地下出土物是探寻生肖鼠踪迹的另一途径。
世界上最早的啮齿类化石发现在5500万年前的北美最晚古新世，叫副鼠。它的起源直到如今还不十分清楚。有人认为可能起源于类似更猴的原始灵长类。理由是这些灵长类有大门齿，颊齿退化，形态貌似。因为北美这类灵长类化石多，所以认为啮齿类可能起源于北美。古生物学专家认为上述推测并无更多的化石依据。
20世纪70年代，在我国安徽潜山县古新世中晚期地层里，发现了一种名叫东方晓鼠的化石。它是亚洲所特有的宽臼齿类，有一对大门牙、退化的颊齿和可能具有雏形的啮儿异步的机能，与啮齿类极相似。科学家认为：“东方晓鼠的发现对啮齿类的起源问题犹如东方旭日，朦胧欲晓了。”东方晓鼠化石的发现，引起了国内外学者的极大兴趣。据报道，在1979、1980年法国出版的古生物书刊中，在1980年美国匹兹堡举行的早期啮齿类进化国际讨论会上，都肯定了东方晓鼠与啮齿类起源的关系。专家认为，晓鼠不可能是啮齿类的直接祖先，但至少可以说，啮齿类可能起源于近于晓鼠类的鼠形动物。而近年在湖南衡东县早始新世（5000万年前）地层中发现的钟健鼠的完整骨头，就更加证实了这种推论。
鼠类的遗骸，在新石器时代的各地遗址中常有发现。考古学家认为，由于鼠个小且骨骸纤细，粗心的发掘者可能不留意，或者发掘后没有来得及鉴定，因而资料不是很多。就近年出版的陕西地区仰韶文化遗址的发掘报告看，在西安半坡、临潼姜寨、宝鸡的北首岭和福临堡，都有鼠类遗骸被发现。
西安半坡新石器时代遗址发现的哺乳动物有偶蹄类的猪、牛、羊等，食肉类的狗、狐、狸等，奇蹄类的马，啮齿类的竹鼠、田鼠，等等。上述动物群中，有一类是“驯养的或可能是驯养的”，如狗、猪、牛、羊、马；有一类是“捕获来的”，或吃它们的肉，或用它们的皮，如斑鹿、竹鼠、野兔等。还有一类是穴居生活的，在人的住地生活，如獾、貉、田鼠等。
西安半坡的各考古地层中差不多都有竹鼠存在。考古学家认为，半坡的竹鼠属中华竹鼠。中华竹鼠分布于我国甘肃南部、陕西秦岭、湖北和安徽大别山一带。据资料，竹鼠生活在竹根旁，每胎生3-8幼仔。其身长约30-40厘米，身肥，皮毛温暖，肉鲜，可食。其脂肪可制竹鼠油作外敷药用。竹鼠以竹根为食，半坡遗址出土大量竹鼠，说明在新石器时代，半坡附近一定有大片竹林，气候一定比现在湿润温暖。竹鼠不是家畜，作为半坡人类的捕获对象，竹鼠的肉可吃，皮可用。考古学家发现，竹鼠门齿很大，坚硬异常，尖端还有锐利的切刃，是一种有代表性的啮齿动物。竹鼠这类动物，现在主要分布在长江流域一带，最北也只到陕甘南部。半坡竹鼠的发现，证明人类的居住环境有过极大的变化。
姜寨新石器时代遗址位于陕西临潼县境内，在数千种动物骨骼中，啮齿类动物28件，占总数的0.81%，包括中华鼢鼠和中华竹鼠两种。据报道，鼢鼠和竹鼠都是穴居，前者出土层位靠近地面，很可能是后期侵入遗址的。中华竹鼠在半坡、北首岭及殷墟均有报道，说明在新石器时代，这类动物广泛分布在黄河流域中游，而目前在关中平原已经没有了，从而证实姜寨遗址一带的生态环境在近几千年中确实发生了变化。这种变化与气候和人类的开发都有关系。
