之前有一种动物灭绝的“灾变说”，在这里，他提出了反对意见。他说不能用一次突然的灾祸来解释动物的毁灭。他举例说，就像人类要消灭一种动物，只会使这种动物逐渐减少。那么自然界的任何一个物种绝灭不单单是因为某场灾难，而是因为它们天敌的数目增加了。人们已经习惯一些物种经常见到，而另一些物种却不常见，而对此一点也不惊奇。难道就不能假设，很少见到的那种动物正在预示着要完全绝灭吗？他总结道：“假设一个物种的不断减少总能预示着它即将灭绝，而且对这种现象一点也不吃惊，还要用某种超自然的东西来解释的话，而当这个物种真的消失了，才恍然大悟，这就像：本来一个生病的人的病症已经预示着他要死亡了，但人们对病症本身却丝毫不感到惊奇，当有一天这人死了，才觉得怎么会这样呢？而且很可能还会揣测说他死于暴力袭击。”
对于加拉帕戈斯群岛的生物问题，在第二版里，他在虎克整理加拉帕戈斯群岛的成果里加进了一些东西，……并用了大量的例子来说明这些结论。
结尾时，达尔文写道：“经过查阅资料，结果使人吃惊：在这些光秃秃、到处都是岩石的小岛上，创造力是惊人的。但还有更令人吃惊的事情，那就是这种力量的作用在完全相同的情况下，距离还是那么的接近，却呈现出多种多样的结果。我曾说过，加拉帕戈斯群岛可以被认为是美洲的卫星岛，应该说是美洲的卫星群。它们外观相似，而内部器官却不同……”
达尔文在这里没有过多地把自己的理论写进去，因为他认为时机还不成熟。因此，在修改方面也很小心，只是在一些事实和论断方面表示了自己的怀疑。他还认为，像“创造”和“创造力”这些词汇都是不能轻易改动的。
修改完之后，达尔文把它命名为《一个博物学家的日记》，然后出版了，作为送给赖尔的礼物。他承认《日记》以及其他著作的主要科学成果的取得，必须感谢对《地质学原理》的研究。
之后，达尔文写信告诉赖尔关于献礼的事情，接着他又给赖尔写信，说赖尔刚出版的《美国旅行记》中对奴隶制的论断令他非常愤慨，这使他彻夜难眠。估计赖尔很快就给达尔文回信了，并且证明自己对奴隶制的看法是正确的。因为达尔文后来又写信给赖尔表示自己非常高兴，而且补充了一些内容。他还说，希望赖尔对奴隶制的厌恶情感，应该在其他著作中也有所表现。
在此期间，一本没有署名的《创造的痕迹》在英国出版，书中以新形式阐述了进化思想。这本书引起了达尔文的注意。这本书分两卷，而且是分两次出版的。第一卷在1843年出版，第二卷在1845年出版。在第一卷里，作者综合整理了各地质时期的古生物化石的大量资料；在第二卷里，他也极力主张生物界自然发展的理论，并用大量的自然科学事实来证明这一发展规律。作者知道，这本书会引起宗教界的仇视，而他又不愿意得罪这些人，所以又说他不反对上帝和上帝的意志，只是不同意“一切都是注定的”的说法……不过，他也坚持说：“我们越来越清楚，生物界的发展……主要是由时间决定的。”
和拉马克观点一样，《创造的痕迹》的作者承认“自然进程理论”，……但又指出“万能的上帝使各种植物呈现各种形态分布”。
本书的作者呈现的其他一些论断很多同样是不科学的，而且是没有理由的空想。但为了证明动物的发展情况，他也引证了胚胎学和古生物学的资料，展现了类似生物遗传学的东西，他说，人是经过鞭毛虫、毛虫、鱼、两栖动物、鸟和低等哺乳动物等阶段发展演变而来的。他认为，在蛋白质内，因为某种电的作用，先形成一个有核的小胞，而后继续扩大，最后形成各种动物。这些都源于两种因素：发展的愿望和适应的动机。他还认为灵长目动物和人的祖先是蛙，因为蛙的后腿有小腿肚。
这本书的作者叫詹博斯，一个很受欢迎的苏格兰政论家。他对拉马克的理论采取鄙视的态度，但自己的内容又较肤浅，达尔文在地质学会会议上曾见过这个人。在会上，这个人就达尔文研究的罗埃河谷的“平行阶地”进行了演讲，就这样两人取得了联系。关于作者身份，是四十年后才真正大白于天下的，那时达尔文的学说已经完全被世人接受了。不过，达尔文说，书一出版，他就知道出自谁手。詹博斯还寄了一本新版的《创造的痕迹》给达尔文，达尔文写信给虎克：“我就知道作者是詹博斯”。这本书引起了两方面的强大反响：一方面，荒诞怪离的空想引起了很多读者的极大兴趣，要求再版；另一方面，遭到了不少博物学家一致谴责。因此，进化思想的声誉被《痕迹》作者就这样给败坏了。因为很多人以为，要成为物种变化、进化的拥护者，即成为一个真正的“演变论”人士，只要胡乱猜想就够了。有詹博斯这样的人，肯定是博物学界的不幸。每当有人对达尔文的理论进行评论时，达尔文都得怀着忐忑不安的心情来看。因为这些原因，达尔文也不再急于写关于物种的书了，并且推迟了出版的时间。他给虎克信说：“当时他被思维清楚、敏锐的博物学家的舆论包围着，如果不处理好，就会一败涂地。”
完成南美地质学后，他说：“出版了一些动物学方面的书，效果还不错！现在该出版关于物种的书了。”当年在智利海岸时，他曾经找到了一类蔓足目类型的蟹，这种蟹会钻到其他蟹的甲壳里。后来，他还专门为这个新形态立了一个科目。
蔓足类或蔓足目蟹是极为奇特的动物。它们的幼虫属于大海生形态，也属于低级甲壳纲，是无节幼虫的典型六条腿浮游形态的代表。它后面长着很多小腿，后来变为更为复杂的幼虫。幼虫的身上长出两片鳞，好像一个介形目的小蟹，它用触须把自己固定在一个培养基上，再次发生蜕变，成为“固定”动物。后来，它的小腿长成触须一般，因此命名为“蔓足目”，而这些小腿也是它们进食的工具。几块甲壳覆盖在鳞上，有的好像石灰质薄片围绕起来的样子。在激浪地带，被大量的胶状物质固定在陡峭的海岸上的海中橡实就是这样。为了弄清这些新蔓足动物的构造，也为了弄清与其他蟹类区别，他开始解剖和研究其他常见的蔓足目形态。为完成这部著作，他花去了八年的时间，远远超过了他预期的几个月。
因为达尔文的这种顽强和细致的工作方式，他的孩子们误认为任何人都在研究这类生物。有一次，他的一个孩子问庄园的邻居：“你在哪里制造海生橡实？”
但不管怎样，这部著作的结果显示了它根据是充分的、资料是翔实的。它共计两卷，单正文部分，即使排得很密，也有一千多页，这还没计算蔓足目各种古生形态的补卷。他还附上了大量的插图和图表。而索引十四页。尤其是校对同物异名的工作非常费时和费力，为此达尔文请教了动物学家司却克兰。
