乔丹新秀赛季尚未结束，芝加哥公牛队换老板了。1985年3月，由杰里·莱恩斯多夫领衔的一个财团，以1 600万美元的价格买下公牛，莱恩斯多夫付出其中920万美元，成为球队大老板。公牛从此结束了由一群股东召开电话会议，大家投票来做决定的松散管理时代。
莱恩斯多夫执掌公牛大权的头一个星期，乔纳森·科夫勒就把自己手里7%的股权也卖给了他，这样莱恩斯多夫的股份占到63%。接下来一周，莱恩斯多夫炒掉罗德·索恩，杰里·克劳斯（Jerry Krause）继任公牛总经理。1984—1985赛季结束后，克劳斯又炒掉凯文·洛赫里，把公牛队的教鞭交给了斯坦·阿尔贝克（Stan Albeck）。
多年以后，乔丹在自传中对两个杰里—莱恩斯多夫和克劳斯—下的第一个论断是这样的：“他们是生意人，他们不是体育人，他们对这项运动没有真正的欣赏。他们做的是生意上的决定，篮球只不过刚好是这项生意罢了。”
这一论断的源头，发生在他们共事的第一个完整赛季。事实上，那应该是乔丹整个篮球生涯最不完整的一个赛季。
1985年10月下旬，乔丹在NBA的第二个年头正式开启。首场比赛，公牛经过加时险胜克利夫兰骑士。第二场对手是活塞，乔丹吃到比尔·兰比尔的凶残一击，却依然打出33分、7个篮板、6次助攻的全面表现，率领公牛力克劲敌。两连胜开局，新赛季似乎兆头不错。然而三天之后，噩运降临。公牛客场迎战金州勇士，乔丹高高跳起抢球，落地时身体失去平衡，左脚狠狠崴在地板上。尽管最初的X光检查显示伤无大碍，可乔丹还是很疼，启动急停都成问题，于是接下来两个西部的客场比赛，他都没有上场。
回到芝加哥做进一步检查，公牛队查出乔丹左脚的足舟骨发生骨裂，但CT扫描很难确认骨裂的具体角度，因此没人知道这个伤究竟有多严重，是不是很快就能痊愈。最初有个说法是乔丹将缺席6到8周，但很快就确认形势没那么乐观。乔丹突然被告知，他要养一整个赛季的伤，才能让左脚康复。
这是一个令乔丹无比沮丧的消息。打篮球不仅是他的职业，更是他的乐趣。他是NBA少有的几个合同中有“热爱比赛条款”（Love of the Game Clause）的球员。所谓“热爱比赛条款”，是指球员享有随时随地打篮球的权利。这听上去有些可笑，但那个年代，职业球员在球队正式的比赛和训练之外，是不可以随便打篮球的，否则一旦受伤，损失将由球员自己承担，球队老板不为此埋单。所以，只有像乔丹这样合同中有“热爱比赛条款”的球员，才可以随心所欲地在休赛期打篮球。老板当然不喜欢这个条款，他们害怕失去自己最有天赋的球员，但乔丹签合同的时候坚决要求享有这项权利。
因为脚伤，乔丹突然失去了生活的重心，他被迫与篮球分离。当时在芝加哥，乔丹住在一个小公寓里，并未完全融入这座城市。芝加哥的冬天很冷，没有篮球就愈发难熬，于是乔丹向队里申请回教堂山去康复，申请得到批准。
回到熟悉的校园，乔丹仍用他自己的典型风格在过日子。既然跑跳能力受限，就只好练投篮—他每天都会投几个小时的篮。慢慢地，在芝加哥方面不知情的情况下，他也开始参加5对5的比赛。但不管怎么样，那段时间终究不好过，乔丹过去从未发觉自己对篮球是如此热爱。
用CT扫描来监控伤势的恢复过程，在那年头还算是新鲜事物，于是乔丹的脚也成为医生的研究课题。扫描机器很新，又没有以前的案例可供参考，所以医生在治疗过程中有些畏首畏尾，不知该如何调整方案。有时候，队医约翰·赫夫隆（John Hefferon）觉得，这过程简直就像在看小草生长。
