第一节 章学诚的思想
乾嘉时期，汉学成为学术思想界的主流，有些知识分子把毕生精力都投入到经学的训诂考据之中，再次形成了烦琐的学风。当时有人对这种学风提出批评，最著名的代表是章学诚。
章学诚（公元1738～1801年）字实斋，会稽（今浙江绍兴）人，章学诚的父亲章镳为乾隆年间进士，做过湖北应城知县，罢官后家贫不能归。章学诚自幼体弱，学习迟钝，21岁以后才纵览群书，尤好历史。23岁时出游北京，曾肄业于北京国子监。后又从朱筠学文章，并先后担任国子监编修、典籍。41岁中进士，但并未作官，先后主讲定州、定武、肥乡等十余个书院，并参加毕沅主持的《续资治通鉴》、《湖北通志》的编纂工作。晚年归老于浙江。
章学诚最重要的著作是《文史通义》八卷，《校雠通义》古代称校勘图书为校雠，实际上是目录学的代称，旨在“辨章学术，考镜源流”。三卷。可惜上述两部著作皆在章死后多年才刊刻，其思想在当时并没有得到广泛流传。
章学诚对“专门汉学”的批评，主要表现在以下三个方面。
第一，他强调学术的宗旨和目的在于实用，反对趋时好名、为学术而学术的风气。他说：“世之言学者，不知持风气，而惟知徇风气，且谓非是不足邀誉焉，则亦弗思而已矣！”（《文史通义》内篇二《原学》下）这里所说的“风气”是指学术思潮而言。章学诚认为“风气”是循环发展的，在风气面前，学者必须有自己的独立见解，“持世而救偏”。他批评当时学术思想界“趋时好名，徇末而不知本”，所谓“本”即为学的根本和目的。他认为学问以切己有用为目的，好比衣食是以饱暖为目的。汉学学者夸多斗靡、炫耀渊博的学风不切合实际：“今不知为己，而鹜博以炫人。天下闻见不可尽，而人之好尚不可同，以有尽之生，逐无穷之闻见，以一人之身，逐无端之好尚，尧舜有所不能也。”章学诚认为求学的根本目的是“明道”。他说：“古人本学问而发为文章，其志将以明道。”（《文史通义》外篇三《与吴胥石简》）他特别指出，应该把“学”的宗旨标明，不能认为“著书”就是学；他一再指出：“古人以学著于书，后人即书以为学。”（《文史通义》外篇三《与林秀才》）他认为学以明道是目的，而著书考据只不过是手段。他把目的和手段称之为“学”和“功力”。指出二者在方向上虽然相同，但并不就是一回事。学问非凿空臆断之事，故“不可以骤几”，它必须以“功力”为手段，去逐步通过知识的积累而达到，但积累并不是学的目的，就好比用粮食酿酒，无粮食无以为酒，然以粮食为酒则大谬。
第二，他批评“专门汉学”笃守经传训诂，眼界狭小，提出“六经皆史”的观点。汉学家穷毕生精力于经传的训诂考证，他们之中的佼佼者虽有“由字以通词、由词以通道”之说，但是绝大多数的汉学家把训诂考据当作“道”。章学诚对此说了以下一段有名的话：
道不离器，犹影不离形。后世服夫子之教育自六经，以谓六经载道之书也，而不知六经皆器也……彼舍天下事物、人伦日用，而守六籍以言道，则固不可与言夫道矣。（《文史通义》内篇二《原道》中）
可见，“六经”不过是言道的工具（器）之一，最根本的道，还是在天下事物、人伦日用之中。由引而言，“六经”之外，同样可以有载道之具。他认为道既可以在“六经”中，也可以在诸子百家中，诸子的产生如同六经都是历史发展的结果。“六经”不过是先王政典，因此也不过是历史的总结和记录。他提出“六经皆史”的观点（见《文史通义》内篇一《易教》上），他说：
