“我听说，”公孙鞅见孝公停了下来，就说，“做事情不坚定，就不能取得成果；对自己干的事疑神疑鬼，就不可能有什么功效。大王应该尽快打消对变法的疑虑，不要怕有人说东道西。并且，见地高远的人办起事来，总是违背世俗的陈腐观念；有独到见解的人也常常被人认为是傲慢不驯服。所以，常言说，愚蠢的人只知道按常规办事；智慧的人才能预见即将发生的事。有一位叫郭偃的人说过，正确的理论往往不合于俗；能够办成大事的人并不是每件事都同大家商量的。法，本质上是保护百姓的；礼，是为了办事时有一定的规矩可依。所以，对于圣人来说，只要能够使国家强盛，就不要顾忌过去如何；只要对百姓有利，就不必遵循往日的礼法。”
“对！”孝公赞成公孙鞅的意见。
“不对！”老臣甘龙气急败坏地说，“我听说的道理同公孙大夫所说的却大不一样。圣人教导百姓，是不能改变方式的。智慧的人治理国家，是不能改变固有的办法的。如果现在实行变法，改变了秦国历来的治理国家的常规，大王肯定会受到各方面的议论。”
公孙鞅说：“先生所说的话有点陈腐。一般的人安于旧的习惯，墨守书卷，只相信书卷上的话。他们当官，只知道成规旧律，超越了成规旧律，他们就不知道什么了。请大家回顾一下，夏、商、周这三个朝代，治理国家的方式是不一样的。晋文公、齐桓公、楚庄王、吴王阖闾、越王勾践这五位诸侯，取得霸主地位的方法也是不同的。所以，聪明的统治者善于制定法律，而愚蠢的统治者却限制应用法律。好的君主能够随时修改礼法；不合格的君主却拘泥于现成的礼法……”
“人们常说，没有百倍的利益，不能改变方法；没有十倍的好处，不能改变器具。”杜挚打断公孙鞅的话，说道，“我还听说，遵循古代的方法，不会有过错；沿袭旧日礼制，不会走邪路。希望大王认真考虑。”
“前世留下的教导各不相同，哪里有什么一定不变的古法？一代一代的帝王都不是前一代帝王的重复，哪里有什么一成不变的礼制？神农、伏羲的时代，对犯罪的人以教育为主，不设死刑；黄帝、尧、舜的时候，设立了适当的死刑；周代的文王和武王都是根据当时的实际情况建立的法制。所以，我认为，治理天下，不能总是用一定的方法，要发展自己的国家，不能总是拘泥于古代的模式。商代的汤王、周代的武王都是因为没有墨守古代的方法而兴起的，夏代和商代却是因为不肯改变古代的礼制而灭亡的。希望大王不要怀疑动摇！”
听了公孙鞅的这一席话，孝公点头称是，并说：“公孙大夫说得很对。让别人议论去吧，我不再二心不定了！我任命公孙鞅为左庶长，主持变法的工作。”于是，孝公批准了秦国变法的第一个法令——《垦草令》，即关于开垦荒地的法令。轰轰烈烈的秦国变法就在旧臣的一片反对声中正式开始了。
公孙鞅制定了一系列的法律法令。如户籍法和连坐法，规定老百姓五户为一伍，十户为一什，互相担保。一人犯法，同伍或同什的人都要受到制裁，这就叫连坐。知道本伍或本什内有人犯法而不告发，受腰斩。告发的，与杀死一个敌人受同样的奖励。窝藏罪犯的人，同投降敌人的人受同样的处罚。为了鼓励生产，增加户口，还规定百姓家如果有两个成年兄弟而不分家，就要多缴纳一倍的赋税。为了鼓励英勇杀敌，规定立军功的要按功升官。为了私事而斗殴的要受刑罚，但如能努力耕种取得明显成绩的，就可以免去所受的刑罚。为了抑制经商，规定从事“末业”，即商业、手工业的人，要同因为懒惰而受穷的人一样，罚做官家的奴隶。王族的人，没有军功的，则不记入王族的属籍，等于不让享受优惠待遇。对于统治阶级内部的人，也明确规定了等级制度，按等级享受土地、房屋、奴仆的数量和服装的档次。有功的人享受荣华，无功的人即使富有，也不得享受荣誉。在这些法令正式公布之前，公孙鞅先干了这样一件事。
