奎文阁高23.35米，阔30.1米，深17.62米，顶端为黄色琉璃瓦，三重飞檐，四层斗栱。内部两层，中夹暗层，呈层叠式构架。奎文阁结构合理，坚固异常，为古今中外的建筑专家所交口称道。奎文阁自明代弘治十七年（1504年）重修以来，经受了几百年风风雨雨的侵袭和多次地震的摇撼。清朝康熙年间，曲阜地区发生了大地震，这次地震使得曲阜的房屋几乎损毁殆尽，只剩十分之一：“人间房屋倾者九，存者一。”但奎文阁仍然坚固无恙，岿然屹立，的确堪称“奇迹”，不愧是我国著名的古代木结构建筑之一。奎文阁西面的碑亭中记载康熙年间地震的石碑就是奎文阁坚固的旁证。阁前廊下有二座石碑，东面刻有“奎文阁赋”，系明代著名诗人李东阳撰文，名书法家乔宗书写；西面刻有“奎文阁重置书籍记”，记载着明代正德年间皇帝命令礼部重新整修奎文阁并钦赐书籍收藏的情况。
奎文阁前面有两座御碑亭，亭内外共有四座明代御碑。每座高6米多，宽2米多，碑下的大龟高1米多。碑的顶端精雕盘龙，绕日盘旋，栩栩如生。碑文的内容多是尊崇孔子及其思想的。在东南方向，有一座露天的“重修孔子庙碑”，为明宪宗朱见深所立。碑文极力推崇孔子的思想，认为孔子的思想是励精图治的政治基础：“朕惟孔子之道，有天下者一日不可暂缺。”字体为楷书，书体端庄，结构严谨。这块碑以精湛的书法著称于世，由于石碑立于明朝成化四年（1468年），所以又习惯称此碑为“成化碑”。
孔庙第五进庭院的东西方向各有一所独立的院落，名曰“斋宿”，是祭祀孔子前祭祀人员戒斋沐浴的场所。东院是“衍圣公”（即孔子嫡派后代的世袭封号）的斋宿所，由于清代康熙、乾隆两位皇帝祭祀孔子时曾在此沐浴，所以东院又称“驻跸”（帝王出行时，开路清道，禁止通行。后泛指跟帝王行止有关的事情），现在经常有孔子生平事迹的展览。西院是从祭官员的斋宿所，清代中期就已经废弃了，仅存院落。清朝道光年间，孔子第七十一代孙孔昭薰将孔庙内宋、金、元、明、清五代文人的谒庙碑共130余块集中镶嵌在西院的院墙上，并改称为“碑院”。碑碣或流畅奔放，飘逸自如；或丰润温雅，神采飞动；或端庄典雅，质朴古拙：精品多多，蔚为大观。
七、第六进庭院
过了孔庙第五进庭院的奎文阁，就是孔庙的第六进庭院。院落狭长，矗立着13座碑亭，南面有8座。其中，4座为金代、元代所建，东起第三、六座为金明昌六年（1195年）所建，呈正方形，碑亭布置疏朗，是孔庙现存最早的建筑。其余4座为清代所建。北面有5座碑亭，分别建于清朝康熙、雍正、乾隆年间。13座碑亭分两行排列，檐牙高啄，彩绘梁栋，黄瓦耀金，鳞次栉比，煞是奇伟。十三碑亭是专为保存封建皇帝御制的石碑而建的，所以习惯上称为“御碑亭”。亭内存放石碑55座，共计唐、宋、金、元、明、清、民国等七个时代所刻。碑文多是皇帝对孔子追谥加封、拜庙亲祭、派官致祭和整修庙宇的记录，由汉文、八思巴文（元代蒙古文）、满文等文字刻写，具有重要的史料价值和艺术价值。
各亭的碑首多有精美的浮雕，碑的下面多以似龟非龟的动物为趺（即“驮碑”）。这种似龟非龟的动物名叫“赑屃”（bixi），据说是龙的儿子。传说龙生九子，各有所能，赑屃擅长负重，所以用来驮碑。碑亭中最早的是两座唐碑，一座是立于唐高宗总章元年（668年）的“大唐赠泰师鲁先圣孔宣尼碑”，一座是立于唐玄宗开元七年（719年）的“鲁孔夫子庙碑”，皆位于上述的第六座金代碑亭中。而最大的一座石碑是清朝康熙二十五年（1686年）所立的，位于上述的第三座金代碑亭内。这块碑高7米有余，重约35吨，加上碑下的赑屃、水盘，总共重约65吨。这座石碑的石料采自北京的西山，在当时的技术条件下，能将此碑安然运抵千里之外的曲阜，不能不使人讶异与赞叹！
第六进庭院的东南、西南方向，各有一片丛林似的碑碣。北墙朱栏内还镶嵌着大量的刻石，均为历代帝王、大臣们修庙、谒庙、祭庙后所刻。从书法艺术的角度来看，有真、草、隶、篆等书体，各有千秋，共放异彩。另有几座石碑从侧面记载了元末红巾军、明代中期刘六、刘七以及明末徐鸿儒等农民起义的情况，是研究农民革命历史难得的珍贵史料。
