当时，许多朝臣和魏忠贤结交，有的不惜屈膝求荣，甘愿成为他的义子。但当时朝野颇具盛名的东林党人却丝毫不买他的账，还连连上表要求皇帝处治他。东林党人周宗建上书给天启皇帝，指出魏忠贤的不忠不贤。这道上书长达千余字，全篇挥洒淋漓、字字充满正气，尤其是指斥魏忠贤弄权误国的那句“千人所指，一丁不识”，让所有阅读过这篇奏折的人都深为震撼，连魏忠贤本人见到这句话都大惊失色，出了一身的冷汗。
这道上书，标志着东林党人与魏忠贤的对抗从一般的朝野议论发展到政治上的水火不容。魏忠贤当然不甘示弱，他一面布下爪牙暗中监视东林党人，一面通过自己在宫内的关系向皇帝告状，说大臣们藐视朝廷，借指责他魏忠贤来影射天启皇帝昏庸无道。
天启皇帝朱由校本人性格比较懦弱，而且懒散不喜处理朝政，加上他对国家情况的一无所知，所以他很轻易就相信自己身边的亲信，把政务基本都交给他们处理。他的乳母客氏与魏忠贤早有勾结，他们合力阻塞皇帝的视听。皇帝对外界的了解，基本都是他们和他们的手下所做的汇报，让皇帝也失去了判断是非的能力。尽管如此，天启皇帝听说那么多大臣反对一个宦官，虽然不知道整件事情的来龙去脉，还是觉得很奇怪，也没有马上作出任何处理，只是象征性地将上书的周宗建罚俸三个月，想以此平息事端。
但是东林党人没有就此罢手，而是希望皇帝能够彻底查办魏忠贤。于是，左副都御史（御史机构的副长官）杨涟也上奏章揭发魏忠贤的罪行。他在奏章中陈说厉害，指出了魏忠贤的二十四条主要罪状，有理有据，不容置疑。在他上奏之后，东林党人纷纷上书给皇帝要求惩办巨奸魏忠贤，短短数日之中，就有一百多道上书论及此事。
魏忠贤得知东林党人上书的消息，十分震怒，他收买了刺客去刺杀杨涟，但杨涟临危不惧，令刺客为之感动，毅然放弃了杀害杨涟的任务。于是，魏忠贤只好再次在皇帝面前搬弄是非，请求天启皇帝为他做主。
魏忠贤及其党羽给东林党人安上了一个结党营私藐视朝廷的罪名，而且也言之凿凿。皇帝被他们蒙蔽已久，对魏忠贤也是百般安抚，于是下令将三百余位东林党人或免官，或夺回封号，或禁锢终身，剥夺了他们参政议政的权利。之所以没有将他们就地正法，是因为皇帝觉得杨涟等人还算忠臣，而且也听到过一些杨涟等人的事迹，不想草菅人命，加上天启皇帝天生懦弱，怕真的有阴司地狱的报应，所以对杀头的事情能免则免。
天启四年，被贬官的东林党人杨涟和左光斗离开京城准备回乡。谁知魏忠贤又设下一道奸计，他借熊廷弼事件，想查处东林党人贪污受贿的证据再制造罪名。可是结果令魏忠贤大为失望，杨、左二人离开京城时，行李物品甚少，也没有什么值钱的家当，简直和普通的游人差不多。但魏忠贤岂能善罢甘休，命令手下将已经回乡的左光斗、杨涟、周朝瑞、袁化中、顾大章、魏大中等人逮捕，押解到京城审讯。
这些东林党人被送到北镇抚司审问。北镇抚司向来以酷刑逼供著称，这次接到了魏忠贤的指令，更是对杨涟等人大刑逼供，要求他们供认出自己贪赃枉法收受巨额贿赂的罪行，并责令他们在限期之内交出赃款赃物。
这些人都以清廉为世人所称赞，贪污受贿的事情根本就是捏造，但公堂之上是不容分辩的，如果不承认自己有罪，就要严刑拷打，如果承认自己确实贪赃枉法，就要交出一大笔所谓的赃款，也是他们根本交不出的。这几个人就在北镇抚司经受了多日的折磨，审讯中，周朝瑞、袁化中、顾大章几人被棍棒活活打死。
看到奸佞当道、贤良受诬的事实，杨涟悲愤不已，在公堂上对同时被逼供的家人说：“你们回家之后，告诉我的孩子们，不要读书，读书也是对谁都没有用处的！”但这番气话救不了他们，东林党人要求释放他们的上书也被魏忠贤扣下，皇帝并不知晓。
