哥白尼在奥尔什丁地区管理经济事务时期，正是波兰同十字骑士团矛盾加剧之时，以瓦尔米亚主教和神甫会为一方，以十字骑士团为另一方不断发生误会和冲突。
哥白尼管理的地区同骑士团国家直接接壤，边界闹事和冲突事件不少，给哥白尼带来很多麻烦。来自骑士团方面的威胁，妨碍了经济的协调发展。
1517年，一个听命于骑士团的强盗塞巴斯蒂安·格劳辛因在瓦尔米亚大肆抢劫，被神甫会抓获。这就使当地的矛盾激化起来，甚至导致瓦尔米亚同骑士团国家于1517年9月29日中止了贸易往来。
骑士团当局明显支持和纵容武装强盗在瓦尔米亚领土上从事抢劫活动。强盗们得到骑士团的支持，更加大胆，更加肆无忌惮，不断蹂躏手无寸铁的居民，使边界居民遭受到重大损失。
1517年8月，十字骑士团纵火焚烧了皮耶宁日诺市郊附近的两个村庄，后来又在布拉涅沃郊区纵火烧毁大片民房。瓦尔米亚行政管理人自己也不止一次遇到毗邻地区骑士团办事人员的挑衅活动。
1517年3月，骑士团的人和神甫会的人就帕斯文克界河捕鱼权问题发生了争执。骑士团方面的一个人在捕鱼时被逮住，关进了奥尔什丁城堡。
这成了骑士团人攻击神甫会的又一口实。后来，又因为森林砍伐问题，使双方的矛盾日趋白热化。
1519年，硝烟弥漫，火光连天。十字骑士团与波兰的关系日趋恶化，而这场战争的主战场就在哥白尼所在的瓦尔米亚地区。哥白尼义无反顾地站到了第一线。
十字骑士团的袭扰活动越来越频繁，他们所到之处，不放过任何人和任何目标，连教堂也成了他们的抢劫对象。
神甫会向波兰国王汇报了边界紧张的状态，国王齐格蒙特·斯塔雷给主教派来了40名骑兵助战。
起初，国王曾试图劝说自己的外甥——敌视波兰的十字骑士团大首领阿尔布雷希特——放弃战争冒险行动。但当他意识到会谈不会有多大结果时，便开始了备战活动。
当阿尔布雷希特开始对国王的和平倡议置若罔闻、不予理睬的时候，波兰国王说道：“现在一切都靠边站，我要解决这个普鲁士问题。我决不退让，哪怕赴汤蹈火也在所不辞。”
1520年1月，十字骑士团对弗龙堡发起了武装进攻，指挥官策马叫嚣道：“摧毁这个巢穴，以便在整个夏天不会再有任何一只鸟来这里做窝！”
战事越来越频繁，一场大战已经必不可免。神甫们都纷纷离开弗龙堡，逃到没有战争危险的地方去了。
神甫会成员中只剩下哥白尼一个人还留在弗龙堡。当时还没有大炮，十字骑士团无法越过大教堂的围墙，于是他们就纵火焚毁城市和围墙外面的神甫住宅。
敌人所侵掠的地方，遍地烽火，尸骸狼藉，百姓流离失所，苦不堪言。哥白尼顶住了十字骑士团对弗龙堡发动的攻击，但因为他的家已被焚毁，也不得不离开这里，前往奥尔什丁城。
在奥尔什丁城，他作出了巨大的努力，义愤填膺地为与十字骑士团战斗积极做好备战工作。战争期间，哥白尼坚定地站在波兰一边，忠实地继承了与十字军骑士斗争的家族传统。
1520年11月8日，当瓦尔米亚和奥尔什丁的命运处在最困难的时刻，神甫会财产管理人的职务交到哥白尼手中。
这多半是因为哥白尼以往在行政管理工作中取得了丰富的经验，并且在和十字军骑士团的斗争中表现出的勇敢精神和坚定的立场，促使神甫会作出了这一决定。
于是，哥白尼不仅成了经济管理人，也成为坚守瓦尔米亚南部这个最重要据点的军事指挥者。这次的经历对哥白尼来说，是一个将理论付诸实践的机会。
哥白尼积极组织奥尔什丁城堡的防御，并利用自己所学的力学、工程工艺学知识，投入战斗实践。
在哥白尼的领导下，奥尔什丁城的人们筑起了工事，加强防御。2月中旬，哥白尼从埃尔布隆格调来了防御武器和设备，其中包括17杆火绳枪。
尽管是第一次真正投身战争，但哥白尼已经显示出他作为一名军事指挥者的才干。哥白尼深知，如果没有波兰军队援助，奥尔什丁城堡经不起十字军骑士团的长期围困和进攻。
1520年11月16日，哥白尼亲自给国王齐格蒙特·斯塔雷写了一封求援信，要求增加军队支援。
