就在这个时候，“贝格尔”号上发生了一件事，令人极为痛心：当时寒热病正在流行，有三个人和其他船员一起乘快艇到马卡去打了一次田鹬，这三人回来后就染上了很严重的寒热病，很快就死去了。达尔文和他的伙伴们在热带航行时遇到了许多困难，这次是比较严重的一次，一下就失去三个人的性命。
达尔文在此期间，还结识了几位曾经到过南美洲其他一些地方的商人。达尔文向他们打听关于南美洲其他一些地方的生活条件和自然条件的事。达尔文很想去参观这些地方，但最终还是没能成行，因为“贝格尔”号快要起航去别的地方了。
就在他们快要离开的时候，碰上了圣者胡安婚礼日前夕的庆祝活动，他们十分愉快地观看了这里人民的庆祝活动，居民们燃起篝火，放焰火、燃爆竹、鸣枪炮，非常热闹。
7月5日，在其他军舰鸣放的友好送别礼炮声中，“贝格尔”号终于离开了这个热带地区，离开了这个到处都有没开发的地方。“贝格尔”号转向南方气候温和的地带行去，那里的海岸覆盖着一些草本植物，应该又是一个新的天地。
离开巴西后的航行很不平静，汹涌澎湃的大海用它的惊涛骇浪击打着这艘军舰，这使达尔文又遭受到刚出发时的那种痛苦。不过，令他欣慰的是，他终于看到了逆戟鲸，还观赏了被人们称为“开普小鸽子”的小海燕，以及口齿锋利的抹香鲸。
7月25日，“贝格尔”号到了一个小海湾，这地方叫约德拉普拉塔。这里的水很平静，但却又红又脏。
26日，“贝格尔”号来到蒙得维的亚海湾，军舰停泊后达尔文赶紧上岸去了解当地的情况。在城旁的一座小山顶上，达尔文看到了一望无际的绿色草原，一群群牛羊在草地上吃着草。在这辽阔的土地上，达尔文一边散步，一边观察，在这里，他第一次看到美洲鸵鸟。达尔文还去了蒙得维的亚远郊，他是去那儿收集标本的。在那里，他收集到一些自己喜爱的甲虫，猎获了一些美丽的蛇和蜥蜴，还打死了一只重四十五公斤的水豚，它属于啮齿类动物。
一路上这么多的收集品，他是怎么处理的呢？他及时地把这些东西包装好。其中重要的一部分搜集品寄给了剑桥的汉斯罗，还有一部分寄到了施鲁斯伯里家里。
在这里停了几天，“贝格尔”号便离开了，为了对海岸进行观察，军舰沿着海岸向南驶去。就在航行的时候，天气变了，原本晴朗的天空，很快变得阴云密布，狂风暴雨相继而来。
在这种天气下，无法进行测量，一连六七天都是这种天气。迫不得已，“贝格尔”号最后驶进一个比较安全的港湾——布兰卡海湾。在这里，菲茨·罗伊认识了一位捕海豹的船长——小帆船船主哈里森。对港口的情况，哈里森非常熟悉，在他的指引下，“贝格尔”号到了一个更安全的停泊处，有一只小帆船已经停泊在那里，那帆船是哈里森的。沿着通往居民区的海湾，“贝格尔”号艰难地沿着支流逆流而上。在这里，达尔文第一次见到了高楚人。因为天气恶劣的原因，菲茨·罗伊舰长和船员们的勘察工作开展得很艰难。为了工作，菲茨·罗伊还自费租了一些小帆船，以便坐上这些船进行勘察。