古之所谓经，乃三代盛时典章法度见于政教行事之实，而非圣人有意作为文字以传后世也。（《文史通义》内篇一《经解》上）
章学诚肯定诸子百家之学与提倡“六经皆史”，其目的在于打破汉学家对“六经”训诂的株守，同时也使他的“学以明道”的思想更加具体化。“学以明道”的思想是明清之际进步思想家经世致用思想的继续，在当时的学术风气下，这种观点不可能实施，章学诚本人一生也只是做学术理论的研究与修志的工作。但这种思想对以后的魏源、龚自珍都产生了一定影响。
第三，章学诚批评汉学家在研究方法上的循规墨守，主张独立思考。他说：“近日学者风气，征实太多，发挥太少，有如桑蚕食叶，而不能抽丝。”（《文史通义》外篇三《与汪龙庄书》）章学诚对这种学风提出了严厉的批评，称之为“德之贼也”。主张学术研究中要“全其所自得”。
章学诚从以上三个方面批评专门汉学，其学术思想，是在对汉学的批评过程中建立起来的。
章学诚学术思想的基本出发点是“明道”，其著作《原道》上、中、下三篇，成为其学术思想的指导原则。
章学诚所谓道，不是圣人的经训，而是客观事物的法则。他说：“道者，非圣人智力所能为，皆其事势自然，渐形渐著，不得已而出之，故曰天也。”（《原道》上）关于学术与道的关系，章学诚认为：学术是自然事物与人事的描绘和记录，当自然事物与人事随着历史而消浙以后，它们就以学术的形式而被保存下来，道也就体现在其中，即所谓“学术当然，皆下学之器也，中有所以然者，皆上达之道也”（《文史通义》外篇三《与朱沧湄中翰论学术》）。章学诚以此论证了“六经皆器”。并依此而进一步提出“即器以明道”。但所谓器也并非只限于六经，而是记载天下事物与人伦日用的一切学术。“学术当然，皆下学之器也。”明道者只有对学术作全面综合的考察研究，才能了解其中的“道”。
章学诚十分重视古代的学术遗产，强调进行贯通的综合研究。他说：“天下之言，各有攸当……读古人书，不能会通其旨，而徒执其疑似之说，以争胜于一隅，则一隅之言不可胜用也。”（《文史通义》内篇四《答客问》）章学诚强调“会通”，反对死记硬背古人的言论。“通今”是章学诚学术思想的又一条重要原则。他说：“君子尚有志于学，则必求当代典章，以切于人伦日用，必求官司掌故，而通于经术精微，则学为实事，而文非空言。”（《文史通义》内篇五《史释》）其所谓“通今”是指学问之道要对当前的现实有所补益。
章学诚还从学术发展史的角度，说明学术应因时而变，以强调“知时”的重要。他说：“学业将以经世也……其前人所略而后人详之，前人所无而后人创之，前人所习而后人更之……要于适当其宜而可矣。”（《文史通义》外篇一《淮南子洪保辨》）这里的“详之”、“创之”、“更之”说明了学术因时代的发展而进步，因此必须注意时代的发展。
章学诚注重现实，反对“专于诵读而言学”（《文史通义》内篇二《原学》上），主张“必习于事而后可以言学”。这种观点，是对明清之际注意习行思想的继承。他把习行当作验证知识的重要手段，指出：“极思而未习于事，虽持之有故，言之成理，而不能知其行之有病也”。因此他强调学术研究也必须以习行来验证。
章学诚对专门汉学的批评及其学术思想的产生，从学术发展史的角度看，受到了明末以来浙东学者黄宗羲、万斯大、万斯同、全祖望等注重史学研究学风的影响，章学诚自己也有对“浙东之学”的评价，说“浙东之学，言性命必究于史”（《文史通义》内篇五《浙东学术》）。浙东学者主张通过史学的研究以达到经世的目的，他们在史学研究方面也确实有很大的成绩。章学诚继承了他们的传统，而更加注重史学理论的探究，丰富了浙东史学思想的内容。