据资料，姜寨出土的动物骨骼，除极少数（两枚出自墓葬的猪牙和七件出自瓮棺葬的麝鼹骨骼）是随葬品外，绝大部分出自窖穴、灰坑、壕沟及当时的地表，是姜寨人曾经储存或者食后扔弃的食用动物的遗骸。姜寨出土的29种动物，如按它们和人的关系可分两大类，一是经驯养的，如狗、猪、牛等；另一类是野生动物。还有一小部分是由于其本身的穴居习性，在遗址废弃后进入遗址所在地的，如中华鼢鼠便是。
竺可桢根据半坡、殷墟遗址动物群中有大量竹鼠，山东历城龙山遗址中发现炭化的竹节，以及殷墟甲骨文中有关下种日期的记载，推断“自五千年前的仰韶文化以来，竹类分布的北限向南后退纬度1-3度。”
北首岭遗址位于陕西宝鸡市区内，在1958-1978年间的历次发掘中，出土了大量动物骨骸。经鉴定有兽类等5大类21个种，其中就有中华竹鼠和中华鼢鼠。专家认为，北首岭的动物群与半坡、姜寨等时代相当的遗址中出土的动物种类很相似。按动物地理区划分，北首岭属于华北区的黄土高原亚区，是森林草原环境。这里的中华竹鼠，在渭河平原上的仰韶时代遗址中，有较多的发现。这种中华竹鼠现代在本地区减少或绝迹，很可能是这个地区人类文化活动较早，经过长年开垦农田，天然森林减少，使动物的分布受到影响。
在考古发掘中，大量发现鼠遗骸的事例，首推1968年河北满城陵山西汉中山靖王刘胜及其妻窦绾墓中的发现。在刘胜墓中的1：3502号陶瓮中，发现有130多只岩松鼠和4只黄鼬的全身骨骼，还有许多社鼠的骨骸，经鉴定是社鼠和褐家鼠，仅2：2205号罐中就有百只之多。特别是在南耳室放的一件有盖的2：2024号陶壶中，储藏的鼠有百只左右，全身骨骸保存完整，有社鼠、褐家鼠和大仓鼠三种，以社鼠为多。据报告作者分析：“历来发现的汉墓中，把鼠类作为随葬品，这还是第一次发现。关于吃鼠肉的习俗，战国时代已有记载，当时居住在河南洛阳一带的周人，曾把未腊过的鼠肉称为‘璞’，并拿到市场上去卖。所以，壶内盛放鼠肉，可能是作为食品随葬的。”
我们在上文介绍新石器时代出土的鼠遗骸时，指出半坡、姜寨、北首岭等遗址出土的中华竹鼠、中华鼢鼠，经鉴定是作为食物被储存，或食用后被扔弃的，人类以鼠为食已经有了十分悠久的历史。然而，以鼠作为食品陪葬，这种有意识的行为是在灵魂观念出现以后才有的。据考古学家的发现，在广州象岗西汉南越王墓发掘中，也曾在东耳室的铜提筒中，发现有鼠类骨骸，经鉴定为竹鼠。
由于鼠与人关系密切，我国先民很早便制作鼠形的装饰品和艺术品，考古学家宋兆麟收藏的一只战国时期鄂尔多斯的青铜鼠，是一个可以佩带的挂件，可能有求吉辟邪的作用。1976年陕西兴平县出土了一件可能是西汉时期的铜鼠吃葡萄，这件精致的青铜鼠塑长13.3厘米、高3.4厘米，四肢蜷曲，肥胖的身躯团成弓状，长喙前伸，大口暴张，正吞食眼前的一粒葡萄状食物。它短耳上翘，小眼圆瞪，长尾后扬，十分生动活泼，表现出汉代匠师高超的写实功力，是我国古代杰出的艺术品。
