在狱中，陈独秀谈到刘半农，说他对音韵一道并没有什么研究，但在法国人面前，大谈音韵，以为法国人不懂音韵，讵料法国的音韵学家，把他驳得体无完肤，使他面红耳赤，息鼓而逃。刘半农就是“猪八戒的妈妈飘海——丑死外国人”，应引为教训。现在他死了，胡适写的挽联说，“守常惨死，独秀幽囚，新青年旧友而今又弱一个；打油风趣，幽默情怀，当年知音者无人不哭半农”。陈说，此联写得不高明，但余有同感焉。
1938年6月，陈独秀准备乘包惠僧为他安排的差船入川时，阔别三十年的大姐一家逃难到了汉口。姐弟患难相逢，悲欢交集。他对包惠僧说：“老姐姐来了，我怎能撇开他们，自己先行？”于是退掉已经买好的船票，一直拖到7月初才与大姐一家搭上“中央”、“中国”、“交通”、“农民”四个银行包的专轮入川。
1939年3月，陈独秀的嗣母谢氏病逝，陈十分悲痛，心绪不佳，血压高涨，两耳日夜轰鸣，几于半聋，五十日后仍未见减轻。陈的大姐赶来帮助料理后事，一定要陈“为死者披麻戴孝、守灵等尽孝道的仪式”。对此，一向反对封建礼教的陈独秀都顺从了。陈还表示：“先母抚我之恩等于生母，心丧何止三年，形式丧制，弟固主短丧，免废人事，然酒食酬应以及为人作文作书，必待百日以后。”
一次同桌吃饭，陈独秀知道大姐平素把好吃的都省给子女吃，便乘她不在意时，夹了一块红烧肉塞在她的饭下面。次年6月，当陈获悉大姐吴陈氏在江津油溪镇病逝的噩耗，极为悲痛，写挽诗忆及不久前自己与大姊分别的情景：“姊意愿偕往，临行复迟疑。送我西廓外，木立无言辞。依依不忍去，怅怅若有思。骨肉生死别，即此俄顷时。当时未警觉，至今苦追忆。”
陈独秀早年家庭观念淡薄，对子女并不关心，但晚年三子陈松年携着子女来探望他时，他尤其是对几个孙子孙女亲热得了不得，过些时不看见他们，便要派人去把他们喊来团聚。潘赞化说，此时陈独秀也变得“儿女情长，英雄气短”了。
蔡元培去世后一个多月，陈独秀依然掩饰不住地流露出失去故友的痛惜与悲伤，在给杨鹏升的信中说：“弟前在金陵狱中，多承蔡先生照拂，今乃先我而死，弟之心情上无数伤痕中又增一伤痕矣！”
晚年，陈独秀除了接待前来探望的友人外，几乎足不出户。有时，地方上有些重要的宴会请他来参加，即使去了，他也是沉默寡言。在杨宅居住时，写作间隙或傍晚，陈会在潘兰珍的伴随下，到院子外边的几棵大黄桷树下和附近的小店游玩，和周围老百姓攀谈。但由于他的安徽话很难懂，往往是只听其音，不解其意。在逢年过节之时，乡邻请陈写对联，他都有求必应；他也给一些学校或单位题过字。另外，有的人家新房落成，也被请写匾额。江津的龙溪滩乡绅刘建初盖新房时，陈独秀应请为其写了一个“仁寿修居”的楷书横匾。
婚恋
陈独秀考中秀才后，安庆城中的名门望族和富户人家纷纷托媒上门，打听陈的生辰八字。安庆副将高登科也慕名托媒人上门，有意将长女高晓岚许配给陈。
高登科是霍邱人（今安徽六安），出身贫寒，小时受继母虐待。13岁那年放鹅丢了两只，夜宿麦田，不敢回家，正巧一支官兵路过，就随军而去，后升任副将，为二品武官，因有军功被清廷赏赐穿黄马褂，且赐以世爵，置有4000多亩土地。他娶了三位夫人，女儿高晓岚是续弦詹氏所生。詹氏死后，高晓岚受到继母的虐待，高登科便带她到安庆，亲自教养。
高晓岚时年19岁，长陈独秀3岁，出落得眉清目秀，身材修长。她穿着朴素大方，性情柔顺孤僻，刺绣缝补，料理家务样样能干，丝毫没有富家小姐的贵族骄横之气。陈独秀的母亲查氏很满意，于是这门亲事就这么定下了。
陈独秀到南京参加乡试，未中，回家后即与高晓岚完婚。高晓岚懂三从四德，晓得《烈女传》与德言功容的古训，有着封建传统的教养，婚后的夫妇二人受到乡邻“夫贵妻贤”的赞誉。
新婚燕尔之际，陈独秀当时正受康梁学说影响，他将自己写的《扬子江形势记略》饶有兴致地读给妻子听，以征求意见，寻得共鸣。不料高晓岚听完，轻声柔语地说：“夫君之言，为妻懂之甚少，不必再难为妻子，我会伴君安分度日，上待父母尽心尽力，下做贤妻生儿育女。”陈顿时如被当头浇了一瓢冷水。