章学诚学术思想的出现，预示着汉学思潮已经出现了学术思想上的危机，它必须有所发展，才能求得生存。
第二节 专门汉学的后期发展及汪中的思想
“专门汉学”在戴震之后，有了新的发展，总的表现是：很多学者已经突破汉代经学传注的束缚，具有更加求实的态度，对古代经典的研究也更加深入了，辨伪、辑佚、校勘等工作更加完善和周密；同时，编书、刻书、藏书等方面也形成较完整的规模和系统。学者的研究范围也扩展了。例如汪中用很大精力整理研究先秦诸子，阮元重视金石及铜器铭文，认为可与《九经》并重；焦循、刘毓松等人将研究领域扩展到词典、戏剧、古代谣谚方面等等。特别是这一时期在自然科学研究方面，无论深度、广度都较以前大大提高了。如天文算学方面，继梅文鼎、李锡阐、江永、戴震之后，李、焦循、阮元等人，都有较高的造诣。阮元编著的《畴人传》46卷，是一部历代天文、数学家的学术传记体著作，具有科学史的价值。
上述情况，构成这一时期思想史发展的学术土壤。我们通过介绍汪中、焦循、阮元来展示这一时期思想史的概况。
汪中（公元1744～1794年）字容甫，江苏江都（今扬州）人。汪中出身于贫寒的读书人家庭，七岁丧父，十几岁时入书店当学徒，得以博览群书。经过艰苦自学，卓然成家。汪中一生著述不少，其中最有代表性的是《述学》（包括内篇三卷，外篇、补遗、别录各一卷），其他大部分著作收入《汪氏丛书》。
汪中的社会思想，表现了他对于社会下层人民的同情，特别是对妇女的同情。他提出过一些乌托邦式的社会幻想，这些都带有市民意识的特点。《哀盐船文》是汪中上述思想的一篇代表作。记叙了仪征（今江苏仪征）沙漫州盐船失火，“坏船百有三十，焚及溺死者千有四百”的景况，发出自己的感慨。这篇文章在当时产生了反响，著名学者杭世骏为之作序，称其“惊心动魄，一字千金”。汪中在此文中写道：“人逢其凶邪？天降其酷邪？夫何为而至于此极哉？！”表露出对人民的同情，以及对统治者草菅人命的不满。其他如《狐女之盗颂》等短文，也表现了上述思想感情。
汪中揭露封建礼教对妇女的压迫，撰有《女子许嫁而婿死从死及守志议》，指出：“许嫁而婿死，适婿之家，事其父母，为之立后而不嫁者，非礼也……其有以死而殉者，尤礼之所不许也”（《述学》内篇一）。所谓许嫁，是指正式订婚许配而未正式出嫁。汪中举出当时人袁枚及郑文虎两家的例子：袁枚之妹以及郑家婢女都曾自幼许嫁他人，但她们的夫婿皆是玩世不恭的浪荡公子，二女明知如此，却不愿改图，结果出嫁后，都遭到丈夫的虐待和遗弃。汪中对此评论说：“好仁不好学，其蔽于愚。若二女可谓愚矣。本不知礼而自谓守礼，以殒其生，良可哀也。”在汪中看来，“仁”不是不变的教条，人们应当有自己的独立思考（学）。他认为“学”（思考）是更重要的。汪中还主张寡妇可以改嫁，男女在一定程序上应该有社交的自由等等。这些思想在汪中的笔下虽然还披着“礼”的外衣，但他实际上多少已突破了封建礼法的内涵，透露出近代启蒙的意识。
汪中还曾设想在各州、县设立“贞苦堂”和“孤儿社”，收容无依靠的寡妇孤儿，并设计有详细的计划，但都未能实现。
汪中还尖锐地批评了落后的社会习俗。他不信释老、阴阳、神怪之说，“见人邀福祠祷者，辄骂不休，聆者掩耳疾走”（江藩《汉学师承记》卷七《汪中传》）。还反对繁缛的丧葬礼仪。他母亲丧葬时，他“废七七之奠，屏浮屠法不用……人多异之”（《汪氏丛书》《年谱》）。对于达官贵人中喜欢附庸风雅的人，他也很瞧不起。
