2001年12月22日，复出近两月后再战麦迪逊，终场前3.2秒，在对方两大明星斯普雷威尔和阿兰·休斯顿的夹击下，乔丹投中一记打破平局的绝杀球，让奇才一分险胜，弥补了复出首场无力拯救球队的遗憾。平时一场球能拿个二十来分的斯普雷威尔，此役16投3中只有6分进账，其中在乔丹的防守下13投全失，乔丹在比赛中兴奋得冲教练组直喊：“看看数据！看看数据！”
2001年底到2002年初，乔丹有一段集中爆发的井喷期。那之前，他在印第安纳的一场比赛里只拿到6分，创下自己职业生涯单场得分最低纪录，也让自己连续得分上双的场次终结在866场。媒体大做文章，乔丹很生气。两天之后乔丹说：“得6分，我生涯新低，我非常肯定你们都在说我有多老了。”两天之后，发生了什么？
2001年12月29日，奇才主场打黄蜂，乔丹第一节就轰下24分来。他不断沉到低位，把防守人卡在身后，气势汹汹地向队友指示：把球给我，把球给我。如果遇到大个儿来防，他就用假动作和后仰跳投解决问题。对手P.J.布朗（P.J.Brown）看得明白：“他今晚好像动力特别足。”主教练科林斯好几次打算换人，乔丹都坚定地摇头：不，别换我。上半场，乔丹进账34分，创下奇才队史半场个人得分纪录。第三节快打完时，科林斯决定让乔丹下来歇会儿，结果遭到乔丹质问：“你是想大比分领先进入第四节，还是想让他们追回来？”科林斯拗不过乔丹，只好又把他换上去。这天，乔丹38投21中，怒砍51分，成为NBA历史上年龄最大的单场50分得主。“印第安纳那晚他打得很差，我想，他一定会反弹，让大家看看他到底是谁，”科林斯说，“我见这家伙干过一些不可思议的事情，但38岁打出今晚这样的表现，实在让人难以置信。”乔丹对自己很满意，他不会忘记回应过去两天的怀疑者：“我十分确信他们现在会少说一点了，他们会试着明白，我依然能打，在38岁的年纪。”
又过两天，12月31日，似乎为了证明前一场的51分并非侥幸，乔丹又在对篮网的比赛中拿下45分。本来有机会再得一个50分下来，但因为奇才领先得比较多，乔丹也有点累，第四节他收敛了，只出手两次。即使是这样，连续两场合取96分也够吓人的了。
2002年1月4日，奇才新年第一战，乔丹人生中首次与芝加哥公牛为敌。公牛新上任的主帅是乔丹的老队友卡特莱特，卡特莱特说：“他穿那些个颜色（奇才的蓝白）不好看，真的很不好看。他天生就该穿公牛色。”卡特莱特或许是对的，但这天，乔丹只能公事公办，何况克劳斯还随队来到华盛顿，就坐在看台上，乔丹没法心慈手软。上半时乔丹攻下25分，在第二节剩五分钟左右的时候，他得到自己职业生涯第30000分，成为NBA历史上第四位做到这点的人。奇才一度领先26分之多，不过下半时乔丹手凉了下来，最后9投丢了8个，到比赛最后一分钟，双方只差6分。终场前二十几秒，乔丹的罚球线中投被罗恩·阿泰斯特（Ron Artest）封盖，乔丹大声抗议裁判不吹犯规，而公牛已借机发动快攻。25岁的罗恩·默瑟（Ron Mercer）持球狂奔到篮下，满以为两分到手，没想到快满39岁的乔丹愤怒地追了上来。“当我不得不跳时，我还跳得起来，”乔丹赛后说，“特别是在我被惹毛的时候。”乔丹从默瑟身后纵身跃起，双手把默瑟投出的球摁到篮板上，一个钉板大帽，继而把球拿到自己手里。整座球馆沸腾了，人们不敢相信自己的眼睛，刚才那一瞬间，大家比几天前见证乔丹拿51分还要激动。一位记者捶打着笔记本电脑，大吼：“你他妈看见了吗？！”看见了，全看见了，连克劳斯都看见了。
永远不要低估乔丹。虽然他年纪大了一些，体能差了一些，不能再像过去那样长时间保持强大的统治力，但到某些必要的时刻，他还是拥有瞬间的魔力。绝杀，大概就是他最可还原本色的事情。