最圣明的君主大人陛下：
我们渴望最忠实地为神圣的陛下效劳。昨天傍晚，陛下的敌人侵占了奥尔什丁城。奥尔什丁城本来有着很好的防御围墙，但终因守城将士不足而失守。
同样的情况也使我们有理由感到不安，因为对付这种进攻，我们没有足够力量。敌人已近在咫尺，我们担心的是，不久我们也将被包围。同我们在一起的尊贵的帕维尔·多卢斯基大人只有100名士兵。
几天前，他根据我们的要求给陛下派到利兹巴克的司令官雅库布·森齐格涅夫斯基大人写了一封信，请他给我们多派一些人来。奥尔什丁城的人也提出过这种请求。
他回答说，他的人太少了，不能再增派人。我们清楚，利兹巴克本身也受到威胁，整个瓦尔米亚主教区都处在威胁之中。
为此，我真诚地向陛下请求，请陛下尽快派援兵来，给我们以有效的支持。
因为我们渴望竭尽全力做高贵和正直的人应该做的一切，恪尽职守，毫无保留地为陛下献身，哪怕牺牲也在所不辞。我们的全部财产和我们自己都指望仰仗陛下的关怀。
陛下最忠实的仆人，瓦尔米亚神甫会和神甫
1520年11月16日于奥尔什丁
可惜的是，这封十万火急的求救信没能够如愿送达波兰国王的手中，在那个烽火连天的战争年代，信使才刚刚出城，就已经被十字军骑士团给俘获了。所以，这封信至今保留在十字骑士团的文献馆里。
当十字军骑士团的指挥官看了这封信，气恼万分。他知道，哥白尼是忠诚的波兰公民，是十字骑士团的敌人，同13年战争期间他祖父的立场完全一样。
多数神甫由于担心奥尔什丁要塞一旦被十字骑士团攻破，会遭到残酷镇压，所以都提前离开了奥尔什丁。岗位上只剩下了哥白尼和亨里希·施内伦贝格神甫两人。施内伦贝格神甫也是托伦人。
哥白尼同守卫奥尔什丁城堡的波兰指挥官进行了紧密的合作，从未听说过他们之间发生过什么争吵和误解。守住城市和城堡并把敌人驱逐出瓦尔米亚的共同愿望把所有人联系在一起了。
他俩共同与守卫奥尔什丁城堡的波兰指挥官密切协作，与十字骑士团对峙了3年的时光。
哥白尼在防御工作中表现出了很大的主动性。他不是消极等待国王增援，也不是仅仅指望职业军人。他一直同为解决奥尔什丁必要防御器材供应问题而待在埃尔布隆格的扬·斯库尔泰蒂副主教保持书信联系。
在战火暂时停息的日子里，哥白尼仍没有忘记他的天文学的研究工作。他在奥尔什丁的哨塔上布置了一座简单的观测台，虽然它比不上弗龙堡的箭楼天文台，但在哥白尼的天文观测中，仍起了重要的作用。
哥白尼在奥尔什丁城堡留下了大量的天文学观测的痕迹。1802年，有学者在围廊下面的墙壁中发现了哥白尼制作的一块长705厘米、宽140厘米的天文观测记录板。
据学者们推算，这块记录板是1519年制成的，这是哥白尼观测和研究地球轨道不均衡时所使用的。
哥白尼在奥尔什丁观测二分点，即春分和秋分时，显然是为了确定和计算出当时所使用的儒略历同实际情况的差距。这些观测工作都与当时的历法改革工作有关。
1517年，哥白尼从弗龙堡来到奥尔什丁时，未能带上所有的天文观测仪器。尽管如此，他并不想中断已经开始的研究和观测工作。为此，他才制作了这块在测定二分点时刻必不可少的记录板。
哥白尼选择了西南方向上的一面墙来制作这块记录板。这块墙面被围廊遮掩着，他在顶棚上钻了一个小孔，阳光透过这个小孔射到墙板上。他每5天观测一次阳光在墙上移动的路线，并在墙板上标出来。二分点时刻是主要的观测对象，同时也是做深入观测的出发点。
尽管哥白尼所担任的行政职务有许多事情要处理，但是每到观测日，他大多就不再外出，而是守在这个小小的观测点上进行观测。他对观测时间和外出时间的安排表明，十次去外地公出只有两次和他的天文观测相冲突。
1521年的新年刚过，十字骑士团统领就率领一支由6000名步兵、800名重骑兵和600名轻骑兵以及炮兵组成的部队，突然出动，经过布拉涅沃和奥尔内塔，于1月11日到达奥尔什丁城附近。