汪中对于传统思想的批评，一个突出的例子是对《大学》提出的怀疑，在这点上他与清初思想家陈确极其相似。汪中在《述学·补遗》中有《大学平议》一篇，他从三个方面论证《大学》并非是至高无上的经典：其一，从《大学》的文字看，与《礼记》中的其他篇，如《坊记》、《表记》、《缁衣》等不相上下，为七十子后学所记，与曾子学说关系不大。宋儒表彰它，是为了用其中的“格物致知”一语来附会禅学。其二，根据周秦古书写作形式的通例，汪中指出朱熹作《格物致知传》，将《大学》分为“经”一章，“传”十章，篡改了古书原秩序，无所根据。其三，他用孔子“因材施教”的原则，驳斥了宋儒用所谓“三纲领”，“八条目”规范天下人的思想，认为这种用一定范式来教育人的方式，与孔门的教育原则相矛盾，因而《大学》不会是孔门的真传。
汪中还对明代以空谈心性为主要内容的“讲学”风气提出批评。他写有《讲学释义》一篇，指出“礼乐不可斯须去身，故孔子忧学之不讲。后世群居终日，高谈性命，而谓之讲学，吾未之前闻也”（《述学·别录》）。这与顾炎武对明末讲学风气的批评颇为相似。
汪中思想的特色还表现在他对于先秦诸子的研究方面。
首先是荀子的研究。汪中说：“荀卿之学，出于孔氏，而尤有功于诸经。”（《学述·补遗》《荀卿子通论》）这样的说法与传统上“孔孟”并提的说法有所不同。当时，荀子的学说虽然已经受到学者的注重并有人推崇，但还没有人公开将荀子说成是孔子学说的真传者。而汪中却说：“自七十子之徒既殁，汉诸儒未兴，中更战国、暴秦之乱，六艺之传赖以不继者，荀卿也。周公作之，孔子述之，荀卿子传之，其揆一也。”他作《荀子年表》，大力表彰荀学。
其次是墨子的研究。墨子之学自汉武帝定儒学于一尊之后，几乎成为绝学。时至清初，逐渐引起学者的注意。乾嘉时期，“墨学”开始复兴，许多学者致力于墨学的研究，汪中便是其中之一。汪中写了《墨子序》、《墨子后序》论断墨子是春秋战国诸子中的一派，特别对孟子用“无父”二字指责墨子的观点力加辩驳。他通过认真研究，对墨子作出了下述评论：
（1）墨子的学术为救世之作，墨子为救世之仁人，不可以洪水猛兽诬之，也不可以假仁义恶之。
（2）墨学为当世之显学，九流之中惟儒学可与之抗衡，其余则非伦比。杨墨并称之说与史实不符。
（3）儒墨相攻，为道不同不相为谋，并非正统与异端之别，儒、墨互相批评，无害于学术的发展。
上述评论在当时更是大胆的言论，因为它在肯定墨子的同时也贬斥了孟子，因此汪中遭到一些学者的攻击。
汪中在他对其他诸子的研究中也敢于提出己见，不墨守前人旧说。他撰有《老子考异》，论证老聃、老子、老莱子三人各不相蒙，五千言作者之老子是晚出于孔子之后的人。他还提出对《庄子》中的寓言不能当作历史证据来看待。又曾详细论证《吕氏春秋》一书是集诸子学说而成，并非出于一人之手。
汪中作为乾嘉时期的学者，其思想未能摆脱考据之一途，他写有《春秋述之》、《尚书考异》、《仪礼校本》、《知新记》、《尔雅校本》、《大戴礼记校本》、《春秋后传》、《小学》、《说文求端》、《广陵通典》、《秦蚕食六国地表》、《金陵地图》、《明堂通释》等经学、史学、训诂学、地理学等方面的著作。他在考据训诂方面，既有“辨章学术、考镜源流”的探微寻幽的精神，又能不拘泥于文字的训诂，同时更主张“推六经之旨以合于世用”，对社会现实表示强烈的关心。