2002年1月31日在克利夫兰，最后1.6秒，奇才落后1分。按照科林斯设计的界外球战术，乔丹跑出空位，在罚球线附近接球中投得手。球进钟响，不留余地。乔丹高举着手臂，宛若当年惊天动地的The Shot。骑士主帅约翰·卢卡斯（John Lucas）是乔丹的老朋友，暂停结束时，卢卡斯特意走向乔丹，跟他开玩笑，试图干扰他，乔丹微笑着跟卢卡斯说：“这是关键时刻，没时间开玩笑。”卢卡斯不管，继续唠叨，乔丹轻轻把他推开，不再理他。等到绝杀球命中后，轮到乔丹说话了，乔丹问卢卡斯：“你以为谁会投这球？”卢卡斯不必回答，乔丹自己一遍又一遍得意地重复：“球馆里人人都知道我会投那球。”克利夫兰杀手，依然健在。
半个月后，2月15日在菲尼克斯，最后5.6秒，奇才又落后1分。科林斯这回安排了一个让乔丹单打肖恩·马里昂（Shawn Marion）的战术。马里昂是个出色的防守球员，他整晚都紧贴着乔丹，恨不能钻进乔丹球衣里头，不惜被乔丹突破。但最后这个回合，乔丹一接球，马里昂就往后退，不敢再放乔丹突破。乔丹运了几下球，来到右翼中距离，一个假动作把马里昂点飞，然后再干拔后仰跳投球进，给对方留下无可作为的0.2秒。这是乔丹职业生涯第28次在比赛最后10秒命中制胜球。
乔丹在奇才时期最圆满的绝杀，本该属于2003年2月9日那一球。亚特兰大全明星赛上，第一个加时最后几秒，乔丹再次面对马里昂的防守，底线后仰跳投命中。当晚全联盟向乔丹致敬的庆典达到高潮，“乔丹绝杀，MVP加身”成为众望所归的结局。但随后风云突变，科比出手投三分，裁判吹杰梅因·奥尼尔（Jermaine O’Neal）犯规，科比三罚两中，比赛进入第二个加时。绝杀没杀成，乔丹也没再出场，MVP奖杯则由西部的加内特捧得。
那届全明星赛，NBA在中场休息时为乔丹举办了一场盛大的纪念仪式。其实乔丹本人不想这样，他更愿意享受自己的最后一次全明星之旅，他更在乎比赛，他不希望这一夜被搞得像葬礼一般。“去他妈的葬礼，”他赛前就说，“他们给你搞这个，你就别想打好。我不需要这个，我不想要这个。”但最终，纪念仪式办得诚意十足，感人至深，玛丽亚·凯莉（Mariah Carey）献唱一曲《英雄》，乔丹也听得热泪盈眶。
2003年4月16日，费城。
“如果你想打48分钟，投50个篮—这是你的夜晚，你做什么我都不在乎。”科林斯说。
“我不想打48分钟，我也不想投50个篮。”乔丹回答。
“告诉我你想干什么就行。”
乔丹不知道自己想干什么，但人人都知道，这是他在NBA的最后一场比赛。对手76人队的主教练拉里·布朗是乔丹的老朋友，两人都是北卡出来的，拉里·布朗希望乔丹能得10 0分。
乔丹得不了10 0分，他也没想这么干。比赛开始6 4秒，他投丢第一个球，很快又失误一次。这天，他在场上15投6中，进账15分。第三节剩9分41秒时，他投中职业生涯最后一球，也是个跳投，却远远没有1998年盐湖城那一投重要。76人领先19分后，乔丹下场，等候终场哨响。
费城球迷齐声大喊：“我们要迈克！我们要迈克！我们要迈克！”乔丹只是在队友身边坐着，呵呵直笑。
科林斯想让乔丹再回去打一会儿。“迈克尔，我在这里打过球，我至少要能回到这座城市吧，”科林斯说，“你得上去，这些人想看你。”
乔丹说，他身体已经凉了，活动不开了。科林斯罕见地坚持道：“上个分把钟吧，接受一下欢呼……迈克尔，求你了，你得上去。”
终场前2分35秒，在满场的欢呼声中，乔丹微笑着回到场上。50秒之后，拉里·布朗授意后卫埃里克·斯诺（Eric Snow）故意对乔丹犯规，乔丹走上罚球线，得到自己在NBA的最后两分。1分44秒，他重新被换下场，挥手致意，职业生涯结束。
把奇才这两年算上，乔丹最终在NBA打了1072场常规赛，总得分32292分，平均每场30.12分，仍以微弱的优势领先威尔特·张伯伦（场均30.07分），保住NBA历史得分王的地位。
有记者问：这次退役会比前两次更难吗？乔丹摇头。“我不想打了，”他说，“对我来说，是时候往前走了。现在更容易接受，因为身体上，我知道是时候了，我感觉得到。”
球场上的告别很温情，乔丹享受着英雄的待遇。此前最后一次回芝加哥比赛，联合中心的观众为乔丹起立欢呼长达四分钟之久；最后一次到迈阿密比赛，帕特·莱利为乔丹退役了热火的23号球衣，即便乔丹从未在这支球队效力过；最后一次在华盛顿打主场，美国国防部长唐纳德·拉姆斯菲尔德（Donald Rumsfeld）赠送给乔丹一面“9 ·11”一周年那天飘扬在五角大楼上的美国国旗……