陈独秀常常劝妻子多识些字，多猎文化与时政，而高晓岚对丈夫的劝告却不屑一顾，总以“夫主外，妻主内，女子无才便是德”相对。有一次，陈拿了一本《三字经》欲教高晓岚念读，她却火冒三丈，一把夺过去撕得粉碎。
潘赞化说，高晓岚与陈独秀思想相隔距离不止一世纪。陈去日本留学，欲借高的十两金镯作为游资，高坚决不肯，常为此争吵。
1898年，陈独秀与高晓岚的第一个儿子陈延年出生了。儿子出生后不久，陈独秀跟随嗣父陈衍庶去了东北。次年年底，陈母去世才回到安庆。此后，陈独秀的长女玉莹（筱秀）出生。1901年，陈独秀去日本留学，此后，陈独秀与高晓岚便聚少离多了。
陈独秀因政治活动，在外屡遭通缉追捕，回家得不到妻子的理解与安慰，常常遭到妻子的数落与怪罪，使他对这个旧式的女子更加嫌恶。1910年，新年伊始，陈独秀便携高君曼离开安庆，此时高晓岚正怀着三子陈松年。
高晓岚嫁到陈家的33年中，生育了三子三女，自出嫁就再也没有回过娘家。除了1927年去武汉探望患重病的儿子乔年，从没有出过陈家的大门。高晓岚于1930年9月9日，即她得知二子一女噩耗的第二年，郁闷于胸，后来病例，在安庆病逝，终年55岁。临终前，她对三子松年要求，希望将来和陈独秀合葬。
汪原放反对包办婚姻，与其叔汪孟邹大起冲突。在苏联的陈独秀听说后，写信劝慰叔侄二人道：“弟以为孟邹先生应承认原放兄婚姻之自由。原放兄应觉悟，不可以恋爱妨碍了立身建业。男女之事，不过在生活上和吃饭、穿衣、饮酒、吸烟同样的需要与消遣而已，顽固老辈看做伦理、道德大问题，幻想青年看做神圣事业，都是错了。”
1909年岁暮，高晓岚同父异母的妹妹，在北京女子师范学校读书的高君曼到安庆姐姐家玩，遇到了姐夫陈独秀。
高君曼时正双十年华，身材高挑，时装新潮，一头短发，处处显示着新式女性特质。她曾在北京女子师范学校就读，思想进步，见识广博，并热爱文学，特别爱读陈独秀发表在各报刊上的作品，对姐夫很是崇拜。两人很快坠入情网。
陈独秀与高君曼的恋情遭到陈、高两家的坚决反对。陈独秀的嗣父陈衍庶甚至以“退继”相威胁；岳父高登科则怒火冲天，悔恨择错女婿，对高君曼施加暴力，逼其另嫁。但二人我行我素，毫无畏惧。
1909年底，陈独秀从日本回国，在杭州与高君曼宣布结婚。时陈在杭州陆军小学堂任历史、地理教习，佳人新得，意气风发。陈独秀广结文朋诗友，在西子湖畔，与刘季平、沈尹默、马一浮、谢无量等江南文人雅士，诗酒相娱，互相观摩，逸情满怀。而高君曼赢得了友人们的交口称赞，汪孟邹曾夸赞她是“女中豪杰”。陈在《灵隐寺前》一诗中写道：“垂柳飞花村路香，酒旗风暖少年狂。桥头日系青骢马，惆怅当年萧九娘。”
1910年，陈独秀给远在南洋的苏曼殊写信，问他：“有奇遇否？有丽句否？”他得意地对曼殊述及自己的生活：“‘侵晨不报当关客，新得佳人字莫愁’，公其有诗贺我乎？”
高君曼比较向往稳定宁谧的家庭生活，但陈独秀天生就是一个看轻家庭生活的人，走南闯北，屡遭风险，家人也跟着颠沛流离，很难过得上一段安逸的生活。
到北大任教后，陈独秀常逛八大胡同、拈花惹草，高君曼为此和陈独秀吵过，闹过，但无济于事。陈性情暴躁，生活散漫，而高自小就娇生惯养，经常发生口舌之争，甚至发展到相互扑打。高君曼斥陈为无耻之徒，陈独秀则说高是“资本主义”。
1922年，高君曼患上肺结核，经常咯血，无力承担家务，常埋怨陈独秀对她照顾不周。他们发生口角，总是让汪孟邹去调停。一次，汪孟邹对侄儿汪原放说：“仲翁脾气真不好，暴躁、性急。君曼总是哭、号。其实，陈仲翁是黄茅火性，发起来，不可收拾，过一下，又好了，没事了。君曼也很强，不肯让。（陈独秀）昨夜回来实在太迟，睡不好，今天非睡中觉不行，头昏脑闷的，不能做事啊。”