“御碑”亭院的左右两侧各有一门通往孔庙之外。东门称“毓粹”门，又称“东华”门；西门名“观德”门，又名“西华”门。亭院北面又有三个门横列，将再进院落分作三路。东路进“承圣门”，为孔子故宅和供奉孔子五世祖的地方，有诗礼堂、崇圣祠、家庙、礼器库、孔宅故井、鲁壁等景观；西路进“启圣门”，为祭祀孔子的地方，有金丝堂、启圣殿、启圣寝殿、乐器库等建筑。中路进入“大成门”，即孔庙的第七进庭院。
八、第七进庭院
大成门，是孔庙第七进庭院的大门。“大成”是“亚圣”孟子对孔子的评价，他曾说：“孔子之谓集大成。”（《孟子·万章下》）赞颂孔子达到了集古圣先贤之“大成”的至高境界。大成门面阔五间，飞檐斗拱，有黄色琉璃瓦覆顶，南北两面共有石柱六根，居中两根有深浮雕的盘龙，其余为平雕的云龙。进入大成门，后阶下有一株古桧，高20米，相传为孔子亲手栽植。原树已枯，现在的古桧是清朝雍正十年（1732年）萌发的新枝长成，旁边立有石碑，上刻“先师手植桧”。
迎着大成门而立的是“杏坛”，就是相传孔子讲学的地方。孔子“杏坛设教”的记载最早见于《庄子·渔父篇》：“孔子游乎缁帷之林，休坐乎杏坛之上，弟子读书，孔子弦歌鼓琴。”但是原址在哪里，却未见史料文献记载。宋代天禧二年（1018年），孔子第四十五代孙孔道辅监修孔庙，将正殿后移扩建，以正殿旧址“除地为坛，环植以杏，名曰杏坛”；金代始于坛上建亭，由当时著名文人党怀英篆书“杏坛”二字。杏坛四面悬山，黄瓦朱栏，雕梁画栋，彩绘精美华丽，坛前置有精雕的石刻香炉，坛侧植有几株杏树，每当初春，绿叶婆娑，红花摇拽。乾隆皇帝曾为之赋诗：“重来又值灿开时，几树东风簇绛枝。岂是人间凡卉比，文明终古共春熙。”
“杏坛”向北而望，一座气势高大的殿宇凌空兀立，这就是“大成殿”。大成殿是第七进庭院的中心建筑，也是孔庙的主殿，建在东西宽45米、南北长35米、高2米的露台上。台周以石栏环绕，结体得当，雕工精湛。台分上下两层，下层东、西、南三面共有24个石雕螭（古代传说中一种没有角的龙）首探出露台，扬须怒目，形象生动。台前有大型浮雕龙的两层台阶，雕龙游弋于升腾的云雾之中，栩栩如生，呼之欲出。整个台面平展开阔，祭孔“八俏乐舞”即在此进行。现在，每逢孔子的诞辰（农历九月二十八日），孔庙都要表演“八俏乐舞”。
大成殿高24.8米，阔45.78米，深24.89米，和故宫“太和殿”、泰山“天贶殿”并称为“东方三大殿”。抬头仰望，在双重飞檐之中，海蓝色的竖匾之上，木刻贴金的群龙紧紧团护着三个金色大字“大成殿”。字径1米，为清朝雍正皇帝手书。
大成殿的结构简洁整齐，重檐飞翘，饰以云龙图案，以金箔贴裹，祥云缭绕，群龙竞飞。整座大殿可谓雕梁画栋，金碧辉煌。大成殿的独特之处，尤在四周廊下环立的28根巨型顶擎雕龙石柱，均以整石刻成。柱高5.98米，直径0.81米，原为明代弘治十三年（1500年）由徽州的能工巧匠刻制，清雍正二年后又重新雕刻。其中，大成殿的两侧和后檐的18根石柱为浅雕，以云龙装饰，每根石柱为八面，每面浅刻9条团龙，每柱72条，细心的工匠在石柱上记下了雕刻的龙的总数，共计1296条。前檐的10根石柱为深浮雕，每根柱子上两龙对翔，盘绕升腾，两龙之间雕刻宝珠，四周环绕云焰，柱脚缀以山石，衬以波涛。10根龙柱两两相对，各具变化，无一雷同。刀法刚劲有力，雕刻玲珑剔透，龙姿栩栩如生。这是曲阜独有的石刻艺术瑰宝。据说，清朝乾隆皇帝来曲阜祭祀孔子时，石柱均用红绫包裹，不敢被乾隆皇帝看到，恐怕他因看到孔庙的龙雕超过皇宫而怪罪下来。大成殿的建筑与浮雕艺术，充分显示了我国劳动人民的才华和智慧。1959年，当代著名学者郭沫若曾为大成殿的浮雕群龙赋诗：“石柱盘龙二十株，大成一殿此尤殊。”“天工开物眼前是，梓匠何曾读圣书？”