第三节 焦循与阮元的思想
焦循（公元1763～1820年）字理堂，一字里堂。江都（今属江苏）人。焦循生于书香世家，曾祖父、祖父、父亲三代研究《易》学。焦循29岁时中举人，但会试不第，于是绝意科举，建读书之所曰“雕菰楼”，终生居家治学，足迹不入城市近20年。
焦循学术研究范围很广，除经史、音韵、训诂之外，还有天文历算、诗词戏曲、医学、古代建筑等。其著作有数百卷，已刊刻及未刊刻近60种，其中收入《焦氏丛书》有21种。《易学三书》（《易章句》、《易图略》、《易通释》）、《论语通释》、《孟子正义》是为人所熟知的著作。
焦循思想中最具特色的部分，是他的数理研究、易学研究以及人性学说。
焦循的数学研究，直接继承了梅文鼎、戴震的传统，对于当时能见到的中国古代及西方数学著作进行了认真研讨，他会通中西数学思想，整理古代数学理论，作出了超过前人的成绩。他批评戴震把西洋算法与中国“周髀”相比照，运用中国古代数学用语解释西洋算法的做法晦涩简奥，主张运用通用术语。同时在研究重点上，他侧重于“算理”研究，比“算法”研究更进了一步。焦循的数学著作，传世的有《加减乘除释》、《释弧》、《释轮》、《释椭》、《天元一释》、《开方通释》等，大都收入《里堂学算记》。
《加减乘除释》用甲、乙、丙、丁等天干字代表不同数字，阐述四则运算的基本定律，改变了中国古代算术用实例说明定律的做法（例如《九章算术》中用“方田”、“粟米”等具体实例来讲解数学定律）。焦循的做法使中国数学的研究在方法上前进了一步。他说：“《九章》不能穷加减乘除之用，而加减乘除可以通《九章》之穷。”（《加减乘除·自序》）
《释弧》、《释轮》、《释椭》三部著作，总结当时天文学中的数学基础知识，介绍西方天文、数学家托勒密、第各、开普勒、噶西尼等人的理论。《开元一释》及《开方通释》进一步阐释了中国13世纪两位数学家治和秦九韶的高次方程式的解法。
焦循在数学研究中反映的哲学思想，用他自己的话来说，即“名起于立法之后，理存于立法之先”（《加减乘除释》卷一）。所谓“立法”即为数学的法则、规律，由“立法”而产生定义和概念，就是“名”。而法则和规律早已在天地间存在着。此种观点不能简单地加以指责，焦循在这里实际上区别了客观存在的“理”，以及被人所认识的“理”，不是没有道理的。
但焦循用数学思维方式理解人生，并以这种方式理解其他一切事物。他根据数学的理论还原，认为“理”是错综变化的抽象形式。他说：“名主其形，理主其数。”（《加减乘除释》卷三）这是说，有形状的东西可以用“名”（概念）来把握，数量的关系可以用“理”来把握。他举勾股为例说：
勾股者，生于形者也，形复生形，而非数无以驭，则加减乘除又为勾股之所用也……悉诸加减乘除之理，自可识方圆幂积之妙。
勾股，是特定形状（直角三角形的直角边）的“名”，当形复杂化的时候，就必须使用“数”来计算，例如用“勾股”来计算“弦”，而数的计算是由“理”支配的，所以，焦循认为：只要掌握了理，便可以认识数，从而驾驭形，了解千变万化的客观世界。这种观点，把客观世界的一切变化看成是纯粹的数量关系，似乎有些夸大。
