当时波兰的学校教育，受到了科学发展和教会势力的双重影响，从开设的课程就可以看出这个特点。
学校一方面开设数学、天文学、历史等学科，另一方面又开设神学等，教学日程必须按照教会日历。
要想在没有教材的情况下学好知识，首先需要有过人的记忆力，其次需要上课精神集中，此外还需要开动脑筋。只有同时具备这些因素，才可能准确掌握教学内容。
哥白尼天资聪颖，又勤奋好学，他的学习成绩一直都是班级里的第一名。每次考试，看见儿子都取得优异的成绩，父母总是沉浸在幸福欢乐的海洋里。
但是，就在这个时候，不幸降临了。哥白尼10岁那年，一场瘟疫在托伦城流行，终日繁忙、抵抗力差的父亲不幸也染上了瘟疫，持续高烧不退。
母亲请来了当地最好的教士给父亲看病，然而，没有一种药物能够为他解除高烧。
那时候，由于教会的专制统治，科学成了神学的奴婢，只有为神学的合理性寻找依据、与神学有关的学科可以发展，真正意义上的科学研究几乎可以说没有。
因此，5世纪至11世纪是欧洲历史上的黑暗时代。从12世纪起，随着古希腊罗马文化遗产被发现，欧洲的学术研究才开始复兴。
但是，由于教会的统治依然很严密，科学发展的步履仍然十分艰难。
当时的医学是非常原始的，占星术、巫术和宗教迷信还在医学领域占据着统治地位。
在埃及人和美索不达米亚人的医学文献中常用“妖魔”解释疾病，疾病被视为一种邪恶的精灵，医生因此往往用吐药、泻药或使人难受的药物来驱除病魔，有的甚至使用符咒等迷信手法来达到目的。
欧洲当时盛行的基督教吸收了这些不科学的思想和做法，认为上帝是宇宙的主宰，是万物的创造者。上帝施人以恩，也惩罚不敬神的人，疾病就是上帝对罪人的一种惩罚。
因此教士到来后就在病人的床前向上帝祈祷：“主啊，饶恕这可怜的罪人吧！万能的主啊，他将忠诚地服侍您，以清洗他的罪孽。”
可是，在几天后的暗无天日的一天里，父亲从早到晚痛苦地呻吟，全身抽搐。傍晚时分，他才平静了下来。
抢救的医生摇摇头说：“他走了！上帝保佑！”
母亲扑在丈夫身上，号啕痛哭：“尼古拉，你怎么就这么走了，让我们孤儿寡母可怎么活啊！”
四个儿女也在父亲遗体旁，痛哭不止：“爸爸！你不能死，你回来啊！回来呀！”
悲天动地的哭声，令人撕心裂肺，谁人见了不落泪，哪个听了不伤心。
在全家悲痛不已的日子里，哥白尼仿佛一下子长大了。
在人多的时候，哥白尼从不落泪，帮助妈妈干事。一个人的时候，他想起父亲生前的音容笑貌，泪水就一个劲儿地往下流。
要知道，这是1483年，他才10岁啊！少年丧父，可谓人生之一大不幸了！
哥白尼时常一个人怔怔地发愣，他在想一个个难解的问题，真是斩不断，理还乱。
父亲的病逝，使10岁的哥白尼产生极大的震动，心中产生了一种怀疑上帝的惊人想法。
那个给父亲看病的教士说，不管发生了什么事情，总归是得罪了上帝。上帝是宇宙的主宰、万物的创造者，人人都要听从上帝的命令。
上帝创造了人，给了人肉体，又给肉体创造了灵魂。父亲的死是因为他的肉体和灵魂要回归到上帝那里去了。
“大人说，瘟疫是神为了惩罚那些罪恶的人才降临的，可父亲是虔诚的教徒、难得的人才，为什么也遭此厄运？”
哥白尼不太相信教士的话。父亲在他心中的形象是高大的，他见义勇为，乐善好施，为托伦城人出策出力。
更重要的，教士说上帝把灾难降给人类，是为了惩罚不敬神的人，可是爸爸是个敬神的人，为什么也得受难呢？
看看周围每天要发生许多不幸的事，难道这都是上帝的意旨？
哥白尼望着蓝天上数不清的星斗，问也得不到回答，只有自己心灵之星的眼泪，像断了线的珍珠落下来。
当时人们认为上帝住在天上，所以哥白尼决定要一辈子研究天空，使人们不再对神秘的天空望而生畏。
就这样，父亲的早逝成了哥白尼人生道路上极为重要的一个转折点。正是在这个阶段，他早早立志献身天文学，并且为了探索天文学的奥秘而终生努力。