于是杨涟和左光斗、魏大中私下商量，“照现在的情形，如果我们不承认他们所问的罪状，肯定会被打死，那样我们的冤屈也永远不能昭雪了，我们不如先招供，以此作为权宜之计，等到离开这里，将案子交给法司定罪的时候，我们再行翻供，并在公堂上说出魏忠贤对我们严刑逼供、残害忠良、打死我们同僚的事情，法司有我们的好友，一定不会冤枉我们的。”
杨涟的想法，如果是在政治清明的时代，一定是行得通的，因为按照明朝的律法，审讯得出的结果最后都要交给法司定罪发落。而且，他作为御史机构的副长官，对国家的办事程序十分遵守，相信像他们这样的国家二品大员的案子皇帝不会不过问的。左光斗和魏大中听了杨涟的建议，也觉得可行，然后三个人就分别招供了自己“贪污受贿”的罪行。
但是，魏忠贤不会给他们任何的机会翻供。他们招认之后，就要求他们马上交出赃款，可是这三个清廉如水的大臣根本没有那么多钱，于是魏忠贤就指使审讯者严刑逼问三人究竟把赃款藏在哪里或者用到何处了。三人越是说不出，动用的大刑就越残酷，这时他们才知道自己已经没有生还的机会，便傲然领死。
最终，他们被公堂上的棍棒打死，死状惨不忍睹。杨涟死后，用刑者还怕他装死，又用铁钉贯穿了他的耳朵，用沙袋压在他身上，三天之后才上报说杨涟拒不交赃而受刑死去，当时他的尸体已经溃烂流出脓血了。魏大中则在死后六天才从牢中拖出尸体，遗体已经腐烂，上面的蛆虫遍布全身。
魏忠贤用这样残忍的行为向东林党人示威，但东林党并未退缩，而是更猛烈地抨击朝政、揭露他的丑行。他便继续搬弄是非，令天启皇帝相信那些东林党人依旧在攻击皇帝，便拆毁了江南的多处书院，杀害了大批的东林党人。
东林党人的悲剧在于，他们认为士大夫的天职就是惩恶扬善，大臣的天职就是辅助君王“亲贤臣，远小人”，但是丝毫没有想到作为朝中的大臣，他们如果和皇帝所宠信的宦官作对，就难以保全自己的身份，甚至生命。党争，哪怕是自己站在正确的立场上，也需要付出代价，有时候是身家性命。
天启六年，魏忠贤又杀害了高攀龙、周起元、周顺昌、缪昌期、周宗建、黄尊素、李应升七人，史称“后七君子”。东林书院被限期全部拆毁，讲学亦告中止。
曾经掌握朝政的东林党，在短短四年后就被宦官魏忠贤驱尽杀绝，全部覆没，主要是由于他们在掌握政权的时候坐失良机。作为当权的群体力量，他们没有赶快拿出一套行之有效的治国方案，又对阉党丧失警惕，提出了一个“笼络群阉”的错误政策，姑息养奸，试图劝告魏忠贤不要干政，这显然是没有用处的。面对着日益强大的阉党，他们不用武力做后盾，在阉党步步进逼的时候，一味息事宁人，妥协退让。所以很快丧失了在朝中的优势地位，被阉党轻而易举地消灭，成为千古冤案。
明崇祯帝朱由检即位后，惩处了魏忠贤为首的阉党集团。同时昭雪平反东林党人冤案。并下旨修复东林书院。东林党人虽然又一度入阁，但不久，到袁崇焕被捕治罪以后，东林党人又被迫退出内阁。
从表面上来看，明朝的统治者消灭了一群不安分子，保证了当权者的权位，是统治者的胜利，但是这对王朝而言与其说是凯歌不如说是挽歌，像东林党人这样不惜一己安危，用自己的信念和道义来扶持王朝，挽救世道，最后却被他们所信任和效忠的统治者所屠杀。一个封建王朝到了靠屠杀忠臣以维持一时的所谓“稳定”时，这个王朝的末日也就来临了。
万历皇帝（包括之前之后的一些皇帝）利用宦官掌握政权，打击奉法的士大夫，一些有识之士纵有忧国忧民之心，也束手无策。明朝皇帝可以说是自毁长城，难怪清人断言明朝不是亡于崇祯而是亡于万历。
