二、关于总则
草案二次审议稿第二条规定了本法的调整范围。有的常委委员建议将“中国公民出境入境、外国人入境出境”修改为“中国人、外国人出境入境”，以回避港澳台居民是出境入境还是入境出境的问题。
草案二次审议稿第四条第四款规定，公安部、外交部在出境入境事务管理中，应当加强沟通配合，并与国务院有关部门密切合作。有的代表建议修改为：“公安部、外交部在出境入境事务管理中，应当加强沟通配合，在国务院统一领导下或者统一组织下，与有关部门密切合作”，并增加一款规定：“县级以上地方人民政府公安机关及其出入境管理机构在同级人民政府的领导下，与有关部门密切合作，按照各自职责做好出入境管理服务工作。”
草案二次审议稿第五条规定，国家建立统一的出入境管理信息平台，实现有关管理部门信息共享。有的常委委员提出，现在有的部门建立了信息系统，但还不够全面，信息不能跨系统共享，其中也涉及安全和保密问题，要在建立出入境管理信息平台时统筹考虑。有的常委委员提出，非常支持国家建立统一的信息平台，信息平台资料录入应正确、及时，由专人负责。有关部门在平台上各取所需，同时防止信息泄露。有的常委委员建议将这一条修改为：“国家建立统一的出入境管理和我国公民在境外加入外国国籍信息平台，实现有关管理部门信息共享。”
草案二次审议稿第六条第三款规定，边检机关在必要时可以对出入境交通运输工具载运的货物实施边防检查，但是应当通知海关。有的常委委员建议修改为：“必要时，出入境边防检查机关可以依法当场对出入境交通运输工具载运的货物实施边防检查，应当及时通知海关。”
三、关于中国公民出境入境
草案二次审议稿第十条规定，中国公民往来内地与港澳台地区应依法办理通行证件，并遵守本法有关规定，具体管理办法由国务院规定。有的常委委员建议修改为：“香港特别行政区、澳门特别行政区、台湾地区与内地人员来往，应依法办理通行证件，遵守本法的有关规定，具体管理办法由国务院规定。”有的常委委员建议在本章中将中国公民前往港澳台和港澳台居民来内地的管理单独规定，从方便、快捷的角度进一步简化手续。
草案二次审议稿第十一条第二款规定，具备条件的口岸，出入境边检机关应当为中国公民出入境提供专用通道等便利措施。有的代表提出，草案二次审议稿第八条已经对提供便利措施作了原则规定，本款可不作规定。
草案二次审议稿第十二条规定了中国公民不准出境的情形。有的常委委员建议增加一项：“有未了结的行政案件，人民法院决定不能出境的，”并在外国人不准入境的情形中增加同样规定。有的常委委员建议将第三项“有未了结的民事案件，人民法院决定不能出境的”中的“不能”修改为“不准”或者“不允许”。有的代表建议增加规定：对不准出境的人员，边检机关应当收缴其出入境证件。
草案二次审议稿第十三条规定了定居国外的中国公民要求回国定居的，应当在入境前向驻外使领馆或其他驻外机构申请，也可以向拟定居地的侨务部门申请。有的常委委员提出，“定居国外的中国公民”含义不清，建议予以明确。有的代表建议将“也可以向拟定居地的侨务部门申请”修改为“也可以向公安部门统一提出申请，侨务部门予以协助”。
草案二次审议稿第十四条规定了定居国外的中国公民在境内办理金融等事务时，可以凭本人护照证明其身份。有的常委委员建议修改为“可以凭本人的护照或者其他旅行证件证明其身份”。有的常委委员建议在可凭本人护照办理的事项中增加“公证事务”。
四、关于外国人入境出境
草案二次审议稿第十六条第三款规定，普通签证的类别和签发办法由外交部会同公安部等有关部门规定。有的常委委员提出，应当由国务院制定法规，对签证种类和签发办法作出规定。
草案二次审议稿第十八条规定了外国人申请办理签证的有关要求。有的常委委员建议增加规定：“入境的外国人应提供手纹等生物信息，否则不允许入境。”
草案二次审议稿第二十条规定了口岸签证。有的建议在申请办理口岸签证的情形中增加“应邀入境从事灾害救援”的规定。草案二次审议稿第二十一条第二项规定，患有严重精神障碍、传染性肺结核或者有可能对公共卫生造成重大危害的其他传染病的，不予签发签证。有的代表提出，不在发病期的严重精神障碍患者应当可以签发签证，并对“可能对公共卫生造成重大危害的其他传染病”进行界定。
草案二次审议稿第二十二条规定，持联程客票从中国国境前往第三国或地区的，在中国停留不超过二十四小时且不离开口岸的，可以免办签证。有的常委委员建议在部分城市和地区对部分国家人员过境免签政策适当放宽。有的常委委员建议将“二十四小时”修改为“四十八小时”。
有的常委委员建议将本章标题“外国人入境出境”修改为“外国籍人入境出境”。
五、关于外国人停留居留