有一天，栎阳的人发现南城门附近立起一根三丈高的大木桩。木桩上写着字，说谁能把这根木桩挪到北门去，就奖励十金。那时的“金”有时指黄金，有时也指铜（赤金）或铁（黑金），它们都可做货币使用，并且都很贵重。百姓看了，有的说：“骗人，哪有这样的好事？”有的说：“这些年来，官家说话有几回是算数的？”所以，谁也没有理会。第二天桩子上的字改了，由奖励十金改为奖励五十金。重赏之下必有勇夫。有个小伙子说：“不算数就算我白干。”就把木桩挖出来，埋到北门附近。官家果然奖励他五十金。搬木桩的小伙子乐得直蹦高，围观的人个个后悔不迭。他们说：“早知道官家说话算数，我早就搬了！这笔奖励哪能让他得了去！”
等到这件事在全城乃至全国都传得沸沸扬扬时，公孙鞅就正式公布了他制定的各项法令。
这些法令公布还不到一年，就有上千人从各地来到栎阳“上访”，纷纷反映新法实行起来对他们很不利。公孙鞅答复他们说：“你们先回去，再实行一段时间看看。”
这时，太子犯了法。上上下下的眼睛都盯着公孙鞅，好像在说：“看你这回如何处置？”公孙鞅对孝公说道：“法令能不能行得通，关键就在这上头。”孝公说：“难道还要处罚太子吗？”公孙鞅说：“太子是未来的国王，当然不能处罚太子。但是，太子年轻，这件事的主要责任在太子的老师公孙贾的身上，所以应该处罚公孙贾。”孝公觉得这倒是一个可以接受的方案，就同意了公孙鞅的意见。于是，公孙鞅下令，处公孙贾黥（ｑíｎｇ）刑，就是在他的脸上刻上字，再用墨把字迹涂黑。太子的另一位老师公子虔也被判了刑。这件事使秦国的上上下下更加相信秦国变法的决心，使得人人不敢违犯法令。但是这件事也使公孙鞅狠狠地得罪了太子，成为他后来悲剧的导火线。
十年后，秦国的百姓看到了变法的好处。那些十年前来栎阳反映新法不好的人又纷纷来都城，说新法很好，对百姓很有利。公孙鞅却下令把这些人全部扣下来，发配到边远地区，并且向百姓宣布理由说：“难道国家的法令也是可以任人评论好坏的吗？”此后，秦人就只知道执行法令，既不违抗，也不评论。
秦国的国力逐渐强大起来，秦孝公很高兴，便任命公孙鞅为大良造。这是秦国最高的官职，相当于丞相，掌握军政大权。公孙鞅有了军权，立即就率兵进攻魏国，包围了魏国的安邑城，安邑的守将向秦国投降。公孙鞅率军凯旋而归。
公孙鞅又派人在咸阳修筑宫殿。孝公十二年，就是公元前350年，秦国把国都迁到咸阳，并且再次发布了一些变法措施。如禁止父子兄弟同室而居，以便促使户口的增加。平掉农田中的阡陌，从而表明了井田制的终结。在全国设立三十一个县，县的长官叫作令或丞，这就等于取消了各种封侯的势力，加强了中央的集权。统一权（秤砣，即重量的单位）、衡（容量的单位）、丈、尺（长度单位）。这些措施促使秦国的国力很快强盛起来。连名存实亡的周天子也派人给秦孝公送一些祭祀用的肉，祝贺秦国的强大。不过，这已经是孝公去世、惠文王继位、商鞅遇害以后的事了。各国诸侯也纷纷派人前来表示祝贺。
孝公二十一年，就是公元前341年，传来了齐国田忌、孙膑大败魏将庞涓于马陵的消息。公孙鞅觉得这是破魏的极好时机，便对孝公说：“魏国是我们秦国的心腹之患。大王您如果要称霸诸侯，必须向东发展，而魏国就是我们向东发展的一道障碍。今后，不是魏国吞并秦国，就是秦国吞并魏国。魏国马陵之败后，各国都背叛了它，我们可以利用这个机会伐魏。打败了魏国，秦国就可以向东发展，制伏诸侯！这是大王称霸天下的绝好时机。”
“那好，”秦孝公同意了公孙鞅的建议，“我就派你为将军，率军伐魏。”这是公元前340年的事。
两军对阵以后，公孙鞅探知魏军的统帅是公子卬（áｎｇ）。二十年前，当公孙鞅还在公叔痤门下当中庶子的时候，就认识公子卬，两个人的交往还比较频繁。公孙鞅就派人给公子卬送去一封信。信中说：“当年，你我曾是朋友，如今却成了敌军的将领。也没有办法，我们都是各自为自己的主人嘛！但是，我又不忍心我俩之间互相攻击。我想邀请公子来我营中饮宴，然后罢兵，使秦、魏两国相安无事。不知尊意如何？”公子卬信以为真，参加了这次宴会。谁知饮宴之间，秦军的伏兵冲入宴会的帐内。公孙鞅说：“请公子勿怪。你我各为其主，今天我们就讲不得交情了。”公孙鞅不费吹灰之力就活捉了公子卬，又趁魏军既无准备又无统帅的机会，向魏营大举进攻，魏军大败。这时的魏国刚刚大败于齐国于一年前，国库空虚，国力薄弱，无力与秦国为敌，便派人与秦国谈判，同意把黄河以西的大片土地割让给秦国。为了躲避秦国的锋芒，还把国都迁到比较靠东的大梁。损失惨重的魏惠王捶胸顿足地说：“我最遗憾的是，当初没有听公孙痤的话。”公孙痤临终前曾建议魏惠王，要么重用公孙鞅，要么杀了他。
