在叶思文眼中，只要能用军事解决的问题，都不是问题，进入总督府之后，叶思文即刻下令，威远军兵分两路，一路向北扫荡，一面向南扫荡，一路上，无论是当地土著还是西班牙人，只要敢抵抗，一律枪毙。
军事问题好处理，政治问题就有些棘手了。
马尼拉西班牙富人的处理问题，吕宋土著问题，当地华人问题，千头万绪，就连强悍无比的叶思文也感到头疼。
不过还好，有赵文昌带领的参谋团在叶思文左右帮衬，他们很快就把要干的事情一件一件的列出来，然后一件一件的解决。
第一件事，当然是为当地死难的一万多华人报仇。
叶思文下令，抓捕当地参与了屠杀华人的土著，至于参与屠杀的西班牙军人，在马尼拉港口攻防战和马尼拉城攻防战中几乎全部战死，硕果仅存的几十个西班牙军人也被俘虏，只需要拉上公堂审判就行了。
由于不知道哪些土著参与了屠华事件，所以叶思文下令，无论是否参与屠华，凡是马尼拉周边的土著，都有嫌疑，无论男女，无论老少，都要抓来审问。
于是，一场大追捕开始了，马尼拉周围成千上万的土著被抓捕，由于抓捕的土著太多，马尼拉警察局的牢房都不够用了，叶思文不得不下令把土著关押进了原西班牙军人的营房。
当然也有那机灵的土著，见势不妙，立刻脚底抹油开溜，学习当初华人，跑进了马尼拉周围的森林里，不过他们忘了，华人们对森林也是熟悉无比，很快他们便如山老鼠一般，一个接一个的被赵辉组织的华人兵团揪了出来。
几天之后，马尼拉周边的土著全部被捕，即使有漏网之鱼，也无关紧要了。
接下来，大明政府对土著进行了公审和判决，土著的犯罪等级被分为三级，第一级，组织参与屠华抢劫；第二级，参与屠华抢劫；第三级，参与屠华者的家属。
经过马尼拉当地华人公正的指正，一级罪犯一共有四十三人，二级罪犯一万多人，三级罪犯三万多人，这几乎是马尼拉周围所有的土著，因为马尼拉周围的土著都参与了屠杀。
乱世须用重典，吕宋就是一个非常混乱的地方，西班牙人、土著、华人三种势力错中复杂，特别是愚昧无知且胆大包天的土著，更是社会的不安定因素，所以大明想要长期统治吕宋，就必须先把土著威慑住。
在叶思文的授意下，大明政府对四十三名一级罪犯的处理方法只有一个——凌迟处死，只有这种极其恐怖的处死方法，才能在土著的心里留下恐怖的种子，让他们以后一动坏脑筋，就想起这些被凌迟的同类。