焦循的《易》学研究，也渗透着数学思想的影响，他试图找出事物之间变化的数量关系。他充分利用“六书”、“九数”之学，探究《易》中对事物变化原则的表述，他自认为其做法取得了成功，找到了《易》中卦爻变化的三条根本原则，即：①旁通，②相错，③时行。他认为有了这三条原则，就可以推求《易》中六十四卦以及三百八十四爻的变化，从而认识客观事物之间变化的数量关系。他称这种数量关系的变化原则为“比例”，自称“近者学《易》十许年，悟得比例引申之妙”。当时的许多学者也这样夸赞他。不过，焦循的易学研究也有所不足，他忽略了《易》学中关于自然哲学和人生伦理的含义。但他的研究比前人有所进步，有两点值得肯定：
第一，他敢于突破传统传注的范围，直接从六十四卦内寻找“参伍错综”的关系。
第二，他的易学研究中贯穿着“变通”的哲学思想。他提出“旁通”、“相错”、“时行”三个概念，实质上都是用来讲“变”。
焦循的人性学说，也贯穿着“变”的思想。他说：
人性所以有仁义者，正以其能变通，异乎物之性也。以己之心通乎人之心，则仁也。知其不宜，变而之乎宜，则义也。仁义由乎能变通。人能变通，故性善；物不能变通，故性不善。（《孟子正义·告子上》）
这段话是焦循人性学说的主旨。他用变通来解释人性，从人与物相区别开始，直到最高的伦理范畴“仁”“义”，都以变通为存在和发展的条件。
焦循在《孟子正义》及《性善解》等著作中，阐释了这个演化过程。他首先认为，人性并非神秘莫测：“性无他，食色而已”（《雕菰楼集》卷九《性善解》一）。但仅以食色来解释人性，并不能解释人性中何以有善恶的问题，焦循论人性的第二个逻辑环节就是强调人“能知”，他说：“性何以善？能知，故善”（《性善解》三）。所谓“能知”，就是以变化和发展来看待人的特性，人能通过后天的教育方法，达到最高的道德境界。
应该指出的是，焦循讲性善，并不囿于孟子一家之说，还吸收了荀子的观点。说：“非性善无以施其教，非教无以通其性之善。教，即荀子所谓伪也，为也。为之而能善，由其性之善也。”（《孟子正义·滕文公上》）他把人性善当作一种潜在的可能性，而把“教”当作可能性得以实现的必要条件。值得注意的是他用荀子所说的“伪”（为）来解释“教”，使“教”含有“习行”的意思。
焦循在人性论问题上讲“变”，也讲“通”，他认为人性变化有共同的趋向性：“以己之情通乎人之情，以己之欲通乎人之欲”，他称此为“情通”。对这种共通的情欲，焦循是肯定的。他一方面批评矫情去欲的“学究”的虚伪；另一方面又主张用人的智慧去调节情欲，使其达到合理的程度，这就叫“通变”或“变通”。
总而言之，焦循的数学研究、易学研究以及人性论是相辅相成，互相贯通的，崇尚理性、讲求变通的思想融汇在其中。他说：“圣贤之学，以日新为要”（《家训》），表现出对抱残守缺的鄙薄以及追求进取的精神。
自从章学诚对专门汉学提出公开的批评后，汪中、焦循这些思想家的思想和在学术中越来越多地出现了与汉学的学术宗旨相背离之处，阮元为汉学作了学术和思想上的总结。
汉学的最后一位重要人物是阮元。阮元（公元1764～1849年）字伯元，号芸台，江苏仪征人。阮元从26岁中进士，一直步步高升，由翰林直南书房升到山东、浙江学政，嘉庆、道光（公元1796～1850年）年间，他历任兵部、礼部、工部、户部侍郎，又曾任浙江、江西、河南省巡抚，湖广、两广、云贵总督，晚年入京，为体仁阁大学士，煊赫一时。
阮元在学术和思想上最重要的贡献，一是对汉学思潮的总结，二是对文化史的研究。
在对汉学思潮的总结方面，阮元的功绩之一，是在汇刻编纂方面，他为后人留下了宝贵的学术文化遗产，其中包括：