康复进度之慢，考验着乔丹的耐心。随着疼痛一点一点消失，乔丹也一点一点确信，他已经可以比赛了。每回去赫夫隆的办公室复诊，他都以为是最后一次，可每回都听到下次再来。到1986年的2、3月份，乔丹焦虑到了极点，他甚至直接穿着球鞋去找赫夫隆医生，希望可以摘掉脚上的护具参加训练。他一次又一次告诉赫夫隆“我已经好了”，赫夫隆却一次又一次回答他“我还不确定”，他只好又把球鞋脱下来，签完名，送给赫夫隆的秘书当礼物。有一天赫夫隆告诉乔丹，脚可以不必再固定了，乔丹反倒拒绝，因为他内心已经很抵触医生的决定，他烦透了。
在北卡那段时间，乔丹的体形已经恢复得相当好，受伤的左脚甚至比右脚还要有力。医生看到新的力量测试结果，简直不敢相信。乔丹认为，没人比他自己更了解他的身体，他已经做好了上场打球的准备。赫夫隆倒是相信他的话。相处不足两年，赫夫隆早就发现，乔丹总能清晰地向医生描述自己的症状，哪里疼痛，哪里不舒服。赫夫隆心想，对自己身体的感知如此准确，乔丹的话倒是不妨一听。但赫夫隆没法擅自做决定，因为除了他，公牛队还给乔丹另外找了两名外科专家来会诊。三个医生参与治疗，谁都不肯担保说乔丹已经可以安全复出。
在管理层、医生和乔丹反复交换意见的过程中，公牛总经理克劳斯犯了两个错误。这是两个当时看来微不足道，后来却被证明非常严重的错误。
第一个—在一次谈话中，克劳斯断然拒绝乔丹复出的请求，并说：决定，我和老板莱恩斯多夫会做，你等着就好，因为你是我们的“资产”。对任何球员说这样的话都是愚蠢的，尤其是对一名黑人球员。这是乔丹永远无法忘记，也永远不会原谅的一句话。乔丹和公牛管理层之间最初的分歧就此产生，随着时间的推移，这分歧越来越大，始终不曾消除。
第二个，更为敏感—乔丹开始相信，公牛管理层不让他复出，其实另有目的。1985—1986赛季，公牛以三连胜开局，但失去乔丹之后，胜率直线下滑，等到乔丹终于被允许复出时，公牛的成绩已经是24胜43负。乔丹认定，莱恩斯多夫和克劳斯不让他打球，不是为了保护他的脚，而是为了确保球队选秀乐透区的位置。如果持续摆烂，公牛将有机会在1986年选秀大会上摘得布拉德·多尔蒂或伦·拜亚斯（Len Bias），这是迅速增强球队实力的好办法。可在乔丹看来，这么想很罪恶，这意味着他的老板不像他一样以赢球为使命，他们乐意接受失败，乐意牺牲掉当前赛季的成绩和进季后赛的机会，以换取未来增强阵容的可能，这是乔丹无法接受的。即便身在一支实力并不强大的队伍里，乔丹也没有过接受失败的想法。他始终相信，只要自己能打，公牛就能进季后赛，而只要进了季后赛，他就会竭尽全力带领球队走得更远。
又一次内部开会，讨论乔丹该不该复出，乔丹和莱恩斯多夫、克劳斯、主教练阿尔贝克、三名医生坐到了一起。大家还没张嘴，乔丹先从包里掏出一台录音机来，把它摆到桌子正中间。乔丹说：“我不希望有任何的不明确。”
和前几次一样，医生们又退缩了，不愿给乔丹开绿灯。其中一位叫斯坦·詹姆斯（Stan James）的医生说，乔丹还有10%的可能会旧伤复发。这正是莱恩斯多夫和克劳斯想听的。
两个杰里说话很小心，没有提到任何有关选秀和乐透的字眼，但乔丹觉得，他们的意图再明显不过，于是争吵开始了。
克劳斯说：“我们不可以冒险。你到底在想什么？”
乔丹说：“我想的是，有90%的机会我不会再受伤。”
乔丹知道管理层不会像他一样思考问题，他索性把对方不愿挑明的事情摆到了台面上。乔丹说：“你们就是想输球，好得到更高的选秀顺位。”这话刺到了克劳斯的痛处，克劳斯顿时不知道该说什么。
这时，莱恩斯多夫开口了。在那之前，芝加哥地区曾经发生震惊一时的泰诺胶囊中毒事件—泰诺是强生公司生产的治疗头痛的家庭常备药，却有人因为服用泰诺而被其中含有的氰化物毒死—莱恩斯多夫决定拿这个打比方，做了个假设。
“如果我给你一个瓶子，里头有10粒药，其中一粒含有氰化物，你会怎么办？”莱恩斯多夫问乔丹，“你会伸手冒这个拿错药的风险吗？”
乔丹想了想，说：“你知道吗，杰里，这是个很好的比方。但我的答案是：这取决于头有多痛。”