球场外的告别，却分外冷酷无情。奇才赛季结束，乔丹仍以球队主人的姿态对外发言，却没想到，自己在这里仅仅多留了三个星期而已。
乔丹与奇才老板波林之间长期存在分歧，波林对乔丹的管理风格腹诽颇多。当乔丹这块招牌还在为奇才挣钱时，波林隐忍不发，从未表达过对乔丹的失望，但乔丹球员生涯一结束，波林身边那些人就开始对外散布不利于乔丹的各种内幕消息，包括乔丹与高层的问题，也包括乔丹和队友的不和。在乔丹参加完最后一场比赛之前，公众根本不清楚波林一派对乔丹不满，尤其是乔丹为奇才打球的这两个赛季，波林对外从来都是讨好乔丹，说些“迈克尔很伟大，就是伟大”之类的话。现在一夜之间，波林一派对乔丹充满敌意，态度从感激变成了蔑视。
乔丹起初还没察觉到形势的变化。打完最后一场球，过了不到24小时，他就回到奇才主场M C I中心，坐在包厢里观看了以他的名字命名的“乔丹首都经典赛”，18岁的勒布朗·詹姆斯（LeBron James）和另外一些高中明星球员正在场上挥洒汗水。身穿23号球衣的詹姆斯象征着未来，身穿23号球衣的乔丹已成为过去。
乔丹提出要和波林面谈，波林没有立刻回应，这个时候，乔丹身边的人才开始不安。到5月5日，距离和波林会面不足48小时了，乔丹自己才显出焦虑。“我始终都想重新尽我的职责，”他说，“始终都想。”
5月7日，最后的会谈只持续了五分钟。刚见面，波林就解雇了乔丹，他告诉乔丹，球队决定“往另一个方向前进”。乔丹问为什么，波林没有立刻回答。气急败坏的乔丹责问波林到底守不守信用，波林说，他会履行合同义务，支付给乔丹10 0 0万美元的遣散费。乔丹愤怒到极点，他说自己今天来面谈，不是来要钱，而是来重新成为球队股东和高管的，波林却回了一句：“我不想让你成为股东，迈克尔。”乔丹愤而离席。
乔丹离开华盛顿后，和他有关的一切很快被奇才队清理。科林斯被炒；管理层中乔丹任命的下属被一并铲除；球馆内所有能让人想到乔丹的东西，球衣、海报、装饰、壁画，也被波林全部消灭。没过多久，乔丹这个人就好像从来没在华盛顿出现过。
之后几年，乔丹的生活看上去已和篮球绝缘，他偶尔会在高尔夫名人慈善巡回赛上亮相，偶尔又会出现在摩托车比赛现场，过着自在逍遥的日子。但迈克尔·乔丹这个名字，注定无法和篮球运动割裂开来。事实上，乔丹一直希望能拥有一支NBA球队，也一直为此而努力。2003年夏洛特山猫队组建期间，他就与这支NBA新军的老板鲍勃·约翰逊（Bob Johnson）有过接触；同年，他也曾尝试和其他投资者联合购买密尔沃基雄鹿队，没有成功。直到2006年6月，乔丹宣布买下夏洛特山猫的部分股权，成为仅次于鲍勃·约翰逊的第二大股东，并且全面掌管球队篮球事务，这才算得偿所愿。2010年2月，乔丹又从鲍勃·约翰逊手中彻底买下山猫队，成为第一位当上NBA球队大老板的前NBA球员。
山猫在乔丹手下经营得并不好，为节约开支，乔丹不得不长期吝啬行事。2011年，NBA又一次因劳资谈判破裂而停摆，乔丹这回的立场，可和1998年截然相反。1998年那次，他在关键时刻替球员出头，并当面呵斥波林“那就把你的球队卖了”。2011年这回，他成为球队老板当中强硬派的代表，主张严格限制球员收入，为此尼克·扬（Nick Young）、保罗·乔治（Paul George）、史蒂芬·马布里（Stephon Marbury）等现役球员先后在社交媒体上表达了对乔丹的反感。讽刺的是，很快有人把乔丹当年呵斥波林的话直接回赠给乔丹：如果你挣不了钱，那你也该把你的球队卖了。
没有永远的朋友，只有永远的利益。立场决定态度，乔丹亦不能免俗。
2001—2002赛季
常规赛：60场，22.9分，5.7篮板，5.2助攻，1.4抢断，投篮命中率41.6%
2002—2003赛季
常规赛：82场，20.0分，6.1篮板，3.8助攻，1.5抢断，投篮命中率44.5%