这里的郊区有一条长满了青草的沙丘，郊区的前面就是潘帕斯草原，达尔文有时会来郊区旅行，但他是带着枪的。这里的人经常捕猎，主要捕鹿、鸵鸟和刺鼠，这些都属于尖嘴大啮齿动物。高楚人捉鸵鸟是用绳索锤——系在一根长绳上的几个沉重的球。达尔文没有用这种方法，而是骑着马去打猎，高楚人听说他骑马打猎不禁捧腹大笑。果不其然，他的马最后像鸵鸟一样被绳索锤套住。虽然这次打猎没打到什么，但达尔文还是极为幸运的，因为他发现了骨化石。在一个叫彭塔阿尔塔的地方，达尔文找到了一些巨大动物的化石的遗骸、颅骨以及许多贝壳。
彭塔阿尔塔在海湾周围，虽然这里风景不太美丽，但这个地方海水平静，天气晴和。第一次来这里，达尔文是和菲茨·罗伊等人一起航行过来的。达尔文在这里发现了山岩，并在里面看到了贝壳化石和骨化石。达尔文正准备仔细研究，天公却不作美，不但刮起了暴风，还下起了暴雨。没办法，他们只得返航。但这里的化石已经深深地吸引了达尔文。第二天，他想办法又来到了这里。这一次，在含石灰质少的岩石中，他挖掘出了一个大型动物的头骨，这使他极为高兴。虽然他花了差不多三个小时才取出这个头骨，但他觉得很值得。这是一个与犀牛很相似的动物颅骨，现在属于古代有蹄类的箭齿兽头骨这一类。他把它弄到舰上，忙活完的时候，天早就经黑了。次日，他又来到这里，又发现了几个化石。等他再想来的时候，又出现了连续多天的恶劣天气，他暂时只能先停了下来。一直到10月8日，天气才有所好转，达尔文匆匆吃过早饭，又去了那里。这次他挖出了一个颌骨，根据这个巨大的颌骨上的牙齿，他确定这就是居维叶所确定的树懒科中的大懒兽的颌骨化石。
停泊期间，他还抓住过一条蛇，根据以往的经验，他认为它是条毒蛇。这条蛇的尾端有一部分能发出响声，这一部分像响尾蛇的发响器一般坚硬地突出着。他还捡到过美洲鸵鸟蛋，鸵鸟蛋很重，起码是一只鸡蛋的十倍重。
“在贝格尔”号快要离开布兰卡港的时候，达尔文又去了一次彭塔阿尔塔，他想看看那里还有没有别的什么。达尔文后来自己又单独访问了这里，并挖掘出一些骨化石。
10月17日，“贝格尔”号离开了布兰卡港，驶向蒙得维的亚。
在大海的辉煌灿烂的阳光照耀下，“贝格尔”号急速向蒙得维的亚驶去，在强劲的顺风作用下，二十五日抵达了那里。在这几天的海上航行中，达尔文阅读了国内寄给他的大批信件和报纸，当然，他也不会忘了把化石以及其他的一些搜集品寄给汉斯罗。
“贝格尔”号很快来到布宜诺斯艾利斯，这个大城市的街道相交成直角，每座房屋都有一个平顶凉台，规划得不错，但市内却很脏。在这里，达尔文参观了大教堂和博物馆。离市区三十公里远的地方，有一个英国人的领地，他去了那块被绿草地包围的领地旅行。这里的草地，被一种叫“鼫”的啮齿动物挖的到处都是洞，弄得这里坑坑洼洼的，不过，鸱鸮会在这些洞里栖息。
高楚人的美丽服装和当地妇女的走路姿势令达尔文很欣赏，她们头发上别着一个大梳子，身上披着丝织披巾，走起路来不禁好看，还显大方。
达尔文在这里还参观了一个剧院，使他感到奇怪的是，他注意到剧院里的座位是按性别设的：男人们坐在正座，妇女则不能坐在正座，她们的座位是专门设置的楼座。
不久，“贝格尔”号离开了布宜诺斯艾利斯，又到了蒙得维的亚。在那里停泊的时候，达尔文做过几次骑马旅行和徒步游览。
11月28日，“贝格尔”号后向火地岛开去，为了勘察工作，还带了几只小帆船。到了这里，那几名火地岛人就能回到故乡了。