公孙鞅凯旋而归，在咸阳受到秦孝公的热烈欢迎。孝公兴致勃勃地说：“大良造自辅佐寡人变法以来，日夜辛劳，使我秦国国力日强。近几年又屡立战功，围安邑，擒公子卬，是我们秦国的大功臣！因此，我决定把商城封给公孙鞅为汤沐邑。”汤沐邑就是天子或诸侯封给亲属或功臣的地方，这个地方及这个地方的收入都归受封者所有。从此，人们就称公孙鞅为商君。后世多称他为商鞅。
公元前338年，就在商鞅十分得意，举行宴会庆贺胜利的时候，有个叫赵良的人却从宴会上把他拉到一边，对他说：“商君可记得《尚书》中的一句话，‘恃德者昌，恃力者亡’？靠恩德治理国家的人会兴盛发达；靠强力治理国家的人会走向灭亡。您这些年正是靠强力来治理国家的，我觉得您的危险就像早晨的露珠那样，不会等太久的时间了。难道您不想要延年益寿吗？所以，我劝您急流勇退，回到商地去种菜吧。并且，您还应该劝孝公起用那些被斥退了的老臣。这样，您或许能够更安全一些。”商鞅觉得，赵良是代表那些反对变法的守旧势力对他进行威胁，并没有理会他。
虽然赵良是代表反对变法的守旧势力在讲话，但他对商鞅危机的分析却是符合实际情况的。秦国的变法，本质上是新兴的封建地主阶级同没落的奴隶主阶级的殊死斗争，所以它的过程是不会和和平平的。况且，商鞅的变法又是比较全面的。你想，他要“开阡陌”，废除井田制，那些靠井田制过惯了舒舒服服的生活的奴隶主们会满意吗？他实行郡县制，就等于取缔了受封的奴隶主们割据一方的权力。再说，商鞅在变法的过程中又一点不留后路，采取了一些很严厉的手段，他是不可能不树敌的。就说太子吧，那是未来的国王，谁也不敢得罪的，可是他却敢认定太子有罪。太子的两位老师都受过他的处罚。特别是公子虔，第二次犯法的时候，商鞅竟治他以劓刑，割掉了他的鼻子。这两个人能在太子面前说商鞅的好话才怪！商鞅毕竟是地主阶级的代表，他对老百姓也是很苛刻的。上千名农民（也许还有地主呢）来首都对他表示支持，他竟把人家给流放了。
也该商鞅倒霉。他被封为商君不久，孝公就一病不起，一命呜呼了。于是太子继位，他后来被称为秦惠王。
秦孝公的死对商鞅确实是个打击。他正在相府里独自喝闷酒的时候，有人匆匆来报：“大人，大事不好。”商鞅无精打采地问：“什么事？”“公子虔等人向新大王告发大人谋反！大王已经派人来抓大人了，很快就到。”商鞅早已料到公子虔这些人不会给他好果子吃，但他没有想到政变会来得这样快。他没有来得及带上从人、财产和家属，就匆忙地逃离相府。
天黑了。商鞅找家客店，想住下。店主人不认得商鞅，对他说：“商君有法令，规定没有证件的人要抓起来。”商鞅仓皇出逃，哪里带得证件？再说，他正在逃亡之中，有证件也不能暴露自己的身份。他只好说：“我的证件在外面的行李里面呢。”乘机溜出去继续逃。他一面逃，一面自叹：“哎，这就是我制定法令的结果！”他逃到魏国。在边境上，就有人认出他来。魏国人对他说：“你还有脸到魏国来？你忘记你是怎样背信弃义，欺骗公子卬，使他至今还关押在秦国回不来？”商鞅一听，话头不对，又赶忙往回逃。逃到商邑，在那里召集一些亲信，打算进攻郑。他一动用武力，秦惠王更有了证明他谋反的证据，便派大军围剿他。在离郑还有三百里的渑（ｍｉǎｎ）池追上他，并杀了他。
秦惠王觉得还不解恨，下令把他的尸体拉回咸阳车裂。就是用五辆马车分别拴上他的头和四肢，然后驱马猛拉，把人撕碎。接着，惠王又下令杀了商鞅的全家。