1521年1月13日，十字骑士团突然向奥尔什丁发起了进攻。哥白尼和守卫城堡的人奋勇抗敌，打退了敌人的进攻。
当时的记载为我们描述了十字骑士团的进军情景：“大首领在耶焦拉内城没有得到任何好处，遂命令把这座可怜的城市焚毁。由于雨下得太大，无法进攻巴尔切沃城，只是试探性地放了一炮，看看该城居民是否愿意投降，结果是枉费心机。离开这里以后，部队朝奥尔什丁方向开拔。花费的努力没有给大首领带来任何好处，有7个村庄被他毁于一炬。”
显然，实际破坏远比这大得多，沿途经过的地方都遭到骑士团的洗劫。他们想通过恐怖和恫吓手段来迫使瓦尔米亚投降。
十字骑士团统领给奥尔什丁城人民写了一封信，要求该城立刻投降，并威胁说，不投降就要把它彻底化为灰烬。然而，守卫者不但没有被威胁吓倒，反而加强了防御准备。
1月26日晚上，十字骑士团又一次向奥尔什丁发起进攻，妄想用突袭的办法攻占该城。十字骑士团曾一度攻破城墙上的一个角门，但很快又被守卫者击退了。守卫者知道，这是敌人进行的一次试探性战斗，很快就会发起全面攻击。
作为波兰最高司令的国王，以及各地区的主教和神甫们，都为自己的财宝感到担忧，他们睁大眼睛盯着奥尔什丁，关心着那里的战事。
2月初，卢兹扬斯基主教给奥尔什丁的神甫，也就是给哥白尼和施内伦贝格写信，要他们坚守住，不要害怕敌人，如果没人叛变的话，敌人拿不下城市。
哥白尼没有过分相信主教的乐观预测，为奥尔什丁调进了大批武器弹药和食品，并催促斯库尔泰蒂继续为守卫者收集和提供这些物资。
骑士团重重包围了奥尔什丁。哥白尼登上城堡，亲自布置防务，指挥战斗。
一天、两天、三天过去了，奥尔什丁依旧岿然不动。气急败坏的骑士团统帅霍亨卓伦大公命令士兵：“用燃烧弹攻城！”
随着呼啸的炮弹轰响声，城头多处着火了！
“大家不要慌张，把牛皮用水蘸湿，捂住燃烧弹。”
面对着敌人的凶猛进攻，哥白尼临危不乱，果断下令。数百名战士用准备好的数百张浸湿的牛皮，扑向火头，火焰很快就被扑灭了。
“该死的哥白尼！我们逮住他，一定要狠狠地惩罚他！”
霍亨卓伦大公气急败坏地吼叫着，挥舞起手中的指挥刀，重重地砍断了一棵小树。
“准备好武器弹药，为了保卫奥尔什丁城堡，我们要决一死战，决不后退。”哥白尼更加振奋地鼓舞士兵一致抗敌。
斯库尔泰蒂对哥白尼的勇气真心地表示钦佩，他这样写道：“最后我要对最了不起的您在困难和危险时期所付出的巨大努力表示感谢。您在那里恪尽职守，耐心地经受着困难和危险的考验。我真诚地请求您保持乐观，放宽心地坚持下去。您将得到上帝的报答和人们的赞扬。”
信还没有看完，敌人又进攻了。哥白尼命令炮兵反击，士兵们早就恨透了骑士团那帮无恶不作的魔鬼，都咬破嘴唇狠狠地把敌人打得失魂落魄，溃不成军。
接着，哥白尼又下令守卫军出城追击。战士们放下城门的吊桥，跨过护城沟，勇猛地追击。敌人在田野里、大路上横尸遍地。守卫军们穷追不舍，直到把敌人赶过了维纳河以西。
而这个时候，十字骑士团的部队内部也正经历严重的危机。军队损失惨重，但却没取得比较大的胜利，这在骑士团士兵和雇佣军中引起不满，出现骚动。这种骚动随时可能演变为士兵暴动。
十字骑士团的士兵谩骂大首领，雇佣士兵要求发放拖欠的军饷，甚至把事先发饷作为开始包围或发起进攻的条件。
结果，大首领阿尔布雷希特中途返回了克鲁莱维茨，因为他觉得在那里要比待在自己的军队中更加安全。
1521年3月26日，骑士团停止了战争行动，4月5日双方达成了所谓的托伦妥协，战争结束。
奥尔什丁保卫战获得了全胜。
哥白尼真不愧是一个天才，他在军事上的天分在这一场战争中表现无遗。更加重要的是，哥白尼具有不畏强权的优良品德，面对着十字军这样穷凶极恶的恶势力，哥白尼依旧没有妥协。
哥白尼相信，正义的、进步的力量一定能够战胜邪恶的、顽固的恶势力，今天他能够打退穷凶极恶的十字骑士团，那么明天，他所信奉的真理日心说也一定能够战胜教会的黑暗势力，科学的时代必将来临！