有些常委委员提出，有的外籍华人拿旅游签证回国探亲，中间可能从事访问、考察或者进行短期学习等活动，但旅游签证有效期较短，到期后还要再到境外办理签证，才能达到再入境留学等目的，比较麻烦，建议增加变更签证种类的规定，以及增加签证入境次数的规定。有的提出，根据现行做法，外籍华人过境香港必须取得香港签证，建议规定过境香港能够有7天的免签期限。
草案二次审议稿第三十条第二款规定了申请办理居留证件应当留存指纹等人体生物识别信息。有的代表提出，关于留存指纹等人体生物识别信息，总则已有原则性规定，建议删去这一款关于留存指纹的规定。
草案二次审议稿第三十条第三款规定，外国人居留证件的有效期最短为一百八十日，最长为五年。有的常委委员建议将“一百八十日”修改为“半年”。有的代表提出，实践中有居留证件的期限短于一百八十日的情况，建议缩短。有的常委委员建议将居留分为短期、长期、永久三种，其中短期居留时间为180天到2年，长期居留时间为2年至6年。
草案二次审议稿第三十三条规定了外国人居留证件的登记项目。有的常委委员建议增加“国籍、照片及学习和任职或者就业单位的名称”。有的代表提出，外国人实际居留地经常发生变化，“居留住址”这一登记项目没有太大的实际意义，操作起来也比较麻烦，建议删去。
草案二次审议稿第三十八条第二款规定，外国人应当在规定的时间内交验居留证件。有的常委委员建议明确“规定的时间”的具体时限。有的代表提出，这一规定对实际工作没有太大意义，建议删去。
草案二次审议稿第三十九条第二款规定，外国人在旅馆以外的其他住所居住的，应当在二十四小时内向公安机关办理登记。有的常委委员提出，现在外国人来华增多，不少是住在亲戚朋友家，这一规定实践中难以做到，建议研究。
草案二次审议稿第四十条第二款规定，外国人在中国境内死亡的，其家属等应当按规定向公安机关申报。有的常委委员建议明确为“应当在死亡后三日内申报”。
草案二次审议稿第四十一条第一款规定，外国人在中国境内工作，应当按照规定取得工作许可和工作类外国人居留证件。有的常委委员建议明确外国人首先取得用人单位的聘用，然后由用人单位向有关机构申请办理该外国人的工作许可和工作居留证。有的常委委员提出，对我国需要的外籍专门人才，国家应制定专门管理办法，并由相应的政府部门实施管理。
草案二次审议稿第四十二条第一款规定了国务院人力资源社会保障、外国专家主管部门会同有关部门制定外国人在中国工作指导目录。有的常委委员提出，外国人在中国工作指导目录应当由国务院制定。有的代表建议增加评估外国人才能的标准和方法，避免因聘用低技能或者没有技能的外国人冲击我国普通劳动力市场。
草案二次审议稿第四十三条规定了非法就业的情形。有的常委委员提出，获取报酬是非法就业不可缺的部分，建议增加规定“非法就业所获取的报酬予以没收”。有的常委委员提出，是否取得劳动报酬很难认定，二次审议稿修改了以获取劳动报酬作为查处非法就业的前提的规定，修改得比较好。为解决“三非”特别是非法就业问题，有必要进一步梳理部门职责，强调信息共享。草案二次审议稿第四十五条第一款规定，聘用外国人工作或者招收外国留学生的单位，应当按照规定向所在地公安机关报告有关信息。有的常委委员建议除了向公安机关报告信息外，还应向相应的审批外国人就业的机关报告信息。有的代表建议明确不报告信息的法律责任。
有的常委委员建议将港澳台居民在大陆的居留、就业等管理也纳入本章规定，同时将本章章名修改为“境外人员停留居留”。
六、关于交通运输工具出境入境边防检查
草案二次审议稿第五十条规定了交通运输工具出入境边防检查。有的建议增加一款规定：“对出于人道目的需要紧急入境的交通运输工具及设备，应提供通关便利，并优先通行。”
七、关于调查和遣返
草案二次审议稿第六十一条第一款规定了对不适用拘留审查的外国人，可以限制其活动范围。有的常委委员建议明确第四项“不宜适用拘留审查的其他情形”的具体范围，并恢复现行外国人入境出境管理法中“监视居住、缩短停留期限、取消居留资格”的措施或处罚。
草案二次审议稿第六十二条规定，对有下列情形之一的外国人可以遣送出境。有的常委委员建议将“可以遣送出境”修改为“应当遣送出境”。草案二次审议稿第六十三条规定，被拘留审查的外国人或者被决定遣送出境但不能立即执行的外国人，应当羁押在拘留所或者外国人遣送场所。有的代表建议增加规定“应当在羁押后的合理时间内通知外国人国籍所属国的领事馆”。有的建议对完善羁押场所条件，保障遣返费用作出规定，同时规定对遣返的妇女、儿童进行救济。有的常委委员建议有重点地建立一些外国人羁押遣返场所，国家给予财力支持。草案二次审议稿第六十五条规定，对依法决定不准出境或者不准入境的人员，决定机关应及时通知边防检查机关。有的常委委员建议将“决定机关”修改为“审批机关”。