那天的会议开到最后，莱恩斯多夫和克劳斯终于同意，乔丹可以正常训练，也可以上场比赛，但每个半场不能超过7分钟，以后再酌情增加。
为了确保阿尔贝克明白乔丹的上场时间限制，莱恩斯多夫特意给他写了封信。现在，阿尔贝克每天都要在超级明星和球队老板之间找到一个平衡。乔丹想要更多的上场时间，而莱恩斯多夫和克劳斯只想让乔丹严格遵守上场时间限制。有一场球，阿尔贝克让乔丹多打了5秒钟，按照当时NBA的记录方式，5秒也被计满一分钟，于是第二天，阿尔贝克接到了克劳斯的电话，克劳斯警告他：老板很生气。很快，公牛新闻官蒂姆·哈勒姆多了一项新任务—每场比赛，拿着秒表坐到记录台旁边，以确保乔丹上场不会超时。
乔丹厌恶这个规定，他想帮公牛赢球，想打季后赛。他认为管理层的规定很荒唐。他们允许他每天训练两个小时，却不允许他一场比赛上场超过14分钟。
公牛和骑士在争夺东部最后一个季后赛名额，公牛落后，但随着乔丹的回归，双方差距开始缩小。赛季倒数第六场比赛，公牛在印第安纳迎战步行者队，乔丹此时已被允许上下半场各打14分钟，不过前一晚，莱恩斯多夫刚给阿尔贝克打过电话，再次提醒他：如果让乔丹多打一分钟，我就炒了你。两节打完，公牛落后5分，阿尔贝克决定下半时让乔丹先发，他跟乔丹说：“把我们拉回到比赛里去。”乔丹照做了。他第四节独取15分，公牛紧紧追赶着对手。
在比赛还剩半分钟左右的时候，公牛只落后1分。这下，麻烦来了。乔丹的规定时间即将用完，再多打两秒，就会被多计一分钟，阿尔贝克不得不换下他。乔丹大发雷霆，冲教练咆哮：“你不能这么做！我们要进季后赛！”印第安纳的球迷也不干了，他们起哄，喊着乔丹的名字，但无济于事，阿尔贝克依旧拿凯尔·梅西（Kyle Macy）替下乔丹。最后时刻，凭借后卫约翰·帕克森（John Paxson）的投篮，公牛才以一分险胜。
赛后，从芝加哥来的跟队记者们逼问阿尔贝克：“你怎么能这样对待迈克尔？”这个问题，连阿尔贝克自己都想知道答案。第二天，有记者打电话给莱恩斯多夫，问他到底怎么回事，莱恩斯多夫说：阿尔贝克的算术太差了。从报纸上读到老板的话，阿尔贝克清楚，赛季一结束，他就得卷铺盖走人。
尽管上场时间受限，乔丹还是把握住了赛季末的机会，最后六场球场均攻下28.7分，为公牛赢下其中四场。凭借这段最后的搏杀，公牛搭上季后赛末班车，要在首轮迎战当时联盟最强球队—波士顿凯尔特人。
1985—1986赛季，被公认为拉里·伯德时代凯尔特人最优秀的一季。那年，他们常规赛打出67胜15负，其中41个主场只输过一次。凯文·麦克海尔（Kevin McHale）是那支球队的二号人物，十二年后，他已经成为明尼苏达森林狼队的篮球事务主管，回想起那特别的一年，他满怀豪情地说：“如果仁慈的上帝伸出手说，‘OK，麦克海尔，你一直是个很好的公民，所以你可以回去再打一个赛季的篮球，因为你如此热爱它。’那我一定会挑1985—1986那年。”
那支凯尔特人拥有完备而强大的阵容，前场尤其豪华。伯德、麦克海尔、罗伯特·帕里什（Robert Parish）是NBA最早获得“三巨头”美誉的一个组合，到他们退役时，三人总共入选过28次全明星。而那年，他们身边又添了个可遇不可求的好帮手—比尔·沃顿（Bill Walton）。沃顿年轻的时候，曾是篮球世界最优秀的中锋之一，可惜伤病几乎摧垮了他的职业生涯。现在，沃顿老了慢了，却依然很会传球，作为第六人，他让这支队伍的内线轮换达到无懈可击的地步。
乔丹进联盟才第二年，迫切希望能在一支冠军级别的球队里打球，而凯尔特人就是这种球队的标尺。公牛队深知自己内线斗不过凯尔特人，所以把宝全押在外线，进攻都围绕着乔丹展开，把球交给他拉开单打。“那是他们唯一的机会。”麦克海尔说。
