜天之礼。据文献记载：
成吉思汗出征金国阿拉坦汗时，依俗登一高山，解带置项后，敞襟跪祷曰：“长生之天有灵，阿拉坦汗挑起纷争，他无故辱杀我父弟兄斡勒巴尔合黑和我曾祖弟兄俺巴孩罕……我欲复仇讨还血债。天若许我，请以臂助，并命上天诸神及下界人类辅我成功。”
成吉思汗对天祈祷，是想借助天的威力来争得“下界人类”的拥护和帮助。同时，他也意识到要获得人民群众的信任，必须争得那些在人民中最有名望、最有威信的巫师们的支持。
当忽里勒台大会蒙古大帝国建立后，成吉思汗把萨满教变成了官方宗教，重用“别乞”即大祭司，给予和诸王几乎相同的待遇，如被他任命的别乞兀孙骑白马，穿白衣坐于上座而行祭祀。从此，萨满的政治地位越来越高，教权开始介入政治。
阔阔出由于在忽里勒台大会上的功绩而享有很高的威望，其权势几乎可以与皇帝分庭抗礼，能够左右成吉思汗的言行。
有一次，阔阔出对成吉思汗说：“长生天预示，一次由铁木真掌国，一次由合撒儿。若不将合撒儿除掉，事未可知。”成吉思汗听信了此言，就在当天夜里捉拿了自己的弟弟合撒儿。
成吉思汗的母亲月伦太后得知此事，连夜赶到。她盛怒盘坐，出两乳置膝上，对成吉思汗说：“合撒儿何罪？你要将手足相残！这边这个奶是你吮过的，合赤温和斡惕赤斤两个都是吃的这一个奶，唯有合撒儿将我这两个奶都吃了，所以，你有心计，合撒儿有力气，凡叛离的部众合撒儿都收捕了，如今敌人已尽绝，他没有用了吧。”
成吉思汗对自己的母亲一向十分尊重，闻听此言，羞愧而退，马上放了合撒儿。
成吉思汗建立在蒙古帝国后，将萨满教定为国教，委任兀孙老人为掌管宗教的“别契”，同时令别契对各教平等相待。据《多桑蒙古史》记载：
成吉思汗命其后裔且勿偏重某一宗教，应对各教之人待遇平等。
成吉思汗采取兼容并蓄的宗教政策，允许各个教派如佛教、道教、伊斯兰教、基督教等同时存在，而且允许蒙古人自由参加各种教派，对教徒基本上免除赋税和徭役。
由于成吉思汗采取“信仰自由”和“兼容并包”的政策，在一定程度上减少了被征服者的反抗，对蒙古贵族的得天下和治天下都曾发挥过不小的作用。
蒙古帝国时期，萨满教被成吉思汗定为国教，使萨满教进入其发展历史上的鼎盛时期，萨满教在蒙古社会中得到了更好地传播和发展。
[旁注]
漠北 指我国北方沙漠、戈壁以北的广大地区。清代特指乌里雅苏台将军辖区，清末通称为外蒙古。位于今天的蒙古高原，海拔平均在1500米左右。南以戈壁为界。在历史上，这里是匈奴族、突厥族、蒙古族的势力范围，是北方游牧民族向中原汉族发动侵略的大后方。
天象 是指古代对天空发生的各种自然现象的泛称。现代通常指发生在地球大气层外的现象。如太阳出没、行星运动等等。我国早在距今三四千年前就注意观测和记录天象，此后历代的天文官和民间的天文学家也都注重观测天象，记录内容丰富、记录翔实，在世界上是独一无二的。
乃蛮部 古代突厥部落，又名粘八葛，于11世纪开始居住在蒙古高原西部。操突厥语族语言，使用畏兀儿文字。又译乃马、乃满、乃蛮、奈曼、奈蛮、耐满、粘拔恩、粘八噶等。曾经是蒙古高原西部势力最强大的游牧部落。乃蛮故地阿尔泰山以南及以稍偏西的一些土地在1225年被成吉思汗封给其子窝阔台。
篾儿乞惕部 又称兀都亦兀惕，旧译蔑里乞、灭里吉、袜劫子。是10世纪至13世纪在今大约西伯利亚的一个游牧民族，属蒙古的五大兀鲁思之一。蔑儿乞惕部在辽、金之际始发展壮大，是当时漠北的强部之一。蔑儿乞惕部是成吉思汗部的世仇，经常互相攻击，后被成吉思汗所灭。
花刺子模 是一个位于今日中亚西部的地理区域，位于阿姆河下游、咸海南岸，今日乌兹别克斯坦及土库曼斯坦两国的土地上。花剌子模有时也被写作“花拉子模”。12世纪，这里兴起了以其命名的王朝，强盛时期囊括中亚河中地区、呼罗珊地区与伊朗高原大部，1231年亡于蒙古帝国。
忽里勒台 蒙古和元王朝的诸王大会、大朝会。又作“忽邻勒塔”或“忽里台”，蒙古语“聚会”、“会议”的意思。最初，蒙古人的忽里台是部落和各部联盟的议事会，用于推举首领，决定征战等大事。自铁木真召开忽里台，建蒙古帝国，即大汗位后，历朝大汗即位，都由忽里勒台推戴。
奉天承运 奉：遵照，遵从天意，指皇帝受命于天。承运：继承新生的气运；指君权神授。是我国古代封建帝王诏书开头的套语，源于秦代，从明代开始正式使用。“奉天承运皇帝诏曰”的用法在深受我国文化影响的朝鲜、越南等国也在使用。
祭司 或司祭，祭师，是指在宗教活动或祭祀活动中，为了祭拜或崇敬所信仰的神，主持祭典，在祭台上为辅祭或主祭的人员。根据不同的信仰，祭司被认为具有程度不同的神圣性。无论是在实用的社会职能还是神秘的宗教层次，祭司都具有不可替代的重要性。
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成吉思汗及其子孙建立的蒙古汗国横跨欧亚两洲，当时世界上的各种宗教在其统辖的范围之内几乎应有尽有。蒙古贵族征服天下，但其宗教政策却比较开明，并不强迫被征服者改信蒙古人的宗教，而是宣布信教自由，允许各个教派存在，而且允许蒙古人自由参加各种教派，对教徒基本上免除赋税和徭役。
由于成吉思汗采取“信仰自由”和“兼容并包”的政策，伊斯兰教乘机往东发展，大批穆斯林迁居来华，为回族的形成奠定了基础。