（1）《经籍纂诂》，106卷。这是阮元在浙江任职时组织人力编著的。这部书将唐以前散在群书中的古代传注荟萃其中，按音韵编排。取材范围广泛，包括群经、诸子、史部、集部旧注以及古代字书如《尔雅》、《方言》、《说文》、《释名》等等，将唐以前的训诂几乎网罗殆尽，给学者检查训诂以极大的方便。
（2）重刻《十三经注疏》并附校勘记。《十三经注疏》合刻自南宋即开始，明清均有刻本，阮元组织人力根据宋本重刊并撰写校勘记，成为“十三经注疏”最规范的版本。
（3）《皇清经解》（又称《学海堂经解》）。这部书搜集清初至乾隆、嘉庆年间的经学著作74家，收书180余种，是对乾嘉汉学成果的大规模汇集。
以上三部大书，汇集了乾嘉汉学的研究成果，在今天仍有重要的学术价值。
阮元对汉学的总结，不仅在经籍的辑录与汇刻方面，更重要的是他对汉学学术方法以及学风的总结。概括起来说，包括以下三个主要方面；①以训诂求义理。“古今义理之学必自训诂始。”（《？经室二集》卷七）②训诂以汉儒为准绳。“两汉经学所以当尊行者，为其去圣贤最近，而二氏之说尚未起也。”（《？经室四集》卷二）（3）在训诂中讲求“实事求是”。“余之说经，推明古训，实事求是而已，非敢立异也。”（《？经室集·自序》）
上述三点，概括了汉学家的一般学术方法与学风。这种方法与学风的长处，是学术研究中注意实事求是。但另一方面，汉学以儒家经典为主的古代经书当作真理的源泉，这就有些狭隘。同时，汉学视训诂考据方法为求得真理的惟一方法，排斥从宏观上探索宇宙和世界的普遍法则的科学与哲学的方法。
阮元在训诂考据过程中，注重“义理”的阐发，这是他对戴震思想的继承。在阮元所阐述的“义理”中，“行”是一个重要的内容。他有释孔门“一贯”、释《大学》“格物”、释“心”等考据论著，其中都强调“行”（分别见《？经室集》卷一、卷二《论语解》、《论语一贯说》、《大学格物说》等）。阮元解释孔子的学说，表现了他提倡实学、主张实行的义理观。总之，阮元在对汉学总结的基础上，吸收了专门汉学家的一些长处（如归纳的方法），但他没有走纯粹考据的一途，而是综合吸收了戴震“由词以通道”的方法，在考据中表达了自己的哲学思想。
阮元在学术和思想方面的贡献，还间接地表现在他对古代文化的重视和研究方面。例如，他力图通过对古代文字原义的分析而理解古代的社会制度和思想。他阐述了古代语言与古代文字的关系，提出“字从音出”，“义从音生”。他写的《释矢》、《释门》、《释且》、《释邮表？》等，都从古代文字源流的研究出发，加以引申，涉及古代文化及制度。
在研究古代文字与古代社会制度时，阮元的眼界比较开阔，他善于利用考古成果来研究古代文化。他研究过金石学，撰有《山左金石志》、《两浙金石志》。除此以外，他还引用周器“散氏盘”等佐证经学，并从韵读上认识了一些周金文字。这种由周器以考证古代社会制度的方法，开创了近人研究古史的新途径。
阮元对于西方自然科学的态度及其研究也值得我们注意。他继承了江永、戴震、焦循、王引之等汉学的传统，接触到西方的天文数学知识；同时他又对西学抱有一种虚无主义的态度，认为一切都是“老祖宗”的好，反映出一种偏狭的文化态度。
对于数理科学的研究，阮元受到其族姐夫焦循的很大影响，因而也有相当的水平。他为焦循的《里堂算学记》写“总序”，概括焦循的数学思想。他编辑的《畴人传》（经过焦循修订），也反映了他相当高的数理科学水平。