因为二人争吵对陈独秀的工作有影响，又加上陈之前两度被捕，中共中央决定让陈一人隐蔽起来，地址不告诉任何人，包括高君曼。至此，二人分居，很少相见。陈让汪孟邹从《独秀文存》的版税中支付给高君曼生活费，需见面时，则通过汪约见在亚东图书馆。
由于上海物价上涨，高君曼母子的生活日益困难，与陈见面时经常吵架，汪多次劝解无效。1925年10月，为节省生活费，高君曼带着儿子陈鹤年、女儿陈子美，离开上海，住在南京东厂街两座破草屋里。
11月13日，陈独秀、高君曼先后来到亚东，但彼此错过。高君曼对汪孟邹说：“我到南京去，为的要省一点。……南京生活程度低，……哪里知道他每月只寄五十元给我了，这不是明明逼我上死路吗？……他倒拿经济接济心爱的人，过天上的好日子。”汪孟邹和汪原放叔侄只好宽慰她：“仲甫太忙，也没有办法。党里事务繁多，他哪有工夫问家。”此次离别，成为二人永诀。
到南京仅半年余，高君曼手头的钱便用完了，只好求助于安徽同乡会，被介绍到水西门内柳叶街上机坊同业行会当办事员。虽然她工作勤恳负责，兢兢业业，但仍受排挤。年余后，高君曼经东南大学汪东介绍，去珠宝廊省赈灾委员会当抄写员。她写得一笔蝇头小楷，工整娟秀，工作又负责，收入虽低但较稳定，得以供养儿女读书。几年后，她积劳成疾，又缺钱治病，只得回家休养。
1930年，高晓岚在安庆老家病故。高君曼带着儿女回乡奔丧，身体更加恶化，又发现患了子宫癌。第二年，她在南京病逝，年仅45岁。高君曼逝世时，仅子女随侍在侧，陈独秀老友潘赞化为之料理丧事，尽朋友之责，草草葬于南京清凉山向阳的高坡上。
1992年，高君曼的长孙女陈祯祥按照父亲的描述，到南京找到了祖母的墓地，并于次年挖开坟墓，请江苏省公安厅的法医进行鉴定，证实确为高君曼之墓。之后，陈将祖母遗骸迁葬雨花台附近的黄金山墓园。
1929年下半年，陈独秀搬到了熙华德路一座石库门房子的前楼。在这里，陈独秀遇到了他的第三任妻子潘兰珍。
潘兰珍，1908年出于江苏省南通一个贫苦农民家庭，小陈独秀29岁。七八岁时，为了减轻家中负担，潘兰珍去一家纺织厂做了包身工。几年后，父亲又把她介绍到自己卖苦力的英美烟草公司当童工。
十七八岁时，潘兰珍己出落得亭亭玉立，工厂里的一个工头生活垂涎她的美貌，对她威逼利诱，胁迫潘与其同居并生下一子，不久夭折。
孩子夭亡后，工头常常无端暴打潘兰珍，潘无法忍受，逃了出来，租住在熙华德路一座石库门房子后楼的亭子间里，成了陈独秀的邻居。二人慢慢熟悉起来，潘兰珍经常帮陈独秀烧饭、冼衣服。陈空闲时便教潘兰珍识字读书。不久，二人便开始同居。
濮清泉回忆潘兰珍：“这个女工，年仅二十余岁，七分人材，三分打扮，看来十分摩登。他俩走在一道，人们必以为是父女。我们非常诧异，为何此女愿嫁老倌，更惊叹陈猎艳技术之高明。”
陈独秀一直未次真实身份告诉潘兰珍，他谎称自己姓李，南京人，与妻子离异。潘兰珍忠厚朴实，并不怀疑。她十分敬重陈独秀，常称其为“李老先生”。她也从不询问陈独秀的往来去向，尽心照料陈的饮食起居。陈几乎没有收入，潘兰珍也不计较，以自己菲薄的薪金维持生计。
一天，二人发生了一场口角，满腹委屈的潘兰珍赌气回了浦东娘家。就在这期间，陈独秀被捕，一时成为社会上的重大新闻，潘兰珍与娘家人也整日谈论不休。她甚至说：“陈独秀太自傲了，这回免不了杀头！”这日，潘兰珍的父亲从街上买回一张报纸，上有陈独秀已押到南京受审的消息，下面是陈独秀的照片。潘兰珍见到照片，一下子惊呆了：“原来陈独秀就是我老公！”
陈独秀被捕后，委托老友高语罕解决潘兰珍之事，他决定就此和潘兰珍分手，以让潘过上安定的生活。之后，陈独秀又写信叮嘱高语罕，要他“婉言劝她不必来看我”。但潘兰珍毅然放弃了工作，将养女寄养在娘家，到南京寻夫。她还到寄押陈独秀的军法司求见陈独秀，最初自称是陈的女儿，监狱中人说陈的女儿我见过，转而又谎称是学生，对方又说怎么以前没见过你，最后只好据实以告。