到火地岛的这段行程，虽然大部分都风平浪静。但还是遇到了几次暴风和逆风，还有大雾，天气也越来越冷，这些都影响了航行速度。
12月15日，经过麦哲伦海峡的入口处，“贝格尔”号继续向南。海岸由此开始也变得不再单调和荒凉，在这里能看到悬岩峭壁上长满了灌木丛和树木，后面是屹立着的高大雪山。
12月17日，从东面绕过了东火地岛的顶端——圣迭戈角，“贝格尔”号停泊在好结果湾。也只有停泊在这里，才能躲避从山上突然刮来的暴风。看到“贝格尔”号，岛上的居民高声喧哗起来。
火地岛四周都是阴暗的森林，这里被称为野人的故乡，也就是在这里达尔文第一次清楚地看见了野人。
在“贝格尔”号驶进好结果湾时，一群火地岛人坐在一座悬崖顶上，发出了我们听不懂的叫喊声。这些野人身材都很高大，皮肤是赤铜色的，他们披着用羊驼皮做成的斗篷，驼毛向上。他们长发飞舞，头发又长又直，双手有时候会在自己的头部周围野蛮地转动。他们的脸上画有两条横带纹：一条是红色的，从双耳到嘴边；另一条是白色的，在眼睛的上边。他们看起来好像是另一个世界中的人。他们发不出清晰的声音，喉音很重，含糊不清，还带着咔嚓的响声。他们的表情既带着可怜、柔顺，又有恐惧、惊慌。这些野人给达尔文留下非常深刻的印象。
其实，科克船长早在他的第二次环球旅行时就说过，与其他一些国家的部落相比，火地岛人的文明程度是最低的。但正如菲茨·罗伊已经做过试验（他上次航行时，从火地岛带走三个人，并教会了他们人类的文明，这次航行的时候又把他们带回来了。），火地岛人也是能够接受文明的，而且表现得非常积极。
火地岛人之间互相联系是靠在海岸的高地上烧起烟火信号，火地岛因而得名。火地岛多山，这里有层峦叠嶂的群山，群山之间有一些很深的河谷，给人一种神秘的感觉，上面长满了大片森林，茂密的森林长满了那里的山崖。在海拔五百米以内，山上全是森林；在海拔一千米以内，山上出现一条积雪带。阴暗的森林里到处是山毛榉，地上堆满了大量腐烂的小叶植物，很软，经不起人的重量，踏上去人就会下落，所以别指望穿过森林。达尔文觉得，火地岛在某种程度上很像热带森林，大量已经死去的植物和正在生长的植物混合在一起。登上附近的一个山顶，达尔文看着整个火地岛，被它那壮丽而又怪异的景象所震撼。
这里的空气给人的感觉也是阴沉的，气候更是恶劣，总是接连不断地刮风、下雨、降冰雹、飘雪花。“贝格尔”号本想绕过合恩角，因为这里经常出现风暴和烟雾，但暴风雨夹带着冰雹异常凶猛地袭过来，舰长只好下令停下来。这场暴风雨毁坏了“贝格尔”号上的一只小船，达尔文的搜集品受到了严重的损失，因为舰上进了好多雨水，这使所有用来包装晒干的植物标本的纸张，几乎全部毁掉，大部分植物标本随水而去。
“贝格尔”为了避开暴风雨，被迫转向棚屋港。这里也是火地岛人的住处，但条件极为简陋。几根树枝插进泥土，上面随便覆盖几束干草和芦苇，就成了他们窝棚一样的住房。男人们的胸口用绳子系着几块小兽皮，刚刚可以遮盖住背部，这就是他们随风飘动的衣服。还有一部分火地岛人在小船上打鱼，那些人不管春夏秋冬，一概赤身裸体，就连女人也这样，所有的人都披头散发，行为举止毫无文明之态。