大成殿内正中供奉着孔子的塑像，高3.35米，头戴十二旒冠冕，身穿十二章（即“十二章纹”）王服，手捧镇圭（古代举行朝仪时，天子所执的玉制礼器），一如古代天子的礼制。孔子塑像两侧为“四配”，东位西向的是弟子颜回和孔子之孙孔伋，西位东向的是曾参和孟轲。再向两侧为“十二哲”，东位西向的是闵损、冉雍、端木赐、仲由、卜商、有若，西位东向的是冉耕、宰予、冉求、言偃、颛孙师、朱熹。“四配”的塑像高2.6米，“十二哲”塑像高2米，均头戴九旒冠，身穿九章服，手执躬圭，一如古代上公的礼制。塑像都置于木制贴金的神龛内，孔子像为单龛，龛前两柱各雕一条降龙，绕柱盘旋，姿态生动，雕刻玲珑，异常精美。“四配”、“十二哲”两位一龛，龛前有供桌、香案以及祭祀时使用的豆、爵等礼器。大成殿的殿外悬挂有10块匾额、3副对联，如门外正中是清朝雍正皇帝题书的“生民未有”的匾额，殿内正中是康熙皇帝题书的“万世师表”和光绪皇帝题书的“斯文在兹”的匾额，殿内南面悬挂着乾隆皇帝题书的“时中立极”的匾额。每块匾额长6米多，高约2.6米，雕龙贴金，精美华丽。
大成殿东西两侧的房子叫“两庑”，是后世供奉先贤先儒的地方。配享的贤儒大都是后世儒家学派的著名人物，如汉代的董仲舒、唐朝的韩愈、明代的王阳明等。在唐朝，供奉的贤儒仅有20余人，经过历代的增添更换，到民国时，多达156人。配享的贤儒原来为画像，金代改为塑像，明代成化年间一律改为写有名字的木制牌位，供奉在一座座神龛之中。
两庑之中陈列着数量众多的历代石刻。“老桧曾沾周雨露，断碑犹是汉文章。”东庑中保存着40余块汉、魏、隋、唐、宋、元时的碑刻，最为珍贵的是“汉魏北朝石刻”，一共22块。西汉石刻，首推“五凤”；东汉石刻，以“礼器”、“孔宙”、“史晨”等碑为隶书珍品；北朝则以“张猛龙”碑为魏体楷模。西庑内陈列着100多块“汉画像石刻”，题材丰富广泛，既有人们社会生活的记录，也有历史故事、神话传说的反映，是久负盛名的艺术珍品。孔庙保存的汉碑在全国是数量最多的，这些石刻内容丰富，既有神话传说的青龙、白虎、朱雀、玄武，又有反映当时社会生活的捕捞、歌舞、杂技、行医、狩猎等场景，是研究我国汉代社会生活的珍贵资料。石刻技法，或细致精巧，或粗犷奔放，各具风格。两庑北部陈列有584块“玉虹楼石刻”，洋洋大观，是清朝乾隆年间孔子的第六十九代孙孔继涑收集了历代著名书法家的手迹临摹精刻而成的。这些石刻原被置放在曲阜“十二府”的“玉虹楼”（是孔继涑的书斋号）下，于1951年移入孔庙，1964年展出，以供书法爱好者欣赏、品鉴。
九、第八进庭院
沿大成殿的回廊向后后转，但见层栏围绕，又一座重檐大殿巍然矗立，它就是孔庙三大建筑之一的“寝殿”（另两大建筑为奎文阁、大成殿），是供奉孔子夫人亓官氏的专祠，也是孔庙的第八进庭院的标志。
寝殿阔7间，深4间，重檐斗拱，黄色琉璃瓦覆顶。寝殿周遭的廊下立有22根浅雕石柱，上雕凤凰牡丹；藻井等处以金箔贴饰团凤，枋檩等处又以金箔贴饰游龙，富丽堂皇，雍容典雅，一如皇后宫室的形制。
亓官氏，礼器碑上作“并官氏”，宋国人，19岁嫁与孔子，比孔子早7年去世。关于亓官氏的情况，古籍上很少有记载，直到大中祥符元年（1008年），她才被宋真宗赵恒追封为“郓国夫人”；元至顺三年（1332年），亓官氏又被加封为“大成至圣文宣王夫人”；明嘉靖八年（1592年），由于孔子改称“至圣先师”，所以她也被称为“至圣先师夫人”。孔子去世后，鲁哀公将孔子所居住的三间故宅改建为庙，每年祭祀，亓官氏即和孔子一起被祭祀。寝殿始建于北宋天禧二年（1018年），在这之前，亓官氏一直与孔子同室奉祀。寝殿早期曾有亓官氏塑像，清雍正八年（1730年）重修时改设神主牌位，上书“圣圣先师夫人神位”，牌位罩有木刻神龛，神龛木雕游龙戏凤，精美异常；在龛前，置有供桌。
